Иван отделяется
Иван отделяется | |
|---|---|
 Иван Эрилл в 2019 году. | |
| Рожденный | 1972 (возраст 51–52) Испания |
| Альма -матер | |
| Известен для | Бактериальная сравнительная геномика |
| Научная карьера | |
| Поля | |
| Учреждения |
|
| Тезис | Высокоскоростная полимеразная цепная реакция в CMOS-совместимых чипах (2003) |
| Докторский советник |
|
| Веб -сайт | извергая |
Иван Эрилл - испанский вычислительный биолог, известный своими исследованиями в сравнительной геномике и молекулярной микробиологии . Его работа сосредоточена в первую очередь на бактериальной сравнительной геномике посредством разработки вычислительных методов для анализа регуляторных сетей и их эволюции . [ 1 ] [ 4 ]
Образование и карьера
[ редактировать ]Иван Эрилл получил степень бакалавра в области компьютерных наук в 1996 году и докторскую степень в области компьютерных наук в 2003 году в Автономном университете Барселоны , за его работу по проектированию микроэлектромеханических систем для анализа ДНК в Институте микроэлектроники CSIC Microelectronics of Barcelona Полем [ 3 ] В 2008 году он стал доцентом кафедры биологических наук Университета Мэриленда, округ Балтимор . Он назначил доцента профессора в 2014 году и до полного профессора в 2022 году. [ 2 ]
Исследовать
[ редактировать ]Иван Эрилл инициировал свою исследовательскую карьеру, работая над разработкой микроэлектромеханических систем для биомедицинских применений. В его работе была представлена конструкция устройств PCR и ДНК электрофорез на CMOS -совместимых субстратах, чтобы облегчить интеграцию схемы управления и обнаружения на чипе. [ 5 ] и конструкция чувствительных микроигл для мониторинга ишемии сердца и трансплантатов органов, что приводит к первому непрерывному мониторингу температуры трансплантационного органа во время транспортировки. [ 6 ]
Его работа по микробной сравнительной геномике была сосредоточена главным образом на изучении регуляторных сетей транскрипции . Работая над ответом SOS в качестве модельной сети, Erill разработал RCGSCanner [ 7 ] а позже CGB [ 8 ] Чтобы проанализировать эволюцию этой транскрипционной системы в множественных бактериальных группах, показывая, что этот ответ против повреждения ДНК является эволюционным на основе синтеза трансляции, а не восстановления ДНК, как традиционно предполагается. [ 9 ] В сотрудничестве с другими группами он описал несколько дивергентных мотивов связывания для транскрипционного репрессора SOS , [ 9 ] [ 10 ] и показали, что сети SOS могут регулироваться транскрипционными репрессорами, кодируемыми бактериофагами. [ 11 ]
Работа Эрилла была сосредоточена также на эволюционной динамике транскрипционных факторов и их сайтов связывания, используя эволюционные моделирования и теории информации, на основе теории информации , анализы [ 12 ] [ 13 ] а также сравнительный анализ TF-связывающих мотивов, использующих базу данных CollectF, разработанную его лабораторией . [ 14 ] [ 15 ] Он также применил подходы к геномике, чтобы выяснить эволюцию генов устойчивости к антибиотикам и их распространения, показывая, что гены устойчивости могут предшествовать развитию антимикробных соединений, [ 16 ] [ 17 ] и что антибиотики могут индуцировать распространение генов устойчивости, индуцируя латеральный перенос генов, опосредованную интеграциями и другими мобильными генетическими элементами. [ 18 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный Публикации Ивана Эрилла, индексированные Google Scholar
- ^ Jump up to: а беременный «Иван Эрилл - Департамент биологических наук» . Университет Мэриленда, округ Балтимор.
- ^ Jump up to: а беременный Иван Эрилл (2003). «Высокоскоростная полимеразная цепная реакция в CMOS-совместимых чипах» . Автономный университет Барселоны. HDL : 10803/3031 .
- ^ «PubMed Indexted Publications (Иван Эрилл)» .
- ^ Эрилл, I .; Campoy, S.; Rus, J.; Иворра, А.; Navarro, Z.; Plaza, Ja.; Aguiló, J.; Барби Дж. (2004). «Разработка CMOS-совместимого чипа ПЦР: сравнение дизайнерских и системных стратегий» . Журнал микромеханики и микро сенгрингирования . 14 (11): 1558–1568. Bibcode : 2004jmimi..14.1558e . doi : 10.1088/0960-1317/14/11/018 . ISSN 0960-1317 .
- ^ Villa, R.; Фондевила, C.; Эрилл, я .; Гима, а.; Bombry, E.; Gómez-Suárez, C.; Sacristán, JC.; García-Valdecasas, JC. (2006). «Прямое измерение температуры аллотрансплантата печени в реальном времени от восстановления до трансплантации» . Трансплантация . 81 (3): 483–486. Doi : 10.1097/01.tp.0000195903.12999.bc . ISSN 1534-6080 . PMID 16477240 .
- ^ Эрилл, I .; Jara, M.; Сальвадор, Н.; Escribano, M.; Bombry, E.; Campoy, S.; Барби Дж. (2004). «Различия в структуре регулона LEXA среди протеобактерий посредством сравнительной геномики in vivo» . Нуклеиновые кислоты Res . 32 (22): 6617–6626. doi : 10.1093/nar/gkh996 . ISSN 1362-4962 . PMC 545464 . PMID 15604457 .
- ^ Kılıç, S.; Sánchez-Osuna, M.; Collado-Padilla, A.; Барби, Дж.; Эрилл, И. (2020). «Гибкая сравнительная геномика прокариотических транскрипционных регуляторных сетей» . BMC Genomics . 21 (Suppl 5): 466. doi : 10.1186/s12864-020-06838-x . ISSN 1471-2164 . PMC 7739468 . PMID 33327941 .
- ^ Jump up to: а беременный Эрилл, I .; Campoy, S.; Барби Дж. (2007). «Эйоны дистресса: эволюционная перспектива бактериального ответа SOS» . Обзоры микробиологии FEMS . 31 (6): 637–656. doi : 10.1111/j.1574-6976.2007.00082.x . ISSN 1574-6976 . PMID 17883408 .
- ^ Эрилл, I .; Campoy, S.; Kılıç, S.; Барби Дж. (2016). «Связывание LexA Verrucomicrobia lexa: понимание эволюционной динамики ответа SOS» . Границы в молекулярных биологических науках . 3 : 33. DOI : 10.3389/fmolb.2016.00033 . ISSN 2296-889X . PMC 4951493 . PMID 27489856 .
- ^ Sánchez-Osuna, M.; Campoy, S.; Cortés, P.; Lee, M.; Смит, в; Барби, Дж.; Эрилл, И. (2021). «Неканонические белки LEXA регулируют SOS-ответ в бактериоидах» . Нуклеиновые кислоты Res . 49 (19): 11050–11066. doi : 10.1093/nar/gkab773 . ISSN 1362-4962 . PMC 8565304 . PMID 34614190 .
- ^ О'Нил, PK; Forder, R.; Эрилл, И. (2014). «Информационные требования к регулированию транскрипции» . Журнал вычислительной биологии . 21 (5): 373–384. doi : 10.1089/cmb.2014.0032 . ISSN 1557-8666 . PMC 4010175 . PMID 24689750 .
- ^ Эрилл, I .; О'Нил, MC (2009). «Пересмотр методов, основанных на теории информации для идентификации сайтов ДНК» . BMC Bioinformatics . 10 : 57. DOI : 10.1186/1471-2105-10-57 . ISSN 1471-2105 . PMC 2680408 . PMID 19210776 .
- ^ Kılıç, S.; Эрилл, И. (2016). «Оценка методов переноса для сравнительной геномики регуляторных сетей у бактерий» . BMC Bioinformatics . 17 (Suppl 8): 373–384. doi : 10.1186/s12859-016-1113-7 . ISSN 1471-2105 . PMC 5009822 . PMID 27586594 .
- ^ Килич, с.; Белый, эр; Sagitova, DM; Корниш, JP; Эрилл И. (14 ноября 2013 г.). «CollectF: база данных экспериментально проверенных сайтов связывания транскрипции в бактериях» . Исследование нуклеиновых кислот . 42 (D1): D156 - D160. doi : 10.1093/nar/gkt1123 . PMC 3965012 . PMID 24234444 .
- ^ Sánchez-Osuna, M.; Cortés, P.; Барби, Дж.; Эрилл, И. (2019). «Происхождение гена подвижного ди-гидроптероат-синтазы, определяющее устойчивость сульфонамида в клинических изолятах» . Границы в микробиологии . 9 : 3332. DOI : 10.3389/fmicb.2018.03332 . ISSN 1664-302X . PMC 6335563 . PMID 30687297 .
- ^ Sánchez-Osuna, M.; Cortés, P.; Llagostera, M.; Барби, Дж.; Эрилл, И. (2020). «Исследование в происхождении и мобилизации генов дигидрофолатредуктазы и появления клинической устойчивости к триметоприму» . Микробная геномика . 6 (11). doi : 10.1099/mgen.0.000440 . ISSN 2057-5858 . PMC 7725336 . PMID 32969787 .
- ^ Guerin, E.; Cambray, G.; Sanchez-Shelves, N.; Campoy, S.; Эрилл, I .; От King, S.; González-Zorn, B.; Барби, Дж.; Плуя, MC.; Мазель Д. (2009). "Ответы SOS управляют интеграцией " Наука 324 (5930): 1034–1035. Bibcode : 2009Sci . Два : 10,1126/наука . ISSN 2057-5 19460999PMID 42334786S2CID
