ФПГ ИлеРС цинковый палец
| zf-FPG_IleRS | |||
|---|---|---|---|
 Комплекс кристаллической структуры между Lactococcus Lactis FPG (mutm) и Fapy-DG, содержащим ДНК | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | zf-FPG_IleRS | ||
| Пфам | PF06827 | ||
| Пфам Клан | CL0167 | ||
| ИнтерПро | ИПР010663 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1qu2 / SCOPe / СУПФАМ | ||
| |||
представляет Домен цинкового пальца FPG IleRS собой домен цинкового пальца , обнаруженный на С-конце как в ферментах ДНК-гликозилазы/AP-лиазы , так и в изолейцил-тРНК- синтетазе . В этих двух типах ферментов С-концевой домен образует цинковый палец.
ДНК-гликозилаза/AP-лиаза Ферменты участвуют в эксцизионной репарации ДНК, поврежденной окислением или мутагенными агентами. Эти ферменты обладают как ДНК-гликозилазной активностью ( EC ), так и AP-лиазной активностью ( EC ). [ 1 ] Примеры включают формамидопиримидин-ДНК-гликозилазы (Fpg; MutM) и эндонуклеазу VIII (Nei). Формамидопиримидин-ДНК-гликозилазы (Fpg, MutM) представляют собой трехфункциональный оснований фермент репарации вырезаемых ДНК, который удаляет широкий спектр поврежденных окислением оснований (активность N-гликозилазы; EC ) и расщепляет как 3'-, так и 5'- связи фосфодиэфирные получающийся в результате апуриновый/апиримидиновый сайт (активность AP-лиазы; EC ). Fpg отдает предпочтение окисленным пуринам, удаляя окисленные пуриновые основания , такие как 7,8-дигидро-8-оксогуанин (8-oxoG). Активность ITs AP (апуриновой/апиримидиновой) лиазы вводит разрывы в цепи ДНК, расщепляя остов ДНК путем бета-дельта-элиминирования с образованием одноцепочечного разрыва в месте удаленного основания как с 3'-, так и с 5'-фосфатами. Fpg представляет собой мономер , состоящий из двух доменов, соединенных гибким шарниром. [ 2 ] Два мотива связывания ДНК (цинковый палец и мотив спираль-два витка спирали) предполагают, что окисленное основание выворачивается из двухцепочечной ДНК в режиме связывания и вырезается с помощью каталитического механизма , аналогичного механизму бифункционального основания. ферменты эксцизионной репарации. [ 2 ] Fpg связывает один ион цинка на С-конце, который содержит четыре консервативных и незаменимых цистеина . [ 3 ] Эндонуклеаза VIII (Nei) обладает той же ферментативной активностью, что и Fpg, описанный выше, но отдает предпочтение окисленным пиримидинам, таким как тимингликоль, 5,6-дигидроурацил и 5,6-дигидротимин. [ 4 ] [ 5 ]
Цинковый палец типа Fpg также обнаружен на С-конце изолейцил-тРНК-синтетазы ( EC ). [ 6 ] [ 7 ] Этот фермент катализирует присоединение изолейцина к тРНК( Ile ). Поскольку IleRS может непреднамеренно аккомодировать и обрабатывать структурно сходные аминокислоты, такие как валин, чтобы избежать таких ошибок, он имеет два дополнительных различных действия по редактированию, зависящих от тРНК (Ile). Одно действие обозначается как «редактирование перед переносом» и включает гидролиз активированного Val-AMP. Другая активность называется «посттрансферным» редактированием и включает деацилирование ошибочно заряженной Val-тРНК(Ile). [ 8 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Гильбоа Р., Жарков Д.О., Голан Г., Фернандес А.С., Герхман С.Е., Мац Э., Кисия Дж.Х., Гроллман А.П., Шохам Г. (май 2002 г.). «Структура формамидопиримидин-ДНК-гликозилазы, ковалентно образующей комплекс с ДНК» . Ж. Биол. Хим . 277 (22): 19811–6. дои : 10.1074/jbc.M202058200 . ПМИД 11912217 .
- ^ Jump up to: а б Сугахара М., Микава Т., Кумасака Т., Ямамото М., Като Р., Фукуяма К., Иноуэ Ю., Курамицу С. (август 2000 г.). «Кристаллическая структура фермента восстановления окислительно поврежденной ДНК, MutM (Fpg), из крайнего термофила Thermus thermophilus HB8» . ЭМБО Дж . 19 (15): 3857–69. дои : 10.1093/emboj/19.15.3857 . ПМК 306600 . ПМИД 10921868 .
- ^ О'Коннор Т.Р., Грейвс Р.Дж., де Мурсия Г., Кастейнг Б., Лаваль Дж. (апрель 1993 г.). «Белок Fpg Escherichia coli представляет собой белок цинковых пальцев, цистеиновые остатки которого играют структурную и/или функциональную роль» . Ж. Биол. Хим . 268 (12): 9063–70. дои : 10.1016/S0021-9258(18)52978-1 . ПМИД 8473347 .
- ^ Жарков Д.О., Голан Г., Гильбоа Р., Фернандес А.С., Герхман С.Е., Кисия Дж.Х., Ригер Р.А., Гроллман А.П., Шохам Г. (февраль 2002 г.). «Структурный анализ промежуточного продукта ковалентной реакции эндонуклеазы VIII Escherichia coli» . ЭМБО Дж . 21 (4): 789–800. дои : 10.1093/emboj/21.4.789 . ПМЦ 125349 . ПМИД 11847126 .
- ^ Дубли С., Бандару В., Бонд Дж.П., Уоллес С.С. (июль 2004 г.). «Кристаллическая структура человеческой эндонуклеазы VIII-подобной 1 (NEIL1) обнаруживает безцинковый мотив пальца, необходимый для активности гликозилазы» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 101 (28): 10284–9. Бибкод : 2004PNAS..10110284D . дои : 10.1073/pnas.0402051101 . ПМЦ 478564 . ПМИД 15232006 .
- ^ Сильвиан Л.Ф., Ван Дж., Стейц Т.А. (август 1999 г.). «Взгляд на редактирование структуры ile-тРНК-синтетазы с помощью tRNAile и мупироцина». Наука . 285 (5430): 1074–7. дои : 10.1126/science.285.5430.1074 . ПМИД 10446055 .
- ^ Чжоу Л., Rosevear PR (ноябрь 1995 г.). «Мутация карбокси-концевого цинкового пальца изолейцил-тРНК-синтетазы E. coli изменяет активность связывания цинка и аминоацилирования». Биохим. Биофиз. Рез. Коммун . 216 (2): 648–54. дои : 10.1006/bbrc.1995.2671 . ПМИД 7488160 .
- ^ Фукунага Р., Ёкояма С. (июнь 2006 г.). «Структурная основа распознавания субстрата доменом редактирования изолейцил-тРНК-синтетазы». Дж. Мол. Биол . 359 (4): 901–12. дои : 10.1016/j.jmb.2006.04.025 . ПМИД 16697013 .