ЧеШифт
 | |
| Стабильная версия | 3.0
/ 1 сентября 2013 г. |
|---|---|
| Репозиторий | |
| Написано в | Питон , HTML |
| Операционная система | Кросс-платформенный |
| Доступно в | Английский |
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | Бесплатно для академического использования |
| Веб-сайт | смена |
Che Shift-2 (произносится /tʃeʃɪft/) — это приложение, созданное для вычислений. 13 С а и 13 С б химические сдвиги белков и подтверждение белковых структур. Он основан на квантовомеханических вычислениях 13 С а и 13 С б химический сдвиг как функция углов скручивания (φ, ψ, ω и χ 1 , ч 2 ) из 20 аминокислот .
Che Shift-2 может возвращать список теоретических значений химического сдвига из файла PDB . Он также может отображать трехмерную модель белка на основе загруженного файла PDB и значений химического сдвига. Трехмерная модель белка окрашена с использованием пятицветного кода, указывающего различия теоретических и наблюдаемых значений химических сдвигов. Различия между наблюдаемым и прогнозируемым 13 С а и 13 С б химические сдвиги можно использовать в качестве чувствительного зонда для обнаружения возможных локальных дефектов в белковых структурах. [ 1 ] Если оба 13 С а и 13 С б наблюдаемые химические сдвиги предоставляются при условии, что Che Shift-2 попытается предоставить список альтернативных углов скручивания боковой цепи χ1 и χ2, которые уменьшат различия между наблюдаемыми и рассчитанными химическими сдвигами. Эти значения можно использовать для устранения дефектов в белковых структурах. [ 2 ]
Доступ к Che Shift-2 можно получить онлайн по адресу http://www.cheshift.com или через PyMOL плагин .
См. также
[ редактировать ]Сопутствующее программное обеспечение
[ редактировать ]Внешние ссылки
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Мартин, О.А., Вила, Дж.А. и Шерага, Х.А. (2012). «CheShift-2: графическая проверка белковых структур» . Биоинформатика . 28 (11): 1538–1539. doi : 10.1093/биоинформатика/bts179 . ПМК 3356844 . ПМИД 22495749 .
{{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка ) - ^ Мартин О.А. Арнаутова Ю.А. Иказатти А.А. Шерага Х.А. и Вила Дж.А. (2013). «Физический метод проверки и исправления дефектов в белковых структурах» . ПНАС . 110 (42): 16826–16831. дои : 10.1073/pnas.1315525110 . ПМК 3801053 . ПМИД 24082119 .