Сервер LabKey

Сервер LabKey
Разработчик(и)	ЛабКей
Стабильная версия	21,3 / март 2021 г .; 3 года назад
Написано в	Ява
Операционная система	Кросс-платформенный
Лицензия	Лицензия Апач 2.0
Веб-сайт	www .labkey .с

LabKey Server — это пакет программного обеспечения, доступный ученым для интеграции , анализа и обмена данными биомедицинских исследований. Платформа предоставляет безопасное хранилище данных , которое позволяет выполнять запросы через Интернет, составлять отчеты и сотрудничать с различными источниками данных. Конкретные научные приложения и рабочие процессы можно добавить поверх базовой платформы и использовать конвейер обработки данных .

Лицензия

LabKey лицензирует LabKey Server и документацию к нему бесплатно по лицензии Apache . ^[2]

Языки и расширяемость

Базовая платформа написана на Java . Его можно расширить за счет добавления модулей на основе Java или простых файловых модулей, написанных на HTML , XML и JavaScript . ^[3] Платформу также можно расширить с помощью клиентских библиотек Java , JavaScript , R , Python , Perl и SAS сервера LabKey Server . ^[4]

История

Сервер LabKey, первоначально известный как Система вычислительного протеомного анализа (CPAS), был разработан в Центре онкологических исследований Фреда Хатчинсона для управления большими объемами данных, генерируемых в Лаборатории вычислительной протеомики Фреда Хатча. В 2005 году небольшая команда вышла из Hutch и начала работать независимо под названием LabKey Software после того, как участники поняли, что это программное обеспечение может быть полезно более широкому научному сообществу. ^[5]^[6]^[7]

Основные компоненты

LabKey Server обеспечивает безопасное хранилище данных для всех типов биомедицинских данных, включая масс-спектрометрию , проточную цитометрию , микрочипы , микропланшеты , ELISpot , ELISA , NAb и обсервационных исследований информацию . Настраиваемый конвейер обработки данных позволяет загружать и обрабатывать большие файлы данных, распространенные в биомедицинских исследованиях.

Платформа также обеспечивает специфическую поддержку для нескольких областей исследований, в том числе:

Наблюдательные исследования. Поддерживает управление продольными крупномасштабными исследованиями участников, субъектов или животных с течением времени. Позволяет интегрировать клинические данные с результатами анализов.
Протеомика. Позволяет обрабатывать данные масс-спектрометрии с высокой пропускной способностью с использованием таких инструментов, как X! Тандемная поисковая система, Транспротеомный конвейер , Талисман и Секвест . Сертифицирован как «Служба данных серебряного уровня», соответствующая стандарту caBIG .
Проточная цитометрия. Поддерживает автоматизированный контроль качества, централизованное управление данными и обмен данными через Интернет. Интегрируется с FlowJo .

Открытый исследовательский портал Зика

В 2016 году LabKey и профессор Дэйв О'Коннор из Университета Висконсин-Мэдисон запустили портал открытых исследований вируса Зика [1] с использованием сервера LabKey. Портал обеспечивает прямой доступ к данным экспериментов, проводимых членами Экспериментальной научной группы по борьбе с вирусом Зика (ZEST). Портал привлек внимание научного сообщества как первая в своем роде платформа для обмена исследовательскими данными в режиме реального времени. ^[8]^[9]

Программное обеспечение с открытым исходным кодом

Labkey лицензируется различными способами. Исходный код предоставляется для основного набора функций Community Edition, также доступны версии Premium. ^[10]

Пользователи

Пользователи варьируются от отдельных лабораторий до крупных исследовательских консорциумов. В 2017 году пользователями программы были: ^[11]

Медицинский центр Сидарс-Синай
Центр вакциноиммунологии ВИЧ-СПИДа (CHAVI) при Университете Дьюка
Сотрудничество в области открытия вакцины против СПИДа (CAVD), финансируемое Фондом Гейтса.
Онкологический исследовательский центр Фреда Хатчинсона
Геномика Англии
Международная инициатива по вакцине против СПИДа (IAVI)
Научно-исследовательский институт инфекционных заболеваний (IDRI)
Институт молекулярной и клеточной биологии (Сингапур)
Просто Биотерапия
БРАТЬ
Орегона Национальный центр исследования приматов
Гарвард Партнерс
Статистический центр исследований и профилактики ВИЧ / СПИДа (SCHARP)
Юго-западный национальный исследовательский центр приматов
Вашингтонский университет
Мичиганский университет
Университет Кентукки
Университет Южной Флориды
Университет Висконсина
Тулейна Национальный центр исследования приматов
Висконсина Национальный центр исследования приматов

Публикации

Нельсон, Элизабет К; Пилер, Бритт; Экельс, Джош; Раух, Адам; Беллью, Мэтью; Хасси, Питер; Рамзи, Сара; Нэт, Кори; Лам, Карл; Крауз, Кевин; Стернс, Дэвид; Коннолли, Брайан; Скиллман, Том; Игра, Марк (2011). «LabKey Server: платформа с открытым исходным кодом для интеграции, анализа и совместной работы научных данных» . БМК Биоинформатика . 12:71 . дои : 10.1186/1471-2105-12-71 . ПМК 3062597 . ПМИД 21385461 .
Раух, Адам; Беллью, Мэтью; Энг, Джимми; Фицгиббон, Мэтью; Хольцман, Тед; Хасси, Питер; Игра, Марк; Маклин, Брендан; и др. (2006). «Система вычислительного протеомного анализа (CPAS): расширяемая аналитическая система с открытым исходным кодом для оценки и публикации протеомных данных и высокопроизводительных биологических экспериментов». Журнал исследований протеома . 5 (1): 112–21. дои : 10.1021/pr0503533 . ПМИД 16396501 .
Шульман, Николай; Беллью, Мэтью; Снеллинг, Джордж; Картер, Дональд; Хуанг, Юнда; Ли, Хунли; Селф, Стивен Г.; МакЭлрат, М. Джулиана; Де Роза, Стивен С. (2008). «Разработка автоматизированной системы анализа данных проточно-цитометрических анализов окрашивания внутриклеточных цитокинов, полученных в результате клинических испытаний вакцин» . Цитометрия Часть А. 73А (9): 847–56. doi : 10.1002/cyto.a.20600 . ПМК 2591089 . ПМИД 18615598 .
«Лучшее из обоих миров: интеграция веб-приложения Java с SAS с использованием драйвера SAS/SHARE для JDBC» (PDF) .

Ссылки

^ «Примечания к выпуску 21.3 (март 2021 г.): / Документация» . labkey.org . Проверено 13 апреля 2021 г.
^ «Часто задаваемые вопросы LabKey: /home» . Labkey.org . Проверено 29 мая 2010 г.
^ «Создание модулей: /home/Documentation» . Labkey.org . Проверено 29 мая 2010 г.
^ «LabKey API:/Документация» . Labkey.org . Проверено 29 мая 2010 г.
^ «Лаборатория вычислительной протеомики» . Proteomics.fhcrc.org. Архивировано из оригинала 16 июня 2010 г. Проверено 29 мая 2010 г.
^ Волшебники вычислительной науки. ^{[ мертвая ссылка ]}
^ «Новости Центра - 05.01.06 - Центр, НЦИ запускает программное обеспечение с открытым исходным кодом для протеомного анализа» . Fhcrc.org. 5 января 2006 г. Проверено 29 мая 2010 г.
^ Батлер, Деклан (23 февраля 2016 г.). «Исследователи Зика публикуют в режиме реального времени данные об исследовании вирусной инфекции у обезьян» . Природа . Новости природы. дои : 10.1038/nature.2016.19438 . S2CID 168146966 . Проверено 23 февраля 2016 г.
^ «Данные о вирусе Зика из лаборатории и прямо в Интернет» . Нью-Йорк Таймс . 18 июля 2016 г. Проверено 18 июля 2016 г.
^ «Сервер LabKey — самая гибкая программная платформа Research для аналитики» .
^ «Наши клиенты | Программное обеспечение LabKey» . Labkey.com . Проверено 29 мая 2010 г.

Внешние ссылки

ЛабКей . Официальный веб-сайт LabKey. Узнайте о продуктах, функциях и профессиональной настройке.
Портал поддержки LabKey . Найдите поддержку, включая документацию и форумы сообщества .

[1] «Примечания к выпуску 21.3 (март 2021 г.): / Документация» . labkey.org . Проверено 13 апреля 2021 г.

[2] «Часто задаваемые вопросы LabKey: /home» . Labkey.org . Проверено 29 мая 2010 г.

[3] «Создание модулей: /home/Documentation» . Labkey.org . Проверено 29 мая 2010 г.

[4] «LabKey API:/Документация» . Labkey.org . Проверено 29 мая 2010 г.

[5] «Лаборатория вычислительной протеомики» . Proteomics.fhcrc.org. Архивировано из оригинала 16 июня 2010 г. Проверено 29 мая 2010 г.

[6] Волшебники вычислительной науки. ^{[ мертвая ссылка ]}

[7] «Новости Центра - 05.01.06 - Центр, НЦИ запускает программное обеспечение с открытым исходным кодом для протеомного анализа» . Fhcrc.org. 5 января 2006 г. Проверено 29 мая 2010 г.

[8] Батлер, Деклан (23 февраля 2016 г.). «Исследователи Зика публикуют в режиме реального времени данные об исследовании вирусной инфекции у обезьян» . Природа . Новости природы. дои : 10.1038/nature.2016.19438 . S2CID 168146966 . Проверено 23 февраля 2016 г.

[9] «Данные о вирусе Зика из лаборатории и прямо в Интернет» . Нью-Йорк Таймс . 18 июля 2016 г. Проверено 18 июля 2016 г.

[10] «Сервер LabKey — самая гибкая программная платформа Research для аналитики» .

[11] «Наши клиенты | Программное обеспечение LabKey» . Labkey.com . Проверено 29 мая 2010 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]