алкалигалобациллы

алкалигалобациллы
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Бациллота
Сорт:	Бациллы
Заказ:	Бациллы
Семья:	Бацилловые
Род:	алкалигалобациллы ; Патель и Гупта 2020
Разновидность
	Посмотреть текст ;

Alkalihalobacillus — род грамположительных или грамвариабельных палочковидных бактерий семейства Bacillaceae из отряда Bacillales . ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} Типовой вид этого рода — Alkalihalobacillus alcalophilus . ^{[ 4 ]}

Этот род включает виды, ранее принадлежавшие к роду Bacillus , роду, который, как было признано, демонстрирует обширную полифилию и филогенетическую гетерогенность из-за расплывчатых критериев. ^{[ 5 ]} (например, способность образовывать эндоспоры в присутствии кислорода) ^{[ 6 ]} ранее использовался для отнесения видов к этой кладе. Многочисленные исследования с использованием сравнительного филогенетического анализа были опубликованы в попытке прояснить эволюционные отношения между видами Bacillus , что привело к созданию многочисленных новых родов, таких как Alkalihalobacillus , Brevibacillus , Solibacillus , Alicyclobacillus и Virgibacillus . ^{[ 2 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}^{[ 10 ]} Род Bacillus в настоящее время ограничен видами, тесно связанными с Bacillus subtilis и Bacillus cereus . ^{[ 2 ]}^{[ 11 ]}

Название Alkalihalobacillus состоит из приставки «алкали-» (от арабского артикля и существительного аль галий, что переводится как «зола солянки»), приставки «гало-» (от греческого существительного hals/halos, означающего соль). ) и с суффиксом «-bacillus» (от латинского существительного bacillus, обозначающего «маленький посох или стержень» и Bacillus, бактериального рода). Вместе это название относится к бациллам, живущим в соленых или щелочных условиях или в соленых и щелочных условиях. ^{[ 2 ]}

Таксономия

По состоянию на май 2021 года этот род насчитывает в общей сложности 44 вида, 39 из которых были официально опубликованы и имели устоявшиеся названия. ^{[ 4 ]} Этот род был идентифицирован как монофилетическая клада и филогенетически не связанный с другими видами Bacillus в исследованиях, изучающих таксономические отношения внутри Bacillus . ^{[ 2 ]} Эта модель ветвления также наблюдается в базе данных таксономии генома (GTDB). ^{[ 12 ]}

два дополнительных Bacillus вида ( Bacillus alcaliphilum и Bacillus Alcalisoli Обнаружено, что ) группируются с другими членами Alkalihalobacillus на филогенетических деревьях, а также имеют одни и те же молекулярные маркеры в форме консервативных сигнатурных инделей (CSI). ^{[ 11 ]} Однако официально их перенос не предлагался из-за отсутствия информации о культурном штамме. Требуется дальнейший пересмотр этого рода, поскольку обнаружены и назначены дополнительные геномы и новые виды.

Принятые виды

Биохимические характеристики и молекулярные подписи

Большинство представителей этого рода являются аэробными или факультативно анаэробными и встречаются в самых разных местах, таких как гиперсоленые озера, прибрежные районы и почва. Все виды, за исключением Alkalihalobacillus okhensis , ^{[ 13 ]} способны образовывать эндоспоры . Подвижность изменчива, у некоторых видов имеются перитрихиальные жгутики . Большинство видов этого рода являются алкалофильными и галофильными /толерантными, поэтому они способны расти в щелочных условиях, при этом оптимальная скорость роста находится в диапазоне pH 9–10 с 1–5% NaCl. ^{[ 2 ]} Некоторые виды облигатно алкалофильны и для выживания требуют очень щелочных условий. Широкий диапазон температур (4–45 ° C) может способствовать росту; однако оптимальный рост происходит в диапазоне 25–37 ° C. Некоторые виды способны производить ферменты, такие как целлюлазы и протеазы, которые используются в производстве стиральных порошков, а также ксиланазы для производства целлюлозно-бумажной продукции. ^{[ нужны дальнейшие объяснения ]} и циклодекстрин глюканотрансфераза для обработки крахмала. ^{[ 2 ]} Кроме того, A. clausii диазотрофен . и способен превращать атмосферный азот в аммиак ^{[ 14 ]} а также он способен производить противомикробные соединения для производства пробиотиков. ^{[ 15 ]}^{[ не удалось пройти проверку ]}

С помощью геномного анализа было идентифицировано десять CSI для этого рода в следующих белках: адаптер РНКазы RapZ, белок М-кольца базального тельца жгутика FliF, 7-карбокси-7-деазагуанинсинтаза QueE, фактор высвобождения пептидной цепи 3, глутамат I типа. аммиачная лигаза, тРНК треонилкарбамоиладенозиндегидратаза, фактор сопряжения репарации транскрипции , фермент синтеза тРНК уридин-5-карбоксиметиламинометил (34) MnmG, 50S рибосомальный белок L11 метилтрансфераза и гомосеринкиназа . ^{[ 2 ]} Эти CSI специфичны для Alkalihalobacillus и обеспечивают новый способ молекулярной дифференциации этого рода от других родов и бактерий Bacillaceae .

Ссылки

^ Информация на основе LPSN 2021.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час Патель, Судип; Гупта, Рэдхи С. (01 января 2020 г.). «Филогеномная и сравнительная геномная основа для решения полифилии рода Bacillus: предложение для шести новых родов видов Bacillus, Peribacillus gen. nov., Cytobacillus gen. nov., Mesobacillus gen. nov., Neobacillus gen. nov., Metabacillus gen. ноябрь и Alkalihalobacillus gen . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (1): 406–438. дои : 10.1099/ijsem.0.003775 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 31617837 .
^ Бреннер, Дон Дж.; Криг, Ноэль Р.; Стейли, Джеймс Т.; Гаррити, Джордж М.; Бун, Дэвид Р.; Де Вос, Пол; Гудфеллоу, Майкл; Рейни, Фред А.; Шляйфер, Карл-Хайнц, ред. (2005). Руководство Берджи® по систематической бактериологии . дои : 10.1007/0-387-28022-7 . ISBN 978-0-387-24144-9 .
^ Перейти обратно: ^а ^б «Род: Alkalihalobacillus» . lpsn.dsmz.de. Проверено 18 мая 2021 г.
^ Эш, Кэрол; Фэрроу, Джей; Уоллбэнкс, Салли; Коллинз, доктор медицины (28 июня 2008 г.). «Филогенетическая гетерогенность рода Bacillus, выявленная путем сравнительного анализа последовательностей малых субъединиц-рибосомальных РНК» . Письма по прикладной микробиологии . 13 (4): 202–206. дои : 10.1111/j.1472-765x.1991.tb00608.x . ISSN 0266-8254 . S2CID 82988953 .
^ Логан, Северная Каролина; Берге, О.; Бишоп, АХ; Буссе, Х.-Ж.; Де Вос, П.; Фрице, Д.; Хейндрикс, М.; Кампфер, П.; Рабинович, Л.; Салкиноя-Салонен, М.С.; Селдин, Л. (30 июня 2009 г.). «Предложенные минимальные стандарты для описания новых таксонов аэробных бактерий, образующих эндоспоры» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (8): 2114–2121. дои : 10.1099/ijs.0.013649-0 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 19567583 .
^ ШИДА, О.; ТАКАГИ, Х.; КАДОВАКИ, К.; КОМАГАТА, К. (1 октября 1996 г.). «Предложение по двум новым родам: Brevibacillus gen. nov. и Aneurinibacillus gen. nov .» Международный журнал систематической бактериологии . 46 (4): 939–946. дои : 10.1099/00207713-46-4-939 . ISSN 0020-7713 . ПМИД 8863420 .
^ Визоцки, доктор медицинских наук; Юрщук П.; Фокс, GE; Дейнхард, Г.; Поралла, К. (1 апреля 1992 г.). «Сравнительный анализ последовательностей 16S рРНК (рДНК) Bacillus acidocaldarius, Bacillus acidoterrestris и Bacillus cycloheptanicus и предложение по созданию нового рода Alicyclobacillus gen. nov» . Международный журнал систематической бактериологии . 42 (2): 263–269. дои : 10.1099/00207713-42-2-263 . ISSN 0020-7713 . ПМИД 1374624 .
^ Муал, Пунам; Сингх, Нитин Кумар; Верма, Ашиш; Шуман, Питер; Кришнамурти, Шринивасан; Дастагер, Сайед; Майилрадж, Шанмугам (01 мая 2016 г.). «Реклассификация Bacillus isronensis Shivaji et al. 2009 как Solibacillus isronensis com. Nov. и исправленное описание рода Solibacillus Кришнамурти et al. 2009» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 66 (5): 2113–2120. дои : 10.1099/ijsem.0.000982 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 26907585 .
^ Хейндрикс, М.; Леббе, Л.; Керстерс, К.; Хост, Б.; Де Вахтер, Р.; Де Вос, П.; Форсайт, Г.; Логан, Северная Каролина (1 июля 1999 г.). «Предложение Virgibacillus proomii sp. nov. и исправленное описание Virgibacillus pantothenticus (Proom and Knight 1950) Heyndrickx et al. 1998» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 49 (3): 1083–1090. дои : 10.1099/00207713-49-3-1083 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 10425765 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Гупта, Рэдхи С.; Патель, Судип; Шайни, Навнеет; Чен, Шу (01 ноября 2020 г.). «Надежное разграничение 17 различных клад видов Bacillus, предложенных как новые роды Bacillaceae, с помощью филогеномики и сравнительного геномного анализа: описание Robertmurraya kyonggiensis sp. nov. и предложение по исправленному роду Bacillus, ограничивающему его только членами клад Subtilis и Cereus. видов» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5753–5798. дои : 10.1099/ijsem.0.004475 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 33112222 .
^ «ГТДБ — Дерево» . gtdb.ecogenomic.org . Проверено 28 мая 2021 г.
^ Ноулан, Бьянка; Додиа, Митал С.; Сингх, Сатья П.; Патель, BKC (1 мая 2006 г.). «Bacillus okhensis sp. nov., галотолерантная и щелочеустойчивая бактерия из индийской солончака» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (5): 1073–1077. дои : 10.1099/ijs.0.63861-0 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 16627657 .
^ Мадхаян, Мунусами; Пунгужали, Сельварадж; Ли, Юнг-Сук; Ли, Гын-Чул; Хари, Куппусами (14 июня 2011 г.). «Bacillus rhizosphaerae sp. nov., новая диазотрофная бактерия, выделенная из почвы ризосферы сахарного тростника» . Антони ван Левенгук . 100 (3): 437–444. дои : 10.1007/s10482-011-9600-3 . ISSN 0003-6072 . ПМИД 21671194 . S2CID 11105863 .
^ Нильсен, П.; Фрице, Д.; Священник, ФГ (1 июля 1995 г.). «Фенетическое разнообразие алкалофильных штаммов Bacillus: предложение о девяти новых видах» . Микробиология . 141 (7): 1745–1761. дои : 10.1099/13500872-141-7-1745 . ISSN 1350-0872 .

[1] Информация на основе LPSN 2021.

[:0-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час Патель, Судип; Гупта, Рэдхи С. (01 января 2020 г.). «Филогеномная и сравнительная геномная основа для решения полифилии рода Bacillus: предложение для шести новых родов видов Bacillus, Peribacillus gen. nov., Cytobacillus gen. nov., Mesobacillus gen. nov., Neobacillus gen. nov., Metabacillus gen. ноябрь и Alkalihalobacillus gen . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (1): 406–438. дои : 10.1099/ijsem.0.003775 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 31617837 .

[3] Бреннер, Дон Дж.; Криг, Ноэль Р.; Стейли, Джеймс Т.; Гаррити, Джордж М.; Бун, Дэвид Р.; Де Вос, Пол; Гудфеллоу, Майкл; Рейни, Фред А.; Шляйфер, Карл-Хайнц, ред. (2005). Руководство Берджи® по систематической бактериологии . дои : 10.1007/0-387-28022-7 . ISBN 978-0-387-24144-9 .

[:2-4] Перейти обратно: ^а ^б «Род: Alkalihalobacillus» . lpsn.dsmz.de. Проверено 18 мая 2021 г.

[5] Эш, Кэрол; Фэрроу, Джей; Уоллбэнкс, Салли; Коллинз, доктор медицины (28 июня 2008 г.). «Филогенетическая гетерогенность рода Bacillus, выявленная путем сравнительного анализа последовательностей малых субъединиц-рибосомальных РНК» . Письма по прикладной микробиологии . 13 (4): 202–206. дои : 10.1111/j.1472-765x.1991.tb00608.x . ISSN 0266-8254 . S2CID 82988953 .

[6] Логан, Северная Каролина; Берге, О.; Бишоп, АХ; Буссе, Х.-Ж.; Де Вос, П.; Фрице, Д.; Хейндрикс, М.; Кампфер, П.; Рабинович, Л.; Салкиноя-Салонен, М.С.; Селдин, Л. (30 июня 2009 г.). «Предложенные минимальные стандарты для описания новых таксонов аэробных бактерий, образующих эндоспоры» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (8): 2114–2121. дои : 10.1099/ijs.0.013649-0 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 19567583 .

[7] ШИДА, О.; ТАКАГИ, Х.; КАДОВАКИ, К.; КОМАГАТА, К. (1 октября 1996 г.). «Предложение по двум новым родам: Brevibacillus gen. nov. и Aneurinibacillus gen. nov .» Международный журнал систематической бактериологии . 46 (4): 939–946. дои : 10.1099/00207713-46-4-939 . ISSN 0020-7713 . ПМИД 8863420 .

[8] Визоцки, доктор медицинских наук; Юрщук П.; Фокс, GE; Дейнхард, Г.; Поралла, К. (1 апреля 1992 г.). «Сравнительный анализ последовательностей 16S рРНК (рДНК) Bacillus acidocaldarius, Bacillus acidoterrestris и Bacillus cycloheptanicus и предложение по созданию нового рода Alicyclobacillus gen. nov» . Международный журнал систематической бактериологии . 42 (2): 263–269. дои : 10.1099/00207713-42-2-263 . ISSN 0020-7713 . ПМИД 1374624 .

[9] Муал, Пунам; Сингх, Нитин Кумар; Верма, Ашиш; Шуман, Питер; Кришнамурти, Шринивасан; Дастагер, Сайед; Майилрадж, Шанмугам (01 мая 2016 г.). «Реклассификация Bacillus isronensis Shivaji et al. 2009 как Solibacillus isronensis com. Nov. и исправленное описание рода Solibacillus Кришнамурти et al. 2009» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 66 (5): 2113–2120. дои : 10.1099/ijsem.0.000982 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 26907585 .

[10] Хейндрикс, М.; Леббе, Л.; Керстерс, К.; Хост, Б.; Де Вахтер, Р.; Де Вос, П.; Форсайт, Г.; Логан, Северная Каролина (1 июля 1999 г.). «Предложение Virgibacillus proomii sp. nov. и исправленное описание Virgibacillus pantothenticus (Proom and Knight 1950) Heyndrickx et al. 1998» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 49 (3): 1083–1090. дои : 10.1099/00207713-49-3-1083 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 10425765 .

[:1-11] Перейти обратно: ^а ^б Гупта, Рэдхи С.; Патель, Судип; Шайни, Навнеет; Чен, Шу (01 ноября 2020 г.). «Надежное разграничение 17 различных клад видов Bacillus, предложенных как новые роды Bacillaceae, с помощью филогеномики и сравнительного геномного анализа: описание Robertmurraya kyonggiensis sp. nov. и предложение по исправленному роду Bacillus, ограничивающему его только членами клад Subtilis и Cereus. видов» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5753–5798. дои : 10.1099/ijsem.0.004475 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 33112222 .

[12] «ГТДБ — Дерево» . gtdb.ecogenomic.org . Проверено 28 мая 2021 г.

[13] Ноулан, Бьянка; Додиа, Митал С.; Сингх, Сатья П.; Патель, BKC (1 мая 2006 г.). «Bacillus okhensis sp. nov., галотолерантная и щелочеустойчивая бактерия из индийской солончака» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (5): 1073–1077. дои : 10.1099/ijs.0.63861-0 . ISSN 1466-5026 . ПМИД 16627657 .

[14] Мадхаян, Мунусами; Пунгужали, Сельварадж; Ли, Юнг-Сук; Ли, Гын-Чул; Хари, Куппусами (14 июня 2011 г.). «Bacillus rhizosphaerae sp. nov., новая диазотрофная бактерия, выделенная из почвы ризосферы сахарного тростника» . Антони ван Левенгук . 100 (3): 437–444. дои : 10.1007/s10482-011-9600-3 . ISSN 0003-6072 . ПМИД 21671194 . S2CID 11105863 .

[15] Нильсен, П.; Фрице, Д.; Священник, ФГ (1 июля 1995 г.). «Фенетическое разнообразие алкалофильных штаммов Bacillus: предложение о девяти новых видах» . Микробиология . 141 (7): 1745–1761. дои : 10.1099/13500872-141-7-1745 . ISSN 1350-0872 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]