Дендрограмма
 | Эта статья нуждается в дополнительных цитатах для проверки . ( январь 2017 г. ) |
Дендрограмма , – это диаграмма представляющая дерево . Это схематическое изображение часто используется в разных контекстах:
- в иерархической кластеризации он иллюстрирует расположение кластеров, полученных в результате соответствующего анализа. [4]
- в вычислительной биологии он показывает кластеризацию генов или образцов, иногда на полях тепловых карт . [5]
- в филогенетике отображает эволюционные связи между различными биологическими таксонами . В этом случае дендрограмму еще называют филогенетическим деревом . [6]
Название дендрограмма происходит от двух древнегреческих слов δένδρον ( дендрон ), что означает «дерево», и γράμμα ( грамма ), что означает «рисунок, математическая фигура». [7] [8]
Пример кластеризации
[ редактировать ]В качестве примера кластеризации предположим, что пять таксонов ( к ) были сгруппированы UPGMA на основе матрицы генетических расстояний . Дендрограмма иерархической кластеризации будет отображать столбец из пяти узлов, представляющих исходные данные (здесь отдельные таксоны), а остальные узлы представляют кластеры, к которым принадлежат данные, со стрелками, обозначающими расстояние (несходство). Расстояние между объединенными кластерами монотонно и увеличивается с уровнем слияния: высота каждого узла на графике пропорциональна значению межгруппового различия между двумя его дочерними группами (узлы справа представляют отдельные наблюдения, все они нанесены на графике с нулевым значением). высота).
См. также
[ редактировать ]- Кладограмма
- Матрицы расстояний в филогении
- Иерархическая кластеризация
- MEGA — бесплатная программа для рисования дендрограмм.
- yEd — бесплатная программа для рисования и автоматического упорядочивания дендрограмм.
- Таксономия
Ссылки
[ редактировать ]Цитаты
[ редактировать ]- ^ Суоффорд Д.Л., Олсен Г.Дж., Уодделл П.Дж., Хиллис Д.М. (1996). «Филогенетический вывод». В Hillis DM, Moritz C, Mable BK (ред.). Молекулярная систематика, 2-е издание . Сандерленд, Массачусетс: Синауэр. стр. 407–514. ISBN 9780878932825 .
- ^ Ван Сост Р., Бури-Эсно Н., Васелет Дж., Дорманн М., Эрпенбек Д., Де Вогд Н., Сантодоминго Н., Ванхорн Б., Келли М., Хупер Дж. (2012). «Глобальное разнообразие губок (Porifera)» . ПЛОС ОДИН . 7 (4): е35105. Бибкод : 2012PLoSO...735105V . дои : 10.1371/journal.pone.0035105 . ПМЦ 3338747 . ПМИД 22558119 .
- ^ Вёзе, Карл Р .; Кандлер, О ; Уилис, М. (1990). «На пути к естественной системе организмов: предложение по доменам архей, бактерий и эукариев» (PDF) . Proc Natl Acad Sci США . 87 (12): 4576–4579. Бибкод : 1990PNAS...87.4576W . дои : 10.1073/pnas.87.12.4576 . ПМЦ 54159 . ПМИД 2112744 .
- ^ Эверитт, Брайан (1998). Статистический словарь . Кембридж, Великобритания: Издательство Кембриджского университета. п. 96 . ISBN 0-521-59346-8 .
- ^ Уилкинсон, Лиланд; Дружелюбный, Майкл (май 2009 г.). «История тепловой карты кластера». Американский статистик . 63 (2): 179–184. CiteSeerX 10.1.1.165.7924 . дои : 10.1198/tas.2009.0033 . S2CID 122792460 .
- ^ «Филогенетическое древо (биология)» . Британская энциклопедия . Проверено 22 октября 2018 г.
- ^ Байи, Анатоль (1 января 1981 г.). Сокращено из Французско-греческого словаря . Париж: Хашетт. ISBN 2010035283 . OCLC 461974285 .
- ^ Байи, Анатоль. «Греко-французский словарь онлайн» . www.tabularium.be . Проверено 20 октября 2018 г.
Источники
[ редактировать ]- Галили, Т. (2015). «dendextend: пакет R для визуализации, настройки и сравнения деревьев иерархической кластеризации» . Биоинформатика . 31 (22): 3718–3720. doi : 10.1093/биоинформатика/btv428 . ПМК 4817050 . ПМИД 26209431 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Дендрограмма ириса — пример использования дендрограммы для визуализации трех кластеров из иерархической кластеризации с использованием «полного» метода в сравнении с реальной категорией видов (с использованием R ).