Городской пакет
| Оригинальный автор(ы) | Роджер Стаден |
|---|---|
| Разработчик(и) | Джеймс Бонфилд и др. |
| Первоначальный выпуск | 1977 год |
| Стабильная версия | 2.0.0b9
/ 24 января 2012 г |
| Предварительный выпуск | 2.0.0b11
/ 25 апреля 2016 г |
| Репозиторий | исходная кузня |
| Написано в | C , С++ , Фортран , Tcl |
| Операционная система | Unix , Linux , MacOS , Windows |
| Платформа | ИА-32 , x86-64 |
| Доступно в | Английский |
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | BSD 3-пункт |
| Веб-сайт | город |
Пакет Staden — это компьютерное программное обеспечение , набор инструментов для сборки , редактирования и анализа последовательностей ДНК. Это программное обеспечение с открытым исходным кодом , выпущенное под лицензией BSD с 3 пунктами.
Компоненты пакета
[ редактировать ]Пакет Staden состоит из нескольких различных программ. Основными компонентами являются:
- pregap4 — базовый вызов с помощью Phred , обрезка концов и обрезка вектора
- trev — просмотр и редактирование трассировки
- зазор4 – сборка последовательности, редактирование контига и отделка
- Gap5 – визуализация сборки, редактирование и доработка данных NGS [1]
- Спин – анализ последовательности ДНК и белков
История
[ редактировать ]Пакет Стадена был разработан группой Роджера Стадена в Совета медицинских исследований (MRC) Лаборатории молекулярной биологии в Кембридже, Англия, с 1977 года. [2] [3] [4] Пакет был доступен бесплатно для академических пользователей: в 2003 году было выдано 2500 лицензий и около 10 000 пользователей, когда закончилось финансирование дальнейшей разработки. [5] Пакет был преобразован в открытый исходный код в 2004 году, и с тех пор было выпущено несколько новых версий.
За годы активной разработки группа Staden опубликовала ряд широко используемых форматов файлов и идей, включая формат файлов SCF, [6] использование показателей качества последовательностей для создания точных консенсусных последовательностей, [7] и формат файла ZTR. [8]
См. также
[ редактировать ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Бонфилд Дж. К., Уитвэм А (2010). «Gap5 — редактирование сборки последовательности из миллиарда фрагментов» . Биоинформатика . 26 (14): 1699–1703. doi : 10.1093/биоинформатика/btq268 . ПМЦ 2894512 . ПМИД 20513662 .
- ^ Стаден Р. (1979). «Стратегия секвенирования ДНК с использованием компьютерных программ» . Нуклеиновые кислоты Рез . 6 (7): 2601–2610. дои : 10.1093/нар/6.7.2601 . ПМК 327874 . ПМИД 461197 .
- ^ Стаден Р. (1984). «Компьютерные методы определения и анализа последовательностей ДНК». Биохим Соц Транс . 12 (6): 1005–1008. дои : 10.1042/bst0121005 . ПМИД 6397374 .
- ^ Стаден Р., Бил К.Ф., Бонфилд Дж.К. (2000). Пакет Стадена, 1998 год . Методы Мол Биол. Том. 132. С. 115–130. дои : 10.1385/1-59259-192-2:115 . ISBN 1-59259-192-2 . ПМИД 10547834 .
- ^ «MRC Великобритании прекращает поддержку пакета Стадена: первый признак изменения приоритетов финансирования после принятия HGP?» . Геномная паутина . ООО "Геномеб". 5 мая 2003 года . Проверено 15 ноября 2016 г.
- ^ Дорогой С., Стаден Р. (1992). «Стандартный формат файла для данных инструментов секвенирования ДНК». Секв. ДНК . 3 (2): 107–110. дои : 10.3109/10425179209034003 . ПМИД 1457811 .
- ^ Бонфилд Дж. К., Стаден Р. (1995). «Применение численных оценок точности определения оснований в проектах секвенирования ДНК» . Нуклеиновые кислоты Рез . 23 (8): 1406–1410. дои : 10.1093/нар/23.8.1406 . ПМК 306869 . ПМИД 7753633 .
- ^ Бонфилд Дж. К., Стаден Р. (2002). «ZTR: новый формат данных трассировки последовательностей ДНК» . Биоинформатика . 18 (1): 3–10. дои : 10.1093/биоинформатика/18.1.3 . ПМИД 11836205 .