Архив изображений рака

Архив изображений рака ( TCIA ) — это база данных медицинских изображений с открытым доступом для исследований рака . Сайт финансируется Программой визуализации рака Национального института рака (NCI), а контракт обслуживается Университетом медицинских наук Арканзаса . Данные в архиве организованы в коллекции, которые обычно имеют общий тип рака и/или анатомическое расположение. Большая часть данных состоит из изображений КТ , МРТ и ядерной медицины (например, ПЭТ ), хранящихся в формате DICOM , но также предоставляются или связаны со многими другими типами вспомогательных данных, чтобы повысить полезность исследований. Все данные обезличены в целях соблюдения Закона о переносимости и подотчетности медицинского страхования и политики обмена данными Национальных институтов здравоохранения .

Ресурсы TCIA предназначены для поддержки:

• Разработка методов компьютерной диагностики (количественная визуализация)
• Оценка объективной научной воспроизводимости с помощью приемлемых стандартных статистических методов
• Исследование корреляции клинико-диагностических медицинских изображений с цифровыми микроскопическими гистологическими изображениями
• Поисковые исследования биомаркеров, для которых визуализация является ключевым элементом.
• Сотрудничество между междисциплинарными исследователями, где визуализация имеет решающее значение для исследования гетерогенности опухоли, между пациентами и внутри опухоли; отслеживание временной реакции тканей – объективные измерения прогрессирования опухоли; геномика визуализации, связь и анализ больших данных (клиника, гистопатология, геномика)

TCIA признан рекомендуемым хранилищем научных данных , PLOS One , и журналы F1000Research . Он также внесен в Реестр хранилищ исследовательских данных .

История

До создания TCIA NCI финансировал развитие Национального архива биомедицинских изображений . NBIA — это с открытым исходным кодом веб-приложение , которое было разработано для хранения и запроса изображений DICOM. Впоследствии в декабре 2010 года было инициировано TCIA для расширения деятельности по обмену данными за счет финансирования сервисного компонента, который поможет решить технические и политические проблемы, связанные с исследованиями в области медицинских изображений. TCIA использует инструменты с открытым исходным кодом, такие как NBIA и Clinical Trials Processor, для предоставления своих услуг.

Организация архива

Содержимое сайта разделено на пять категорий:

• О нас — содержит общий обзор сайта и организаций, ответственных за его эксплуатацию.
• Поделитесь своими данными — содержит обзор того, как подать заявку на загрузку данных в архив.
• Доступ к архиву — предоставляет информацию о доступных данных, методах доступа к этим данным и показателях использования системы.
• Исследовательская деятельность — предоставляет информацию об основных исследовательских инициативах, проводимых с использованием данных TCIA, а также информацию о руководящих принципах публикации.
• Справка — предоставляет информацию о том, как получить поддержку с использованием архива, а также о документации и политиках использования данных.

Методы доступа к данным

Доступ к большинству коллекций в Архиве изображений рака возможен без учетной записи, но некоторые доступны только конкретным пользователям и поэтому для доступа к ним требуется учетная запись. TCIA предлагает несколько способов просмотра, фильтрации и загрузки данных. Они включают в себя:

• Массовая загрузка всего содержимого коллекции
• Использование приложения NBIA для фильтрации или поиска внутри коллекций или между ними.
• Использование RESTful интерфейса программирования приложений для фильтрации или поиска внутри коллекций или между ними.

Просмотр, массовая загрузка и доступ к вспомогательным данным

На главной странице представлен список всех доступных коллекций. Также предоставляется основная информация о данных, таких как тип рака, локализация рака, модальности и количество субъектов. При нажатии на название коллекции открывается страница, на которой описываются данные, включая их первоначальную исследовательскую цель, то, как данные были созданы и чем они могут быть полезны другим пользователям TCIA. Например, doi : 10.7937/K9/TCIA.2015.L4FRET6Z описывает коллекцию НМРЛ-радиомики-геномики. В нижней части страницы есть ссылки для поиска или загрузки изображений, а также любые доступные вспомогательные данные на вкладке «Доступ к данным». Дополнительные вкладки предоставляют информацию о версиях данных и о том, как цитировать данные, если они используются в публикациях.

Многие коллекции содержат дополнительные типы данных, такие как геномика, демографические данные пациентов, подробности лечения и экспертный анализ изображений. Эти данные обычно можно найти только при просмотре страниц коллекции, а не при поиске в NBIA или использовании API.

Фильтрация или поиск с помощью NBIA

На каждой странице Коллекции, а также в главном меню сайта есть ссылки на «Поиск TCIA». При этом загрузится приложение NBIA, которое обеспечивает простой, расширенный и бесплатный текстовый поиск. Результаты поиска соответствуют традиционной иерархии DICOM: пациент -> исследование -> серия. TCIA предоставляет исчерпывающую документацию по различным функциям программного обеспечения NBIA.

RESTful API

Через API также доступен ряд команд поиска и загрузки. Новые версии API выпускаются как новые версии, поэтому существующие приложения, разработанные на основе старых версий API, продолжают функционировать.

Исследовательская деятельность

Список известных публикаций, основанный на данных TCIA, поддерживается для удобства исследователей, которые могут захотеть изучить, как он использовался ранее. Помимо рецензируемых публикаций, существует также несколько крупных исследовательских инициатив, описанных в разделе «Исследовательская деятельность» на сайте.

Радиологическая инициатива CIP TCGA для исследований в области радиогеномики

Большое количество коллекций содержат предметы, которые были проанализированы как часть базы данных NIH/NHGRI, известной как Атлас генома рака (TCGA). Это дает исследователям возможность сопоставлять клинические изображения с использованием общих уникальных идентификаторов каждого исследования, которое включает в себя обширный геномный анализ TCGA, цифровые слайды патологии и массовую загрузку отдельных демографических данных и клинических данных. Многоинституциональная сеть исследователей, добровольно жертвующих свое время, использует данные для разработки методов определения прогноза или прогнозирования ответа на терапию. Коллекции TCGA обозначаются номенклатурой, общей для портала данных TCGA. (например: TCGA-BRCA, TCGA-GBM и т. д.). На них распространяется специальная политика публикации, которая отличается от других общедоступных данных TCIA.

Соревнования по вызовам

TCIA также предоставляет конкретные наборы данных, используемые для соревнований «Challenge», таких как международные профессиональные общества, специализирующиеся на цифровых изображениях, такие как MICCAI, SPIE или ISBI. На сайте ведется каталог предыдущих и предстоящих задач.

Идентификаторы цифровых объектов

Чтобы облегчить обмен данными, многие публикации рекомендуют авторам включать ссылки на данные, которые авторы использовали при получении результатов, описанных в их научных статьях. Кроме того, теперь доступны новые журналы для прямого описания коллекций данных (например, Nature Scientific Data ). TCIA присваивает идентификаторы цифровых объектов (DOI) всем коллекциям при их отправке, а также имеет возможность создавать постоянные идентификаторы, связанные с подмножествами данных, хранящихся в TCIA, которые авторы могут использовать для цитирования данных в своих научных статьях.

Внешние ссылки

• Архив изображений рака