Штейн Аэртс
Штейн Аэртс | |
|---|---|
 | |
| Национальность | бельгийский |
| Альма-матер | Университет Левена |
| Известный | Исследования в области регуляции генов и вычислительной биологии |
| Заголовок | Профессор |
Стейн Аэртс — бельгийский биоинженер и компьютерный биолог. Он возглавляет лабораторию вычислительной биологии. [ 1 ] в VIB и KU Leuven ( Лёвенский университет ), а также является директором VIB.AI, Центра VIB по искусственному интеллекту и вычислительной биологии. Он получил несколько наград за исследования механизма регулирования генома. [ 2 ]
Ранняя жизнь и образование
[ редактировать ]Аэртс родился и вырос в Хойсден-Золдере , Бельгия , где получил среднее образование в колледже Хайлиг-Харт. [ 3 ] Он получил степень магистра в области биоинженерии (молекулярной биологии) в Левенском университете , а затем совмещал работу помощником руководителя ИТ-проекта в Janssen Pharmaceutica с углубленными исследованиями в области прикладных компьютерных наук в Брюссельском университете . Он получил степень доктора технических наук (биоинформатика), работая на кафедре электротехники ESAT-SCD в Левенском университете . [ 4 ]
Академическая карьера
[ редактировать ]Аэртс завершил постдокторскую подготовку, работая над геномикой регуляции генов на модели плодовой мухи Drosophila melanogaster в лаборатории Бассема Хасана в VIB в Левене , включая исследовательскую поездку в Институт биологии развития Марселя , Люмини (IBDML), во Франции , с Дени Тьерри и Карлом Херрманном.
В 2009 году Аэртс был назначен доцентом , Левенского университета где сейчас является профессором , и возглавляет лабораторию вычислительной биологии на Левенского университета кафедре генетики человека . С 2016 года он также назначен руководителем группы ВИБ . Аэртс преподает несколько курсов, в том числе «Введение в биоинформатику» , «Биоинформатика: структурная и сравнительная геномика» , «Биоинформатика и системная биология: последовательность, структура и эволюция» , а также «Биоинформатика и системная биология: экспрессия, регуляция и сети» в Левенском университете . Его исследования сосредоточены на расшифровке регуляторного кода генома, используя комбинацию одноклеточных подходов, машинного обучения и высокопроизводительных экспериментальных подходов. [ 5 ]
Исследовать
[ редактировать ]Исследовательский интерес Аэртса к регуляторной геномике и сетям генной регуляции охватывает широкий спектр экспериментальных и вычислительных подходов, применяемых в контексте развития нейронов, нейродегенерации, а также рака. [ 6 ] [ 7 ]
Во время своей докторской диссертации Аэртс изобрел один из первых биоинформатических алгоритмов для прогнозирования геномных энхансеров (ModuleSearcher). [ 8 ] и разработал несколько биоинформатических инструментов для анализа цис-регуляторных последовательностей (TOUCAN). [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] и для определения приоритетов генов (Endeavour). [ 12 ] Другие научные достижения включают новые методы биоинформатики для анализа регуляторных сетей одноклеточных генов, а именно iRegulon, [ 13 ] ЖИВОПИСНЫЙ [ 14 ] и цисТопик ; [ 15 ] новый экспериментальный метод массово-параллельного анализа репортеров энхансеров (CHEQ-seq); и реализация глубокого обучения для моделирования усилителей (DeepMEL [ 16 ] и ДипФлайБрейн [ 17 ] ).
Аэртс стал соучредителем консорциума Fly Cell Atlas. [ 18 ] и создали одноклеточный атлас стареющего мозга дрозофилы . [ 19 ] В 2022 году консорциум объявил о завершении создания одноядерного транскриптомного атласа взрослой плодовой мухи. [ 20 ] [ 21 ] который, как они надеются, послужит ценным ресурсом для исследовательского сообщества и справочником по изучению функций генов при разрешении одной клетки. [ 22 ]
Создание атласов клеток и тканей помогает исследованиям по изучению биологических процессов не только у мух, но и для моделирования заболеваний человека на уровне всего организма с разрешением по типам клеток. Аэртс также является частью общеевропейского исследовательского консорциума под названием LifeTime, целью которого является отслеживание, понимание и нацеливание клеток человека во время возникновения и прогрессирования сложных заболеваний, а также анализ их реакции на терапию с разрешением отдельных клеток. [ 23 ]
Информационно-пропагандистская деятельность
[ редактировать ]Будучи сторонником открытой науки, Аэртс размещает данные и методы, разработанные его командой, в открытых репозиториях или делает их бесплатными в виде программного обеспечения и баз данных с открытым исходным кодом. [ 24 ]
MendelCraft, мод MineCraft , разработанный лабораторией Aerts, представляет собой видеоигру, предназначенную для обучения детей ДНК , генетике и законам Менделя , позволяя им скрещивать и клонировать разные породы виртуальных кур. [ 25 ]
Награды
[ редактировать ]- Продвинутый грант ERC 2023
- Избран членом EMBO 2022 г. [ 26 ]
- Франки Председатель на ULB 2022 [ 27 ]
- ERC Грант консолидатора [ 28 ]
- Премия Биоинформатики и вычислительной науки 2017 г. от Биотехнологического фонда.
- 2016 г. в области биоинформатики Астразенека Премия Фонда [ 29 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Аэртс, лаб. «Лаборатория Штейн Аэртс – ВИБ – КУЛёвен» . aertslab.org . Проверено 4 мая 2022 г.
- ^ Маркс, Вивьен (01 мая 2019 г.). «Штайн Аэртс» . Природные методы . 16 (5): 355. дои : 10.1038/s41592-019-0397-8 . ISSN 1548-7105 . ПМИД 30971811 . S2CID 106411505 .
- ^ «Ведущий учёный Лимбурга Штейн Аэртс: «На самом деле это невыполнимая работа» » . www.hbvl.be (на фламандском языке). 6 ноября 2018 г. Проверено 3 мая 2022 г.
- ^ «Лаборатория Штейн Аэртс – ВИБ – КУЛёвен» . aertslab.org . Проверено 3 мая 2022 г.
- ^ имя, Ваше. «Лаборатория Штейн Аэртс – ВИБ – КУЛёвен» . aertslab.org . Проверено 3 мая 2022 г.
- ^ Левен К.У. «Компьютерная программа обнаруживает различия между клетками человека» . физ.орг . Проверено 3 мая 2022 г.
- ^ Стерлинг, Джон (06 января 2022 г.). / «ИИ, используемый для изучения клеточного разнообразия в мозгу Drosophila melanogaster» . GEN – Новости генной инженерии и биотехнологии . Проверено 3 мая 2022 г.
- ^ «Поиск модулей» . gbiomed.kuleuven.be . Проверено 4 мая 2022 г.
- ^ Аэртс, Штейн; Тайс, Герт; Коссенс, Берт; Стас, Мик; Моро, Ив; Де Мур, Барт (15 марта 2003 г.). «Тукан: расшифровка цис-регуляторной логики корегулируемых генов» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (6): 1753–1764. дои : 10.1093/nar/gkg268 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 152870 . ПМИД 12626717 .
- ^ Аэртс, Штейн; Ван Лоо, Питер; Тайс, Герт; Майер, Герберт; де Мартин, Райнер; Моро, Ив; Де Мур, Барт (1 июля 2005 г.). «TOUCAN 2: комплексная рабочая среда с открытым исходным кодом для анализа регуляторных последовательностей» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (проблема с веб-сервером): W393–396. дои : 10.1093/nar/gki354 . ISSN 1362-4962 . ПМК 1160115 . ПМИД 15980497 .
- ^ «ТУКАН - Анализ регуляторных последовательностей - Биоинформатика регуляции генов» . toucan.aertslab.org . Проверено 4 мая 2022 г.
- ^ Аэртс, Штейн; Ламбрехтс, Дитер; Майти, Сунит; Ван Лоо, Питер; Коссенс, Берт; Де Смет, Фредерик; Транчеван, Леон-Шарль; Де Мур, Барт; Маринен, Питер; Хасан, Бассем; Кармелиет, Питер (май 2006 г.). «Приоритизация генов посредством объединения геномных данных» . Природная биотехнология . 24 (5): 537–544. дои : 10.1038/nbt1203 . ISSN 1087-0156 . ПМИД 16680138 . S2CID 2303897 .
- ^ Джанки, Рекина; Верфайи, Аннелиен; Имрихова, Хана; Ван де Санде, Брэм; Штандарт, Лаура; Кристианс, Валери; Хюльсельманс, Герт; Хертен, Коэн; Наваль Санчес, Марина; Потье, Дельфин; Светличный Дмитрий (июль 2014 г.). «iRegulon: от списка генов к сети регулирования генов с использованием больших коллекций мотивов и треков» . PLOS Вычислительная биология . 10 (7): e1003731. Бибкод : 2014PLSCB..10E3731J . дои : 10.1371/journal.pcbi.1003731 . ISSN 1553-7358 . ПМК 4109854 . ПМИД 25058159 .
- ^ Айбар, Сара; Гонсалес-Блас, Кармен Браво; Моерман, Томас; Хюинь-Ту, Ван Ань; Имрихова, Хана; Хюльсельманс, Герт; Рэмбоу, Флориан; Марин, Жан-Кристоф; Гертс, Пьер; Аэртс, Джон; ван ден Оорд, Йост (ноябрь 2017 г.). «SCENIC: вывод и кластеризация одноклеточной регуляторной сети» . Природные методы . 14 (11): 1083–1086. дои : 10.1038/nmeth.4463 . ISSN 1548-7105 . ПМЦ 5937676 . ПМИД 28991892 .
- ^ Браво Гонсалес-Блас, Кармен; Минное, Лисбет; Папасократ, Дафна; Айбар, Сара; Хюльсельманс, Герт; Кристианс, Валери; Дэви, Кристофер; Воутерс, Джаспер; Аэртс, Штейн (май 2019 г.). «cisTopic: моделирование цис-регуляторной темы на основе данных ATAC-seq для одной ячейки» . Природные методы . 16 (5): 397–400. дои : 10.1038/s41592-019-0367-1 . ISSN 1548-7105 . ПМК 6517279 . ПМИД 30962623 .
- ^ Минное, Лисбет; Таскиран, Ибрагим Ихсан; Модуит, Дэвид; Фасио, Маурицио; Ван Аершот, Линде; Хюльсельманс, Герт; Кристианс, Валери; Махзами, Самира; Селтенхаммер, Моника; Каррас, Панайотис; Примот, Алина (декабрь 2020 г.). «Межвидовой анализ логики энхансера с использованием глубокого обучения» . Геномные исследования . 30 (12): 1815–1834. дои : 10.1101/гр.260844.120 . ISSN 1549-5469 . ПМК 7706731 . ПМИД 32732264 .
- ^ Янссенс, Джаспер; Айбар, Сара; Таскиран, Ибрагим Ихсан; Исмаил, Джой Н.; Гомес, Алисия Эстасио; Оги, Габриэль; Спаниер, Катина И.; Де Роп, Флориан В.; Гонсалес-Блас, Кармен Браво; Дионн, Марк; Граймс, Криста (январь 2022 г.). «Расшифровка регуляции генов в мозгу мух» . Природа . 601 (7894): 630–636. Бибкод : 2022Natur.601..630J . дои : 10.1038/s41586-021-04262-z . ISSN 1476-4687 . ПМИД 34987221 . S2CID 245771324 .
- ^ «ЛЕТЯЩАЯ КЛЕТКА АТЛАС» . ЛЕТУЧИЕ КЛЕТКИ АТЛАС . Проверено 3 мая 2022 г.
- ^ Дэви, Кристофер; Янссенс, Джаспер; Колдере, Эмоция; Хозяин Пути, Максим; Печ, Ули; Крефт, Лукас; Айбар, Сара; Махзами, Самира; Кристианс, Валери; Браво Гонсалес-Блас, Кармен; Пуватингал, Суреш (9 августа 2018 г.). «Атлас одноклеточных транскриптомов стареющего мозга дрозофилы» . Клетка . 174 (4): 982–998.e20. дои : 10.1016/j.cell.2018.05.057 . ISSN 1097-4172 . ПМК 6086935 . ПМИД 29909982 .
- ^ Ли, Хунцзе; Янссенс, Джаспер; Хозяин Пути, Максим; Коллуру, Сай Сароджа; Дэви, Кристофер; Гардо, Винсент; Саленс, Воутер; Дэвид, Фабрис, Пенсильвания; Брбич, Мария; Спаниер, Катина; Лесковец, Юре (04 марта 2022 г.). «Атлас муховых клеток: одноядерный транскриптомный атлас взрослой плодовой мухи» . Наука . 375 (6584): eabk2432. дои : 10.1126/science.abk2432 . ISSN 1095-9203 . ПМЦ 8944923 . ПМИД 35239393 .
- ^ «Маленький герой, большая карта» . hms.harvard.edu . 9 марта 2022 г. Проверено 3 мая 2022 г.
- ^ «Дрозовая мушка: крошечный исследовательский герой теперь полностью нанесен на карту» . press.vib.be . 3 марта 2022 г. Проверено 3 мая 2022 г.
- ^ Раевский, Николаус; Альмузни, Женевьева; Горский, Станислав А.; Аэртс, Штейн; Амит, Идо; Бертеро, Микела Г.; Бок, Кристоф; Бреденорд, Аннелиен Л.; Кавалли, Джакомо; Чиокка, Сюзанна; Клеверс, Ганс (ноябрь 2020 г.). «LifeTime и улучшение европейского здравоохранения с помощью клеточной интерцептивной медицины» . Природы . 587 (7834): 377–386. Бибкод : 2020Natur.587..377R . дои : 10.1038/s41586-020-2715-9 . ISSN 1476-4687 . ПМЦ 7656507 . ПМИД 32894860 .
- ^ «аэртслаб» . Гитхаб . Проверено 3 мая 2022 г.
- ^ «МендельКрафт» . mendelcraft.aertslab.org . Проверено 3 мая 2022 г.
- ^ «Найдите людей в сообществах EMBO» . People.embo.org . Проверено 22 июня 2023 г.
- ^ ULB (25 января 2022 г.). «Стул Франки 2021 — «Расшифровка регуляции генов в эпоху одноклеточных технологий» » .
- ^ «Гранты консолидатора ERC-2016 для Штейна Аэртса, Филиппа Леми и Тома Ван Дорселера» . www.kuleuven.be . Проверено 3 мая 2022 г.
- ^ Фонд АстраЗенека. «Лауреаты премии — AZ Foundation и FWO/FRS-FNRS» . Проверено 3 мая 2022 г.