Список программного обеспечения для биоинформатики с открытым исходным кодом
Это список компьютерного программного обеспечения , созданного для биоинформатики и выпущенного по лицензиям на программное обеспечение с открытым исходным кодом, со статьями в Википедии.
| Программное обеспечение | Описание | Платформа | Лицензия | Разработчик |
|---|---|---|---|---|
| .NET Биография | Независимый от языка набор инструментов, созданный с использованием Microsoft 4.0 .NET Framework для помощи разработчикам, исследователям и ученым. | .NET Framework | Апач | Совместный проект |
| АМФОРА | Программное обеспечение для метагеномного анализа | Линукс | лицензия GPL | ? |
| На датчике | Компонентная структура рабочего процесса для анализа данных | Linux , MacOS , Windows | лицензия GPL | Университет Хельсинки |
| Аскалаф Дизайнер | Компьютерная программа для молекулярного моделирования общего назначения для молекулярного дизайна и моделирования. | ? | лицензия GPLv2 | Гибкая молекула |
| АвтоДок | Набор инструментов автоматизированной стыковки | ? | лицензия GPL | ? |
| Авогадро | Редактор молекул и визуализатор на основе C++ ( Qt ) для вычислительной химии, молекулярного моделирования, биоинформатики, материаловедения и смежных областей. | ? | лицензия GPL | ? |
| BEDинструменты | «Геномная арифметика» — манипулирование наборами координат и извлечение последовательностей из BED-файла. | Линукс | С | QuinlanLab , Университет Юты |
| Биоклипс | Визуальная платформа для химио- и биоинформатики на базе Eclipse Rich Client Platform (RCP) | ? | Затмение Публичное | Проект Биоклипс |
| Биопроводник | R (язык программирования) Набор инструментов языка | Linux , MacOS , Windows | Художественный 2.0 | Онкологический исследовательский центр Фреда Хатчинсона |
| БиоЯва | Функции библиотеки Java для управления последовательностями, белковыми структурами, анализаторами файлов, совместимости CORBA, распределенной системы аннотаций (DAS), доступа к AceDB, динамического программирования и простых статистических процедур. | Linux , MacOS , Windows | LGPL v2.1 | Открытый фонд биоинформатики |
| БиоJS | JavaScript Библиотека компонентов для визуализации биологических данных | веб-браузер | Апач | ? |
| БиоМОБИ | Реестр веб-сервисов | веб-браузер | Художественный | Открытый фонд биоинформатики |
| БиоПерл | Perl Инструментарий языка | Кросс-платформенный | Художественный , GPL | Открытый фонд биоинформатики |
| БиоPHP | Набор инструментов языка PHP с классами для анализа последовательностей ДНК и белков, выравнивания, анализа баз данных и других инструментов биоинформатики. | Кросс-платформенный | Лицензия GPL v2 | Открытый фонд биоинформатики |
| Биопитон | Python Инструментарий языка | Кросс-платформенный | Биопитон [1] | Открытый фонд биоинформатики |
| БиоРубин | Ruby Инструментарий языка | ? | GPL v2 или Ruby | Открытый фонд биоинформатики |
| ВЗРЫВ | Алгоритм и программа для сравнения информации о первичных биологических последовательностях, включая последовательности ДНК и белков. | Кросс-платформенный | Всеобщее достояние | Национальный центр биотехнологической информации |
| CP2K | Выполняйте атомистическое моделирование твердотельных, жидких, молекулярных и биологических систем, написанное на Фортране 2003. | ? | Лицензия GPL и LGPL | Бесплатная версия GNU GPLv2 с открытым исходным кодом или более поздняя версия. |
| ЭМБОСС | Набор пакетов для секвенирования, поиска и т. д., написанных на C. | ? | Лицензия GPL и LGPL | Совместный проект |
| Галактика | научного документооборота и интеграции данных Система | Unix-подобный | Академический бесплатно | Совместный проект |
| Генный шаблон | Система научного рабочего процесса , обеспечивающая доступ к сотням инструментов геномного анализа. | Unix-подобный (публичный сервер); Linux , MacOS , Windows | С | Институт Броуда , Калифорнийский университет в Сан-Диего |
| Геворстак | интеграции геномных данных Платформа | Linux , MacOS , Windows | Лицензия GeWorkbench [2] | Колумбийский университет |
| ГМОД | Инструментарий для решения многих распространенных проблем в биологических базах данных | Unix-подобный (сервер), веб-браузер (клиент) | Зависит от инструмента | Совместный проект |
| ГенГИС | Приложение, позволяющее объединять данные цифровой карты с информацией о биологических последовательностях, собранной из окружающей среды. | Windows , МакОС | лицензия GPL | Совместный проект |
| Геномное пространство | Централизованное веб-приложение, которое обеспечивает преобразование форматов данных и упрощает связь с другими инструментами биоинформатики. | веб-браузер | LGPL | Broad Institute , совместный проект |
| Нежный | Эквивалент собственной разработки Vector NTI — инструмента для анализа и редактирования ДНК файлов последовательностей . | ? | лицензия GPL | Магнус Манске |
| ГРОМАКС | Пакет молекулярной динамики в основном предназначен для моделирования белков, липидов и нуклеиновых кислот. | Linux , MacOS , Windows | Общий паблик 1.0 | Геновиз |
| Интегрированный браузер генома | на основе Java Настольный браузер генома | Linux , MacOS , Windows | Общий паблик 1.0 | Геновиз |
| ИнтерМайн | Обширная система хранилища данных для анализа и интеграции наборов биологических данных, написанных на Java и JavaScript. | Кросс-платформенный | LGPL | Кембриджский университет |
| Сервер LabKey | Программная платформа позволяет организациям интегрировать, анализировать и обмениваться сложными биомедицинскими данными. | Linux , MacOS , Windows | Апач | Фонд программного обеспечения LabKey |
| ЛАММПС | Программа молекулярной динамики, написанная на C++. | Linux , MacOS , Windows | Апач | Сандианские национальные лаборатории. |
| мать | Программное обеспечение для анализа 16S рРНК данных последовательности ампликона гена | Linux , MacOS , Windows | лицензия GPL | университет Мичигана |
| ПутьVisio | Настольное программное обеспечение для рисования, анализа и визуализации биологических путей. | Linux , MacOS , Windows | Апач 2.0 | Маастрихтский университет |
| Апельсин | на основе компонентов Пакет программного обеспечения для анализа данных и машинного обучения , написанный на C++, включающий интерфейс визуального программирования для исследовательского анализа данных и интерактивной визуализации , а также Python привязки и библиотеки для написания сценариев. | Linux , MacOS , Windows | лицензия GPL | Университет Любляны |
| SAMtools | Утилиты для взаимодействия с данными высокопроизводительного секвенирования и выравнивания в формате sam/bam | Юникс / Линукс | С | Совместный проект |
| Мыльный набор | Набор инструментов для сборки, выравнивания и анализа секвенирования нового поколения данных с коротким считыванием. | Юникс / Линукс , macOS | лицензия GPL | БГИ |
| Городской пакет | Сборка, редактирование и анализ последовательности, в основном состоящая из разрыва 4, разрыва 5 и вращения. Написан на C, C++, Fortran и Tcl. | Linux , MacOS , Windows | БСД | Wellcome Trust Sanger Institute , Совет медицинских исследований |
| Верстак для таверны | Инструмент для проектирования и выполнения рабочих процессов | Linux , MacOS , Windows | LGPL | myGrid |
| T-REX (веб-сервер) | Вывод, проверка и визуализация филогенетических деревьев и филогенетических сетей | Веб-браузер , Windows | ? | Университет Квебека в Монреале |
| НЕДЕЛИ | Интегрированные инструменты биоинформатики, написанные на C++ ( Qt ) | Linux , MacOS , Windows | Лицензия GPL 2 | Юнипро |
| Юнипепт | Метапротеомный анализ биоразнообразия, написанный на Ruby и JavaScript. | веб-браузер | С | Гентский университет |
| водка | Пакет грубого моделирования для молекулярной динамики, написанный на C++, Perl, BASH. | Linux , macOS , Windows , любая другая разновидность Unix. | Лицензия Апач 2.0 | Институт Макса Планка исследований полимеров |
См. также [ править ]
- Список программного обеспечения для выравнивания последовательностей
- Список медицинского программного обеспечения с открытым исходным кодом
- Список программного обеспечения для биомедицинской кибернетики
- Список бесплатного программного обеспечения для здоровья
- Список программного обеспечения для генной инженерии
- Список систем молекулярной графики
- Список программного обеспечения для моделирования системной биологии
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Список фирменного программного обеспечения для биоинформатики
Ссылки [ править ]
- ^ Лицензия Биопитона
- ^ «Лицензия GeWorkbench» . geWorkbench . Колумбийский университет. 15 июня 2014 г.