Jump to content

Тони Рис (ученый)

доктор
Энтони Джей Джей «Тони» Рис
Тони Рис (в центре) с членами команды Океанской биогеографической информационной системы (ОБИС) на фото в Университете Рутгерса, 2004 г.: Фред Грассл (слева), Фиби Чжан (справа)
Рожденный 1953 (70–71 год)
Национальность Британская, Австралийская
Известный Морская биология, информатика биоразнообразия, разработка программного обеспечения
Родители
  • Генри Рис (отец)
  • Фреда Рис (мать)
Награды Премия Эббе Нильсена (2014)
Научная карьера
Поля Биология, морская биология, информатика биоразнообразия
Учреждения Университетский колледж Лондона , Отдел рыболовства CSIRO (позже CSIRO по морским и атмосферным исследованиям).
Диссертация  (1979)
Докторантура Гордон Ф. Лидейл
Сокращение автора. (ботаника) AJJRees
Веб-сайт fishbase.de/..

Энтони Джей-Джей («Тони») Рис (1953 г.р.) — британский разработчик программного обеспечения, менеджер данных и биолог, проживающий в Австралии с 1986 года, ранее работавший менеджером данных в CSIRO Marine and Atmocultural Research . [ 1 ] Он отвечает за разработку ряда программных систем, используемых в настоящее время в управлении научными данными и информатике биоразнообразия, включая c-squares , Taxamatch и IRMNG, Временный реестр морских и неморских видов . Он также принимал активное участие в разработке других инициатив в области информатики биоразнообразия, включая Океанскую биогеографическую информационную систему (OBIS), AquaMaps и Службу разрешения таксономических названий iPlant (TNRS). До того, как заняться управлением данными, он работал специалистом по световой и электронной микроскопии, изучая пресноводный и морской фитопланктон, а также микроископаемые.

Биография

[ редактировать ]

Рис родился в Ковентри , Великобритания, в академической семье. [ а ] и получил степень в области наук о растениях в Университете Лидса в 1971–1974 годах, опубликовав одну статью по описанию новой хризофитной водоросли из своей студенческой работы. [ 5 ] Впоследствии он получил степень доктора философии. из того же университета, защитив диссертацию на тему «Фитопланктон эвтрофного озера: динамика сообществ и ультраструктурные исследования». [ 6 ] [ б ] В 1980-х годах он работал в отделе микропалеонтологии факультета геологии Университетского колледжа Лондона. [ 7 ] прежде чем переехать в Австралию, где он управлял электронным микроскопом Отдела рыболовства CSIRO до закрытия этого объекта в 1996 году, после чего он перешел в область управления морскими данными в том же научном агентстве. На этой должности он совмещал управление океанографическими и морскими биологическими данными. [ 8 ] и проявил интерес к развивающейся области информатики биоразнообразия , включая помощь в техническом развитии Океанской биогеографической информационной системы (OBIS), разрабатываемой Дж. Фредериком Грасслом в США. В 2009–2014 годах он руководил австралийским узлом OBIS. , расположенный в CSIRO, [ 9 ] а также сотрудничал с другими национальными и международными инициативами в области информатики и обмена данными о биоразнообразии, включая Энциклопедию жизни , Глобальный информационный фонд по биоразнообразию , Атлас живой Австралии , «Открытое дерево жизни» проект , FishBase и другие. Рис покинул CSIRO в 2014 году, с тех пор как его проект «Временный реестр морских и неморских родов» был размещен в инфраструктуре данных Морского института Фландрии (VLIZ) в Бельгии, в котором он продолжает участвовать по состоянию на 2022 год.

Разработка инструментов управления данными

[ редактировать ]
Версия главной страницы OBIS (www.iobis.org), июнь 2004 г., включающая пространственный поиск «нажатием на карту» на основе представления распределения данных в индексе OBIS в виде c-квадратов, разработанного Рисом и реализованного Рисом и Ю. Чжаном.
AquaMap (прогнозируемое распределение, сгенерированное компьютером) для Mola mola , океанической солнечной рыбы, созданное с помощью живого веб-вызова картографа c-squares.
Рис выступает на научном симпозиуме GBIF 2014 г., Нью-Дели, Индия; позади него слайд, иллюстрирующий возможности картографа c-squares «вид глобуса», реализованные для данных из Информационной системы по биоразнообразию океана.

В 2002 году Рис разработал решетчатую систему идентификации « c-квадратов » для единиц географического пространства, к которым можно отнести области научной деятельности в рамках конкретных исследовательских проектов в его агентстве; [ 10 ] Разработав систему для охвата любого масштаба, от глобального до локального, c-squares также хорошо подошел для первоначальной обработки пространственных данных как в OBIS, так и в последующих проектах AquaMaps , в дополнение к ее первоначальной реализации в «MarLIN» CSIRO Fisheries. система метаданных. на основе браузера Обновление программного обеспечения «c-squares Mapper» в 2006 году для создания вращающихся и масштабируемых «видов глобуса» было ранней реализацией виртуального глобуса . [ 11 ] еще до возможной доступности программного обеспечения Google Earth (гораздо более точного) в качестве веб-приложения, адресуемого пользователем.

В 2003–2004 годах Рис отвечал за модернизацию программного обеспечения для поиска и отображения OBIS, использующего оба c-квадрата для быстрого пространственного поиска и картирования полученной информации о распространении морских видов, а также предварительное индексирование всего распределенного контента в центральном центре данных. так что зависимость от живых распределенных запросов к удаленным интегрированным поставщикам данных была устранена; этот редизайн был реализован в производственной версии OBIS в 2004 году. [ 12 ] В то же время он ввел «основную таксономию» для массивов данных ОБИС, основанную на последнем на тот момент (2003 г.) издании «Каталога жизни», с отдельными названиями, помеченными как морские или неморские, поскольку ОБИС хотел раскрыть только морскую информацию. элемент контента, предоставляемый внешними системами, которые не всегда различают записи на основе среды обитания.

Осознавая таксономические пробелы в этой последней попытке, возникшие из-за неполноты тогдашнего Каталога жизни, в 2006 году Рис начал новую компиляцию таксономических данных под названием « Временный реестр морских и неморских родов » (IRMNG), в которой попыталась перечислить все опубликованные виды мира и присвоить им либо морской, либо неморской статус (позже это простое различие было далее разбито на морские/солоноватоводные/пресноводные и наземные состояния), а также флаг «существующий/ископаемый» для использования систем, которые хотели дополнительно различать существующие и ископаемые таксоны. IRMNG, первоначально задуманный как краткосрочный проект по сбору данных, оказался более сложным для завершения, чем первоначально предполагалось, и продолжается до настоящего времени под эгидой сначала CSIRO в Австралии, а затем (с 2016 г.) в Морском институте Фландрии ( Голландский: Vlaams Instituut voor de Zee, VLIZ) в Бельгии. [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ]

IRMNG и Taxamatch, два приложения для информатики биоразнообразия, разработанные Рисом в 2000-2010-х годах.

Дополнительный программный инструмент, разработанный Рисом, представляет собой метод проверки правописания научных названий организмов под названием «Taxamatch», который нацелен на высокую запоминаемость (ни один кандидат не пропустил правильно написанные названия), а также хорошую точность (отклонение «ложных совпадений»), когда входные данные (возможно, с ошибкой) указывается имя, и доступен список правильно написанных имен, по которым его можно проверить. [ 16 ] Впоследствии этот метод был принят в качестве полезной функции в ряде глобальных таксономических баз данных, включая iPlant . Службу разрешения таксономических названий растений [ 17 ] Всемирный реестр морских видов (WoRMS) и десятки отдельных баз данных, входящих в его состав, [ 18 ] заводская база Евро+Мед [ 19 ] и портал EU-NOMEN для инфраструктуры общеевропейских каталогов видов (PESI). [ 20 ] в дополнение к его включению в IRMNG.

За его работу в области информатики биоразнообразия, в том числе в области c-квадратов, OBIS, IRMNG и Taxamatch, Глобальный информационный фонд по биоразнообразию (GBIF) наградил Риса премией Эббе Нильсена 2014 года . [ 21 ] Часть сопроводительной цитаты GBIF за 2014 год гласит:

Уорд Аппельтанс, менеджер ОБИС Межправительственной океанографической комиссии ЮНЕСКО, сказал, что он рад, что труд всей жизни, самоотверженность и настойчивость Риса были вознаграждены этой престижной премией. «Тони Рис успешно объединил два своих увлечения: информатику и биологию, и, обладая правильной интуицией и знаниями, создал решения, которые использовались тысячами ученых во всем мире». [ 21 ]

В течение 2010-х годов Рис был членом глобальной команды «Каталога жизни», принимая участие в дискуссиях относительно текущей функциональности и развития этого проекта. В настоящее время (2021 г.) он является членом группы таксономии Каталога жизни. [ 22 ] Он также был членом международных групп, ответственных за разработку и реализацию проектов AquaMaps (глобальные карты прогнозирования водных организмов), связанных с биоразнообразием, и iPlant TNRS (Служба разрешения таксономических названий), описанных в научной литературе в 2010 и 2013 годах соответственно. [ 23 ] [ 17 ] Глобальные ячейки «c-квадратов» с пятью степенями также использовались в качестве основных единиц отчетности и анализа для первого стандартизированного анализа данных и картирования глобальных морских биогеографических областей, проведенных М. Костелло и др. в 2017 году. [ 24 ] В 2020 году данные IRMNG были использованы для публикации в виде таблицы данных и предоставления сводной статистики по всем известным в мире родам и их синонимам, которые на тот момент хранились в IRMNG. [ 15 ] Между тем, Международный совет по исследованию моря (ICES) совсем недавно использовал c-квадраты в качестве базовой пространственной сетки для управления всеми своими системами мониторинга судов (VMS) и данными рыболовных журналов, а также создал несколько приложений на основе включая «FishFrame» (дополнительную информацию см. в статье C-squares ), а также финансируемый ЕС проект ATLAS Horizon 2020, в рамках которого изучались уязвимые морские экосистемы (УМЭ) в северо-восточной Атлантике. c-квадраты в качестве базовой пространственной сетки для основной структуры данных — индекса VME. [ 25 ]

См. также

[ редактировать ]

Примечания

[ редактировать ]
  1. Семья Риса была склонна к учебе, но не к науке; его мать Фреда Рис (урожденная Беннетт) училась в колледже Святой Хильды в Оксфорде в 1938 году . [ 2 ] а его отец Генри Рис получил докторскую степень. получил степень доктора экономической географии в 1955 году после получения первой степени в Лондонской школе экономики , читал лекции по географии, написал ряд учебников по этому предмету и участвовал на ранних этапах создания Уорикского университета . [ 3 ] [ 4 ]
  2. Гордон Ф. Лидейл, руководитель аспирантуры Риса, ранее был коллегой предыдущего профессора ботаники в Университете Лидса Ирен Мэнтон , чей электронный микроскоп в подвале «Дома ботаники» был постоянным ресурсом для будущих студентов, в том числе Рис и ряд его почти современников.
  1. ^ Запись ORCID: Тони Рис
  2. Вестник Оксфордского университета, 6 февраля 2014 г.: Некрологи, стр. 302
  3. ^ Запись VIAF: Рис, Генри, 1916–2006 гг.
  4. ^ warwick.ac.uk: Некролог: Генри Рис - 1916–2006 гг.
  5. ^ Рис, Энтони Джей-Джей; Лидейл, Гордон Ф.; Смих, Хелена А. (1974). « Paraphysomonas faveolata sp. nov. (Chrysophyceae), четвертый морской вид с сетчатой ​​чешуей тела» . Британский психологический журнал . 9 (3): 273–283. дои : 10.1080/00071617400650331 .
  6. ^ Рис, Энтони Джон Джозеф, 1979. Фитопланктон эвтрофного озера: динамика сообщества и ультраструктурные исследования. Докторская диссертация, Университет Лидса, 152 стр. Доступно онлайн по адресу https://etheses.whiterose.ac.uk/153/ .
  7. ^ Лорд, Арканзас; Купер, МКЭ; Корбетт, ШИМ; Фуллер, Нью-Йорк; Роусон, PR; Рис, А.Дж. (1987). « Микробиостратиграфия волжского яруса (верхняя юра), река Волга, СССР». Новый ежегодник по геологии и палеонтологии - ежемесячные выпуски . 1987 (10): 577–605. дои : 10.1127/njgpm/1987/1987/577 .
  8. ^ Финни, Ким и Рис, Тони, 2000. «Деятельность по управлению метаданными и данными в CSIRO Marine Research, Австралия». в: Хискок, К. (ред.) Использование морской биологической информации в эпоху электронных технологий. Материалы конференции, состоявшейся 19–21 июля 1999 г. Периодические публикации. Морская биологическая ассоциация Соединенного Королевства, 7: стр. 35–4. Доступно по адресу http://www.vliz.be/en/imis?module=ref&refid=338963.
  9. ^ OBIS Australia: О нас (архивная версия, апрель 2013 г.)
  10. ^ Рис, Тони (2003). « C-квадраты, новая система пространственной индексации и ее применимость к описанию наборов океанографических данных» . Океанография . 16 (1): 11–19. дои : 10.5670/oceanog.2003.52 .
  11. ^ «Справка по картографу C-квадратов» . CSIRO Морские и атмосферные исследования . Проверено 21 сентября 2021 г.
  12. ^ Рис, Тони и Чжан, Фиби. 2007. «Развитие концепций архитектуры и функциональности OBIS, океанической биогеографической информационной системы» . в Vanden Berghe, E. et al. (ред.) Труды информатики океанического биоразнообразия: международная конференция по управлению данными о морском биоразнообразии Гамбург, Германия, 29 ноября - 1 декабря 2004 г. Отчет о семинаре МОК, 202, Специальная публикация VLIZ 37: стр. 167-176. (PLEN-18) -03)]. Издательское бюро Европейского Союза, Люксембург, 95 стр. ISBN   978-92-79-98374-0 , дои : 10.2760/335280
  13. ^ Рис, Тони (2008). «18.8. IRMNG — Временный реестр морских и неморских видов» (PDF) . Труды TDWG . 2008 : 72–73.
  14. ^ Рис, Тони; Вандепитт, Лин; Декок, Вим; Ванхоорн, Барт (2017). «IRMNG 2006–2016: 10 лет глобальной таксономической базы данных» . Информатика биоразнообразия . 12 : 1–44. дои : 10.17161/bi.v12i0.6522 .
  15. ^ Jump up to: а б Рис, Тони; Вандепитт, Лин; Ванхоорн, Барт; Декок, Вим (2020). «Все роды мира: обзор и оценки на основе выпуска Временного реестра морских и неморских родов (IRMNG) за март 2020 года» . Мегатакса . 1 (2): 123–140. дои : 10.11646/мегатакса.1.2.3 .
  16. ^ Рис, Тони (2014). «Taxamatch, алгоритм близкого («нечеткого») сопоставления научных названий в таксономических базах данных» . ПЛОС ОДИН . 9 (9): е107510. Бибкод : 2014PLoSO...9j7510R . дои : 10.1371/journal.pone.0107510 . ПМК   4172526 . ПМИД   25247892 .
  17. ^ Jump up to: а б Бойл, Брэд; Хопкинс, Николь; Лу, Чжэньюань; и др. (2013). «Служба разрешения таксономических названий: онлайн-инструмент для автоматизированной стандартизации названий растений» . БМК Биоинформатика . 14:16 . дои : 10.1186/1471-2105-14-16 . ПМЦ   3554605 . ПМИД   23324024 . S2CID   2731008 .
  18. ^ Вандепитт, Лин; Ванхоорн, Барт; Декок, Вим; и др. (2018). «Десятилетие Всемирного регистра морских видов – общие выводы и опыт группы управления данными: где мы находимся, что мы узнали и как нам продолжать?» . ПЛОС ОДИН . 13 (4): e0194599. Бибкод : 2018PLoSO..1394599V . дои : 10.1371/journal.pone.0194599 . ПМК   5889062 . ПМИД   29624577 .
  19. ^ Euro +Med PlantBase - информационный ресурс по разнообразию растений Евро-Средиземноморья,
  20. ^ http://www.eu-nomen.eu : Инструмент PESI Taxon Match . По состоянию на 15 августа 2021 г.
  21. ^ Jump up to: а б «Тони Рис из CSIRO назван лауреатом премии Эббе Нильсена 2014 года» . ГБИФ . Проверено 10 декабря 2018 г.
  22. ^ Каталог жизни: Управление COL . По состоянию на 15 августа 2021 г.
  23. ^ Готов, Джонатан; Кашнер, Кристин; Саут, Энди Б.; и др. (2010). «Прогнозирование распространения морских организмов в глобальном масштабе». Экологическое моделирование . 221 (3): 467–478. doi : 10.1016/j.ecolmodel.2009.10.025 .
  24. ^ Костелло, Марк Дж.; Цай, Питер; Вонг, Пуй Шань; и др. (2017). «Морские биогеографические области и эндемичность видов» . Природные коммуникации . 8 (1): 1057. Бибкод : 2017NatCo...8.1057C . дои : 10.1038/s41467-017-01121-2 . ПМЦ   5648874 . ПМИД   29051522 .
  25. ^ Тернер, Филип Дж.; Джанни, Мэтью; Кенчингтон, Эллен; Валанко, Себастьян; Джонсон, Дэвид Э. (2021). «Новая научная информация может помочь в оценке правил ЕС по глубоководному рыболовству». Международный журнал морского и прибрежного права . 36 (4): 627–646. дои : 10.1163/15718085-bja10074 . S2CID   240257476 .
[ редактировать ]
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 81a936f6040510227b0027fdd7007c32__1717003680
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/81/32/81a936f6040510227b0027fdd7007c32.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Tony Rees (scientist) - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)