grid.org
Grid.org — это веб-сайт и онлайн-сообщество, созданное в 2001 году для пользователей программного обеспечения для кластерных и сетевых вычислений . В течение шести лет он реализовывал несколько различных волонтерских компьютерных проектов, которые позволяли участникам жертвовать свои свободные компьютерные циклы на достойные цели. В 2007 году оно стало сообществом открытым исходным кодом программного обеспечения для кластеров и распределенных вычислений с . Примерно после 2010 года он был перенаправлен на другие сайты.
Волонтерские компьютерные проекты
[ редактировать ]С момента своего создания в апреле 2001 г. по 27 апреля 2007 г. [1] Grid.org был веб-сайтом и организацией, которая запускала проекты распределенных вычислений , такие как Проект исследования рака United Devices , возглавляемый Джикку Венкатом, доктором философии, и спонсируемый на благотворительной основе United Devices (UD), а ее участники участвовали в волонтерских вычислениях , запустив UD. Агентское программное обеспечение (версия 3.0).
| Хронология проектов, размещенных на сайтеgrid.org |
|---|
 |
Проект исследования рака
[ редактировать ]
Проект исследования рака United Devices, начавшийся в 2001 году, занимался поиском возможных лекарств для лечения рака с использованием распределенных вычислений . [2] Было около 150 000 пользователей в США и 170 000 в Европе, а также еще сотни тысяч в других частях мира.
Проект представлял собой альянс нескольких компаний и организаций: [3]
- Юнайтед Девайс Инк.
- Национальный фонд исследований рака
- Химический факультет Оксфордского университета
- Доноры молекулярных исследований
Компания United Devices выпустила заставку с исследованием рака по принципу использования резервных вычислительных мощностей. Программа, которую можно было настроить на непрерывную работу, использовала «виртуальный скрининг» для обнаружения возможных взаимодействий между молекулами и целевыми белками, то есть лекарством. Эти молекулы ( лиганды ) отправляются агенту UD на главном компьютере. Когда эти молекулы успешно стыкуются с целевым белком, это взаимодействие учитывается для дальнейшего исследования.
Исследование состояло из двух этапов:
- На первом этапе было протестировано более 3 миллиардов молекул, подобных лекарствам, против 12 белков, которые, как известно, являются подходящими мишенями для противораковых лекарств. Для моделирования молекулярных взаимодействий использовалось программное обеспечение «THINK». [4]
- На втором этапе с использованием программного обеспечения «LigandFit», разработанного Accelrys для моделирования взаимодействий, была предпринята попытка уточнить данные этапа 1, чтобы создать более управляемый список кандидатов на лекарства для тестирования, для которого потребуются экспериментальные сотрудники, в том числе представители промышленности. [5] [6]
Проект складывания протеома человека, фаза 1
[ редактировать ]IBM («HPF»), фаза 1, был объявлен Спонсируемый проект по складыванию протеома человека 16 ноября 2004 г. и завершился 3 июля 2006 г. Проект работал одновременно как на сайтеgrid.org, так и на сайте IBM World Community Grid . [7]
Он использовал программное обеспечение Rosetta для прогнозирования структуры белков человека, чтобы помочь предсказать функцию белков. Эта информация когда-нибудь может быть использована для лечения различных заболеваний и генетических дефектов.
Согласно объявлению на форумеgrid.org, [8] после завершения проекта HPF1 он продолжал работать на сайтеgrid.org до 9 августа 2006 года. [9] За это время участники, чьи компьютеры были настроены для запуска этого проекта, получили новую работу и потратили вычислительные ресурсы на вычисление результата, но результат был возвращен на Grid.org только за баллы — он не использовался для научных исследований.
Статус проекта «Складывание протеома человека» вызвал некоторое обсуждение на форумах Grid.org. Большинство членов хотели, чтобы все доступные вычислительные мощности были направлены на все еще активный проект по борьбе с раком. [9] но представитель UD Робби Брюэр заявил, что «некоторым [пользователям] нравится заставка». [8] [10] Как отмечалось выше, в конечном итоге избыточная работа HPF1 на сайтеgrid.org была остановлена. [9]
Проект по оспе
[ редактировать ]Сеть исследований оспы была частью инициативы United Devices «Patriot Grid» по борьбе с биологическим терроризмом. Этот проект помог проанализировать потенциальных кандидатов на лекарства для медицинской терапии в борьбе с вирусом оспы. Он использовал программное обеспечение «LigandFit» (которое уже использовалось на второй фазе проекта по исследованию рака), но со специализированным набором целевых молекул, нацеленных на вирус оспы . [11]
Партнерами проекта стали Оксфордский университет , Университет Западного Онтарио , Мемориальный онкологический центр Слоана-Кеттеринга , Университет Эссекса , Evotec OAI , Accelrys и IBM . [12]
Сеть Мирового Сообщества во многом возникла благодаря успеху этого проекта. [ нужна ссылка ]
Проект Сибирской язвы
[ редактировать ]Исследовательский проект сибирской язвы был частью инициативы United Devices «Patriot Grid» по борьбе с биологическим терроризмом. В нем использовалось программное обеспечение «LigandFit» (которое уже использовалось на второй фазе проекта по исследованию рака), но со специализированным набором целевых молекул, нацеленных на поздние стадии бактериальной инфекции сибирской язвы .
Проект осуществлялся с 22 января 2002 г. по 14 февраля 2002 г. и завершился после того, как в общей сложности 3,57 миллиарда молекул завершили проверку. Результаты исследовательского проекта были переданы ученым-биологам для завершения проверки компьютерного моделирования. [13]
Партнерами проекта выступил Оксфордский университет .
Проект ХММЕР
[ редактировать ]Проект HMMER Genetic Research использовал модель скрытого Маркова для поиска закономерностей в генетических последовательностях ДНК. [14]
Проект веб-загрузки
[ редактировать ]Проект тестирования веб-производительности использовался как коммерческая возможность для избранных провайдеров веб-хостинга , чтобы помочь им протестировать масштабируемость своих серверных инфраструктур в периоды высокого спроса. [15]
Сообщество гридов с открытым исходным кодом
[ редактировать ]В ноябре 2007 года Grid.org был репозиционирован Univa как сообщество, позволяющее пользователям взаимодействовать и обсуждать темы, связанные с кластерами с открытым исходным кодом и сетками. [16] Это позволило пользователям загружать, получать поддержку, вносить свой вклад и сообщать о проблемах, связанных с продуктами с открытым исходным кодом на основе Globus Toolkit, предлагаемыми Univa. В 2008 году было зарегистрировано более 100 000 уникальных посетителей. [17] Примерно в середине 2010 года он был перенаправлен на Unicluster.org (продукт Univa), а к 2012 году — на основной сайт Univa.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Все хорошее когда-нибудь заканчивается…» . Grid.org . Проверено 26 апреля 2007 г. [ мертвая ссылка ]
- ^ «Заставка помогает бороться с раком» . Новости Би-би-си. 3 апреля 2001 г. Проверено 20 августа 2006 г.
- ^ «Участники онкологического проекта» . Grid.org. Архивировано из оригинала 27 сентября 2007 г. Проверено 20 августа 2006 г.
- ^ «Подумайте о вычислениях фазы 1» . Оксфордский университет. Архивировано из оригинала 27 августа 2006 г. Проверено 20 августа 2006 г.
- ^ «ЛигандФит объяснил» . Grid.org. Архивировано из оригинала 27 сентября 2007 г. Проверено 20 августа 2006 г.
- ^ «Второй этап проекта» . Оксфордский университет. Архивировано из оригинала 24 сентября 2006 г. Проверено 20 августа 2006 г.
- ^ «О проекте складывания протеома человека» . Grid.org. 2004. Архивировано из оригинала 23 июня 2007 г. Проверено 20 августа 2006 г.
- ^ Перейти обратно: а б Брюэр, Робби (10 июля 2006 г.). «Статус Grid.org» . форумы Grid.org. Архивировано из оригинала 6 декабря 2006 г. Проверено 20 августа 2006 г.
- ^ Перейти обратно: а б с «Возьми на себя ответственность» . форумы Grid.org. 17 июля 2006 г. Проверено 20 августа 2006 г. [ мертвая ссылка ]
- ^ Брюэр, Робби (21 августа 2006 г.). «Статус Grid.org» . форумы Grid.org. Архивировано из оригинала 6 декабря 2006 г. Проверено 20 августа 2006 г.
- ^ «О проекте по борьбе с оспой» . Grid.org. Архивировано из оригинала 27 сентября 2007 г. Проверено 20 августа 2006 г.
- ^ «Участники оспы» . Grid.org. Архивировано из оригинала 27 сентября 2007 г. Проверено 20 августа 2006 г.
- ^ «Проект исследования сибирской язвы» . Grid.org. Архивировано из оригинала 10 сентября 2006 г. Проверено 20 августа 2006 г.
- ^ «Генетическое тестирование с помощью HMMR» . Grid.org. Архивировано из оригинала 27 сентября 2007 г. Проверено 20 августа 2006 г.
- ^ «Веб-тестирование производительности» . Grid.org. Архивировано из оригинала 27 сентября 2007 г. Проверено 20 августа 2006 г.
- ^ «О Grid.org» . Архивировано из оригинала 20 января 2008 года . Проверено 11 ноября 2013 г.
- ^ «Сообщество HPC с открытым исходным кодом Grid.org достигло важной вехи роста» . Пресс-релиз . Унива. 14 января 2009 года. Архивировано из оригинала 21 января 2009 года . Проверено 11 ноября 2013 г.