БиоЛинукс

BioLinux — это термин, используемый в различных проектах, направленных на упрощение доступа к биоинформатики программному обеспечению на платформе Linux с использованием одного или нескольких из следующих методов:

Предоставление комплексных систем
Предоставление репозиториев программного обеспечения для биоинформатики
Добавление пакетов биоинформатики в стандартные дистрибутивы
Добавлены Live DVD / CD с программным обеспечением для биоинформатики.
Системы построения и поддержки сообщества

В настоящее время существуют различные проекты с аналогичными целями как для систем Linux, так и для других Unices, некоторые из них приведены ниже. Обзор также можно найти в информационном бюллетене канадской службы поддержки биоинформатики. ^[1] здесь подробно описаны некоторые проекты на базе Linux.

Репозитории пакетов

Apple/Mac

Многие пакеты Linux совместимы с Mac OS X , и существует несколько проектов, которые пытаются упростить установку выбранных пакетов Linux (включая программное обеспечение для биоинформатики) на компьютер под управлением Mac OS X. (источник?)

БиоАркаLinux

Репозиторий BioArchLinux содержит более 3770 пакетов для Arch Linux и дистрибутива на основе Arch Linux.

Дебиан

Debian — еще один очень популярный дистрибутив Linux , используемый во многих академических учреждениях, и некоторые биоинформатики предоставили свои собственные пакеты программного обеспечения для этого дистрибутива в формате deb .

Красная шляпа

Репозитории пакетов обычно зависят от дистрибутива Linux, который использует биоинформатик. В биоинформатике распространено несколько вариантов Linux. Fedora — это свободно распространяемая версия коммерческой системы Red Hat . Red Hat широко используется в корпоративном мире, поскольку предлагает коммерческую поддержку и пакеты обучения. Fedora Core — это поддерживаемая сообществом производная версия Red Hat, популярная среди тех, кому нравится система Red Hat, но не требуется коммерческая поддержка. Многие пользователи биоинформатических приложений создали RPM (формат пакета Red Hat), предназначенные для работы с Fedora, которые потенциально также можно установить в системах Red Hat Enterprise Linux . Другие дистрибутивы, такие как Mandriva и SUSE, используют RPM, поэтому эти пакеты также могут работать в этих дистрибутивах.

Слаквар

Slackware — один из наименее используемых дистрибутивов Linux . Он популярен среди тех, кто лучше знает операционную систему Linux и предпочитает командную строку различным доступным графическим интерфейсам. Пакеты имеют формат tgz или tgx. Наиболее широко известным живым дистрибутивом, основанным на Slackware, является Slax , и он использовался в качестве основы для многих биоинформатических дистрибутивов.

БиоСЛАКС

Концертные DVD/CD

Live DVD или компакт-диски не являются идеальным способом обеспечения биоинформатических вычислений, поскольку они запускаются с привода CD/DVD. Это означает, что они медленнее, чем традиционная установка с жесткого диска, и имеют ограниченные возможности настройки. Однако они могут подойти для предоставления специальных решений там, где другой доступ к Linux недоступен, и даже могут использоваться в качестве основы для установки Linux.

Стандартные дистрибутивы с хорошей поддержкой биоинформатики.

В целом, дистрибутивы Linux имеют широкий набор официальных пакетов, но они обычно не включают в себя значительную научную поддержку. Есть исключения, например, описанные ниже.

Генту Линукс

Gentoo Linux предоставляет более 156 биоинформатических приложений (см. раздел Gentoo sci-biology в главном дереве ) в виде ebuild-файлов , которые создают приложения из исходного кода. Дополнительные 315 пакетов находятся в оверлее Gentoo Science (для тестирования).

Несмотря на то, что это очень гибкая система с отличной поддержкой сообщества, необходимость установки из исходного кода означает, что системы Gentoo часто устанавливаются медленно и требуют значительного обслуживания. Можно частично сократить время компиляции, используя центральный сервер для создания бинарных пакетов. С другой стороны, вы можете точно настроить все для работы на максимальной скорости, используя все возможности вашего процессора (например, для фактического использования инструкций процессора SSE и AVX и AVX2). Дистрибутивы на основе двоичных файлов обычно предоставляют двоичные файлы, использующие только наборы инструкций i686 или даже только i386.

FreeBSD

FreeBSD — это не дистрибутив Linux, а версия Unix очень похожая . Его порты аналогичны ebuild-файлам Gentoo. Однако проект постоянно создает предварительно скомпилированные бинарные пакеты для платформ уровня 1, таких как x86 и ARM . Пользователи также могут собрать и установить любой порт из исходного кода, чтобы включить непереносимую оптимизацию или другие параметры сборки. Опция сборки из исходного кода также позволяет системе портов автоматизировать установку программного обеспечения с лицензией, не допускающей повторного распространения.

Коллекция портов содержит более 31 000 портов, из которых более 2200 относятся к научным категориям и более 240 относятся к биологии. Новые порты и обновления перечислены в разделе «Свежие порты». ^[2] сайт.

pkgsrc

Менеджер пакетов pkgsrc , первоначально созданный из портов FreeBSD , поддерживается проектом NetBSD , но нацелен на поддержку всех POSIX -совместимых операционных систем. Он хорошо протестирован на NetBSD , многих Linux дистрибутивах , macOS и SunOS производных . Как и порты FreeBSD, предварительно скомпилированные бинарные пакеты поддерживаются для некоторых платформ. Пакеты могут быть созданы из исходного кода на любой платформе или, если желательны дополнительные оптимизации или опции. Коллекция pkgsrc содержит более 19 000 пакетов, из которых около 800 относятся к научным категориям и более 60 относятся к биологии.

Дебиан

В стандартную установку Debian входит более сотни биоинформатических пакетов. NEBC Био-Линукс ^[3] Пакеты также можно установить в стандартной системе Debian, если также установлен пакет bio-linux-base. При этом создается каталог /usr/local/bioinf, в который другие наши пакеты устанавливают свое программное обеспечение. Пакеты Debian также могут работать в Ubuntu Linux или других установках, производных от Debian.

Системы построения и поддержки сообщества

Предоставление поддержки и документации должно быть важной частью любого проекта BioLinux, чтобы ученые, не являющиеся ИТ-специалистами, могли быстро найти ответы на свои конкретные проблемы. Форумы поддержки или списки рассылки также полезны для распространения знаний в исследовательском сообществе. Некоторые из этих ресурсов связаны здесь.

См. также

Ссылки

^ обзор в информационном бюллетене канадской службы поддержки биоинформатики. Архивировано 15 декабря 2005 г., в Wayback Machine.
^ Свежие портвейны
^ «NEBC Био-Линукс» . Архивировано из оригинала 22 апреля 2006 г. Проверено 19 декабря 2005 г.

[1] обзор в информационном бюллетене канадской службы поддержки биоинформатики. Архивировано 15 декабря 2005 г., в Wayback Machine.

[2] Свежие портвейны

[3] «NEBC Био-Линукс» . Архивировано из оригинала 22 апреля 2006 г. Проверено 19 декабря 2005 г.

[1]

[2]

[3]