Псевдонокардиевые

Псевдонокардиевые
	Псевдонокардия пини на чашке с агаром
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Актиномицетота
Сорт:	Актиномицетия
Заказ:	Псевдонокардиалы ; Лабеда и Гудфеллоу 2015
Семья:	Псевдонокардиевые ; Эмбли и др. 1989 год
Роды
	См. текст.
Синонимы
	Псевдонокардиалы: Actinopolysporales Goodfellow и Trujillo 2015 ; ; Псевдонокардиевые: Actinopolysporaceae Zhi et al. 2009 год ; Actinopolysporineae Zhi et al. 2009 год ; Actinosynnemataceae Labeda и Kroppenstedt 2000 ; Mzabimycetaceae Saker et al. 2015 год ; Pseudonocardineae Stackebrandt et al. 1997 год ; ;

Pseudonocardiaceae — семейство бактерий отряда Actinomycetales и единственный представитель подотряда Pseudonocardineae .

Геномика

Виды семейства Pseudonocardiaceae образуют отдельную кладу на филогенетических деревьях, основанных на объединенных белковых последовательностях. Кроме того, Nakamurella multipartite , в настоящее время являющаяся частью отряда Frankiales , также образовала кладу с видами Pseudonocardiaceae в 100% бутстрап -репликациях филогенетических деревьев. N. multipartite Была идентифицирована сохранившаяся сигнатурная индель, которая обнаружена у и всех видов Pseudonocardiaceae, кроме одного. Эта вставка одной аминокислоты в киназу UMP служит как молекулярным маркером почти для всех Pseudonocardiaceae, так и предполагает, что N. multipartite тесно связан с этой группой. Некоторые данные также свидетельствуют о том, что отряды Pseudonocardiales и Corynebacteriales тесно связаны. Было идентифицировано несколько консервативных сигнатурных инделей, которые обнаружены как у Pseudonocardiales, так и у Corynebacteriales, включая вставку из трех аминокислот в консервативную область UDP-галактопиранозомутазы . Эта вставка также присутствует в N. multipartite и Geodermatophilus obscurus , еще один представитель Frankiales. Кроме того, были идентифицированы пять консервативных сигнатурных белков, которые встречаются только в отрядах Pseudonocardiales и Corynebacteriales. Гомологи белков обычно обнаруживаются у N. multipartite и G. obscurus , что является дополнительным доказательством тесного родства этих двух видов с порядками Pseudonocardiales и Corynebacteriales. ^{[ 3 ]}

Роды

Pseudonocardiaceae включает следующие роды: ^{[ 4 ]}

Actinoalloteichus Tamura et al. 2000 г.
Actinocrispum Hatano et al. 2016 год
Актинокинеоспора Хасегава 1988 г.
Actinomycetospora Jiang et al. 2008 год
Actinophytocola Indananda et al. 2010 год
Actinopolyspora Gochnauer et al. 1975 г. (утвержденные списки 1980 г.)
Actinorectispora Quadri et al. 2016 год
Актиносиннема Хасегава и др. 1978 г. (утвержденные списки 1980 г.)
Аллокуцнерия Лабеда и Кроппенштедт 2008 г.
Аллосахарополиспора Тео и др. 2021 год
Амиколатопсис Лешевалье и др. 1986 год
Бунагеа Меклат и др. 2015 год
Кроссиелла Лабеда 2001
Ганджариэлла Нингсих и др. 2019 год
Гудфелловиелла Лабеда и др. 2008 год
Haloactinomyces Lai et al. 2017 год
Haloechinothrix Tang et al. 2010 год
Halopolyspora Lai et al. 2014 год
Halosaccharopolyspora Teo et al. 2021 год
Травоядные Чжан и др. 2016 год
Кибделоспорангий Ширер и др. 1986 год
Куцнерия Штакебрандт и др. 1994 г.
Лабедея Ли 2012
Ленцеа Ясин и др. 1995 год
Лонгимицелий Ся и др. 2013 год
Праусерелла Ким и Гудфеллоу, 1999 г.
Псевдонокардия Генссена, 1957 г. (утвержденные списки 1980 г.)
Qaidamihabitans Tian et al. 2022 год
Saccharomonospora Nonomura и Ohara 1971 (утвержденные списки 1980 г.)
Saccharopolyspora Lacey and Goodfellow 1975 (утвержденные списки 1980 г.)
Saccharothrix Labeda et al. 1984 г.
Salinifilum Moshtaghi Nikou et al. 2017 год
Sciscionella Tian et al. 2009 год
Одинокий Джин и др. 2022 год
Streptoalloteichus ( ex Tomita et al. 1978) Tomita et al. 1987 год
Жители Тамаричи Цинь и др. 2015 год
Thermocrispum Korn-Wendisch et al. 1995 год
Термотуника Ву и др. 2014 год
Умезаваэа Лабеда и Кроппенштедт, 2007 г.

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). ^{[ 4 ]} Филогения основана на полногеномном анализе. ^{[ 5 ]}^{[ а ]}

Псевдонокардиалы

	Актиномицетоспора

	Псевдонокардия

Шисионелла

Актиноаллотейх

	Актинополиспора

	Сахарополиспора

Куцнерия

	Аллокуцнерия

	Стрептоаллотейх

линза

Гудфелловиелла

Умедзава

	Сахаротрикс

	актиносиннема

Горький спорангий

	Актинофитокола

	Актинокинеоспора

	Термокриспум

	Галоехинотрикс

Амиколатопсис

	Праусерелла

	Сахаромоноспора

внешняя группа

Микобактерии

Примечания

^ Actinocrispum , Actinorectispora , Bounagaea , Crossiella , Gandjariella , Haloactinomyces , Halopolyspora , Halosaccharopolyspora , Herbihabitans , Labedaea , Longimycelium , Salinifilum , Solihabitans , Tamaricihabitans и Thermotunica не включены в эту филогенетику. дерево.

Ссылки

^ Эмбли М.Т., Смида Дж., Стакебрандт Э. (1988). «Филогения безмиколатных стеночных хемотипов IV Actinomycetes и описание Pseudonocardiaceae fam. nov». Сист. Прил. Микробиол . 11 :16–19. дои : 10.1016/S0723-2020(88)80047-X .
^ Лабеда Д.П., Гудфеллоу М. (2012). «Приказ XIII. Pseudonocardiales ord. nov.». В Гудфеллоу М., Кемпфер П., Трухильо М.Э., Сузуки К., Людвиг В., Уитмен В.Б. (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 5 (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. п. 1301.
^ Гао, Б.; Гупта, Р.С. (2012). «Филогенетическая основа и молекулярные признаки основных клад типа актинобактерий» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 76 (1): 66–112. дои : 10.1128/MMBR.05011-11 . ПМЦ 3294427 . ПМИД 22390973 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Эузеби Ж.П., Парте AC. « Псевдонокардиевые » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 июня 2021 г.
^ Нуиуи И, Карро Л., Гарсиа-Лопес М., Мейер-Колтхофф Дж.П., Войк Т., Кирпидес Н.К., Пукалл Р., Кленк Х.П., Гудфеллоу М., Гёкер М. (2018). «Геномная таксономическая классификация рода актинобактерий » . Передний. Микробиол . 9 : 2007. doi : 10.3389/fmicb.2018.02007 . ПМК 6113628 . ПМИД 30186281 .

[6] Actinocrispum , Actinorectispora , Bounagaea , Crossiella , Gandjariella , Haloactinomyces , Halopolyspora , Halosaccharopolyspora , Herbihabitans , Labedaea , Longimycelium , Salinifilum , Solihabitans , Tamaricihabitans и Thermotunica не включены в эту филогенетику. дерево.

[1] Эмбли М.Т., Смида Дж., Стакебрандт Э. (1988). «Филогения безмиколатных стеночных хемотипов IV Actinomycetes и описание Pseudonocardiaceae fam. nov». Сист. Прил. Микробиол . 11 :16–19. дои : 10.1016/S0723-2020(88)80047-X .

[2] Лабеда Д.П., Гудфеллоу М. (2012). «Приказ XIII. Pseudonocardiales ord. nov.». В Гудфеллоу М., Кемпфер П., Трухильо М.Э., Сузуки К., Людвиг В., Уитмен В.Б. (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 5 (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. п. 1301.

[3] Гао, Б.; Гупта, Р.С. (2012). «Филогенетическая основа и молекулярные признаки основных клад типа актинобактерий» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 76 (1): 66–112. дои : 10.1128/MMBR.05011-11 . ПМЦ 3294427 . ПМИД 22390973 .

[LPSN-4] Перейти обратно: ^а ^б Эузеби Ж.П., Парте AC. « Псевдонокардиевые » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 9 июня 2021 г.

[Nouioui-5] Нуиуи И, Карро Л., Гарсиа-Лопес М., Мейер-Колтхофф Дж.П., Войк Т., Кирпидес Н.К., Пукалл Р., Кленк Х.П., Гудфеллоу М., Гёкер М. (2018). «Геномная таксономическая классификация рода актинобактерий » . Передний. Микробиол . 9 : 2007. doi : 10.3389/fmicb.2018.02007 . ПМК 6113628 . ПМИД 30186281 .

[ 2 ]

[ 1 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ а ]