Ортоискатель

Ортоискатель
Оригинальный автор(ы)	Дэвид Эммс ; Стивен Келли
Разработчик(и)	Дэвид Эммс
Первоначальный выпуск	2015
Репозиторий	github .с / Давидеммс /ОртоПоиск /релизы
Написано в	Питон
Операционная система	Линукс
Тип	Биоинформатика
Лицензия	Лицензия GNU GPL v3
Веб-сайт	github .с / Давидеммс /ОртоПоиск

OrthoFinder — это командной строки программный инструмент для сравнительной геномики . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} OrthoFinder определяет соответствие между генами в разных организмах (также известный как ортологический анализ). Это соответствие обеспечивает основу для понимания эволюции жизни на Земле и позволяет экстраполировать и передавать биологические знания между организмами.

OrthoFinder принимает FASTA файлы с белковыми последовательностями в качестве входных данных (по одному на каждый вид), а в качестве выходных данных обеспечивает:

Ортогруппы
Корневые филогенетические деревья всех ортогрупп
Укорененное дерево видов для набора видов, включенных во входной набор данных.
Иерархические ортогруппы для каждого узла дерева видов.
Ортологи между всеми видами
События дупликации генов, сопоставленные с ветвями древа видов
Сравнительная геномная статистика

По состоянию на август 2021 года на этот инструмент ссылались более чем 1500 опубликованных исследований. ^{[ 3 ]}

См. также

Ссылки

^ Эммс, Дэвид М; Келли Стивен (2015). «OrthoFinder: устранение фундаментальных ошибок при сравнении всего генома значительно повышает точность вывода ортогрупп» . Геномная биология . 16 (157): 157. дои : 10.1186/s13059-015-0721-2 . ПМЦ 4531804 . ПМИД 26243257 .
^ Эммс, Дэвид М; Келли Стивен (2019). «OrthoFinder: вывод филогенетической ортологии для сравнительной геномики» . Геномная биология . 20 (238): 238. doi : 10.1186/s13059-019-1832-y . ПМЦ 6857279 . ПМИД 31727128 .
^ «Цитаты для Эммс и Келли, 2015» . Google Академик . Проверено 6 августа 2021 г.

[emms2015-1] Эммс, Дэвид М; Келли Стивен (2015). «OrthoFinder: устранение фундаментальных ошибок при сравнении всего генома значительно повышает точность вывода ортогрупп» . Геномная биология . 16 (157): 157. дои : 10.1186/s13059-015-0721-2 . ПМЦ 4531804 . ПМИД 26243257 .

[emms2019-2] Эммс, Дэвид М; Келли Стивен (2019). «OrthoFinder: вывод филогенетической ортологии для сравнительной геномики» . Геномная биология . 20 (238): 238. doi : 10.1186/s13059-019-1832-y . ПМЦ 6857279 . ПМИД 31727128 .

[3] «Цитаты для Эммс и Келли, 2015» . Google Академик . Проверено 6 августа 2021 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]