iPlant Совместная работа
 | |
Тип сайта | Научная поддержка |
|---|---|
| Доступно в | Английский |
| URL-адрес | циверс |
| Коммерческий | Нет |
| Запущен | 2008 |
iPlant Collaborative , переименованная в Cyverse в 2017 году, представляет собой виртуальную организацию , созданную в рамках соглашения о сотрудничестве , финансируемого Национальным научным фондом США (NSF), для создания киберинфраструктуры для наук о растениях ( ботаника ). [1] NSF сравнил киберинфраструктуру с физической инфраструктурой , «... распределенными компьютерными , информационными и коммуникационными технологиями в сочетании с персоналом и интегрирующими компонентами, которые обеспечивают долгосрочную платформу для расширения возможностей современных научных исследований». [2] В сентябре 2013 года было объявлено, что Национальный научный фонд продлил финансирование iPlant на второй пятилетний срок с расширением охвата всех исследований в области наук о жизни, не связанных с человеком. [3]
Проект разрабатывает вычислительные системы и программное обеспечение, которые объединяют вычислительные ресурсы, такие как TeraGrid , и программное обеспечение для биоинформатики и вычислительной биологии . Его цель — облегчить сотрудничество между исследователями за счет улучшения доступа к данным и эффективности их обработки. В первую очередь сосредоточен в Соединенных Штатах, он сотрудничает на международном уровне.
История
[ редактировать ]Биология все больше и больше полагается на компьютеры. [4] Биология растений меняется с появлением новых технологий. [5] С появлением биоинформатики , вычислительной биологии , секвенирования ДНК , географических информационных систем и других технологий компьютеры могут оказать большую помощь исследователям , изучающим жизнь растений , ищущим решения проблем в медицине , биотопливе , биоразнообразии , сельском хозяйстве и таких проблемах , как устойчивость к засухе , селекция растений и устойчивое развитие . сельское хозяйство . [6] Многие из этих проблем выходят за рамки традиционных дисциплин, и необходимо содействие сотрудничеству между учеными-растоводителями разного происхождения и специальностей. [6] [7] [8]
В 2006 году NSF запросил предложения по созданию «нового типа организации - совместной киберинфраструктуры для науки о растениях» с программой под названием «Совместная киберинфраструктура науки о растениях» (PSCIC) с Кристофером Гриром в качестве директора программы. [9] Предложение было принято (принято соглашение об использовании слова «Совместная работа» в качестве существительного), и 1 февраля 2008 года iPlant был официально создан. [1] [9] Финансирование оценивалось в 10 миллионов долларов в год в течение пяти лет. [10]
Ричард Йоргенсен руководил командой на этапе подачи заявки и был главным исследователем (PI) с 2008 по 2009 год. [10] Грегори Эндрюс, Вики Чендлер, Судха Рам и Линкольн Штайн выполняли функции соруководителей следователей (со-PI) с 2008 по 2009 год. В конце 2009 года Стивен Гофф был назначен PI, а Дэниел Станционе был назначен со-PI. [1] [11] [12] По состоянию на май 2014 года Co-PI Stanzione был заменен четырьмя новыми Co-PI: Дорин Уэр из Колд-Спринг-Харбор, Нирав Мерчант и Эрик Лайонс из Университета Аризоны, а также Мэтью Вон из Техасского вычислительного центра. [13]
Проект iPlant поддерживает то, что называется электронной наукой , то есть использование технологий информационных систем, которые принимаются исследовательским сообществом в таких проектах, как Национальный центр экологического анализа и синтеза (NCEAS), ELIXIR, [14] и проект «Бамбуковые технологии», начавшийся в сентябре 2010 года. [15] [16] iPlant «предназначен для создания основы для поддержки вычислительных потребностей исследовательского сообщества и содействия прогрессу в решении основных проблем биологии растений». [6] [17]
Проект работает как коллаборация . Он ищет информацию от более широкого сообщества ученых о растениях о том, что строить. [18] Благодаря этим данным стало проще использовать большие наборы данных. [19] создала исследовательскую среду, управляемую сообществом, для обмена существующими коллекциями данных в пределах области исследований и между областями исследований. [20] и передает данные для отслеживания происхождения . [21] [22] Одной из моделей сотрудничества, которую изучали, была Arc.Ask3.Ru . [23] [24]
В нескольких недавних наградах Национального научного фонда iPlant прямо упоминался в своих описаниях либо как шаблон проектирования, которому нужно следовать, либо как соавтор, с которым получатель будет работать. [25]
Учреждения
[ редактировать ]Основным учреждением проекта iPlant является Университет Аризоны , расположенный на территории Института BIO5 в Тусоне . [26] С момента ее создания в 2008 году персонал работал в других учреждениях, включая Лабораторию Колд-Спринг-Харбор , Университет Северной Каролины в Уилмингтоне и Техасский университет в Остине в Техасском вычислительном центре . [27] Университет Пердью и Университет штата Аризона были частью первоначальной проектной группы. [10]
Другие сотрудничающие учреждения, получившие поддержку от iPlant в своей работе над «Большим вызовом» в области филогенетики, начиная с марта 2009 года, включали Йельский университет , Университет Флориды и Университет Пенсильвании . [27] Группу по эволюции черт возглавили в Университете Теннесси . [28] провела семинар по визуализации с использованием iPlant В 2011 году компания Virginia Tech . [29]
NSF требует, чтобы субподряды на финансирование оставались в Соединенных Штатах, но международное сотрудничество началось в 2009 году с Техническим университетом Мюнхена. [27] и Университет Торонто в 2010 году. [29] [30] East Main Evaluation & Consulting обеспечивает внешний надзор, консультации и помощь. [31]
Услуги
[ редактировать ]Проект iPlant делает свою киберинфраструктуру доступной несколькими различными способами и предлагает услуги, которые сделают ее доступной для основной аудитории. Проект должен был развиваться в соответствии с потребностями исследовательского сообщества, которому он служит. [6]
Среда открытий
[ редактировать ]Discovery Environment интегрирует рекомендованные сообществом программные инструменты в систему, которая может обрабатывать терабайты данных с использованием высокопроизводительных суперкомпьютеров для гораздо более быстрого выполнения этих задач. Он имеет интерфейс, предназначенный для того, чтобы скрыть от конечного пользователя сложность, необходимую для этого. Цель заключалась в том, чтобы сделать киберинфраструктуру доступной для нетехнических конечных пользователей, которым неудобно пользоваться интерфейсом командной строки . [6] [32]
Базовые API iPlant
[ редактировать ]Набор интерфейсов прикладного программирования (API) для разработчиков обеспечивает доступ к сервисам iPlant, включая аутентификацию, управление данными, высокопроизводительные суперкомпьютерные ресурсы из специального программного обеспечения местного производства. [6] [33]
Атмосфера
[ редактировать ]Атмосфера — это платформа облачных вычислений , которая обеспечивает легкий доступ к предварительно сконфигурированным, часто используемым процедурам анализа, соответствующим алгоритмам и наборам данных, а также позволяет выполнять задачи биоинформатики с интенсивным использованием вычислений и данных. [6] Он использует платформу виртуализации Eucalyptus . [34] [35]
Семантическая сеть iPlant
[ редактировать ]Проект iPlant Semantic Web использует созданную iPlant архитектуру, протокол и платформу под названием Simple Semantic Web Architecture and Protocol ( SSWAP ) для создания семантических веб , ориентированной на науку о растениях -связей с использованием онтологии . [6] [36] [37] SSWAP основан на понятии веб-сервисов RESTful с онтологией, основанной на языке веб-онтологий (OWL). [38] [39]
Служба разрешения таксономических имен
[ редактировать ]
Служба разрешения таксономических названий (TNRS) — бесплатная утилита для исправления и стандартизации названий растений. Это необходимо, поскольку названия растений, написанные с ошибками, устаревшие (поскольку предпочтителен более новый синоним) или неполные, затрудняют использование компьютеров для обработки больших списков. [6] [40] [41]
Мой-Завод
[ редактировать ]My-Plant.org — это сообщество социальных сетей , в котором биологи растений, преподаватели и другие люди собираются вместе, чтобы делиться информацией и проводить исследования, сотрудничать и отслеживать последние достижения в области науки о растениях. [6] [42] Сеть My-Plant использует терминологические клады для группировки пользователей аналогично филогенетике самих растений. [42] Он был реализован с использованием Drupal в качестве системы управления контентом . [42]
ДНК Метро
[ редактировать ]Веб-сайт DNA Subway использует графический пользовательский интерфейс (GUI) для создания аннотаций последовательностей ДНК , исследования геномов растений на предмет членов семейств генов и транспозонов и проведения филогенетического анализа. Оно делает анализ ДНК высокого уровня доступным для преподавателей и студентов, упрощая рабочие процессы аннотирования и сравнительной геномики . [6] [43] Он был разработан для iPlant Центром обучения ДНК Долана . [44] [45]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с «Полное предложение PSCIC: Совместная работа iPlant: сообщество, ориентированное на киберинфраструктуру, для новой биологии растений» . Аннотация к премии № 0735191 . Национальный научный фонд. 22 августа 2011 года . Проверено 21 сентября 2011 г.
- ^ Революция в науке и технике посредством киберинфраструктуры: отчет Консультативной группы Blue-Ribbon Национального научного фонда по киберинфраструктуре . Национальный научный фонд. 15 января 2003 года . Проверено 18 сентября 2011 г.
- ^ Объявление о продлении на новостном веб-сайте iPlant http://news.iplantcollaborative.org/?p=212 . Проверено 27 мая 2014 г.
{{cite web}}: Отсутствует или пусто|title=( помощь ) - ^ Штейн, Линкольн (сентябрь 2008 г.). «На пути к киберинфраструктуре для биологических наук: прогресс, видение и проблемы». Обзоры природы Генетика . 9 (9): 678–688. дои : 10.1038/nrg2414 . ПМИД 18714290 . S2CID 339653 .
- ^ Дилворт, Мачи Ф (2009). «Перспектива: биология растений — тихий пионер» . Биотехнология растений . 26 (2): 183–187. doi : 10.5511/plantbiotechnology.26.183 .
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к Гофф, Стивен А.; и др. (2011). «Сотрудничество iPlant: Киберинфраструктура для биологии растений» . Границы в науке о растениях . 2 : 34. doi : 10.3389/fpls.2011.00034 . ISSN 1664-462X . ПМЦ 3355756 . ПМИД 22645531 .
- ^ Уолш, Лоррейн; Хан, Питер Э. (2010), Совместная работа в сфере высшего образования: социальная академия , Нью-Йорк: Routledge, с. 37, ISBN 978-0-415-99167-4
- ^ Питер Арцбергер (24 марта 2010 г.). «Биологические науки и киберинфраструктура 21 века» (PDF) . Презентация Коалиции академических научных вычислений . Проверено 29 сентября 2011 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Сотрудничество по киберинфраструктуре растениеводства (PSCIC)» . Заявка на участие в программе 06-594 . Национальный научный фонд. 30 ноября 2006 года . Проверено 21 сентября 2011 г.
- ^ Перейти обратно: а б с «Национальный научный фонд выделяет 50 миллионов долларов на совместный проект по биологии растений для решения более важных научных вопросов» . Выпуск новостей . Национальный научный фонд. 30 января 2008 года . Проверено 21 сентября 2011 г.
- ^ «Стивен Гофф, доктор философии». Страница биографии сотрудников с веб-сайта iPlant . Архивировано из оригинала 28 ноября 2011 года . Проверено 21 сентября 2011 г.
- ^ «Дэн Станционе, доктор философии». Страница биографии сотрудников с веб-сайта Техасского вычислительного центра . Проверено 21 сентября 2011 г.
- ^ «Лидерство» . Лидерская страница с сайта iPlant . Проверено 27 мая 2014 г.
- ^ «ЭЛИКСИР: Данные для жизни» . Официальный веб-сайт . Кампус Wellcome Trust Genome, Хинкстон, Кембриджшир, Великобритания: EMBL-Европейский институт биоинформатики . Проверено 28 сентября 2011 г.
- ^ «О бамбуке» . Сайт проекта «Бамбук» . Архивировано из оригинала 9 октября 2011 года . Проверено 27 сентября 2011 г.
- ^ Браун, Сьюзен; Тэтчер, Шерри (2011). «Факторы, влияющие на принятие и непринятие киберинфраструктуры исследовательским сообществом» . Материалы Тихоокеанской азиатской конференции по информационным системам . ISBN 978-1-86435-644-1 .
- ^ Стив Гофф (18 сентября 2008 г.). «Сотрудничество iPlant: сообщество ученых, занимающихся растениями и компьютерными технологиями, ориентированное на киберинфраструктуру» (PDF) . Новая презентация симпозиума фитологов . Архивировано из оригинала (PDF) 22 апреля 2012 года . Проверено 29 сентября 2011 г.
- ^ Хайди Ледфорд (24 июня 2009 г.). «Киберинфраструктура: дайте мне данные» . Природа . 459 (7250): 1047–1049. дои : 10.1038/4591047а . ПМИД 19553968 .
Программа iPlant была разработана, чтобы предоставить ученым-растителям новую информационную инфраструктуру. Но сначала им нужно было решить, чего они хотят...
- ^ Джордан, Крис; Станционе, Дэн; Уэр, Дорин; Лу, Джерри; Ноутсос, Христос (2010). «Комплексная инфраструктура данных для биоинформатики растений» (PDF) . Международная конференция IEEE по кластерным вычислениям, семинары и плакаты 2010 г. (CLUSTER WORKSHOPS) . стр. 1–5. дои : 10.1109/CLUSTERWKSP.2010.5613093 . ISBN 978-1-4244-8395-2 . S2CID 2278398 .
- ^ Мур, Рейган В.; и др. (19 мая 2009 г.). «Распределенные системы управления данными на основе политик» . 4-я Международная конференция по открытым репозиториям . Технологический институт Джорджии . Проверено 28 сентября 2011 г.
- ^ Рам, Судха; Цзюнь Лю (2010). «Управление происхождением в биологических науках». Достижения в концептуальном моделировании – приложения и проблемы . Достижения в области концептуального моделирования, приложения и проблемы. Том. 6413. Шпрингер Берлин/Гейдельберг. стр. 54–64. дои : 10.1007/978-3-642-16385-2_8 . ISBN 978-3-642-16384-5 .
- ^ Браун, Сьюзен А.; Тэтчер, Шерри; Данг, Ян (2010). «Управление знаниями в меняющемся научном ландшафте: влияние киберинфраструктуры». 2010 г. 43-я Гавайская международная конференция по системным наукам . стр. 1–10. дои : 10.1109/HICSS.2010.263 . ISBN 978-1-4244-5509-6 . S2CID 1132763 .
- ^ Томас Венекласен (11 марта 2010 г.). «Кто что делает в Википедии?» . е! Новости науки . Проверено 29 сентября 2011 г.
- ^ Цзюнь Лю; Судха Рам (декабрь 2009 г.). «Кто что делает: модели сотрудничества в Википедии и их влияние на качество данных». 19-й семинар по информационным технологиям и системам : 175–180. ССНН 1565682 .
- ^ «Поиск награды — информация о лауреатах» . Поиск по сайту НФС . Национальный научный фонд . Проверено 28 сентября 2011 г. См. тезисы премий №0849861, №0923975, №0940841, №0953184, №1027542, №1031416, №1032105, №1126481, №1126998.
- ^ «Исследовательская группа под руководством UA получила 50 миллионов долларов на решение грандиозных задач биологии растений» . Выпуск новостей . Университет Аризоны. 30 января 2008 года . Проверено 23 сентября 2011 г.
- ^ Перейти обратно: а б с «iPlant продвигается вперед в рамках сотрудничества в рамках грандиозных задач» . Листовка iPlant . Том. 09–2. 9 апреля 2009 года . Проверено 25 сентября 2011 г.
- ^ «Эволюция качеств» . Веб-сайт iPlant . Проверено 25 сентября 2011 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Мастерская интеграции и визуализации» . Листовка iPlant . Том. 11–2. 8 июня 2011 года . Проверено 25 сентября 2011 г.
- ^ «Компьютеры для жизни: ученые полагаются на передовые компьютеры, чтобы лучше понять эволюцию, открытие лекарств и генетику» . Техасский университет в Остине. 31 мая 2010. Архивировано из оригинала 2 октября 2011 года . Проверено 25 сентября 2011 г.
- ^ «Текущие проекты» . сайт ЕМЕС . Проверено 21 февраля 2013 г.
- ^ Мэтью Хельмке (19 августа 2011 г.). «Среда обнаружения iPlant» . Руководство по среде обнаружения 0.4 . Проверено 28 сентября 2011 г.
- ^ Дули, Рион (19 июля 2011 г.). «API, чтобы накормить мир» . TeraGrid 2011: экстремальное цифровое открытие . Солт-Лейк-Сити, Юта. Архивировано из оригинала (PDF) 19 сентября 2012 года . Проверено 28 сентября 2011 г.
- ^ Сын Джин, Ким; и др. (1 ноября 2010 г.). «Облегчение доступа к специализированной вычислительной инфраструктуре для наук о растениях: облачный фронт атмосферы» (PDF) . 2-я Международная конференция IEEE по технологиям и науке облачных вычислений . Индианаполис, Индиана . Проверено 28 сентября 2011 г.
- ^ Хуан Антонио Райгоса Гарай; Соня Лоури; Джон Регглсворт (3 мая 2011 г.). «Возможность исследований в области наук о растениях с помощью iPlant Discovery Environment и Condor» (PDF) . Презентация Недели Кондора . Факультет компьютерных наук Университета Висконсина . Проверено 28 сентября 2011 г.
- ^ Гесслер, Д.Д.; и др. (23 сентября 2009 г.). «SSWAP: простая семантическая веб-архитектура и протокол для семантических веб-сервисов» . БМК Биоинформатика . 10 (309): 309. дои : 10.1186/1471-2105-10-309 . ПМК 2761904 . ПМИД 19775460 .
- ^ Нельсон, RT; и др. (4 июня 2010 г.). «Приложения и методы, использующие простую семантическую веб-архитектуру и протокол (SSWAP) для обнаружения ресурсов биоинформатики и интеграции разрозненных данных и услуг» . Добыча биоданных . 3 (1): 3. дои : 10.1186/1756-0381-3-3 . ПМЦ 2894815 . ПМИД 20525377 .
- ^ Паутассо, Чезаре; Уайльд, Эрик; Аларкон, Роза (4 декабря 2013 г.). ОТДЫХ: Темы перспективных исследований и практическое применение . Springer Science & Business Media. стр. 76–77. ISBN 9781461492993 . Проверено 27 июня 2016 г.
- ^ Баррос, Алистер; Оберле, Дэниел (2 марта 2012 г.). Справочник по описанию услуг: USDL и его методы . Springer Science & Business Media. п. 169. ИСБН 9781461418641 . Проверено 27 июня 2016 г.
- ^ Нарро, Марта Л.; и др. (август 2011 г.). «TNRS: служба разрешения таксономических названий растений» . Биология растений . Миннеаполис. Архивировано из оригинала 16 мая 2011 года . Проверено 14 сентября 2011 г.
- ^ Джон Уитфилд (13 июня 2011 г.). «Проверка орфографии видов исправляет сбои в растениях: онлайн-инструмент должен отсеивать орфографические ошибки и дублирования» . Природа . 474 (7351): 263. дои : 10.1038/474263a . ПМИД 21677719 .
- ^ Перейти обратно: а б с Хэнлон, Мэтью Р.; Мок, Стивен; Нутулапати, Правин; Гонсалес, Майкл Б.; Солтис, Памела; Солтис, Дуглас; Маджуре, Лукас К.; Пэйтон, Адам; Мишлер, Брент; Трамбле, Сьюзен; Мэдсен, Томас; Олмстед, Ричард; МакКорт, Ричард; Войцеховский, Мартин; Купец, Нирав (2010). «My-Plant.org: филогенетически структурированная социальная сеть». 2010 Семинар по шлюзовым вычислительным средам (GCE) . стр. 1–8. дои : 10.1109/GCE.2010.5676118 . ISBN 978-1-4244-9751-5 . S2CID 12621375 .
- ^ Шеффер, Мэри; и др. (2011). «MaizeGDB: курирование и информационно-просветительская работа идут рука об руку» . База данных: Журнал биологических баз данных и курирования . 2011 . Издательство Оксфордского университета: bar022. дои : 10.1093/база данных/bar022 . ПМК 3104940 . ПМИД 21624896 .
- ^ «ДНК-метро: быстрый путь к аннотации генов и анализу генома» . Учебного центра ДНК Долана Веб-сайт . Проверено 29 сентября 2011 г.
- ^ Уве Хильгерт (9 июля 2011 г.). «Метро ДНК позволяет студентам ускорить анализ генома растений и штрих-кодирование ДНК» . Ботаника 2011: Исцеление планеты (мастер-класс) . Проверено 29 сентября 2011 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]- «iPlant Collaborative, переименованный в CyVerse» . Официальный сайт . Проверено 22 мая 2017 г.
- «Служба разрешения таксономических имен» . Официальный сайт . Проверено 22 мая 2017 г.
- «Мой-Plant.org» . Филогенетически обоснованная социальная сеть для наук о растениях . iPlant Совместная работа. Архивировано из оригинала 13 октября 2011 года . Проверено 28 сентября 2011 г.
- «Ускоренный путь к аннотации генов и анализу генома - ДНК-метро» . Сайт инструментов . iPlant Совместная работа . Проверено 21 сентября 2011 г.