ИТК-СНАП
 | |
 ИТК-СНАП | |
| Разработчик(и) | Пол А. Юшкевич , Гвидо Гериг и исследователи из Университета Пенсильвании, Университета Северной Каролины, Юты и Kitware |
|---|---|
| Первоначальный выпуск | 2004 |
| Написано в | С++ |
| Платформа | Кросс-платформенный |
| Доступно в | Английский |
| Тип | Программное обеспечение для здоровья |
| Лицензия | Стандартная общественная лицензия GNU |
| Веб-сайт | http://www.itksnap.org |
ITK-SNAP — это интерактивное программное приложение, которое позволяет пользователям перемещаться по трехмерным медицинским изображениям, вручную определять интересующие анатомические области и выполнять автоматическую сегментацию изображений . Программное обеспечение было разработано с учетом потребностей исследователей в области клинических и фундаментальных наук, при этом упор был сделан на наличие удобного интерфейса и поддержание ограниченного набора функций для предотвращения расползания функций . ITK-SNAP чаще всего используется для работы с наборами данных магнитно-резонансной томографии (МРТ), конусно-лучевой компьютерной томографии (КЛКТ) и компьютерной томографии (КТ).
Особенности [ править ]
Цель этого инструмента — облегчить исследователям определение анатомических структур и областей интереса в данных визуализации. Набор функций сведен к минимуму. Основными особенностями программы являются
- Навигация по изображениям
- три ортогональные плоскости сечения, проходящие через объем изображения, отображаются всегда. Плоскости сечения связаны общим курсором, поэтому перемещение курсора в одной плоскости сечения приводит к обновлению других плоскостей сечения. Курсор перемещается путем перетаскивания мыши по плоскостям сечения, что обеспечивает плавную навигацию. Связанный курсор также работает во всех сеансах ITK-SNAP, позволяя перемещаться по данным мультимодальной визуализации (например, два МРТ-сканирования субъекта за один сеанс).
- Ручная сегментация
- ITK-SNAP предоставляет инструменты для ручного разграничения анатомических структур на изображениях. Маркировка может осуществляться во всех трех ортогональных плоскостях разреза, а результаты можно визуализировать в виде трехмерного изображения. Это упрощает обеспечение того, чтобы сегментация сохраняла разумную форму в 3D.
- Автоматическая сегментация
- ITK-SNAP обеспечивает автоматическую сегментацию функционала с использованием метода набора уровней . Это позволяет сегментировать структуры, которые на медицинских изображениях выглядят несколько однородными, практически не требуя вмешательства человека. Например, боковые желудочки при МРТ можно надежно сегментировать, как и некоторые типы опухолей при КТ и МРТ.
ITK-SNAP — это программное обеспечение с открытым исходным кодом , распространяемое по лицензии GNU General Public License . Он написан на C++ и использует библиотеку Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK). ITK-SNAP может читать и записывать различные форматы медицинских изображений, включая DICOM, NIfTI и Mayo Analyse . Он также предлагает ограниченную поддержку многокомпонентных (например, тензорных изображений диффузии ) и многомерных данных изображений.
Приложения [ править ]
ITK-SNAP применяется в следующих областях:
- Черепно-лицевые патологии и анатомические исследования [1]
- КСОТ [2]
- Амелобластома [3]
- Кисты
- Кондил Томс
- сонной артерии Сегментация [4]
- Диффузионный МРТ- анализ [5]
- Определение цели лучевой терапии рака
- рака легких лучевая терапия [6]
- Пренатальный анализ изображений
- Диагностика расщепления позвоночника [7]
- Виртуальная реальность в медицине [8]
- Ортодонтия [9]
- Морфометрия мозга
- Анализ мозолистого тела и желудочка при синдроме делеции 22q11.2 [10]
- Измерение размера и формы гиппокампа при нейродегенеративных заболеваниях. [11] [12]
- Опухоли головного мозга человека (например, менингиома) [13]
Ссылки [ править ]
- ^ Кауке, Мартин Кауке и Али-Фарид Сафи (январь 2019 г.). «Объемная аппроксимация на основе сегментации изображений - объем как фактор клинического лечения остеолитических поражений челюсти» . Челюстно-челюстно-лицевая радиология . 48 (1): 20180113. Бибкод : 2007SPIE.6512E..3FS . дои : 10.1259/dmfr.20180113 . ПМК 6398913 . ПМИД 30216090 .
- ^ Кауке, Мартин (февраль 2018 г.). «Объемный анализ кератокистозных одонтогенных опухолей и неопухолевых кист челюсти – сравнение и его клиническая значимость». Журнал черепно-челюстно-лицевой хирургии . 46 (2): 257–263. дои : 10.1016/j.jcms.2017.11.012 . ПМИД 29233700 .
- ^ Сафи, Али-Фарид (2018). «Служит ли объемное измерение визуальным биомаркером агрессивности опухоли амелобластомы?». Оральная онкология . 78 (март 2018 г.): 16–24. doi : 10.1016/j.oraloncology.2018.01.002 . ПМИД 29496045 .
- ^ Спенглер, Эль; Браун, К.; Робертс, Дж.А.; Чепмен, Б.Э. (2007). «Оценка сегментации внутренней сонной артерии с помощью InsightSNAP» . Труды SPIE . 6512 (5): 65123Ф. Бибкод : 2007SPIE.6512E.120S . дои : 10.1117/12.709954 . S2CID 43920829 . Проверено 8 ноября 2007 г. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Коруж, И.; Флетчер, Т.; Джоши, С.; Гуттар, С.; Гериг, Г. (октябрь 2006 г.). «Статистика волоконных путей для количественного МРТ-анализа тензора диффузии». Анализ медицинских изображений . 10 (5): 786–798. CiteSeerX 10.1.1.101.8505 . дои : 10.1016/j.media.2006.07.003 . ISSN 1361-8415 . ПМИД 16926104 .
- ^ Сяо, Ю.; Вернер-Васик, М.; Карран, В.; Гэлвин, Дж. (2006). «SU-EE-A2-03: Оценка инструментов автоматической сегментации для определения цели лечения рака легких» . Медицинская физика . 33 (6): 1992. Бибкод : 2006MedPh..33.1992X . дои : 10.1118/1.2240194 . Архивировано из оригинала 23 февраля 2013 г. Проверено 8 ноября 2007 г.
- ^ Д'Аддарио, В.; Пинто, В.; Пинтуччи, А.; Ди Каньо, Л. (2007). «ОП13.04: Точность шести сонографических признаков в пренатальной диагностике расщелины позвоночника» . УЗИ в акушерстве и гинекологии . 30 (4): 498. doi : 10.1002/uog.4534 .
- ^ Рицци, Ш.; Банерджи, ПП; Лучано, CJ (2007). «Автоматизация извлечения 3D-моделей из медицинских изображений для виртуальной реальности и тактильного моделирования». Наука и техника автоматизации, 2007. CASE 2007. Международная конференция IEEE по . стр. 152–157. дои : 10.1109/COASE.2007.4341748 .
- ^ Кавиданес, Л.Х.; Стайнер, М.; Профит, WR (2006). «Анализ изображений и наложение трехмерных моделей конусно-лучевой компьютерной томографии» . Американский журнал ортодонтии и зубочелюстной ортопедии . 129 (5): 611–618. дои : 10.1016/j.ajodo.2005.12.008 . ПМК 3586191 . ПМИД 16679201 .
- ^ МакХадо, AMC; Саймон, Ти Джей; Нгуен, В.; Макдональд-Макгинн, DM; Закай, Э.Х.; Ну и дела, Джей Си (2007). «Морфология мозолистого тела и размер желудочков при синдроме делеции хромосомы 22q11.2» . Исследования мозга . 1131 (1): 197–210. дои : 10.1016/j.brainres.2006.10.082 . ПМК 1802103 . ПМИД 17169351 .
- ^ Апостолова Л.Г.; Томпсон, премьер-министр (2007). «Картирование мозга как инструмент изучения нейродегенерации» . Нейротерапия . 4 (3): 387–400. дои : 10.1016/j.nurt.2007.05.009 . ПМК 2634605 . ПМИД 17599704 .
- ^ Кришнан, С.; Славин, МЮ; Тран, ТТ; Дорайсвами, премьер-министр; Петрелла, младший (2006). «Точность пространственной нормализации гиппокампа: значение для фМРТ-исследований нарушений памяти». НейроИмидж . 31 (2): 560–571. doi : 10.1016/j.neuroimage.2005.12.061 . ПМИД 16513371 . S2CID 5554390 .
- ^ Кауке, Мартин; Сафи, Али-Фарид; Ставрину, Пантелис; Кришек, Борис; Гольдбруннер, Роланд; Тиммер, Марко (2019). «Коррелирует ли объем менингиомы с клиническими проявлениями заболевания независимо от гистопатологической степени опухоли?» . Журнал черепно-лицевой хирургии . 30 (8): е799–е802. дои : 10.1097/SCS.0000000000005845 . ПМИД 31633669 . S2CID 204813108 .
Внешние ссылки [ править ]
- Главный сайт ITK-SNAP (загрузки, ошибки, списки рассылки)
- ИТК-СНАП на SourceForge
