ЦЕНА

ЦЕНИТЬ ( Английский: / tʃaɪ / m ch -eye-m ) ^{[ 1 ]} представляет собой биоинформационную платформу для обработки данных, первоначально разработанную для анализа высокопроизводительных микробиома маркерных генов (например, генов 16S или 18S рРНК) данных секвенирования ампликонов . Существовали две основные версии платформы QIIME: QIIME 1. ^{[ 2 ]} и ЦЕННОСТЬ 2. ^{[ 3 ]}

Хотя анализ генов-маркеров микробиома по-прежнему находится в центре внимания в QIIME 2, разработчики описывают его как платформу мультиомики микробиома, и существует или добавляется поддержка для анализа данных дробовой метагеномики и метатранскриптомики , а также метаболомной масс-спектрометрии. данных .

Разработка QIIME 1 была начата в лаборатории Knight Lab Университета Колорадо в Боулдере , а первая версия QIIME 1 была выпущена 26 января 2010 года. Начиная с августа 2011 года разработка QIIME 1 велась в сотрудничестве с лабораторией Caporaso Lab в Боулдере. Университет Северной Аризоны и лаборатория Найта. Разработкой QIIME 2 руководит лаборатория Caporaso, но проект остается результатом усилий сообщества, а разработчики разбросаны по всему миру. В январе 2018 года QIIME 2 пришел на смену QIIME 1, благодаря чему сообщество QIIME 2 может официально помочь через форум QIIME 2 . ^{[ 4 ]}

«QIIME» изначально было придумано как аббревиатура от Quantitative Insights Into Microbial Ecology , но с момента разработки QIIME 2 эта аббревиатура не использовалась. ^{[ нужна ссылка ]}

См. также

Ссылки

^ "КИИМЭ" . qiime.org . Проверено 19 января 2024 г.
^ Капорасо, Дж. Грегори; Кучински, Джастин; Стомбо, Джесси; Биттингер, Кайл; и др. (май 2010 г.). «QIIME позволяет анализировать данные общественного секвенирования с высокой пропускной способностью» . Природные методы . 7 (5): 335–336. дои : 10.1038/nmeth.f.303 . ПМК 3156573 .
^ Болиен, Эван; Райдаут, Джай Рам; Диллон, Мэтью Р.; Бокулич, Николай Александрович; и др. (август 2019 г.). «Воспроизводимая, интерактивная, масштабируемая и расширяемая наука о данных микробиома с использованием QIIME 2». Природная биотехнология . 37 (8): 852–857. дои : 10.1038/s41587-019-0209-9 . hdl : 1721.1/125325 .
^ «QIIME 2 пришел на смену QIIME 1» . Новости и объявления QIIME . 03.01.2018 . Проверено 19 января 2024 г.

[1] "КИИМЭ" . qiime.org . Проверено 19 января 2024 г.

[2] Капорасо, Дж. Грегори; Кучински, Джастин; Стомбо, Джесси; Биттингер, Кайл; и др. (май 2010 г.). «QIIME позволяет анализировать данные общественного секвенирования с высокой пропускной способностью» . Природные методы . 7 (5): 335–336. дои : 10.1038/nmeth.f.303 . ПМК 3156573 .

[3] Болиен, Эван; Райдаут, Джай Рам; Диллон, Мэтью Р.; Бокулич, Николай Александрович; и др. (август 2019 г.). «Воспроизводимая, интерактивная, масштабируемая и расширяемая наука о данных микробиома с использованием QIIME 2». Природная биотехнология . 37 (8): 852–857. дои : 10.1038/s41587-019-0209-9 . hdl : 1721.1/125325 .

[4] «QIIME 2 пришел на смену QIIME 1» . Новости и объявления QIIME . 03.01.2018 . Проверено 19 января 2024 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]