Jump to content

КлеткаПознание

Проект CellCognition
Первоначальный выпуск декабрь 2009 г .; 14 лет назад ( 2009-12 )
Стабильная версия
1.6.1 / 1 мая 2017 г .; 7 лет назад ( 01.05.2017 )
Операционная система Любой ( на основе Python )
Тип Обработка изображений , компьютерное зрение и машинное обучение
Лицензия Лицензия LGPL
Веб-сайт www .cellcognition-проект .org

CellCognition — это бесплатная вычислительная среда с открытым исходным кодом для количественного анализа изображений высокопроизводительной флуоресцентной микроскопии ( таймлапс ) в области информатики биоизображений и системной микроскопии. Платформа CellCognition использует методы обработки изображений , компьютерного зрения и машинного обучения для отслеживания отдельных клеток и классификации морфологии клеток. Это позволяет измерять временное развитие клеточных фаз, моделировать клеточную динамику и создавать карту фенотипа . [1] [2]

Особенности [ править ]

CellCognition использует вычислительный конвейер, который включает в себя сегментацию изображений , обнаружение объектов , извлечение признаков , статистическую классификацию , отслеживание отдельных клеток с течением времени, обнаружение мотивов перехода класса (например, клеток, вступающих в митоз) и HMM- коррекцию ошибок классификации на метках классов. [3]

Программное обеспечение написано на Python 2.7, доступны двоичные файлы для Windows и Mac OS X.

История [ править ]

CellCognition (версия 1.0.1) была впервые выпущена в декабре 2009 года учеными из лаборатории Герлиха и группы Бумана в Швейцарском федеральном технологическом институте в Цюрихе и лаборатории Элленберга в Европейской лаборатории молекулярной биологии в Гейдельберге. Последняя версия — 1.6.1. Программное обеспечение разрабатывается и поддерживается лабораторией Герлиха Института молекулярной биотехнологии .

Приложение [ править ]

CellCognition использовалась для скрининга на основе РНКи . [4] применяется в базовых исследованиях клеточного цикла , [5] и распространено на моделирование без присмотра. [6]

Ссылки [ править ]

  1. ^ Хелд М., Шмитц М.Х., Фишер Б., Уолтер Т., Нейман Б., Олма М.Х., Питер М., Элленберг Дж., Герлих Д.В. (2010). «CellCognition: аннотация фенотипа с временным разрешением при высокопроизводительной визуализации живых клеток» (PDF) . Природные методы . 7 (9): 747–54. дои : 10.1038/nmeth.1486 . hdl : 1912/3869 . ПМИД   20693996 . S2CID   205419414 .
  2. ^ Шмитц М.Х., Хелд М., Янссенс В., Хатчинс Дж.Р., Худеч О., Иванова Е., Горис Дж., Тринкль-Мулкахи Л., Ламонд А.И., Позер I, Хайман А.А., Мехтлер К., Петерс Дж.М., Герлих Д.В. (2010). «Скрининг РНКи с визуализацией живых клеток идентифицирует PP2A-B55альфа и импортин-бета1 как ключевые регуляторы митотического выхода в клетках человека» . Природная клеточная биология . 12 (9): 886–93. дои : 10.1038/ncb2092 . ПМЦ   3839080 . ПМИД   20711181 .
  3. ^ Чжун, Цин; Бусетто, Альберто Джованни; Феда, Хуан П.; Буманн, Иоахим М.; Герлих, Дэниел В. (июль 2012 г.). «Неконтролируемое моделирование динамики морфологии клеток для покадровой микроскопии» . Природные методы . 9 (7): 711–713. дои : 10.1038/nmeth.2046 . hdl : 11336/21074 . ISSN   1548-7105 . ПМИД   22635062 . S2CID   1962889 .
  4. ^ Пивко В., Олма М.Х., Хелд М., Бьянко Дж.Н., Педриоли П.Г., Хофманн К., Пасеро П., Герлих Д.В., Питер М. (2010). «Скрининг на основе РНКи идентифицирует комплекс Mms22L-Nfkbil2 как новый регулятор репликации ДНК в клетках человека» . Журнал ЭМБО . 29 (24): 4210–22. дои : 10.1038/emboj.2010.304 . ПМК   3018799 . ПМИД   21113133 .
  5. ^ Вурценбергер С., Хелд М., Лэмпсон М.А., Позер I, Хайман А.А., Герлих Д.В. (2012). «Sds22 и Repo-Man стабилизируют сегрегацию хромосом, противодействуя Авроре B на анафазных кинетохорах» . Журнал клеточной биологии . 198 (2): 173–83. дои : 10.1083/jcb.201112112 . ПМК   3410419 . ПМИД   22801782 .
  6. ^ Чжун К., Бусетто АГ, Федеда Дж.П., Буманн Дж.М., Герлих Д.В. (2012). «Неконтролируемое моделирование динамики морфологии клеток для покадровой микроскопии». Природные методы . 9 (7): 711–13. дои : 10.1038/nmeth.2046 . hdl : 11336/21074 . ПМИД   22635062 . S2CID   1962889 .

Внешние ссылки [ править ]

Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: d2e9da19c8d29e2f3b179fff5cb92d70__1718563860
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/d2/70/d2e9da19c8d29e2f3b179fff5cb92d70.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
CellCognition - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)