Фиджи (программное обеспечение)
 | |
| Разработчик(и) | Йоханнес Шинделин, Игнасио Арганда-Каррерас, Альберт Кардона, Марк Лонгэр, Бенджамин Шмид и другие. |
|---|---|
| Стабильная версия | 2.9.0 / 14 сентября 2022 г [1] |
| Репозиторий | github |
| Написано в | Ява |
| Операционная система | любой с Java поддержкой |
| Тип | Обработка изображений и анализ изображений |
| Лицензия | Лицензия GPL v3 [2] (некоторые плагины имеют разные лицензии [3] ) |
| Веб-сайт | Фиджи |
Фиджи [4] [5] — это пакет обработки изображений с открытым исходным кодом, основанный на ImageJ2 .
Основная цель Fiji — предоставить дистрибутив ImageJ2 со множеством встроенных плагинов . Fiji имеет интегрированную систему обновлений и стремится предоставить пользователям последовательную структуру меню, обширную документацию в виде подробных описаний алгоритмов и учебных пособий, а также возможность избежать необходимости устанавливать несколько компонентов из разных источников.
Фиджи также ориентирована на разработчиков благодаря использованию системы контроля версий , средства отслеживания проблем, выделенных каналов разработки и инфраструктуры быстрого прототипирования в виде редактора сценариев, поддерживающего BeanShell , Jython , JRuby , Clojure , Groovy , JavaScript. и другие языки сценариев, а также своевременную разработку Java.
Плагины [ править ]
Для ImageJ существует множество плагинов, которые имеют широкий спектр приложений, а также широкий диапазон качества. [6]
Кроме того, для некоторых плагинов требуются определенные версии ImageJ, определенные версии сторонних библиотек или дополнительные компоненты Java, такие как компилятор Java или Java 3D .
Одна из основных целей Фиджи — максимально упростить установку ImageJ, Java, Java 3D, плагинов и других удобных компонентов. Как следствие, на Фиджи появляется все больше и больше активных пользователей. [7]
Аудитория [ править ]
Хотя Фиджи изначально предназначалась для нейробиологов (и до сих пор остается такой [8] ), он накопил достаточно функциональных возможностей, чтобы привлечь ученых из самых разных областей, таких как клеточная биология, [9] паразитология, [10] генетика, науки о жизни в целом, материаловедение и т. д. Как указано на официальном сайте, основное внимание уделяется «наукам о жизни», хотя Фиджи предоставляет множество инструментов, помогающих в анализе научных изображений в целом. [11]
Фиджи наиболее популярен в сообществе медико-биологических наук , где программа 3D Viewer [12] помогает визуализировать данные, полученные с помощью световой микроскопии , для которых Фиджи обеспечивает регистрацию , [13] сегментация и другие продвинутые алгоритмы обработки изображений.
Фиджийский компонент TrakEM2 был успешно использован и усовершенствован для анализа нейрональных линий в мозге личинок дрозофилы . [14]
Фиджи широко освещался в обзорном приложении Nature Methods, посвященном визуализации. [15]
Развитие [ править ]
Фиджи имеет полностью открытый исходный код . Его исходники находятся в общедоступном репозитории Git .
Фиджи была принята в качестве организации на Google Summer of Code 2009 и завершила два проекта.
Фреймворк сценариев, поддерживающий JavaScript , Jython , JRuby , Clojure , BeanShell и другие языки, является неотъемлемой частью развития Фиджи; многие разработчики создают прототипы своих плагинов на одном из упомянутых языков сценариев и постепенно превращают прототипы в полноценный Java- код. С этой целью в качестве одного из вышеупомянутых проектов Google Summer of Code был добавлен редактор скриптов с подсветкой синтаксиса и выполнением кода на месте.
Платформа сценариев включена в выпуски Fiji, поэтому опытные пользователи могут использовать такие сценарии в своем обычном рабочем процессе.
Развитие получает выгоду от периодических хакатонов , на которых ученые-биологи с опытом работы в области вычислений встречаются и совершенствуют свои соответствующие плагины, представляющие интерес.
Редактор сценариев [ править ]
Редактор сценариев на Фиджи поддерживает быстрое создание прототипов сценариев и плагинов ImageJ, что делает Фиджи мощным инструментом для разработки новых алгоритмов обработки изображений и изучения новых методов обработки изображений с помощью ImageJ. [16] [17]
Поддерживаемые платформы [ править ]
Fiji работает на Windows, Linux и Mac OS X, 32- или 64-разрядной версии Intel с ограниченной поддержкой MacOSX/PPC.
Ссылки [ править ]
- ^ «Теги – Фиджи/Фиджи» . Проверено 26 ноября 2022 г. — через GitHub .
- ^ «Файл ЛИЦЕНЗИЯ.txt» . Проверено 25 ноября 2022 г. — через GitHub .
- ^ «Файл ЛИЦЕНЗИЙ» . Проверено 25 ноября 2022 г. — через GitHub .
- ^ Основная ссылка: Йоханнес Шинделин; Игнасио Арганда-Каррерас; Эрвин Фризе; Верена Кайниг; Марк Лонгэр; Тобиас Питч; Стефан Прейбиш; Кертис Рюден; Стефан Заальфельд; Бенджамин Шмид; Жан-Ив Тиневес; Дэниел Джеймс Уайт; Фолькер Хартенштейн; Кевин Элисейри ; Павел Томанчак; Альберт Кардона (2012). «Фиджи: платформа с открытым исходным кодом для анализа биологических изображений» . Природные методы . 9 (7): 676–682. дои : 10.1038/nmeth.2019 . ПМЦ 3855844 . ПМИД 22743772 .
- ^ Фиджи впервые был представлен публично на конференции пользователей и разработчиков ImageJ в ноябре 2008 года.
- ^ Сравните презентации на 2-й конференции пользователей и разработчиков ImageJ , архивированной 28 января 2021 г., на Wayback Machine в ноябре 2008 г., и на 3-й конференции разработчиков ImageJ и пользователей в октябре 2010 г.
- ^ Сравните с картой использования Фиджи.
- ^ Длинношерстный Марк; Бейкер Д.А.; Армстронг Джей Ди. (2011). «Simple Neurite Tracer: программное обеспечение с открытым исходным кодом для реконструкции, визуализации и анализа нейрональных процессов» . Биоинформатика . 27 (17): 2453–4. doi : 10.1093/биоинформатика/btr390 . hdl : 20.500.11850/39228 . ПМИД 21727141 .
- ^ Прейбиш С., Заальфельд С., Томанчак П. (апрель 2009 г.). «Глобально оптимальное сшивание мозаичных 3D-микроскопических изображений» . Биоинформатика . 25 (11): 1463–5. doi : 10.1093/биоинформатика/btp184 . ПМК 2682522 . ПМИД 19346324 . [ мертвая ссылка ]
- ^ Хегге С., Кудряшев М., Смит А., Фришкнехт Ф. (май 2009 г.). «Автоматическая классификация моделей движения спорозоитов Plasmodium показывает сдвиг в сторону продуктивной подвижности во время инфекции слюнных желез» . Биотехнологический журнал . 4 (6): 903–13. дои : 10.1002/biot.200900007 . ПМИД 19455538 . S2CID 7371409 . Архивировано из оригинала 1 августа 2009 года.
- ↑ Фиджи Wiki , дата обращения 1 ноября 2012 г.
- ^ Бенджамин Шмид; Йоханнес Шинделин; Альберт Кардона; Марк Лонгэр; Мартин Гейзенберг (2010). «Высокоуровневый API 3D-визуализации для Java и ImageJ» . БМК Биоинформатика . 11 : 274. дои : 10.1186/1471-2105-11-274 . ПМЦ 2896381 . ПМИД 20492697 .
- ^ Стефан Прейбиш; Стефан Заальфельд; Йоханнес Шинделин; Павел Томанчак (2010). «Программное обеспечение для регистрации данных микроскопии с селективным плоскостным освещением на основе шариков». Природные методы . 7 (6): 418–419. дои : 10.1038/nmeth0610-418 . ПМИД 20508634 . S2CID 39609830 .
- ^ Альберт Кардона; Стефан Заальфельд; Игнасио Арганда; Уэйн Переану; Йоханнес Шинделин; Фолькер Хартенштейн (2010). «Идентификация нейрональных линий дрозофилы путем анализа последовательностей аксонных трактов» . Журнал неврологии . 30 (22): 7538–7553. doi : 10.1523/JNEUROSCI.0186-10.2010 . ПМК 2905806 . ПМИД 20519528 .
- ^ Томас Уолтер; Дэвид В. Шаттук; Ричард Бэлдок; Марк Э. Бастин; Энн Э. Карпентер; Сюзанна Дуче; Ян Элленберг; Адам Фрейзер; Николас Гамильтон; Стив Пипер; Марк А. Рэган; Юрген Э. Шнайдер; Павел Томанчак; Жан-Карим Эрише (2010). «Визуализация данных изображений от клеток до организмов» . Природные методы . 7 (3с): С26–С41. дои : 10.1038/nmeth.1431 . ПМЦ 3650473 . ПМИД 20195255 .
- ^ Сценарии на Фиджи (Фиджи - это просто ImageJ) на 3-й конференции пользователей и разработчиков. Архивировано 7 февраля 2019 г. на Wayback Machine в октябре 2010 г.
- ^ Ускоренный курс Альберта Кардоны по написанию сценариев Jython с Фиджи .
Внешние ссылки [ править ]
- Официальный сайт
- Фиджи на GitHub
- ImageJ2 , версия ImageJ, на которой построен Фиджи.
- Учебное пособие по Фиджи для ученых, Easy Fiji ( https://www.youtube.com/@easyfiji4858/featured ) — видеоуроки для ученых по использованию макросов Фиджи.