СТРАЙД (алгоритм)
В структуре белка STRIDE ( структурная идентификация ) алгоритм представляет собой определения элементов вторичной структуры белка с учетом координат атомов белка, определенных методами рентгеновской кристаллографии , ЯМР белка или другого метода определения структуры белка. В дополнение к критериям водородных связей , используемым более распространенным алгоритмом DSSP , критерии назначения STRIDE также включают потенциалы двугранных углов . По существу, его критерии определения отдельных вторичных структур более сложны, чем критерии DSSP. STRIDE Энергетическая функция содержит член водородной связи, содержащий потенциал Леннарда-Джонса 8-6, зависящий от расстояния, и два фактора угловой зависимости, отражающие планарность оптимизированной геометрии водородной связи. Критерии отдельных вторичных структурных элементов, которые разделены на те же группы, что и DSSP, также содержат статистические коэффициенты вероятности , полученные в результате эмпирических исследований решенных структур с визуально присвоенными элементами вторичной структуры, извлеченными из Банк данных по белкам .
Хотя DSSP является более старым методом и продолжает использоваться наиболее часто, в исходном определении STRIDE сообщалось, что он дает более удовлетворительное структурное присвоение по крайней мере в 70% случаев. В частности, было замечено, что STRIDE корректирует склонность DSSP присваивать более короткие вторичные структуры, чем было бы назначено опытным кристаллографом, обычно из-за незначительных локальных изменений в структуре, которые наиболее распространены вблизи концов элементов вторичной структуры. [1] Сообщается, что текущие реализации STRIDE и DSSP, использующие метод скользящего окна для сглаживания различий в назначении одиночных концевых остатков, согласуются в 95,4% случаев. [2] Считается, что и STRIDE, и DSSP, среди других распространенных методов присвоения вторичной структуры, недооценивают пи-спирали . [3]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Фришман Д., Аргос П. (1995). Основанное на знаниях присвоение вторичной структуры белка. Белки 23(4):566-79. два : 10.1002/прот.340230412 ПМИД 8749853
- ^ Мартин Дж, * Летелье Г, Марин А, Тали Дж. Ф., де Бреверн А. Г., Жибрат Дж. Ф. (2005). Еще раз о присвоении вторичной структуры белка: подробный анализ различных методов присвоения. BMC Структур Биол 5:17. PMID 16164759
- ^ Фодже М.Н., Аль-Карадаги С. (2002). Возникновение, конформационные особенности и склонность аминокислот к пи-спирали. Белок Eng 15(5):353-8. PMID 12034854
Внешние ссылки
[ редактировать ]- STRIDE - включает веб-интерфейс, распечатку оригинального документа STRIDE и документацию по программному обеспечению.
- Статья об оригинальной реализации веб-сервера