А. Мурат Эрен

А. Мурат Эрен (Мерен)
А. Мурат Эрен (Мерен)
Рожденный	1980 (43–44 года)
Альма-матер	Университет Нового Орлеана
	Научная карьера
Поля	Микробная экология , Биоинформатика
Учреждения	Морская биологическая лаборатория и Чикагский университет .
Диссертация	Оценка микробного разнообразия посредством вариаций нуклеотидов (2011)
Докторантура	Майкл Феррис
Другие научные консультанты	Митчелл Согин
Веб-сайт	https://meren.org

А. Мурат Эрен (Мерен) — ученый-компьютерщик, известный своими работами в области микробной экологии и разработкой новых вычислительных инструментов с открытым исходным кодом для анализа больших наборов данных.

Ранняя жизнь и образование

Эрен вырос в долине Бархал в Турции и изучал криптографию на бакалавриате в Университете Чанаккале Онсекиз Март. ^{[ 1 ]} где он получил степень бакалавра в 2002 году. ^{[ 2 ]} Он переехал в Соединенные Штаты и защитил докторскую диссертацию. в Университете Нового Орлеана . Во время работы в Детской больнице Нового Орлеана Эрен познакомился с микробиологией Майклом Феррисом. В 2011 году Эрен защитил докторскую диссертацию; его диссертация называлась «Оценка микробного разнообразия посредством вариации нуклеотидов» . ^{[ 3 ]}

Карьера и исследования

Доктор философии Эрена. исследования включали разработку олиготипирования , ^{[ 4 ]} вычислительный метод для изучения разнообразия микроорганизмов в наборах данных высокопроизводительного секвенирования. После получения докторской степени Эрен поступил на работу в Морскую биологическую лабораторию в качестве постдокторанта, где применил олиготипирование к микробам, живущим в мочеполовых путях человека. ^{[ 5 ]} полость рта, ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} и канализация. ^{[ 8 ]} В 2015 году он поступил на работу в Чикагский университет в качестве доцента. ^{[ 9 ]} где он начал использовать метагеномику для исследования экологии и эволюции микробов, обитающих в кишечнике человека, ^{[ 10 ]} человеческий рот, ^{[ 11 ]}^{[ 12 ]} и поверхностный океан. ^{[ 13 ]} В 2022 году Эрен был назначен профессором наук об экосистемах в Ольденбургском университете и Институте полярных и морских исследований Альфреда Вегенера . ^{[ 14 ]}

Эрен является сторонником программного обеспечения с открытым исходным кодом. ^{[ 9 ]} и возглавляет развитие сообщества anvi'o, ^{[ 15 ]} платформа, позволяющая анализировать и визуализировать большие наборы данных. ^{[ 16 ]}

Избранные публикации

Эрен, А. Мюрат; Эсен, Озджан К.; Айва, Кристофер; Винейс, Джозеф Х.; Моррисон, Хилари Г.; Согин, Митчелл Л.; Дельмонт, Том О. (8 октября 2015 г.). «Anvi'o: платформа расширенного анализа и визуализации данных омики» . ПерДж . 3 : е1319. дои : 10.7717/peerj.1319 . ISSN 2167-8359 . ПМЦ 4614810 . ПМИД 26500826 .
Эрен, А. Мюрат; Меньен, Лоис; Сул, У Джун; Мерфи, Лесли Г.; Грим, Шэрон Л.; Моррисон, Хилари Г.; Согин, Митчелл Л. (2013). «Олиготипирование: дифференциация близкородственных микробных таксонов с использованием данных гена 16S рРНК» . Методы экологии и эволюции . 4 (12): 1111–1119. дои : 10.1111/2041-210X.12114 . hdl : 1912/6377 . ISSN 2041-210X . ПМЦ 3864673 . ПМИД 24358444 .
Эрен, А. Мюрат; Зозая, Марсела; Тейлор, Кристофер М.; Дауд, Скот Э.; Мартин, Дэвид Х.; Феррис, Майкл Дж. (25 октября 2011 г.). «Изучение разнообразия Gardnerella vaginalis в микробиоте мочеполового тракта моногамных пар посредством тонких вариаций нуклеотидов» . ПЛОС ОДИН . 6 (10): e26732. Бибкод : 2011PLoSO...626732E . дои : 10.1371/journal.pone.0026732 . ISSN 1932-6203 . ПМК 3201972 . ПМИД 22046340 .
Эрен, А. Мюрат; Моррисон, Хилари Г.; Леско, Памела Дж.; Ревейо, Жюли; Винейс, Джозеф Х.; Согин, Митчелл Л. (апрель 2015 г.). «Минимальное энтропийное разложение: олиготипирование без надзора для чувствительного разделения последовательностей маркерных генов с высокой пропускной способностью» . Журнал ISME . 9 (4): 968–979. дои : 10.1038/ismej.2014.195 . ISSN 1751-7370 . ПМЦ 4817710 . ПМИД 25325381 .

Награды и почести

Фонда Альфреда П. Слоана в области наук об океане (2020) Стипендия ^{[ 17 ]}
Премия Американского общества микробиологии за ранние экологические исследования (2021 г.) ^{[ 18 ]}
Премия за исследования паразитов в области устойчивого паразитизма (2022 г.) ^{[ 19 ]}

Ссылки

^ Тарси, Брайан (22 февраля 2014 г.). «А. Мурат Эрен, пастырь-вопросник в MBL - уникальная история ученого» . Волна Кейп-Кода . Архивировано из оригинала 16 октября 2015 г. Проверено 4 августа 2021 г.
^ "А. Мурат Эрен (Мерен), доктор философии." АСМ.орг . Проверено 4 августа 2021 г.
^ Эрен, Ахмет Мурат (май 2011 г.). Оценка микробного разнообразия посредством вариаций нуклеотидов (кандидатская диссертация). Университет Нового Орлеана.
^ Эрен, А. Мюрат; Меньен, Лоис; Сул, У Джун; Мерфи, Лесли Г.; Грим, Шэрон Л.; Моррисон, Хилари Г.; Согин, Митчелл Л. (2013). «Олиготипирование: дифференциация близкородственных микробных таксонов с использованием данных гена 16S рРНК» . Методы экологии и эволюции . 4 (12): 1111–1119. дои : 10.1111/2041-210X.12114 . ISSN 2041-210X . ПМЦ 3864673 . ПМИД 24358444 .
^ Эрен, А. Мюрат; Зозая, Марсела; Тейлор, Кристофер М.; Дауд, Скот Э.; Мартин, Дэвид Х.; Феррис, Майкл Дж. (25 октября 2011 г.). «Изучение разнообразия Gardnerella vaginalis в микробиоте мочеполового тракта моногамных пар посредством тонких вариаций нуклеотидов» . ПЛОС ОДИН . 6 (10): e26732. Бибкод : 2011PLoSO...626732E . дои : 10.1371/journal.pone.0026732 . ISSN 1932-6203 . ПМК 3201972 . ПМИД 22046340 .
^ Эрен, А. Мюрат; Борисы, Гэри Г.; Хьюз, Сьюзен М.; Марк Уэлч, Джессика Л. (15 июля 2014 г.). «Олиготипический анализ микробиома полости рта человека» . Труды Национальной академии наук . 111 (28): E2875–E2884. дои : 10.1073/pnas.1409644111 . ПМЦ 4104879 . ПМИД 24965363 .
^ Циммер, Карл (25 июня 2014 г.). «Зоопарк во рту» . Наука . Архивировано из оригинала 4 августа 2021 года . Проверено 4 августа 2021 г.
^ «Сточные воды дают представление о микробиоме человека» . ScienceDaily . Проверено 4 августа 2021 г.
^ Jump up to: ^а ^б "А.Мурат Эрен" . www.mbl.edu . Проверено 4 августа 2021 г.
^ Ли, Сонни ТМ; Кан, Стейси А.; Дельмонт, Том О.; Шайбер, Алон; Эсен, Озджан К.; Юбер, Натаниэль А.; Моррисон, Хилари Г.; Антонопулос, Дионисий А.; Рубин, Дэвид Т.; Эрен, А. Мурат (04 мая 2017 г.). «Отслеживание микробной колонизации в экспериментах по трансплантации фекальной микробиоты с помощью метагеномики с разрешением генома» . Микробиом . 5 (1): 50. дои : 10.1186/s40168-017-0270-x . ISSN 2049-2618 . ПМЦ 5418705 . ПМИД 28473000 .
^ Лим, Джозеф (10 июля 2021 г.). «Микробные сообщества» . www.panaynews.net . Проверено 4 августа 2021 г.
^ Шайбер, Алон; Уиллис, Эми Д.; Дельмонт, Том О.; Ру, Саймон; Чен, Линь-Син; Шмид, Эбигейл К.; Юсеф, Махмуд; Уотсон, Андреа Р.; Лоланс, Карен; Эсен, Озджан К.; Ли, Сонни ТМ; Дауни, Нора; Моррисон, Хилари Г.; Дьюхерст, Флойд Э.; Марк Уэлч, Джессика Л.; Эрен, А. Мурат (16 декабря 2020 г.). «Функциональные и генетические маркеры разделения ниш среди загадочных членов микробиома полости рта человека» . Геномная биология . 21 (1): 292. doi : 10.1186/s13059-020-02195-w . ISSN 1474-760X . ПМЦ 7739484 . ПМИД 33323122 .
^ «Крупномасштабное исследование указывает на появление новых, обильных азотфиксирующих микробов на поверхности океана» . ЭврекАлерт! . Проверено 4 августа 2021 г.
^ "А.Мурат Эрен" . uol.de. Проверено 14 февраля 2022 г.
^ «Анви'о дот орг» . Назовите точку org . Проверено 14 февраля 2022 г.
^ Эрен, А. Мюрат; Кифл, Эван; Шайбер, Алон; Весели, Ива; Миллер, Сэмюэл Э.; Шехтер, Мэтью С.; Финк, Исаак; Пан, Джессика Н.; Юсеф, Махмуд; Фогарти, Эмили К.; Тригоде, Флориан (2021). «Интегрированные, воспроизводимые мультиомики под руководством сообщества с anvi'o» . Природная микробиология . 6 (1): 3–6. дои : 10.1038/s41564-020-00834-3 . ISSN 2058-5276 . ПМЦ 8116326 . ПМИД 33349678 .
^ «Три учёных Чикагского университета названы стипендиатами Слоана 2020 года | Новости Чикагского университета» . news.uchicago.edu . Проверено 4 августа 2021 г.
^ «А. Мурат Эрен награжден премией Американского общества микробиологии 2021 года | Микробиология» . micro.uchicago.edu . Проверено 4 августа 2021 г.
^ https://researchparasite.com/#past-recipients

Внешние ссылки

Публикации А. Мурата Эрена , индексируемые Google Scholar
А. Мурат Эрен на X
Лейкс Лаборатория

[1] Тарси, Брайан (22 февраля 2014 г.). «А. Мурат Эрен, пастырь-вопросник в MBL - уникальная история ученого» . Волна Кейп-Кода . Архивировано из оригинала 16 октября 2015 г. Проверено 4 августа 2021 г.

[2] "А. Мурат Эрен (Мерен), доктор философии." АСМ.орг . Проверено 4 августа 2021 г.

[3] Эрен, Ахмет Мурат (май 2011 г.). Оценка микробного разнообразия посредством вариаций нуклеотидов (кандидатская диссертация). Университет Нового Орлеана.

[4] Эрен, А. Мюрат; Меньен, Лоис; Сул, У Джун; Мерфи, Лесли Г.; Грим, Шэрон Л.; Моррисон, Хилари Г.; Согин, Митчелл Л. (2013). «Олиготипирование: дифференциация близкородственных микробных таксонов с использованием данных гена 16S рРНК» . Методы экологии и эволюции . 4 (12): 1111–1119. дои : 10.1111/2041-210X.12114 . ISSN 2041-210X . ПМЦ 3864673 . ПМИД 24358444 .

[5] Эрен, А. Мюрат; Зозая, Марсела; Тейлор, Кристофер М.; Дауд, Скот Э.; Мартин, Дэвид Х.; Феррис, Майкл Дж. (25 октября 2011 г.). «Изучение разнообразия Gardnerella vaginalis в микробиоте мочеполового тракта моногамных пар посредством тонких вариаций нуклеотидов» . ПЛОС ОДИН . 6 (10): e26732. Бибкод : 2011PLoSO...626732E . дои : 10.1371/journal.pone.0026732 . ISSN 1932-6203 . ПМК 3201972 . ПМИД 22046340 .

[6] Эрен, А. Мюрат; Борисы, Гэри Г.; Хьюз, Сьюзен М.; Марк Уэлч, Джессика Л. (15 июля 2014 г.). «Олиготипический анализ микробиома полости рта человека» . Труды Национальной академии наук . 111 (28): E2875–E2884. дои : 10.1073/pnas.1409644111 . ПМЦ 4104879 . ПМИД 24965363 .

[7] Циммер, Карл (25 июня 2014 г.). «Зоопарк во рту» . Наука . Архивировано из оригинала 4 августа 2021 года . Проверено 4 августа 2021 г.

[8] «Сточные воды дают представление о микробиоме человека» . ScienceDaily . Проверено 4 августа 2021 г.

[:0-9] Jump up to: ^а ^б "А.Мурат Эрен" . www.mbl.edu . Проверено 4 августа 2021 г.

[10] Ли, Сонни ТМ; Кан, Стейси А.; Дельмонт, Том О.; Шайбер, Алон; Эсен, Озджан К.; Юбер, Натаниэль А.; Моррисон, Хилари Г.; Антонопулос, Дионисий А.; Рубин, Дэвид Т.; Эрен, А. Мурат (04 мая 2017 г.). «Отслеживание микробной колонизации в экспериментах по трансплантации фекальной микробиоты с помощью метагеномики с разрешением генома» . Микробиом . 5 (1): 50. дои : 10.1186/s40168-017-0270-x . ISSN 2049-2618 . ПМЦ 5418705 . ПМИД 28473000 .

[11] Лим, Джозеф (10 июля 2021 г.). «Микробные сообщества» . www.panaynews.net . Проверено 4 августа 2021 г.

[12] Шайбер, Алон; Уиллис, Эми Д.; Дельмонт, Том О.; Ру, Саймон; Чен, Линь-Син; Шмид, Эбигейл К.; Юсеф, Махмуд; Уотсон, Андреа Р.; Лоланс, Карен; Эсен, Озджан К.; Ли, Сонни ТМ; Дауни, Нора; Моррисон, Хилари Г.; Дьюхерст, Флойд Э.; Марк Уэлч, Джессика Л.; Эрен, А. Мурат (16 декабря 2020 г.). «Функциональные и генетические маркеры разделения ниш среди загадочных членов микробиома полости рта человека» . Геномная биология . 21 (1): 292. doi : 10.1186/s13059-020-02195-w . ISSN 1474-760X . ПМЦ 7739484 . ПМИД 33323122 .

[13] «Крупномасштабное исследование указывает на появление новых, обильных азотфиксирующих микробов на поверхности океана» . ЭврекАлерт! . Проверено 4 августа 2021 г.

[14] "А.Мурат Эрен" . uol.de. Проверено 14 февраля 2022 г.

[15] «Анви'о дот орг» . Назовите точку org . Проверено 14 февраля 2022 г.

[16] Эрен, А. Мюрат; Кифл, Эван; Шайбер, Алон; Весели, Ива; Миллер, Сэмюэл Э.; Шехтер, Мэтью С.; Финк, Исаак; Пан, Джессика Н.; Юсеф, Махмуд; Фогарти, Эмили К.; Тригоде, Флориан (2021). «Интегрированные, воспроизводимые мультиомики под руководством сообщества с anvi'o» . Природная микробиология . 6 (1): 3–6. дои : 10.1038/s41564-020-00834-3 . ISSN 2058-5276 . ПМЦ 8116326 . ПМИД 33349678 .

[17] «Три учёных Чикагского университета названы стипендиатами Слоана 2020 года | Новости Чикагского университета» . news.uchicago.edu . Проверено 4 августа 2021 г.

[18] «А. Мурат Эрен награжден премией Американского общества микробиологии 2021 года | Микробиология» . micro.uchicago.edu . Проверено 4 августа 2021 г.

[19] ttps://researchparasite.com/#past-recipients

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]