Цитобацилла
| Цитобацилла | |
|---|---|
| |
| Cytobacillus Firmus (ранее Bacillus Firmus) на чашке с агаром | |
| Научная классификация | |
| Домен: | |
| Тип: | |
| Сорт: | |
| Заказ: | |
| Семья: | |
| Род: | Цитобактерии Патель и Гупта 2020
|
| Разновидность | |
Информация на основе ЛПСН 2021 | |
Cytobacillus — род палочковидных бактерий, окрашивающих либо грамположительные , либо грамвариабельные бактерии семейства Bacillaceae порядка Bacillales . [ 1 ] [ 2 ] Типовым видом этого рода является Cytobacillus Firmus . [ 1 ]
Члены этого рода были выделены из Bacillus рода после того, как сравнительные исследования геномики установили, что они существенно отличаются по филогенетическим показателям от Bacillus subtilis , типового вида рода Bacillus . [ 1 ] [ 3 ] Род Bacillus уже давно находится под пристальным вниманием научного сообщества из-за его полифилетической природы, демонстрирующей множество различных монофилетических группировок на различных филогенетических деревьях внутри рода. [ 2 ] [ 4 ] [ 5 ] Кроме того, хотя виды Bacillus обладают разнообразным спектром биохимических характеристик, не существует уникальной характеристики, которую можно было бы использовать для надежного отличия всех видов Bacillus от других бактерий. [ 6 ] Многие исследования использовали филогенетический и сравнительный геномный анализ как средство выяснения сложных таксономических отношений внутри Bacillus , что привело к переводу многих видов в новые роды, такие как Alkalihalobacillus , [ 1 ] Виригибацилла , [ 7 ] BrevibacillusБревибацилла [ 8 ] солибациллы [ 9 ] и Эванселла . [ 3 ] Кроме того, род Bacillus был ограничен включением только видов, тесно связанных с Bacillus subtilis и Bacillus cereus . [ 1 ] [ 3 ]
Название Cytobacillus можно разделить на префикс «cyto-» (от греческого существительного kytos , обозначающего полость, сосуд, банку или клетку в биологии) и суффикс «-bacillus» (от латинского существительного bacillus , обозначающего небольшой посох или палочка и Bacillus, род бактерий). Вместе Cytobacillus относится к палочковидной клетке.
Биохимические характеристики и молекулярные подписи
[ редактировать ]Представители Cytobacillus могут быть аэробными или факультативно анаэробными . Было замечено, что у всех изученных видов этого рода образуются эндоспоры в неблагоприятных условиях окружающей среды или питания. Цитобациллы могут быть изолированы и обнаружены в самых разных местах: от природных мест (почва, морские отложения), живых организмов (кишечник человека, дождевой червь) до участков фармацевтического производства. Большинство видов подвижны, а некоторые способны переносить умеренные засоленные условия и среду с высокой щелочностью. Хотя виды Cytobacillus могут расти при температуре 10–45°C, оптимальный рост происходит в диапазоне 25–37°C. [ 1 ]
Три консервативные сигнатурные индели (CSI) были идентифицированы как общие для большинства/всех представителей Cytobacillus в следующих белках: белке, содержащем домен PDZ, гистидинолдегидрогеназе и факторе сопряжения репарации транскрипции . [ 1 ] Эти CSI были идентифицированы посредством анализа последовательностей генома видов Cytobacillus и обеспечивают новые молекулярные средства для дифференциации этого рода от других родов Bacillaceae .
Таксономия
[ редактировать ]насчитывается в общей сложности 13 видов с действительно опубликованными названиями По состоянию на май 2021 года в роду Cytobacillus . [ 10 ] Наблюдается, что члены Cytobacillus группируются в монофилетическую кладу на филогенетических деревьях, созданных на основе различных наборов данных консервативных белков, а также последовательностей генома 16S рРНК. [ 1 ] Эта модель ветвления также наблюдается в базе данных таксономии генома (GTDB). [ 11 ]
В дополнение к этим видам с опубликованными названиями было замечено, что несколько недействительно опубликованных видов («Bacillus dabaoshanensis», «Bacillus dafuensis», «Bacillus Massiliogabonensis» и «Bacillus mesophilum») разветвляются с другими видами Cytobacillus и имеют общие молекулярные маркеры ( в виде сохранившихся сигнатурных инделей ) исключительно уникальны для этого рода. [ 3 ] Однако отсутствие информации о культурных штаммах помешало переводу этих видов в род. Важно отметить, что по мере того, как становится доступной информация о геноме и штамме, необходимо проводить дополнительный анализ этих классификаций для учета любых необходимых поправок.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и ж г час Патель, Судип; Гупта, Рэдхи С. (01 января 2020 г.). «Филогеномная и сравнительная геномная основа для решения полифилии рода Bacillus: предложение для шести новых родов видов Bacillus, Peribacillus gen. nov., Cytobacillus gen. nov., Mesobacillus gen. nov., Neobacillus gen. nov., Metabacillus gen. ноябрь и Alkalihalobacillus gen . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (1): 406–438. дои : 10.1099/ijsem.0.003775 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 31617837 .
- ^ Jump up to: а б Бреннер, Дон Дж.; Криг, Ноэль Р.; Стейли, Джеймс Т.; Гаррити, Джордж М.; Бун, Дэвид Р.; Де Вос, Пол; Гудфеллоу, Майкл; Рейни, Фред А.; Шляйфер, Карл-Хайнц, ред. (2005). Руководство Берджи® по систематической бактериологии . дои : 10.1007/0-387-28022-7 . ISBN 978-0-387-24144-9 .
- ^ Jump up to: а б с д Гупта, Рэдхи С.; Патель, Судип; Шайни, Навнеет; Чен, Шу (01 ноября 2020 г.). «Надежное разграничение 17 различных клад видов Bacillus, предложенных как новые роды Bacillaceae, с помощью филогеномики и сравнительного геномного анализа: описание Robertmurraya kyonggiensis sp. nov. и предложение по исправленному роду Bacillus, ограничивающему его только членами клад Subtilis и Cereus. видов» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5753–5798. дои : 10.1099/ijsem.0.004475 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 33112222 .
- ^ Логан, Северная Каролина (20 декабря 2011 г.). «Бациллы и их родственники при болезнях пищевого происхождения» . Журнал прикладной микробиологии . 112 (3): 417–429. дои : 10.1111/j.1365-2672.2011.05204.x . ISSN 1364-5072 . ПМИД 22121830 .
- ^ Герцог, Майрон Т.; Сатоми, Масатака; Агата, Норио; Венкатешваран, Кастури (март 2004 г.). «gyrB как филогенетический дискриминатор членов группы Bacillus anthracis-cereus-thuringiensis» . Журнал микробиологических методов . 56 (3): 383–394. дои : 10.1016/j.mimet.2003.11.004 . ISSN 0167-7012 . ПМИД 14967230 .
- ^ Эш, Кэрол; Фэрроу, Джей; Уоллбэнкс, Салли; Коллинз, доктор медицины (28 июня 2008 г.). «Филогенетическая гетерогенность рода Bacillus, выявленная путем сравнительного анализа последовательностей малых субъединиц-рибосомальных РНК» . Письма по прикладной микробиологии . 13 (4): 202–206. дои : 10.1111/j.1472-765x.1991.tb00608.x . ISSN 0266-8254 . S2CID 82988953 .
- ^ Хейндрикс, М.; Леббе, Л.; Керстерс, К.; Хост, Б.; Де Вахтер, Р.; Де Вос, П.; Форсайт, Г.; Логан, Северная Каролина (1 июля 1999 г.). «Предложение Virgibacillus proomii sp. nov. и исправленное описание Virgibacillus pantothenticus (Proom and Knight 1950) Heyndrickx et al. 1998» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 49 (3): 1083–1090. дои : 10.1099/00207713-49-3-1083 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 10425765 .
- ^ Шида, О.; Такаги, Х.; Кадоваки, К.; Комагата, К. (1 октября 1996 г.). «Предложение по двум новым родам: Brevibacillus gen. nov. и Aneurinibacillus gen. nov .» Международный журнал систематической бактериологии . 46 (4): 939–946. дои : 10.1099/00207713-46-4-939 . ISSN 0020-7713 . ПМИД 8863420 .
- ^ Муал, Пунам; Сингх, Нитин Кумар; Верма, Ашиш; Шуман, Питер; Кришнамурти, Шринивасан; Дастагер, Сайед; Майилрадж, Шанмугам (01 мая 2016 г.). «Реклассификация Bacillus isronensis Shivaji et al. 2009 в Solibacillus isronensis com. nov. и исправленное описание рода Solibacillus Кришнамурти и др. 2009» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 66 (5): 2113–2120. дои : 10.1099/ijsem.0.000982 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 26907585 .
- ^ «Род: Цитобактерии» . lpsn.dsmz.de. Проверено 20 мая 2021 г.
- ^ «ГТДБ – Дерево» . gtdb.ecogenomic.org . Проверено 25 мая 2021 г.