Подсемейство белков
Подсемейство белков — уровень классификации белков , основанный на их тесном эволюционном родстве . Он находится ниже более крупных уровней суперсемейства белков и семейства белков . [ 1 ]
Белки обычно имеют большее сходство последовательности и функций с другими членами подсемейства, чем с членами своего более широкого семейства. [ 1 ] [ 2 ] Например, в системе классификации базы данных «Структурная классификация белков» члены подсемейства имеют одни и те же интерфейсы взаимодействия и партнеров по взаимодействию . [ 3 ] Это более строгие критерии, чем для семьи, члены которой имеют схожие структуры, но могут быть более отдаленными родственниками и поэтому иметь разные интерфейсы. Подсемейства выделяются различными методами, включая сходство последовательностей , [ 4 ] мотивы, связанные с функцией, [ 5 ] или филогенетическая клада. [ 6 ] [ 7 ] Точного и последовательного различия между подсемейством и семьей не существует. Одну и ту же группу белков иногда можно описать как семейство или подсемейство, в зависимости от контекста.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б «Что такое семейства белков?» . EMBL-EBI Поезд онлайн . 18 ноября 2011 г. Проверено 08 марта 2018 г.
- ^ Дас, Сайони; Оренго, Кристина А. (2016). «Аннотация функций белка с использованием ресурсов семейства белковых доменов» (PDF) . Методы . 93 : 24–34. дои : 10.1016/j.ymeth.2015.09.029 . ПМИД 26434392 .
- ^ Рауселл, Антонио; Хуан, Дэвид; Пасос, Флоренсио; Валенсия, Альфонсо (2 февраля 2010 г.). «Взаимодействия белков и связывание лигандов: от подсемейств белков к функциональной специфичности» . Труды Национальной академии наук . 107 (5): 1995–2000. Бибкод : 2010ПНАС..107.1995Р . дои : 10.1073/pnas.0908044107 . ПМК 2808218 . ПМИД 20133844 .
- ^ Браун, Дункан П.; Кришнамурти, Нандини; Шёландер, Киммен (17 августа 2007 г.). «Автоматическая идентификация и классификация подсемейства белков» . PLOS Вычислительная биология . 3 (8): е160. Бибкод : 2007PLSCB...3..160B . дои : 10.1371/journal.pcbi.0030160 . ISSN 1553-7358 . ПМК 1950344 . ПМИД 17708678 .
- ^ Эйзен, Джонатан А.; Сведер, Кевин С.; Ханавальт, Филип К. (25 июля 1995 г.). «Эволюция семейства белков SNF2: подсемейства с различными последовательностями и функциями» . Исследования нуклеиновых кислот . 23 (14): 2715–2723. дои : 10.1093/нар/23.14.2715 . ISSN 0305-1048 . ПМК 307096 . ПМИД 7651832 .
- ^ Уикер, Николас; Перрен, Ги Рене; Тьерри, Жан Клод; Пох, Оливье (1 августа 2001 г.). «Секатор: программа для определения подсемейств белков на основе филогенетических деревьев» . Молекулярная биология и эволюция . 18 (8): 1435–1441. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a003929 . ISSN 0737-4038 . ПМИД 11470834 .
- ^ Ми, Хуайюй; Пудель, Сагар; Муругануджан, Анушья; Касагранде, Джон Т.; Томас, Пол Д. (4 января 2016 г.). «PANTHER версия 10: расширенные семейства и функции белков, а также инструменты анализа» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д336–Д342. дои : 10.1093/nar/gkv1194 . ISSN 0305-1048 . ПМК 4702852 . ПМИД 26578592 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]
 | Эта белках статья о незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |