БиОБАЙК
| Первоначальный выпуск | 2002 |
|---|---|
| Написано в | Лисп |
| Операционная система | Unix-подобный |
| Доступно в | Английский |
| Тип | Научный рабочий процесс , Символические вычисления , Биоинформатика , Искусственный интеллект |
| Лицензия | С открытым исходным кодом |
| Веб-сайт | Репозиторий GitHub |
Биобайк [ 1 ] [ 2 ] (урождённая БиоЛингва [ 3 ] ) — это облачная , программируемая через Интернет ( Paas ) символическая биовычислительная и биоинформатическая платформа, целью которой является сделать вычислительную биологию , и особенно интеллектуальные биовычисления (то есть применение искусственного интеллекта в вычислительной биологии ), доступными для ученых-исследователей, которые не являются опытными программистами. [ 4 ]
Уникальные возможности
[ редактировать ]BioBIKE — это интегрированная платформа символических биовычислений и биоинформатики, с самого начала построенная как полностью (так называемая) облачная архитектура , где все вычисления выполняются на удаленных серверах, а весь доступ пользователей осуществляется через веб-браузеры.
BioBIKE имеет встроенную систему фреймов , в которой представлены все объекты, данные и знания. Это позволяет коду, написанному либо на родном языке Lisp , либо на языке визуального программирования, либо на системах правил, выраженных в средстве доказательства теорем SNARK , для интегрированного доступа ко всем биологическим знаниям.
Для своего времени (выпущенного в 2002 году) он был уникальным, поскольку позволял пользователям создавать полнофункциональные биокомпьютерные программы, которые запускались на внутренних серверах исключительно через пользовательский интерфейс веб-браузера. (Выражаясь современным языком, это была одна из первых систем PaaS (платформа как услуга) , предшествовавшая в этом отношении даже Salesforce .) Первоначально это программирование выполнялось на сыром Lisp, но команда Джеффа Элхая из VCU при финансировании NSF создала полностью графическая среда программирования поверх BioBIKE, основанная на средах программирования в стиле Boxer. [ 1 ]
Будучи многоголовой, многопоточной, многопользовательской и многопользовательской облачной системой, пользователи BioBIKE могли напрямую работать вместе через свои веб-браузеры, удаленно используя один и тот же прослушиватель и пространство памяти. Это позволило создать уникальный вид сотрудничества, о котором говорилось в Shrager (2007). [ 5 ]
Специализированное ответвление BioBIKE под названием «BioDeducta» включает в себя средство доказательства теорем SRI SNARK , предлагающее уникальные возможности «дедуктивного биовычисления». [ 2 ]
Выполнение
[ редактировать ]BioBIKE — это программное обеспечение с открытым исходным кодом , реализованное с использованием языка программирования Lisp . Команда BioBIKE продолжает разработку. [ 6 ] с центром в Университете Содружества Вирджинии .
История
[ редактировать ]BioBIKE изначально назывался «BioLingua» и был разработан Джеффом Шрагером из Института Карнеги. Вашингтонского департамента биологии растений и Дж. П. Массара при финансовой поддержке Отдела астробиологии НАСА . Шрагер и Массар хотели создать многопользовательскую веб- машину Lisp , специализирующуюся на биоинформатике . Среди других первых участников проекта были Майк Трэверс и Джефф Элхай из VCU . Эльхай получил постоянное финансирование от Национального научного фонда для проекта, который был переименован в BioBIKE. BioBIKE Эльхай и его коллеги добавили уникальный визуальный язык программирования . Тем временем Шрагер сотрудничал с Ричардом Уолдингером из SRI, чтобы внедрить средство доказательства теорем SRI ( SNARK ) в BioBIKE, создав дедуктивную биокомпьютерную систему под названием BioDeducta. [ 2 ]
Экземпляры
[ редактировать ]Раньше существовало несколько вертикалей BioBIKE в различных биологических областях, включая вирусные патогены, цианобактерии и другие бактерии, Arabidopsis thaliana и некоторые другие, описанные в ссылках.
См. также
[ редактировать ]Внешние ссылки
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Эльхай, Дж.; Татон, А.; Массар, Дж.; Майерс, Дж. К.; Трэверс, М.; Кейси, Дж.; Слупеский, М.; Шрагер, Дж. (2009). «BioBIKE: программируемая интегрированная база биологических знаний в Интернете» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (проблема с веб-сервером): W28–W32. дои : 10.1093/нар/gkp354 . ПМК 2703918 . ПМИД 19433511 .
- ^ Jump up to: а б с Шрагер, Дж.; Уолдингер, Р.; Штикель, М.; Массар, JP (2007). Футрелл, Роберт (ред.). «Дедуктивный биокомпьютер» . ПЛОС ОДИН . 2 (4): е339. Бибкод : 2007PLoSO...2..339S . дои : 10.1371/journal.pone.0000339 . ПМЦ 1838522 . ПМИД 17415407 .
- ^ Массар, Япония; Трэверс, М.; Эльхай, Дж.; Шрагер, Дж. (2004). «БиоЛингва: Программируемая среда знаний для биологов» . Биоинформатика . 21 (2): 199–207. doi : 10.1093/биоинформатика/bth465 . ПМИД 15308539 .
- ^ Джефф Элхай: Люди, компьютеры и путь к биологическим познаниям: восстановление нашей способности удивлять. Журнал вычислительной биологии 18 (7): 867–878 (2011).
- ^ Дж. Шрагер (2007) Эволюция BioBike: общественная адаптация биокомпьютерной платформы. Исследования по истории и философии науки, 38, 642–656.
- ^ «Вы можете проконсультироваться с адвокатом по поводу дорожно-транспортного происшествия — когда можно просто проконсультироваться, а когда лучше проконсультироваться, имея в виду судебный процесс » .