Анатомография

Анатомография
Доступно в	английский или японский
Владелец	Центр баз данных по наукам о жизни
Создано	Косаку Окубо
URL-адрес	lifesciencedb.jp/bp3d
Коммерческий	Нет
Запущен	2009-02-09
Текущий статус	Активный
Лицензия на контент	; CC-BY-SA 2.1-я

Клип дает обзор функциональности сервера Анатомографии.

Анатомография — это интерактивный веб-сайт, который поддерживает создание анатомических диаграмм и анимаций человеческого тела . Веб-сайт анатомографии поддерживается некоммерческим исследовательским институтом DBCLS (Центр баз данных по наукам о жизни), расположенным при Токийском университете . Анатомические диаграммы, созданные с помощью Anatomography, и данные трехмерных полигонов, используемые на веб-сайте (так называемые BodyParts3D), находятся в свободном доступе по лицензии Creative Commons Attribution-ShareAlike . ^[2]

Описание

Анатомография была запущена 9 февраля 2009 г. ^[1] Основатель и главный директор Косаку Окубо [ джа ] , профессор Банка данных ДНК Японии в Национальном институте генетики .

Данные полигонов человеческого тела, используемые на сайте, называются « BodyParts3D ». ^[3] Данные полигонов BodyParts3D извлекаются из изображений МРТ всего тела . Набор изображений МРТ, на котором основан BodyParts3D, называется «TARO». Таро — распространенное мужское имя на японском языке, как и Джон на английском языке. TARO — это набор воксельных данных мужчины размером 2 мм * 2 мм * 2 мм, созданный Национальным институтом информационных и коммуникационных технологий . ^[4] ТАРО было опубликовано бесплатно в ноябре 2004 года. ^[5]^[6]

Процесс построения BodyParts3D выглядит следующим образом. ^[3]

Фаза 1: В исходные данные TARO были введены дополнительные анатомические сегментации.
Этап 2: Затем недостающие детали дополнялись и уточнялись размытые контуры с помощью программы 3D-редактирования путем обращения к учебникам, атласам, ^[7] и макеты от медицинских иллюстраторов.
Фаза 3: Дальнейшая сегментация и модификация данных будут продолжаться в сотрудничестве с клиническими исследователями до тех пор, пока не будет достигнут достаточный охват концепции.

Данные полигонов BodyParts3D распространяются в формате файла OBJ . Размер всего файла данных составляет 127 МБ (уменьшение полигонов) и 521 МБ (высокое качество) начиная с версии 3.0. ^[8] Количество частей тела (органов), зарегистрированных в BodyParts3D, по состоянию на версию 3.0 составляет 1523. ^[7]

Лицензия

Изображения, созданные Anatomography, и данные полигонов, включенные в BodyParts3D, лицензируются по лицензии Creative Commons . ^[2] в надежде на расширение использования и демократизацию медицинских знаний. ^[9]

Финансирование

Проект BodyParts3D/Анатомография финансировался MEXT ( Министерством образования, культуры, спорта, науки и технологий Японии ) с 2007 по 2010 финансовый год . ^[10]^[11] По состоянию на 2011 финансовый год проект финансируется JST ( Японским агентством науки и технологий ). ^[11]

Прием

Диаграммы из анатомии используются, например, в канадском научном телешоу Le code Chastenay . ^[12] Интернет-энциклопедия Wikipedia в качестве лекционного материала в университетах и других местах для обмена знаниями. ^[9] Что касается использования Anatomography на таких веб-сайтах, как Wikipedia и Wikimedia Commons, разработчики говорят, что «распространение использования анонимными пользователями на таких сайтах, как Wikipedia и Wikimedia Commons, — это то, чего мы ожидали». ^[9]

Технические характеристики

Проект BodyParts3D/Anatomography использует фундаментальную модель анатомии (FMA). FMA — это анатомическая онтология с открытым исходным кодом , разработанная и поддерживаемая Группой структурной информатики Вашингтонского университета . В BodyParts3D каждая часть тела управляется идентификатором FMA (FMAID), определенным FMA. Например, позвоночный столб зарегистрирован как FMA13478 , височная доля — как FMA61825 и так далее.

История версий

Версия 1.0 (9 февраля 2009 г.) ^[1]
Версия 2.0 (28 апреля 2010 г.) ^[13] Общее количество частей тела — 1324. ^[14]
Версия 3.0 (20 июня 2011 г.) Общее количество частей тела — 1523. ^[7]
Версия 4.0 (16 мая 2013 г.) ^[15]

Другие

Несколько обучающих видеороликов по использованию анатомографии доступны на YouTube . ^[16] см . внешние ссылки .

Дополнительные изображения

Кости и мышцы.
Сердце и его кровеносные сосуды .
Череп и глазные яблоки.
Мозг и лобная доля .
3D-печать данных костей стопы BodyParts3D.
Окраска цветов на полигональных данных шейных позвонков , включенных в данные BodyParts3D, с использованием MeshLab .
Загруженные данные полигонов BodyParts3D, отредактированные с помощью Blender .
Главный режиссер Косаку Окубо на конференции Токийского университета. ^[17]

См. также

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Примечания к выпуску (на японском языке). ДБКЛС. Проверено 12 октября 2012 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Часто задаваемые вопросы - кредит. (на японском языке) DBCLS. Проверено 12 октября 2012 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б Мицухаси, Н; Фудзиеда, К; Тамура, Т; Кавамото, С; Такаги, Т; Окубо, К. (2009). «BodyParts3D: база данных 3D-структур для анатомических концепций» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D782–5. дои : 10.1093/нар/gkn613 . ПМЦ 2686534 . ПМИД 18835852 .
^ Нагаока, Т; Ватанабэ, С; Сакурай, К; Куниеда, Э; Ватанабэ, С; Таки, М; Яманака, Ю. (2004). «Разработка реалистичных воксельных моделей всего тела высокого разрешения японских взрослых мужчин и женщин среднего роста и веса и применение этих моделей для радиочастотной дозиметрии электромагнитного поля». Физика в медицине и биологии . 49 (1): 1–15. Бибкод : 2004PMB....49....1N . дои : 10.1088/0031-9155/49/1/001 . ПМИД 14971769 .
^ Японские числовые модели человеческого тела DB "TARO" и "HANAKO", выпущенные 10 ноября 2004 г. (на японском языке, дата обращения 12 октября 2012 г.).
^ Пресс-релиз: Объявление о выпуске базы данных числовых моделей человеческого тела среднего взрослого мужчины и женщины в Японии 10 ноября 2004 г. (на японском языке), Проверено 12 октября 2012 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Примечание к выпуску BodyParts3D (выпуск 3.0, 20 июня 2011 г.) ^{[ постоянная мертвая ссылка ]} ДБКЛС. Проверено 15 октября 2012 г.
^ Скачать — BodyParts3D DBCLS. Проверено 15 октября 2012 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Нобутака Мицухаси, Каори Фудзиеда, Шио Имаи, Исаму Муто, Такуро Тамура, Сёко Кавамото, Тошихиса Такаги, Косаку Окубо «BodyParts3D и анатомия: материалы, которые «мотивируют» обмен информацией в медицине» (на японском языке) ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}Симпозиум «На пути к будущему наук о жизни – Думая о базах данных через 10 лет в будущем» / Нобутака Мицухаси, Каори Фудзиеда, Шио Имаи, Исаму Муто, Такуро Тамура, Шоко Кавамото, Тошихиса Такаги и Косаку Окубо «BodyParts3D и анатомия: материалы, мотивирующие делиться Информация в медицине» Стендовый доклад на «Симпозиуме: Навстречу будущему науки о жизни – мышление баз данных 10 лет спустя», проходившем в Токийском университете 5 октября 2010 г. Проверено 12 октября 2012 г.
^ Описание базы данных BodyParts3D Архив базы данных медико-биологических наук. Проверено 19 октября 2012 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б Часто задаваемые вопросы — о Центре баз данных медико-биологических наук (DBCLS). Архивировано 30 января 2013 г. в Wayback Machine DBCLS. Проверено 19 октября 2012 г.
^ 「LE CODE CHASTENAY」Emission 48. Архивировано 4 марта 2016 г. в Wayback Machine , вышло в эфир 19 января 2010 г.
^ Обновления «BodyParts3D/Анатомография». Архивировано 5 июня 2010 г. на Wayback Machine. Опубликовано 28 апреля 2010 г. DBCLS. Проверено 16 октября 2012 г.
^ Примечание к выпуску BodyParts3D (выпуск 2.0, 28 апреля 2010 г.) DBCLS. Проверено 15 октября 2012 г.
^ «Примечания к выпуску BodyParts3D, v4.0» . Проверено 18 ноября 2015 г.
^ Кавано, С; Оно, Х; Такаги, Т; Боно, Х (2012). «Обучающие видеоролики ресурсов по биоинформатике: пробное онлайн-распространение в Японии под названием TogoTV» . Брифинги по биоинформатике . 13 (2): 258–68. дои : 10.1093/нагрудник/bbr039 . ПМЦ 3294242 . ПМИД 21803786 .
^ Конференция «Балансирование защиты интеллектуальной собственности и обмена данными в науке», состоявшаяся в Токийском университете, 5 октября 2009 г. Презентация Окубо на японском языке. Архивировано 10 июня 2013 года в Wayback Machine , незадолго до Лоуренса Лессига лекции . Полные видео каждой лекции доступны на странице расписания программ веб-сайта конференции (частично на японском, частично на английском языке). Архивировано 4 февраля 2013 года на Wayback Machine .

Внешние ссылки

[LAUNCH-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с Примечания к выпуску (на японском языке). ДБКЛС. Проверено 12 октября 2012 г.

[CREDIT-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с Часто задаваемые вопросы - кредит. (на японском языке) DBCLS. Проверено 12 октября 2012 г.

[PMID18835852-3] Перейти обратно: ^а ^б Мицухаси, Н; Фудзиеда, К; Тамура, Т; Кавамото, С; Такаги, Т; Окубо, К. (2009). «BodyParts3D: база данных 3D-структур для анатомических концепций» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D782–5. дои : 10.1093/нар/gkn613 . ПМЦ 2686534 . ПМИД 18835852 .

[4] Нагаока, Т; Ватанабэ, С; Сакурай, К; Куниеда, Э; Ватанабэ, С; Таки, М; Яманака, Ю. (2004). «Разработка реалистичных воксельных моделей всего тела высокого разрешения японских взрослых мужчин и женщин среднего роста и веса и применение этих моделей для радиочастотной дозиметрии электромагнитного поля». Физика в медицине и биологии . 49 (1): 1–15. Бибкод : 2004PMB....49....1N . дои : 10.1088/0031-9155/49/1/001 . ПМИД 14971769 .

[5] Японские числовые модели человеческого тела DB "TARO" и "HANAKO", выпущенные 10 ноября 2004 г. (на японском языке, дата обращения 12 октября 2012 г.).

[6] Пресс-релиз: Объявление о выпуске базы данных числовых моделей человеческого тела среднего взрослого мужчины и женщины в Японии 10 ноября 2004 г. (на японском языке), Проверено 12 октября 2012 г.

[RELEASE3.0-7] Перейти обратно: ^а ^б ^с Примечание к выпуску BodyParts3D (выпуск 3.0, 20 июня 2011 г.) ^{[ постоянная мертвая ссылка ]} ДБКЛС. Проверено 15 октября 2012 г.

[8] Скачать — BodyParts3D DBCLS. Проверено 15 октября 2012 г.

[Mitsuhashi2010-9] Перейти обратно: ^а ^б ^с Нобутака Мицухаси, Каори Фудзиеда, Шио Имаи, Исаму Муто, Такуро Тамура, Сёко Кавамото, Тошихиса Такаги, Косаку Окубо «BodyParts3D и анатомия: материалы, которые «мотивируют» обмен информацией в медицине» (на японском языке) ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}Симпозиум «На пути к будущему наук о жизни – Думая о базах данных через 10 лет в будущем» / Нобутака Мицухаси, Каори Фудзиеда, Шио Имаи, Исаму Муто, Такуро Тамура, Шоко Кавамото, Тошихиса Такаги и Косаку Окубо «BodyParts3D и анатомия: материалы, мотивирующие делиться Информация в медицине» Стендовый доклад на «Симпозиуме: Навстречу будущему науки о жизни – мышление баз данных 10 лет спустя», проходившем в Токийском университете 5 октября 2010 г. Проверено 12 октября 2012 г.

[10] Описание базы данных BodyParts3D Архив базы данных медико-биологических наук. Проверено 19 октября 2012 г.

[DBCLS_FAQ-11] Перейти обратно: ^а ^б Часто задаваемые вопросы — о Центре баз данных медико-биологических наук (DBCLS). Архивировано 30 января 2013 г. в Wayback Machine DBCLS. Проверено 19 октября 2012 г.

[12] 「LE CODE CHASTENAY」Emission 48. Архивировано 4 марта 2016 г. в Wayback Machine , вышло в эфир 19 января 2010 г.

[13] Обновления «BodyParts3D/Анатомография». Архивировано 5 июня 2010 г. на Wayback Machine. Опубликовано 28 апреля 2010 г. DBCLS. Проверено 16 октября 2012 г.

[14] Примечание к выпуску BodyParts3D (выпуск 2.0, 28 апреля 2010 г.) DBCLS. Проверено 15 октября 2012 г.

[15] «Примечания к выпуску BodyParts3D, v4.0» . Проверено 18 ноября 2015 г.

[16] Кавано, С; Оно, Х; Такаги, Т; Боно, Х (2012). «Обучающие видеоролики ресурсов по биоинформатике: пробное онлайн-распространение в Японии под названием TogoTV» . Брифинги по биоинформатике . 13 (2): 258–68. дои : 10.1093/нагрудник/bbr039 . ПМЦ 3294242 . ПМИД 21803786 .

[17] Конференция «Балансирование защиты интеллектуальной собственности и обмена данными в науке», состоявшаяся в Токийском университете, 5 октября 2009 г. Презентация Окубо на японском языке. Архивировано 10 июня 2013 года в Wayback Machine , незадолго до Лоуренса Лессига лекции . Полные видео каждой лекции доступны на странице расписания программ веб-сайта конференции (частично на японском, частично на английском языке). Архивировано 4 февраля 2013 года на Wayback Machine .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]