Последовательность распознавания

Последовательность узнавания представляет собой последовательность ДНК , по отношению к которой структурный мотив проявляет ДНК-связывающего домена специфичность связывания . Последовательности распознавания представляют собой палиндромы . ^[1]

Например, транскрипционный фактор Sp1 связывает последовательности 5'-(G/T)GGGCGG(G/A)(G/A)(C/T)-3', где (G/T) указывает, что домен будет связываться гуанин в этом положении находится или тимин .

Эндонуклеаза рестрикции PstI распознает, связывает и расщепляет последовательность 5'-CTGCAG-3'.

Последовательность узнавания отличается от сайта узнавания . Данная последовательность распознавания может встречаться один или несколько раз или не встречаться вообще на определенном фрагменте ДНК. Сайт распознавания определяется положением сайта. Например, в следующем фрагменте последовательности ДНК есть два сайта узнавания PstI, начиная с оснований 9 и 31 соответственно. Последовательность узнавания — это специфическая последовательность, обычно очень короткая (менее 10 оснований). В зависимости от степени специфичности белка ДНК-связывающий белок может связываться более чем с одной конкретной последовательностью. Для PstI, который имеет одну специфичность последовательности, это 5'-CTGCAG-3'. В следующем примере последовательности он всегда один и тот же, как на первом сайте узнавания, так и на втором. Для Sp1, который имеет множественную (16) специфичность последовательности, как показано выше, два сайта узнавания в следующем примере фрагмента последовательности находятся в положениях 18 и 32, а их соответствующие последовательности распознавания представляют собой 5'-GGGGCGGAGC-3' и 5'-TGGGCGGAAC- 3'.

5'-AACGTTAG CTGCAG TC GGGGCGGAGC TAGG CTGCAG GAAT TGGGCGGAAC CT-3'