Дифференциальный дисплей
Дифференциальный дисплей (также называемый DDRT-PCR или DD-PCR ) — это лабораторный метод, который позволяет исследователю сравнивать и идентифицировать изменения в экспрессии генов на уровне мРНК между двумя или более образцами эукариотических клеток. [1] Это был наиболее часто используемый метод для сравнения профилей экспрессии двух образцов эукариотических клеток в 1990-х годах. [1] К 2000 году дифференциальный дисплей был вытеснен подходами с использованием микрочипов ДНК . [2]
При дифференциальном отображении сначала вся РНК в каждом образце подвергается обратной транскрипции с использованием набора 3 '- "закрепленных праймеров " (имеющих короткую последовательность дезокситимидиновых нуклеотидов на конце) для создания библиотеки кДНК для каждого образца, после чего следует ПЦР. амплификация с использованием произвольных 3' - праймеров для амплификации цепи кДНК вместе с закрепленными 3' - праймерами для амплификации цепи РНК, идентичными тем, которые использовались для создания библиотеки; около сорока произвольных праймеров — оптимальное количество для транскрипции почти всей мРНК. Полученные транскрипты затем разделяют электрофорезом и визуализируют, чтобы их можно было сравнить. [1] Этот метод был подвержен ошибкам из-за того, что разные мРНК мигрировали в отдельные полосы, различия в том, что менее распространенные мРНК заглушались более распространенными мРНК. [1] чувствительность к небольшим изменениям условий культивирования клеток, склонность к амплификации 3' - фрагментов, а не полных мРНК, а также необходимость использования около 300 праймеров для улавливания всей мРНК. [3] : 316–317 Впервые метод был опубликован в журнале Science в 1992 году. [1] [4]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и Пил Ф.В.-младший; Герритсен, Мэн (сентябрь 2001 г.). «Методы профилирования генов и их применение в ангиогенезе и развитии сосудов» . Журнал патологии . 195 (1): 7–19. дои : 10.1002/путь.888 . ПМИД 11568887 .
- ^ Панди, А; Манн, М. (15 июня 2000 г.). «Протеомика для изучения генов и геномов». Природа . 405 (6788): 837–46. дои : 10.1038/35015709 . ПМИД 10866210 .
- ^ Рис, Ричард Дж. (2004). Анализ генов и геномов . Чичестер: Уайли. ISBN 978-0-470-84380-2 .
- ^ Лян, П; Парди, AB (14 августа 1992 г.). «Дифференциальный дисплей эукариотической информационной РНК с помощью полимеразной цепной реакции». Наука . 257 (5072): 967–71. ПМИД 1354393 .