КодонCode Aligner
| Разработчик(и) | Корпорация КодонКод |
|---|---|
| Стабильная версия | 4.2.5
/ 2013 |
| Операционная система | Mac OS X, Windows |
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | коммерческий; бесплатно для ограниченного использования (просмотр и редактирование трассировки) |
| Веб-сайт | http://www.codoncode.com/aligner |
CodonCode Aligner — коммерческое приложение для сборки , выравнивания и редактирования последовательностей ДНК в Mac OS X и Windows .
Функции
[ редактировать ]Функции включают в себя редактирование хроматограмм , обрезку концов и обрезку векторов, сборку последовательностей и редактирование контигов, выравнивание кДНК по геномным шаблонам, выравнивание и редактирование последовательностей , выравнивание контигов друг с другом с помощью ClustalW , MUSCLE или встроенных алгоритмов, обнаружение мутаций, в том числе обнаружение гетерозиготного однонуклеотидного полиморфизма , анализ гетерозиготных вставок и делеций, запуск онлайн- поиска BLAST , анализ рестрикции (найти и просмотреть сайты рестрикции), повышение четкости трассировки и поддержка Phred , Phrap , ClustalW и MUSCLE .
История
[ редактировать ]Первая бета-версия CodonCode Aligner была выпущена в апреле 2003 года, за ней последовала первая полная версия в июне 2003 года. Основные обновления были выпущены в 2003, 2004, 2005, 2006, 2007 и 2008 годах.
В апреле 2009 года CodonCode Aligner цитировался более чем в 400 научных публикациях. Цитаты охватывают широкий спектр областей биомедицинских исследований, включая исследования ВИЧ, [1] [2] [3] биогеография и биология окружающей среды, [4] [5] исследования метилирования ДНК, [6] генетические заболевания, [7] [8] [9] клиническая микробиология, [10] [11] и эволюционные исследования и филогенетика. [12] [13] [14]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Бэйли-младший, Седагат А.Р., Киффер Т., Бреннан Т., Ли ПК, Винд-Ротоло М., Хаггерти СМ, Камиредди А.Р., Лю Ю, Ли Дж., Персо Д., Галлант Дж.Е., Кофранческо Дж., Куинн Т.С., Уилке СО, Рэй С.С., Силициано Д.Д., Неттлз Р.Э., Силициано РФ (2006). «В остаточной виремии вируса иммунодефицита человека типа 1 у некоторых пациентов, получающих антиретровирусную терапию, преобладает небольшое количество инвариантных клонов, редко встречающихся в циркулирующих CD4+ Т-клетках» . Дж Вирол . 80 (13): 6441–6457. дои : 10.1128/JVI.00591-06 . ПМЦ 1488985 . ПМИД 16775332 .
- ^ Калис Дж.К., Роттевел Х.П., ван дер Куил А.С., Зоргдрагер Ф., Качала Д., ван Хенсбрук М.Б., Корнелиссен М. (2008). «Тяжелая анемия не связана с характеристиками гена env ВИЧ-1 у малавийских детей» . BMC заразить дис . 8:26 дои 10.1186 / : 1471-2334-8-26 . ПМК 2311312 . ПМИД 18312662 .
- ^ Милд М., Эсбьорнссон Дж., Феньё Э.М., Медстранд П. (2007). «Частая внутрибольничная рекомбинация между оболочками вируса иммунодефицита человека типа 1 R5 и X4: последствия для переключения корецепторов» . Дж Вирол . 81 (7): 3369–3376. дои : 10.1128/JVI.01295-06 . ПМК 1866041 . ПМИД 17251288 .
- ^ Пендли С.Дж., Беккер Э.А., Карл Дж.А., Бласки А.Дж., Уайзман Р.В., Хьюз А.Л., О'Коннор С.Л., О'Коннор Д.Х. (2008). «Характеристика MHC класса I индонезийских макак-крабоедов» . Иммуногенетика . 60 (7): 339–351. дои : 10.1007/s00251-008-0292-4 . ПМК 2612123 . ПМИД 18504574 .
- ^ Бенке А., Бунге Дж., Баргер К., Брейнер Х., Алла В., Сток Т. (2006). «Структуры сообщества микроэукариот вдоль градиента O2/H2S в сверхсульфидном бескислородном фьорде (Фрамварен, Норвегия)'Ć» . Appl Environ Microbiol . 72 (5): 3626–3636. дои : 10.1128/АЕМ.72.5.3626-3636.2006 . ПМЦ 1472314 . ПМИД 16672511 .
- ^ Барт А., ван Пассель MWJ, ван Амстердам К., ван дер Энде А (2005). «Прямое обнаружение метилирования в геномной ДНК» . Нуклеиновые кислоты Рез . 33 (14): е124. дои : 10.1093/нар/гни121 . ПМЦ 1184226 . ПМИД 16091626 .
- ^ Андерссон Л.С., Юрас Р., Рэмси Д.Т., Исон-Батлер Дж., Юарт С., Котран Г., Линдгрен Г. (2008). «Множественные врожденные аномалии глаз у лошадей соответствуют интервалу 4,9 мегабаз в хромосоме 6 лошади» . БМК Генет . 9:88 . дои : 10.1186/1471-2156-9-88 . ПМК 2653074 . ПМИД 19099555 .
- ^ Трембле К., Лемир М., Потвин С., Трембле А., Ханнингейк ГМ, Раби Б.А., Хадсон Т.Дж., Перес-Иратчета С., Андраде-Наварро М.А., Лаприз С. (2008). «Вычислительный метод генов болезней (G2D) для идентификации генов-кандидатов на астму» . ПЛОС ОДИН . 3 (8): e2907. Бибкод : 2008PLoSO...3.2907T . дои : 10.1371/journal.pone.0002907 . ПМЦ 2488373 . ПМИД 18682798 .
- ^ Маккалоу Б.Дж., Адамс Дж.С., Шиллинг DJ, Фини MP, Sie KCY, Tempel BL (2007). «3p-синдром определяет локус потери слуха в 3p25.3» . Слушайте Рес . 224 (1–2): 51–60. дои : 10.1016/j.heares.2006.11.006 . ЧВК 1995240 . ПМИД 17208398 .
- ^ Пиньон М., Грет К.М., Купер Дж., Эмерсон Д., Тан Дж. (2006). «Идентификация микобактерий с помощью матричной лазерной десорбции, ионизации и времяпролетной масс-спектрометрии» . J Clin Микробиол . 44 (6): 1963–1970. дои : 10.1128/JCM.01959-05 . ПМК 1489414 . ПМИД 16757585 .
- ^ ван Амстердам К., Барт А., ван дер Энде А. (2005). «Эффлюксный насос TolC Helicobacter pylori обеспечивает устойчивость к метронидазолу» . Противомикробные средства Химиотер . 49 (4): 1477–1482. doi : 10.1128/AAC.49.4.1477-1482.2005 . ПМЦ 1068630 . ПМИД 15793129 .
- ^ Бакстер С.В., Папа Р., Чемберлен Н., Хамфри С.Дж., Джорон М., Моррисон С., Френч-Констант Р.Х., Макмиллан В.О., Джиггинс К.Д. (2008). «Конвергентная эволюция в генетической основе мюллеровой мимикрии у бабочек Heliconius» . Генетика . 180 (3): 1567–1577. doi : 10.1534/genetics.107.082982 . ПМК 2581958 . ПМИД 18791259 .
- ^ Сиддалл М.Э., Тронтель П., Утевский С.Ю., Нкамани М., Макдональд К.С. (2007). «Разнообразные молекулярные данные показывают, что имеющиеся в продаже медицинские пиявки не относятся к Hirudo Medicariis» . Учебник по биологическим наукам . 274 (1617): 1481–1487. дои : 10.1098/rspb.2007.0248 . ПМК 2176162 . ПМИД 17426015 .
- ^ Сток Т., Каспер Дж., Бунге Дж., Леслин С., Ильин В., Эпштейн С. (2007). «Протистанское разнообразие в Арктике: пример палеоклимата, формирующего современное биоразнообразие?» . ПЛОС ОДИН . 2 (8): е728. Бибкод : 2007PLoSO...2..728S . дои : 10.1371/journal.pone.0000728 . ЧВК 1940325 . ПМИД 17710128 .
