Рюгерия
| Рюгерия | |
|---|---|
| Научная классификация | |
| Домен: | |
| Филум: | |
| Сорт: | |
| Заказ: | |
| Семья: | |
| Род: | Рюгерия Uchino et al
|
| Тип видов | |
| Ruegeria Atlantica (Rüger and Höfle 1992) Uchino et al . 1999 | |
| Разновидность [ 1 ] | |
| |
| Synonyms | |
| |
В таксономии Ruegeria это род Rhodobacteraceae - . [ 1 ] Этот род был ранее известен как морская агробактерия до того, как они были реклассифицированы в 1998 году. На самом деле он носит название немецкого микробиолога Ханс-Юргена Рюгера за его вклад в таксономию морских видов Агробактерии . [ 2 ]
Характеристики
[ редактировать ]Род характеризуется членами, которые: [ 3 ]
- Грамотрицательный (как и все протеобактерии)
- яйцевидные к стержням клетки 0,6–1,6 × 1,0–4,0 мкМ
- Подвижным полярным жгутиком или не мотильной
- не спореформные
- аэробный
- оксидаза и каталаза положительно
- не способны к фотосинтетическому росту
- бактериохлорофилл A отсутствует
- крупный хинон - убихинон 10
- mol% G+C of the DNA is 55–59
- member of the family Rhodobacteraceae, which is phenotypically, metabolically, ecologically diverse and defined based on 16S sequences data
Phylogenetically it is very close to the genus Silicibacter, but the two remain separate species due to phenotypic differences — two species for which this is problematic are Ruegeria lacuscaerulensis and Ruegeria pomeroyi.[4][5]
Two species that have been removed from the genus are Marinovum algicola (Ruegeria algicola) and Thalassobius gelatinovorus (Ruegeria gelatinovora).[6][and refs therein]
Small non-coding RNAs
[edit]Highly abundant bacterial small RNAs have been shown to be present in the bacteria subjected to chronic nutrient limitation. In Ruegeria pomeroyi RNAseq analysis identified 99 putative sRNAs.[7] The bacterial sRNAs regulatory mechanisms are typically based on direct RNA-RNA interaction with a target mRNA.[8] The target gene groups identified by Rivers et al. were genes involved in transport, genes mediating cell-cell interactions, signal transduction and transcriptional regulation.
References
[edit]- ^ Jump up to: a b "LPSN entry for Ruegeria". List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature. Retrieved 24 April 2014.
- ^ Uchino Y, Hirata A, Yokota A, Sugiyama J (1998). "Reclassification of marine Agrobacterium species: proposals of Stappia stellulata gen. nov., comb. nov., Stappia aggregata sp. nov., nom. rev., Ruegeria atlantica gen. nov., comb. nov., Ruegeria gelatinovora comb. nov., Ruegeria algicola comb. nov., and Ahrensia kieliense gen. nov., sp. nov., nom. rev". J Gen Appl Microbiol. 44 (3): 201–210. doi:10.2323/jgam.44.201. PMID 12501429.
- ^ Don J. Brenner; Noel R. Krieg; James T. Staley (July 26, 2005) [1984(Williams & Wilkins)]. George M. Garrity (ed.). The Proteobacteria. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Vol. 2C (2nd ed.). New York: Springer. pp. 1388. ISBN 978-0-387-24145-6. British Library no. GBA561951.
- ^ YI (H.), LIM (Y.W.) and CHUN (J.): Taxonomic evaluation of the genera Ruegeria and Silicibacter: a proposal to transfer the genus Silicibacter Petursdottir and Kristjansson 1999 to the genus Ruegeria Uchino et al. 1999. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2007, 57, 815-819.
- ^ MURAMATSU (Y.), UCHINO (Y.), KASAI (H.), SUZUKI (K.) and NAKAGAWA (Y.): Ruegeria mobilis sp. nov., a member of the Alphaproteobacteria isolated in Japan and Palau. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2007, 57, 1304-1309
- ^ Ruegeria in LPSN; Parte, Aidan C.; Sardà Carbasse, Joaquim; Meier-Kolthoff, Jan P.; Reimer, Lorenz C.; Göker, Markus (1 November 2020). "List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) moves to the DSMZ". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 70 (11): 5607–5612. doi:10.1099/ijsem.0.004332.
- ^ Rivers, Adam R.; Burns, Andrew S.; Chan, Leong-Keat; Moran, Mary Ann (2016-01-01). "Experimental Identification of Small Non-Coding RNAs in the Model Marine Bacterium Ruegeria pomeroyi DSS-3". Frontiers in Microbiology. 7: 380. doi:10.3389/fmicb.2016.00380. ISSN 1664-302X. PMC 4809877. PMID 27065955.
- ^ Gottesman, Susan; Storz, Gisela (2011-12-01). "Bacterial Small RNA Regulators: Versatile Roles and Rapidly Evolving Variations". Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. 3 (12): a003798. doi:10.1101/cshperspect.a003798. ISSN 1943-0264. PMC 3225950. PMID 20980440.
Further reading
[edit]Scientific journals
[edit]- Martens T, Heidorn T, Pukall R, Simon M, Tindall BJ, Brinkhoff T (2006). "Жалоба на розобактер Gallaeciensis ruiz-Ponte et al. 1998 как Phaoebacter Gallaeciensis Gen. Nov., Comb. Nov., Описание ингибитов Phaeobacter sp. Nov., антибиотиков, продуцирующие члены розобактерного клада, жалоба на ruegeria algicola (lafay et et etgicola (lafay th Ал. 1995) Uchino et al . Инт. Эвол. Микробиол . 56 (Pt 6): 1293–1304. Doi : 10.1099/ijs.0.63724-0 . PMID 16738106 .
Научные книги
[ редактировать ]- Garrity GM, Holt JG (2001). «Таксономические схемы архей и бактерий» . В докторе Бун, RW Castenholz (ред.). Руководство Берджи по систематической бактериологии Том 1: Археи и глубоко разветвленные и фототрофные бактерии (2 -е изд.). Нью -Йорк: Springer Verlag. С. 155–166 . ISBN 978-0-387-98771-2 .