Пик вызова
Пиковый вызов — это вычислительный метод, используемый для идентификации областей генома , которые были обогащены выровненными чтениями в результате выполнения эксперимента по секвенированию ChIP или MeDIP-seq. В этих областях белок взаимодействует с ДНК . [1] Когда белок является фактором транскрипции , обогащенная область представляет собой сайт связывания его фактора транскрипции (TFBS). Популярные программы включают MACS. [2] Уилбенкс и коллеги [3] представляет собой опрос пользователей, вызывающих пиковую частоту ChIP-seq, и Bailey et al. [4] представляет собой описание практических рекомендаций по пиковому вызову данных ChIP-seq.
Пиковый вызов может осуществляться на транскриптоме/экзоме, а также на данных секвенирования эпигенома РНК из MeRIPseq. [5] или m6Aseq [6] для обнаружения сайтов посттранскрипционной модификации РНК с помощью программного обеспечения, такого как exomePeak. [7] Многие из инструментов вызова пиков оптимизированы только для некоторых видов анализов, например, только для ChIP-seq фактора транскрипции или только для DNase-seq. [8] Однако новое поколение пиковых абонентов, таких как DFilter [9] основаны на обобщенной оптимальной теории обнаружения и, как было показано, работают практически для всех типов сигналов профиля метки из данных секвенирования следующего поколения. Также возможно провести более сложный анализ, используя такие инструменты, как объединение нескольких сигналов ChIP-seq для обнаружения регуляторных сайтов. [10]
В контексте ChIP-exo этот процесс известен как «вызов пиковой пары». [11]
Дифференциальный пиковый вызов заключается в выявлении существенных различий в двух сигналах ChIP-seq. Различают одноступенчатые и двухступенчатые дифференциально-пиковые вызывающие устройства. Одноэтапные вызывающие устройства дифференциальных пиков работают в два этапа: во-первых, вызывают пики отдельных сигналов ChIP-seq, а во-вторых, объединяют отдельные сигналы и применяют статистические тесты для оценки дифференциальных пиков. ДБЧИП [12] и МАнорм [13] являются примерами одноступенчатых дифференциальных пиковых абонентов.
Двухэтапные устройства вызова дифференциальных пиков сегментируют два сигнала ChIP-seq и идентифицируют дифференциальные пики за один этап. Они используют преимущества подходов сегментации сигналов, таких как скрытые марковские модели . Примерами двухэтапных дифференциальных пиковых вызывающих устройств являются ChIPDiff, [14] ODIN. [15] и ТОР .Дифференциальный вызов пиков также можно применять в контексте анализа сайтов связывания РНК-связывающих белков. [16]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Валуев А и др. (сентябрь 2008 г.). «Полногеномный анализ сайтов связывания транскрипционных факторов на основе данных ChIP-seq» . Природные методы . 5 (9): 829–834. дои : 10.1038/nmeth.1246 . ПМЦ 2917543 . ПМИД 19160518 .
- ^ Фэн, Цзяньсин; Лю, Тао; Цинь, Бо; Чжан, Юн; Лю, Сяоле Ширли (29 августа 2012 г.). «Идентификация обогащения ChIP-seq с использованием MACS» . Протоколы природы . 7 (9): 1728–1740. дои : 10.1038/nprot.2012.101 . ПМЦ 3868217 . ПМИД 22936215 .
- ^ Уилбенкс, Элизабет Г.; Фаччиотти, Марк Т. (7 июля 2010 г.). «Оценка производительности алгоритма обнаружения пиков ChIP-Seq» . ПЛОС ОДИН . 5 (7): e11471. Бибкод : 2010PLoSO...511471W . дои : 10.1371/journal.pone.0011471 . ПМК 2900203 . ПМИД 20628599 .
- ^ Бейли, ТЛ; Краевский П; Ладунга I; Лефевр С; Ли Кью; Лю Т; Мадригал П; Таслим С; Чжан Дж. (14 ноября 2013 г.). «Практические рекомендации по комплексному анализу данных ChIP-seq» . ПЛОС Компьютерная Биол . 9 (11): e1003326. Бибкод : 2013PLSCB...9E3326B . дои : 10.1371/journal.pcbi.1003326 . ПМЦ 3828144 . ПМИД 24244136 .
- ^ Мейер, Кейт Д.; Салеторе, Йогеш; Зумбо, Пол; Элементо, Оливье; Мейсон, Кристофер Э.; Джеффри, Сэми Р. (31 мая 2012 г.). «Комплексный анализ метилирования мРНК показывает обогащение 3'-UTR и близлежащих стоп-кодонов» . Клетка . 149 (7): 1635–1646. дои : 10.1016/j.cell.2012.05.003 . ПМЦ 3383396 . ПМИД 22608085 .
- ^ Доминисини, Дэн; Мошич-Мошковитц, Шарон; Шварц, Шрага; Салмон-Дивон, Мали; Унгар, Лиор; Озенберг, Сиван; Цесаркас, Карен; Джейкоб-Хирш, Жасмин; Амариглио, Нинетт; Купец, Мартин; Сорек, Ротем; Рехави, Гидеон (28 апреля 2012 г.). «Топология метиломов РНК m6A человека и мыши, выявленная с помощью m6A-seq». Природа . 485 (7397): 201–206. Бибкод : 2012Natur.485..201D . дои : 10.1038/nature11112 . ПМИД 22575960 . S2CID 3517716 .
- ^ Мэн, Дж.; Кюи, X.; Рао, МК; Чен, Ю.; Хуанг, Ю. (14 апреля 2013 г.). «Анализ данных секвенирования эпигенома РНК на основе экзома» . Биоинформатика . 29 (12): 1565–1567. doi : 10.1093/биоинформатика/btt171 . ПМЦ 3673212 . ПМИД 23589649 .
- ^ Кухи, Хашем; Даун, Томас А.; Спиваков Михаил; Хаббард, Тим; Хельмер-Циттерих, Мануэла (8 мая 2014 г.). «Сравнение пиковых вызывающих абонентов, используемых для данных DNase-Seq» . ПЛОС ОДИН . 9 (5): е96303. Бибкод : 2014PLoSO...996303K . дои : 10.1371/journal.pone.0096303 . ПМК 4014496 . ПМИД 24810143 .
- ^ Кумар, Вибхор; Масафуми Муратани; Нирмала Арул Райан; Петра Краус; Томас Луфкин; Хак Хуэй Нг; Шьям Прабхакар (июль 2013 г.). «Единая, оптимальная обработка сигналов сопоставленных данных глубокого секвенирования» . Природная биотехнология . 31 (7): 615–622. дои : 10.1038/nbt.2596 . ПМИД 23770639 . [1]
- ^ Вонг, Ка-Чун; и др. (2014). «SignalSpider: обнаружение вероятностных закономерностей в нескольких нормализованных профилях сигналов ChIP-Seq» . Биоинформатика . 31 (1): 17–24. doi : 10.1093/биоинформатика/btu604 . ПМИД 25192742 .
- ^ Мадригал, Педро (2015). «Идентификация сайтов связывания факторов транскрипции в ChIP-exo с использованием R / Bioconductor» . Протоколы биоинформатики Epigenesis . 68 .
- ^ Келес, Лян (26 октября 2011 г.). «Обнаружение дифференциального связывания факторов транскрипции с помощью ChIP-seq» . Биоинформатика . 28 (1): 121–122. doi : 10.1093/биоинформатика/btr605 . ПМЦ 3244766 . ПМИД 22057161 .
- ^ Ваксман, Шао; Чжан; Юань; Оркин (16 марта 2012 г.). «MAnorm: надежная модель для количественного сравнения наборов данных ChIP-Seq» . Геномная биология . 13 (3): Р16. дои : 10.1186/gb-2012-13-3-r16 . ПМЦ 3439967 . ПМИД 22424423 .
- ^ Сюй, Сун; Вэй; Лин (28 июля 2008 г.). «Подход HMM к полногеномной идентификации сайтов дифференциальной модификации гистонов на основе данных ChIP-seq» . Биоинформатика . 24 (20): 2344–2349. doi : 10.1093/биоинформатика/btn402 . ПМИД 18667444 .
- ^ Аллхофф, Коста; Сере; Шовистр; Лин; Зенке (24 октября 2014 г.). «Обнаружение дифференциальных пиков в сигналах ChIP-seq с помощью ODIN». Биоинформатика . 30 (24): 3467–3475. doi : 10.1093/биоинформатика/btu722 . ПМИД 25371479 .
- ^ Холмквист Э., Райт П.Р., Ли Л., Бишлер Т., Барквист Л., Рейнхардт Р., Бакофен Р., Фогель Дж. (2016). «Глобальные закономерности распознавания РНК посттранскрипционных регуляторов Hfq и CsrA, выявленные с помощью УФ-сшивки in vivo» . ЭМБО Дж . 35 (9): 991–1011. дои : 10.15252/embj.201593360 . ПМК 5207318 . ПМИД 27044921 .
 | Эта по молекулярной или клеточной биологии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |