Панель управления CompTox Chemicals

Панель управления CompTox Chemicals
Содержание
Описание	База данных химических веществ, ориентированная на науки об окружающей среде и обеспечивающая доступ к более чем 875 000 химическим соединениям, свойствам, данным биоанализа и сопутствующей информации.
Контакт
Исследовательский центр	Агентство по охране окружающей среды
Лаборатория	Национальный центр вычислительной токсикологии ;
Первичное цитирование	Панель управления CompTox Chemistry: ресурс сообщества по химии окружающей среды.
Доступ
Веб-сайт	комптокс .epa .gov /панель мониторинга
URL-адрес загрузки	комптокс .epa .gov /панель мониторинга /загрузки
Разнообразный
Лицензия	Общественное достояние
Выпуск данных ; частота	Каждые 6 месяцев
Политика курирования	Курируется вручную

Панель управления CompTox Chemicals — это свободно доступная онлайн-база данных, созданная и поддерживаемая Агентством по охране окружающей среды США (EPA). База данных обеспечивает доступ к различным типам данных, включая физико-химические свойства , судьбу и транспортировку в окружающей среде, воздействие, использование, токсичность in vivo и in vitro биоанализ . Агентство по охране окружающей среды и другие ученые используют данные и модели, содержащиеся на информационной панели, чтобы помочь идентифицировать химические вещества, требующие дальнейшего тестирования, и сократить использование животных в химических испытаниях. Панель мониторинга также используется для обеспечения публичного доступа к информации из планов действий Агентства по охране окружающей среды, например, о перфторированных алкилированных веществах . ^[2]^[3]

Первая версия, первоначально называвшаяся Chemistry Dashboard, была выпущена в 2016 году. ^[4] Последняя версия базы данных (версия 3.0.5) содержит вручную обработанные данные по более чем 875 000 химических веществ и включает в себя новейшие данные, полученные в рамках программы высокопроизводительного скрининга ToxCast Агентства по охране окружающей среды (ToxCast). ^[5] Панель управления химическими веществами объединяет данные из нескольких предыдущих баз данных Агентства по охране окружающей среды в один пакет, включая панель мониторинга ToxCast, ^[6] Панель мониторинга Программы скрининга эндокринных нарушений (EDSP) ^[7] и База данных по химическим веществам и продуктам (CPDat). ^[8]

Объем и доступ

База данных CompTox Chemicals Dashboard содержит высококачественные химические структуры и информацию, тщательно отобранную и проверенную на качество, которая может быть использована в качестве ресурса для ученых-аналитиков, занимающихся идентификацией структур. ^[9]

Данные о химической опасности на информационной панели получены как в результате традиционных исследований на лабораторных животных, так и в результате высокопроизводительного скрининга . Биологические данные высокопроизводительного скрининга генерируются программой ToxCast Агентства по охране окружающей среды. ^[5] Данные ToxCast в базе данных предоставляют информацию об используемых анализах, их эффективности и эффективности. Эти данные можно найти во вкладке «Биоактивность».

Доступ к информационной панели по химическим веществам можно получить через веб-интерфейс, а наборы данных из нее можно загрузить для использования в автономном режиме. Вкладку «Списки» можно использовать для просмотра и загрузки групп связанных химических веществ на основе их соответствия конкретной теме исследования (например, добавки в сигаретах или химические вещества, оказывающие влияние на развитие нервной системы ) или конкретных конечных точек анализа, к которым они относятся.

В рамках онлайн-панели поиска можно выполнять поиск по категориям продукта/использования, анализу/гену, систематическому названию, синониму, номеру CAS , идентификатору вещества DSSTox или InChiKey . На вкладке «Расширенный поиск» химические вещества можно искать по их массе или молекулярной формуле . Поиск по группам химических веществ также можно выполнять по химическому названию CASRN, InChIKey, идентификатору вещества DSSTox, идентификатору соединения DSSTox, скелету InChIKey, формуле MS-Ready, точной формуле или моноизотопной массе с использованием функции поиска по партиям.

Другие функции

В The Chemicals Dashboard интегрирован автоматизированный инструмент под названием Generalized Read-Across (GenRA). GenRA разработан таким образом, чтобы сохранить экспертный подход, присущий методу перекрестного анализа, но автоматизировать процесс выбора химического вещества, чтобы помочь прогнозировать токсичность. ^[10]

Dashboard также имеет возможность поиска в существующих источниках научной литературы, таких как PubMed , через веб-версию «Abstract Sifter». ^[11] Google Scholar и отчеты Предварительных рецензируемых значений токсичности Агентства по охране окружающей среды ( PPRTV ) и Интегрированной системы информации о рисках Агентства по охране окружающей среды ( IRIS ).

в реальном времени Прогноз QSAR для нескольких конечных точек физико-химических свойств и токсичности доступен на вкладке прогнозов .

Поддержка масс-спектрометрии

Панель мониторинга обеспечивает поддержку масс-спектрометрии, обеспечивая поиск по химическим данным, содержащимся в базе данных, на основе массы и молекулярной формулы . Панель мониторинга была применена для нецелевого анализа с поиском « известных неизвестных ». ^[12] Поддерживаются как целевая масс-спектрометрия , так и нецелевая масс-спектрометрия. При поиске используется поиск, основанный на «MS-Ready» формах химических соединений. Отдельные химические вещества преобразуются в форму, которую можно было бы обнаружить с помощью масс-спектрометрии, например, соли обессоливаются и нейтрализуются, а многокомпонентные химические вещества разделяются на отдельные компоненты. ^[13]

См. также

Ссылки

^ Уильямс, Энтони Дж .; и др. (18 ноября 2017 г.). «Панель химии CompTox: ресурс сообщества по химии окружающей среды» . Журнал хеминформатики . 9 (1): 61. дои : 10.1186/s13321-017-0247-6 . ПМК 5705535 . ПМИД 29185060 .
^ Кейт, Брайан; Ли, Томас; Поплавски, Стивен (27 марта 2019 г.). «EPA объявляет план действий по пер- и полифторалкильным веществам (PFAS): обзор и следующие шаги» . Джей Ди Супра . Проверено 21 апреля 2019 г.
^ Патлевич, Г; и др. (январь 2019 г.). «Подход к расстановке приоритетов на основе химических категорий для выбора 75 пер- и полифторалкильных веществ (PFAS) для многоуровневого тестирования токсичности и токсикокинетики» . Перспективы гигиены окружающей среды . 127 (1): 014501. doi : 10.1289/EHP4555 . ПМК 6378680 . ПМИД 30632786 .
^ Уильямс, Энтони Дж.; Грулке, Кристофер М.; Эдвардс, Джефф; МакИхран, Эндрю Д.; Мансури, Камель; Бейкер, Нэнси К.; Патлевич, Грейс; Шах, Имран; Вамбо, Джон Ф. (28 ноября 2017 г.). «Панель химии CompTox: ресурс сообщества по химии окружающей среды» . Журнал хеминформатики . 9 (1): 61. дои : 10.1186/s13321-017-0247-6 . ISSN 1758-2946 . ПМК 5705535 . ПМИД 29185060 .
^ Jump up to: ^а ^б Агентство по охране окружающей среды США, ORD (21 августа 2015 г.). «Прогнозирование токсичности» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 22 апреля 2019 г.
^ Агентство по охране окружающей среды США, ORD (1 ноября 2017 г.). «Изучение данных ToxCast» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 22 апреля 2019 г.
^ Агентство по охране окружающей среды США, OCSPP (14 августа 2015 г.). «Программа скрининга эндокринных нарушений (EDSP) в 21 веке» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 22 апреля 2019 г.
^ Агентство по охране окружающей среды США, ORD (04 августа 2016 г.). «База данных по химической продукции и продуктам (CPDat)» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 22 апреля 2019 г.
^ Агентство по охране окружающей среды США, ORD (30 апреля 2018 г.). «Идентификация структуры с использованием информационной панели CompTox Chemistry Агентства по охране окружающей среды» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 23 апреля 2019 г.
^ Агентство по охране окружающей среды США, ORD (25 сентября 2018 г.). «Новый модуль GenRA в информационной панели CompTox Агентства по охране окружающей среды поможет прогнозировать потенциальную химическую токсичность» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 23 апреля 2019 г.
^ Бейкер, Н.; и др. (декабрь 2017 г.). «Abstract Sifter: комплексная интерфейсная система для PubMed» . F1000Исследования . 6 : 2164. doi : 10.12688/f1000research.12865.1 . ПМК 5801564 . ПМИД 29479422 .
^ Макихран, AD; Собус младший С; Уильямс Эй Джей (декабрь 2016 г.). «Идентификация известных неизвестных с использованием информационной панели CompTox Chemistry Dashboard Агентства по охране окружающей среды США». Аналитическая и биоаналитическая химия . 409 (7): 1729–1735. дои : 10.1007/s00216-016-0139-z . ПМИД 27987027 . S2CID 31754962 .
^ Макихран, AD; и др. (август 2018 г.). « Структуры «MS-Ready» для нецелевых скрининговых масс-спектрометрических исследований высокого разрешения» . Журнал хеминформатики . 10 (1): 45. дои : 10.1186/s13321-018-0299-2 . ПМК 6117229 . ПМИД 30167882 .

[1] Уильямс, Энтони Дж .; и др. (18 ноября 2017 г.). «Панель химии CompTox: ресурс сообщества по химии окружающей среды» . Журнал хеминформатики . 9 (1): 61. дои : 10.1186/s13321-017-0247-6 . ПМК 5705535 . ПМИД 29185060 .

[2] Кейт, Брайан; Ли, Томас; Поплавски, Стивен (27 марта 2019 г.). «EPA объявляет план действий по пер- и полифторалкильным веществам (PFAS): обзор и следующие шаги» . Джей Ди Супра . Проверено 21 апреля 2019 г.

[3] Патлевич, Г; и др. (январь 2019 г.). «Подход к расстановке приоритетов на основе химических категорий для выбора 75 пер- и полифторалкильных веществ (PFAS) для многоуровневого тестирования токсичности и токсикокинетики» . Перспективы гигиены окружающей среды . 127 (1): 014501. doi : 10.1289/EHP4555 . ПМК 6378680 . ПМИД 30632786 .

[4] Уильямс, Энтони Дж.; Грулке, Кристофер М.; Эдвардс, Джефф; МакИхран, Эндрю Д.; Мансури, Камель; Бейкер, Нэнси К.; Патлевич, Грейс; Шах, Имран; Вамбо, Джон Ф. (28 ноября 2017 г.). «Панель химии CompTox: ресурс сообщества по химии окружающей среды» . Журнал хеминформатики . 9 (1): 61. дои : 10.1186/s13321-017-0247-6 . ISSN 1758-2946 . ПМК 5705535 . ПМИД 29185060 .

[:0-5] Jump up to: ^а ^б Агентство по охране окружающей среды США, ORD (21 августа 2015 г.). «Прогнозирование токсичности» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 22 апреля 2019 г.

[6] Агентство по охране окружающей среды США, ORD (1 ноября 2017 г.). «Изучение данных ToxCast» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 22 апреля 2019 г.

[7] Агентство по охране окружающей среды США, OCSPP (14 августа 2015 г.). «Программа скрининга эндокринных нарушений (EDSP) в 21 веке» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 22 апреля 2019 г.

[8] Агентство по охране окружающей среды США, ORD (04 августа 2016 г.). «База данных по химической продукции и продуктам (CPDat)» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 22 апреля 2019 г.

[9] Агентство по охране окружающей среды США, ORD (30 апреля 2018 г.). «Идентификация структуры с использованием информационной панели CompTox Chemistry Агентства по охране окружающей среды» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 23 апреля 2019 г.

[10] Агентство по охране окружающей среды США, ORD (25 сентября 2018 г.). «Новый модуль GenRA в информационной панели CompTox Агентства по охране окружающей среды поможет прогнозировать потенциальную химическую токсичность» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 23 апреля 2019 г.

[11] Бейкер, Н.; и др. (декабрь 2017 г.). «Abstract Sifter: комплексная интерфейсная система для PubMed» . F1000Исследования . 6 : 2164. doi : 10.12688/f1000research.12865.1 . ПМК 5801564 . ПМИД 29479422 .

[12] Макихран, AD; Собус младший С; Уильямс Эй Джей (декабрь 2016 г.). «Идентификация известных неизвестных с использованием информационной панели CompTox Chemistry Dashboard Агентства по охране окружающей среды США». Аналитическая и биоаналитическая химия . 409 (7): 1729–1735. дои : 10.1007/s00216-016-0139-z . ПМИД 27987027 . S2CID 31754962 .

[13] Макихран, AD; и др. (август 2018 г.). « Структуры «MS-Ready» для нецелевых скрининговых масс-спектрометрических исследований высокого разрешения» . Журнал хеминформатики . 10 (1): 45. дои : 10.1186/s13321-018-0299-2 . ПМК 6117229 . ПМИД 30167882 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]