ГИМИАС

ГИМИАС
	Графический интерфейс GIMIAS включает в себя многосрезовое представление мультимодальных биомедицинских изображений и инструменты навигации по сигналам.
Стабильная версия	1.5.р4 / Октябрь 2012 г .; 11 лет назад
Написано в	С++
Операционная система	Винда , Линукс
Тип	Научная визуализация и обработка изображений
Лицензия	BSD-стиль
Веб-сайт	гимиас .org

GIMIAS представляет собой среду, ориентированную на рабочий процесс и ориентированную на биомедицинских вычисления и моделирование изображений . Платформа открытым исходным кодом с расширяется с помощью подключаемых модулей и ориентирована на создание прототипов исследовательского и клинического программного обеспечения . Gimias использовался для разработки клинических прототипов в области визуализации и моделирования сердца , ангиографии визуализации и моделирования , а также неврологии. ^[1]^[2]

GIMIAS финансируется несколькими национальными и международными проектами, такими как cvREMOD, euHeart или VPH NoE. ^[3]

О ГИМИАС

GIMIAS означает графический интерфейс для анализа и моделирования медицинских изображений. GIMIAS предоставляет графический интерфейс пользователя со всеми основными функциями ввода-вывода данных, визуализации и взаимодействия для изображений, сеток и сигналов. Возможности ГИМИАС включают в себя:

Браузер DICOM и PACS подключение
Поддержка различных методов визуализации
Визуализация биомедицинских данных в 2D и 3D: многоплоскостное преобразование, просмотр орто-срезов, просмотр нескольких срезов, объемная визуализация , рентгеновская визуализация, проекция максимальной интенсивности
Несколько форматов ввода и вывода: DICOM , vtk, stl, Nifty, Analyse.
Управление фильмом: воспроизведение, пауза, контроль скорости.
Несколько объектов данных: 2D-изображения DICOM, 3D-изображения, сетки поверхностей, объемные сетки, сигналы или аннотации.
Аннотации к изображению и сетке поверхности: ориентиры, измерения и области интереса
Навигация по клиническому рабочему процессу, которая может помочь пользователю перейти от данных о пациенте к полезной информации для лечения пациента. ^[4]
Другие дополнительные инструменты для сегментации изображений , манипулирования сетками и навигации по сигналам. ^[5]

GIMIAS — это среда разработки, которая позволяет разработчикам создавать свои собственные медицинские приложения, используя различные плагины, которые можно динамически загружать и комбинировать. Прототипы, разработанные в GIMIAS, могут быть проверены конечными пользователями в реальных сценариях и с использованием реальных данных на ранних стадиях разработки. ^[6]

Разработан на C++ языке , имеет подключаемую архитектуру и является кроссплатформенным с помощью стандартного инструмента CMake . Возможна интеграция новых библиотек с помощью инструмента CSnake, и он основан на распространенных библиотеках с открытым исходным кодом, таких как VTK , ITK , MITK, BOOST и wxWidgets . Плагин может расширить структуру, добавив новые компоненты обработки, компоненты графического пользовательского интерфейса, такие как панели инструментов или окна, новые типы обработки данных или новые библиотеки рендеринга. ^[7]

GIMIAS поддерживает несколько типов плагинов, начиная с простой DLL, плагина командной строки, совместимого с 3D Slicer , или более сложного плагина GIMIAS с настраиваемым графическим интерфейсом. Автоматизированное создание графического пользовательского интерфейса и расширяемая модель объектов данных позволяют использовать плагины совместно с другими платформами и расширяют возможности взаимодействия.

Программное обеспечение доступно для Windows и Linux , 64-битной и 32-битной версии . ^[8]

История

Первоначальные версии платформы с открытым исходным кодом были выпущены к концу 2009 года (ГИМИАС 0.6.15 была выпущена в октябре 2009 года). ^[9]

В 2010 году было приложено больше усилий для расширения возможностей самой платформы с открытым исходным кодом, предоставив больше функций, таких как менеджер рабочих процессов, 3D Slicer совместимость подключаемых модулей , средство просмотра сигналов и настраиваемые представления. В этом году были выпущены версии ГИМИАС 0.8.1, 1.0.0, 1.1.0 и 1.2.0.

Команда ГИМИАС сотрудничала с:

Команда cmgui: опробовать использование временного API cmgui из программной платформы GIMIAS. ^[10]^[11]
Группа компаний «СТК» ^[12]
Группа B3C (МАФ) ^[13]

ГИМИАС — один из инструментов, используемых в виртуальном физиологическом человеке . ^[14]

Клинические прототипы

AngioLab — это программный инструмент, разработанный в рамках GIMIAS и являющийся частью более амбициозного проекта комплексного лечения церебральных аневризм. В настоящее время AngioLab включает четыре плагина: ангиосегментацию, ангиоморфологическое виртуальное стентирование и виртуальную ангиографию. В декабре 2009 года 23 врача заполнили оценочную анкету AngioLab. Это мероприятие было частью учебного курса, проводимого в рамках 2-го учебного курса Европейского общества минимально инвазивного нейроваскулярного лечения (ESMINT), проходившего в Университете Помпеу Фабра, Барселона, Испания. Были оценены автоматизированный морфологический анализ (плагин ангиоморфологии) и планирование эндоваскулярного лечения (плагин стентирования). В целом результаты, полученные с помощью этих инструментов, были расценены как актуальные и возникающие потребности в их клинической области. ^[15]^[16]
CardioLab : Пакет CardioLab для GIMIAS позволяет выполнять весь рабочий процесс: от медицинских изображений до характеристики и количественной оценки заболеваний миокарда и планирования сердечной ресинхронизирующей терапии (СРТ) . ^[17]
FocusDET : Точная локализация эпилептогенных очагов при трудноизлечимой парциальной эпилепсии имеет важное значение для оценки возможности хирургического лечения. Был разработан специальный пакет программного обеспечения для локализации эпилептогенного очага с использованием иктальных и интериктальных изображений ОФЭКТ и МРТ с использованием методологии SISCOM. FocusDET был разработан с использованием средств GIMIAS. ^[18]
QuantiDopa — это программное обеспечение, которое позволяет проводить полуавтоматическую количественную оценку поглощения полосатого тела в исследованиях ОФЭКТ нейротрансмиссии дофаминергической системы. ^[19]

Ссылки

^ И. Ларрабид, П. Омедас, Ю. Мартелли, X. Плейнс, М. Нибер, Х. А. Мойя, К. Бутакофф, Р. Себастьян, О. Камара, М. Де Крен, Б. Бейненс, А. Ф. Франджи, ГИМИАС: Структура с открытым исходным кодом для эффективной разработки исследовательских инструментов и клинических прототипов , в Functional Imaging and Modeling of the Heart, 417-426, 2009.
^ «Требования VPH и оценка технологий» . Виртуальная физиологическая сеть передового опыта человека. п. 95. Архивировано из оригинала 20 июля 2011 г.
^ «Веб-сайт cvREMOD» . Архивировано из оригинала 30 мая 2010 г.
^ ахк. «Я занимаюсь визуализацией» .
^ П. Омедас; Ю. Мартелли; И. Ларрабид; Б. Х. Бийненс; А. Ф. Франджи. «Усовершенствованный инструмент для визуализации мультимодальных и многомасштабных сердечных данных» (PDF) . УПФ. п. 42. Архивировано из оригинала (PDF) 15 июня 2011 г.
^ «Главная страница ГИМИАС» . Архивировано из оригинала 20 июля 2011 г.
^ Команда ГИМИАС. «ГИМИАС архитектура» . слайдшер.
^ Хамза Эмадин Муса. «Решение GIMIAS для анализа медицинских изображений и моделирования для Windows и Linux» . гумедик.
^ Команда ГИМИАС. «ГИМИАС на SourceForge» . ИсточникФордж.
^ «CMGUI и объединение данных» . Виртуальная физиологическая сеть передового опыта человека. п. 30. Архивировано из оригинала 20 июля 2011 г.
^ «Введение в cmgui» . Оклендский институт биоинженерии.
^ «СТК-Хакфест-Май-2010» .
^ «Сотрудничество B3C» (PDF) . Архивировано из оригинала (PDF) 25 июля 2011 г.
^ «Виртуальный физиологический человек» . Архивировано из оригинала 7 мая 2011 г.
^ MC Вилла-Уриол, И. Ларрабид, Дж. М. Позо, Х. Богунович, П. Омедас, В. Барбарито, Л. Каротенуто, К. Риккобене, X. Плейнс, Ю. Мартелли, А. Дж. Гирс и А. Ф. Франджи, AngioLab: Integrated Технология индивидуального лечения внутричерепных аневризм , 32-я ежегодная международная конференция Общества инженеров в медицине и биологии IEEE (EMBS), Буэнос-Айрес, Аргентина, 2010 г.
^ «Инструментарий ГИМИАС для разрыва аневризмы» . впх-ное. Архивировано из оригинала 20 июля 2011 г.
^ «Создание конвейера для моделирования сердечной ресинхронизирующей терапии in silico» . впх-ное. п. 11. Архивировано из оригинала 20 июля 2011 г.
^ Б. Марти; О. Эстебан; X. Самолеты; П. Омедас; Г. Волни; А. Кот; Х. Сетоаин; А. Франджи; М. Ледесма-Карбайо; Дж. Павиа (2009). «FocusDET: программный инструмент для обнаружения эпилептогенных очагов при трудноизлечимой парциальной эпилепсии» . ЭНАМ . ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}
^ «Расписание презентаций конференции VPH2010» . впх-ное. Архивировано из оригинала 20 июля 2011 г.

Внешние ссылки

[1] И. Ларрабид, П. Омедас, Ю. Мартелли, X. Плейнс, М. Нибер, Х. А. Мойя, К. Бутакофф, Р. Себастьян, О. Камара, М. Де Крен, Б. Бейненс, А. Ф. Франджи, ГИМИАС: Структура с открытым исходным кодом для эффективной разработки исследовательских инструментов и клинических прототипов , в Functional Imaging and Modeling of the Heart, 417-426, 2009.

[2] «Требования VPH и оценка технологий» . Виртуальная физиологическая сеть передового опыта человека. п. 95. Архивировано из оригинала 20 июля 2011 г.

[3] «Веб-сайт cvREMOD» . Архивировано из оригинала 30 мая 2010 г.

[4] ахк. «Я занимаюсь визуализацией» .

[5] П. Омедас; Ю. Мартелли; И. Ларрабид; Б. Х. Бийненс; А. Ф. Франджи. «Усовершенствованный инструмент для визуализации мультимодальных и многомасштабных сердечных данных» (PDF) . УПФ. п. 42. Архивировано из оригинала (PDF) 15 июня 2011 г.

[6] «Главная страница ГИМИАС» . Архивировано из оригинала 20 июля 2011 г.

[7] Команда ГИМИАС. «ГИМИАС архитектура» . слайдшер.

[8] Хамза Эмадин Муса. «Решение GIMIAS для анализа медицинских изображений и моделирования для Windows и Linux» . гумедик.

[9] Команда ГИМИАС. «ГИМИАС на SourceForge» . ИсточникФордж.

[10] «CMGUI и объединение данных» . Виртуальная физиологическая сеть передового опыта человека. п. 30. Архивировано из оригинала 20 июля 2011 г.

[11] «Введение в cmgui» . Оклендский институт биоинженерии.

[12] «СТК-Хакфест-Май-2010» .

[13] «Сотрудничество B3C» (PDF) . Архивировано из оригинала (PDF) 25 июля 2011 г.

[14] «Виртуальный физиологический человек» . Архивировано из оригинала 7 мая 2011 г.

[15] MC Вилла-Уриол, И. Ларрабид, Дж. М. Позо, Х. Богунович, П. Омедас, В. Барбарито, Л. Каротенуто, К. Риккобене, X. Плейнс, Ю. Мартелли, А. Дж. Гирс и А. Ф. Франджи, AngioLab: Integrated Технология индивидуального лечения внутричерепных аневризм , 32-я ежегодная международная конференция Общества инженеров в медицине и биологии IEEE (EMBS), Буэнос-Айрес, Аргентина, 2010 г.

[16] «Инструментарий ГИМИАС для разрыва аневризмы» . впх-ное. Архивировано из оригинала 20 июля 2011 г.

[17] «Создание конвейера для моделирования сердечной ресинхронизирующей терапии in silico» . впх-ное. п. 11. Архивировано из оригинала 20 июля 2011 г.

[18] Б. Марти; О. Эстебан; X. Самолеты; П. Омедас; Г. Волни; А. Кот; Х. Сетоаин; А. Франджи; М. Ледесма-Карбайо; Дж. Павиа (2009). «FocusDET: программный инструмент для обнаружения эпилептогенных очагов при трудноизлечимой парциальной эпилепсии» . ЭНАМ . ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}

[19] «Расписание презентаций конференции VPH2010» . впх-ное. Архивировано из оригинала 20 июля 2011 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]