КлеткаПознание
| Первоначальный выпуск | декабрь 2009 г |
|---|---|
| Стабильная версия | 1.6.1 / 1 мая 2017 г |
| Операционная система | Любой ( на основе Python ) |
| Тип | Обработка изображений , компьютерное зрение и машинное обучение |
| Лицензия | Лицензия LGPL |
| Веб-сайт | www |
CellCognition — это бесплатная вычислительная среда с открытым исходным кодом для количественного анализа изображений высокопроизводительной флуоресцентной микроскопии ( таймлапс ) в области информатики биоизображений и системной микроскопии. Платформа CellCognition использует методы обработки изображений , компьютерного зрения и машинного обучения для отслеживания отдельных клеток и классификации морфологии клеток. Это позволяет измерять временное развитие клеточных фаз, моделировать клеточную динамику и создавать карту фенотипа . [1] [2]
Особенности [ править ]
CellCognition использует вычислительный конвейер, который включает в себя сегментацию изображений , обнаружение объектов , извлечение признаков , статистическую классификацию , отслеживание отдельных клеток с течением времени, обнаружение мотивов перехода класса (например, клеток, вступающих в митоз) и HMM- коррекцию ошибок классификации на метках классов. [3]
Программное обеспечение написано на Python 2.7, доступны двоичные файлы для Windows и Mac OS X.
История [ править ]
CellCognition (версия 1.0.1) была впервые выпущена в декабре 2009 года учеными из лаборатории Герлиха и группы Бумана в Швейцарском федеральном технологическом институте в Цюрихе и лаборатории Элленберга в Европейской лаборатории молекулярной биологии в Гейдельберге. Последняя версия — 1.6.1. Программное обеспечение разрабатывается и поддерживается лабораторией Герлиха Института молекулярной биотехнологии .
Приложение [ править ]
CellCognition использовалась для скрининга на основе РНКи . [4] применяется в базовых исследованиях клеточного цикла , [5] и распространено на моделирование без присмотра. [6]
Ссылки [ править ]
- ^ Хелд М., Шмитц М.Х., Фишер Б., Уолтер Т., Нейман Б., Олма М.Х., Питер М., Элленберг Дж., Герлих Д.В. (2010). «CellCognition: аннотация фенотипа с временным разрешением при высокопроизводительной визуализации живых клеток» (PDF) . Природные методы . 7 (9): 747–54. дои : 10.1038/nmeth.1486 . hdl : 1912/3869 . ПМИД 20693996 . S2CID 205419414 .
- ^ Шмитц М.Х., Хелд М., Янссенс В., Хатчинс Дж.Р., Худеч О., Иванова Е., Горис Дж., Тринкль-Мулкахи Л., Ламонд А.И., Позер I, Хайман А.А., Мехтлер К., Петерс Дж.М., Герлих Д.В. (2010). «Скрининг РНКи с визуализацией живых клеток идентифицирует PP2A-B55альфа и импортин-бета1 как ключевые регуляторы митотического выхода в клетках человека» . Природная клеточная биология . 12 (9): 886–93. дои : 10.1038/ncb2092 . ПМЦ 3839080 . ПМИД 20711181 .
- ^ Чжун, Цин; Бусетто, Альберто Джованни; Феда, Хуан П.; Буманн, Иоахим М.; Герлих, Дэниел В. (июль 2012 г.). «Неконтролируемое моделирование динамики морфологии клеток для покадровой микроскопии» . Природные методы . 9 (7): 711–713. дои : 10.1038/nmeth.2046 . hdl : 11336/21074 . ISSN 1548-7105 . ПМИД 22635062 . S2CID 1962889 .
- ^ Пивко В., Олма М.Х., Хелд М., Бьянко Дж.Н., Педриоли П.Г., Хофманн К., Пасеро П., Герлих Д.В., Питер М. (2010). «Скрининг на основе РНКи идентифицирует комплекс Mms22L-Nfkbil2 как новый регулятор репликации ДНК в клетках человека» . Журнал ЭМБО . 29 (24): 4210–22. дои : 10.1038/emboj.2010.304 . ПМК 3018799 . ПМИД 21113133 .
- ^ Вурценбергер С., Хелд М., Лэмпсон М.А., Позер I, Хайман А.А., Герлих Д.В. (2012). «Sds22 и Repo-Man стабилизируют сегрегацию хромосом, противодействуя Авроре B на анафазных кинетохорах» . Журнал клеточной биологии . 198 (2): 173–83. дои : 10.1083/jcb.201112112 . ПМК 3410419 . ПМИД 22801782 .
- ^ Чжун К., Бусетто АГ, Федеда Дж.П., Буманн Дж.М., Герлих Д.В. (2012). «Неконтролируемое моделирование динамики морфологии клеток для покадровой микроскопии». Природные методы . 9 (7): 711–13. дои : 10.1038/nmeth.2046 . hdl : 11336/21074 . ПМИД 22635062 . S2CID 1962889 .
