Мэри Джо Ондречен

Мэри Джо Ондречен
Мэри Джо Ондречен
	Ондрехен в кампусе Университета Брандейса в 2011 году.
Рожденный	1953 (70–71 год)
Национальность	Американский
Альма-матер	Рид-колледж (бакалавр) ; Северо-Западный университет (доктор философии) ;
Известный	ТЕМАТИКА, САЛЬСА, БАССЕЙН
	Научная карьера
Поля	теоретическая химия
Учреждения	Северо-Восточный университет
Докторантура	Марк А. Ратнер

Мэри Джо Ондрехен (род. 1953) — американский химик, педагог, исследователь, общественный деятель и активистка. Она является профессором химии и химической биологии и главным исследователем. ^[1] из Исследовательской группы вычислительной биологии Северо-Восточного университета в Бостоне, Массачусетс .

Образование

Ондрехен получила Американским химическим обществом, степень бакалавра химии, сертифицированную в Рид-колледже , Портленд, штат Орегон , в 1974 году. Она училась в докторантуре по химии и химической физике в Северо-Западном университете , в Эванстоне, штат Иллинойс и получила степень доктора философии. степень в 1978 году под руководством Марка А. Ратнера . ^[2] После постдокторской исследовательской работы в Чикагском университете и Тель-Авивском университете в Израиле (последний в качестве постдокторанта НАТО ) она поступила на факультет Северо-Восточного университета в Бостоне, штат Массачусетс, в 1980 году. ^[3]

Исследования и открытия

Ее ранние исследовательские достижения включают разработку молекул и материалов с желаемыми спектроскопическими и проводящими свойствами, предсказание эффектов электрического поля в молекулах и белках , оптимизацию устройств преобразования энергии, а также разработку и определение характеристик материалов ионных проводников для перезаряжаемых батарей . В настоящее время ее исследовательская деятельность включает моделирование биологических макромолекул. ^[4] и прогнозные расчеты для функциональной геномики .

Она была соавтором THEMATICS ^[5]^[6]^[7] (Теоретические микроскопические аномальные формы кривых титрования), простой вычислительный предсказатель функциональной информации о белках только на основе их трехмерной структуры. THEMATICS предсказывает каталитические и связывающие центры в белках с высокой чувствительностью и хорошей селективностью. Уникальная и мощная особенность ее метода THEMATICS заключается в том, что он не требует ни последовательностей, ни структурных сравнений и, следовательно, применим к новым сгибам, орфанным последовательностям, а также к сконструированным полипептидным системам.

она также является соавтором Вместе с Вэньсю Тонгом и Рональдом Дж. Уильямсом новой технологии машинного обучения под названием «Оптимальное правдоподобие частичного порядка» (POOL). ^[8]^[9] POOL — это метод максимального правдоподобия с ограничением монотонности для прогнозирования свойств, которые монотонно зависят от входных признаков. Этот мощный метод в сочетании с функциями ввода THEMATICS является высокоэффективным средством прогнозирования активных центров белковых структур.

Эти методы также используются для успешного аннотирования белков структурной геномики , т.е. для открытия функции генных продуктов, функция которых в настоящее время неизвестна. Ее метод структурно выровненных локальных участков активности (SALSA) использует локальные наборы аминокислотных остатков, которые, согласно расчетам, активны в катализе, для определения биохимической функции ферментных структур с неизвестной функцией.

Эти вычислительные методы в настоящее время также используются, чтобы понять, как ферменты влияют на катализ . ^[10] В частности, профессор Ондрехен впервые разработал концепцию пространственно расширенных активных центров ферментов, а также то, что участие аминокислот , даже если они находятся далеко от места катализируемой реакции, можно предсказать с помощью простого расчета. ^[11]

Ее исследовательская группа также разработала вычислительные методы для улучшения конструкции искусственных ферментов.

В 2020 году исследовательская группа Ондрехена реализовала новый проект по характеристике белков SARS-CoV-2 , вируса, вызывающего COVID-19 , и поиску мер по нарушению жизненного цикла вируса. ^[12]^[13]

Общественная активность

Ондречен — общественный лидер и активист. Недавно она работала в совете консультантов (ITRC) в Вашингтоне, округ Колумбия , Межгосударственного совета по технологиям и регулированию представляя интересы заинтересованных сторон сообщества и племен. ^[14] Она является бывшим президентом совета директоров Североамериканского индейского центра в Бостоне ( NAICOB ). ^[15] и занимал пост председателя совета директоров Американского индейского научно-технического общества ( AISES ), расположенного в Альбукерке, штат Нью-Мексико, с 2011 по 2013 год. ^[16] Страстный сторонник бережного отношения к Земле, она ранее работала в Комиссии по охране природы Хопкинтона, штат Массачусетс , и в Сети общественных лидеров Министерства энергетики США . Она проявляла особую активность в продвижении инновационных технологий для решения экологических проблем. ^[17]^[18]^[19] Она также активно выступает за вовлечение общественных и племенных заинтересованных сторон в экологическую оценку, принятие решений и управление.

Она выступала на Марше науки в Вашингтоне, округ Колумбия, в апреле 2017 года. ^[20]^[21]

Она провела множество презентаций о разнообразии и инклюзивности в области науки, технологий, инженерии и математики ( STEM ). ^[22]^[23]

Ссылки

^ Факультет научного колледжа Северо-Восточного университета - химия и химическая биология . (2014).
^ «Группа Ратнера – дом исследовательской группы Ратнера» . chemgroups.northwestern.edu .
^ Полластри, депутат [1] (2017)
^ Финли, А., Исследование взаимодействия фермента и субстрата с витамином B6 . (1999).
^ Функция белка предсказана с помощью нового метода «ТЕМАТИКА», разработанного Северо-Восточным университетом и учеными Брандейса . ScienceDaily, (2001).
^ Борман, С., От последовательности к последствиям. Новости химии и техники, 79 (48): с. 31-33 (2001).
^ Болл, П., Компьютеры определяют подсказки по форме . Природа, (2001).
^ Тонг, Вэньсюй; Вэй, Ин; Мурга, Леонель Ф.; Ондречен, Мэри Джо; Уильямс, Рональд Дж. (16 января 2009 г.). «Оптимальное правдоподобие частичного порядка (ПУЛ): предсказание максимального правдоподобия остатков активного сайта белка с использованием трехмерной структуры и свойств последовательности» . PLOS Вычислительная биология . 5 (1): e1000266. Бибкод : 2009PLSCB...5E0266T . дои : 10.1371/journal.pcbi.1000266 . ISSN 1553-7358 . ПМЦ 2612599 . ПМИД 19148270 .
^ Сомаровту, Шринивас; Ян, Хуюань; Хильдебранд, Дэвид Г.К.; Ондречен, Мэри Джо (01 июня 2011 г.). «Высокоэффективное прогнозирование функциональных остатков в белках с помощью машинного обучения и вычислительных входных функций». Биополимеры . 95 (6): 390–400. дои : 10.1002/bip.21589 . ISSN 0006-3525 . ПМИД 21254002 .
^ Ондречен, Мэри Джо; Клифтон, Джеймс Г.; Ринге, Дагмар (23 октября 2001 г.). «ТЕМАТИКА: Простой вычислительный прогноз функции фермента по структуре» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (22): 12473–12478. Бибкод : 2001PNAS...9812473O . дои : 10.1073/pnas.211436698 . ISSN 0027-8424 . ПМК 60078 . ПМИД 11606719 .
^ Херринг, А., Форма и функция ферментной активности . (2012).
^ https://www.metrowestdailynews.com/news/20200501/hopkinton-resident-receives-national-science-foundation-grant-to-study-coronavirus Житель Хопкинтона получает грант Национального научного фонда на изучение коронавируса.
^ https://news.northeastern.edu/2020/05/15/the-coronavirus-might-have-hidden-weak-spots-machine-learning-could-help-find-them/ У коронавируса могут быть скрытые слабые места. . Машинное обучение может помочь их найти.
^ Уиллетт, А., [2] (2012)
^ Данн, Дж., О NAICOB . (2013).
^ EchoHawk, S., Совет директоров AISES . (2014).
^ Химическое окисление in situ . (2000).
^ Техническое и нормативное руководство для триадного подхода: новая парадигма управления экологическими проектами . (2003).
^ Использование технологии скважин прямого выталкивания для долгосрочного мониторинга окружающей среды при исследованиях подземных вод . (2006).
^ Джоэл Ахенбах; Бен Гуарино; Сара Каплан (27 октября 2021 г.) [21 апреля 2017 г.]. «Почему ученые маршируют по Вашингтону и более чем 600 другим городам» . Вашингтон Пост . Вашингтон, округ Колумбия, ISSN 0190-8286 . OCLC 1330888409 . ^{[ пожалуйста, проверьте эти даты ]}
^ «Профессор Мэри Джо Ондрехен на Марше науки» . Ютуб .
^ Эрнандес, Р., Биография OXIDE: Мэри Джо Ондречен . (2014).
^ Пути к науке, Мэри Джо Ондрехен . (2012).

[one-1] Факультет научного колледжа Северо-Восточного университета - химия и химическая биология . (2014).

[two-2] «Группа Ратнера – дом исследовательской группы Ратнера» . chemgroups.northwestern.edu .

[three-3] Полластри, депутат [1] (2017)

[four-4] Финли, А., Исследование взаимодействия фермента и субстрата с витамином B6 . (1999).

[five-5] Функция белка предсказана с помощью нового метода «ТЕМАТИКА», разработанного Северо-Восточным университетом и учеными Брандейса . ScienceDaily, (2001).

[six-6] Борман, С., От последовательности к последствиям. Новости химии и техники, 79 (48): с. 31-33 (2001).

[seven-7] Болл, П., Компьютеры определяют подсказки по форме . Природа, (2001).

[8] Тонг, Вэньсюй; Вэй, Ин; Мурга, Леонель Ф.; Ондречен, Мэри Джо; Уильямс, Рональд Дж. (16 января 2009 г.). «Оптимальное правдоподобие частичного порядка (ПУЛ): предсказание максимального правдоподобия остатков активного сайта белка с использованием трехмерной структуры и свойств последовательности» . PLOS Вычислительная биология . 5 (1): e1000266. Бибкод : 2009PLSCB...5E0266T . дои : 10.1371/journal.pcbi.1000266 . ISSN 1553-7358 . ПМЦ 2612599 . ПМИД 19148270 .

[9] Сомаровту, Шринивас; Ян, Хуюань; Хильдебранд, Дэвид Г.К.; Ондречен, Мэри Джо (01 июня 2011 г.). «Высокоэффективное прогнозирование функциональных остатков в белках с помощью машинного обучения и вычислительных входных функций». Биополимеры . 95 (6): 390–400. дои : 10.1002/bip.21589 . ISSN 0006-3525 . ПМИД 21254002 .

[10] Ондречен, Мэри Джо; Клифтон, Джеймс Г.; Ринге, Дагмар (23 октября 2001 г.). «ТЕМАТИКА: Простой вычислительный прогноз функции фермента по структуре» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 98 (22): 12473–12478. Бибкод : 2001PNAS...9812473O . дои : 10.1073/pnas.211436698 . ISSN 0027-8424 . ПМК 60078 . ПМИД 11606719 .

[eight-11] Херринг, А., Форма и функция ферментной активности . (2012).

[nine-12] ttps://www.metrowestdailynews.com/news/20200501/hopkinton-resident-receives-national-science-foundation-grant-to-study-coronavirus Житель Хопкинтона получает грант Национального научного фонда на изучение коронавируса.

[ten-13] ttps://news.northeastern.edu/2020/05/15/the-coronavirus-might-have-hidden-weak-spots-machine-learning-could-help-find-them/ У коронавируса могут быть скрытые слабые места. . Машинное обучение может помочь их найти.

[eleven-14] Уиллетт, А., [2] (2012)

[twelve-15] Данн, Дж., О NAICOB . (2013).

[thirteen-16] EchoHawk, S., Совет директоров AISES . (2014).

[fourteen-17] Химическое окисление in situ . (2000).

[fifteen-18] Техническое и нормативное руководство для триадного подхода: новая парадигма управления экологическими проектами . (2003).

[sixteen-19] Использование технологии скважин прямого выталкивания для долгосрочного мониторинга окружающей среды при исследованиях подземных вод . (2006).

[seventeen-20] Джоэл Ахенбах; Бен Гуарино; Сара Каплан (27 октября 2021 г.) [21 апреля 2017 г.]. «Почему ученые маршируют по Вашингтону и более чем 600 другим городам» . Вашингтон Пост . Вашингтон, округ Колумбия, ISSN 0190-8286 . OCLC 1330888409 . ^{[ пожалуйста, проверьте эти даты ]}

[eighteen-21] «Профессор Мэри Джо Ондрехен на Марше науки» . Ютуб .

[nineteen-22] Эрнандес, Р., Биография OXIDE: Мэри Джо Ондречен . (2014).

[twenty-23] Пути к науке, Мэри Джо Ондрехен . (2012).

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

[22]

[23]