✖


Jump to content

Следующий поток

Add links
Следующий поток
Оригинальный автор(ы) Паоло Ди Томмазо
Разработчик(и) Seqera Labs, Центр геномного регулирования
Первоначальный выпуск 9 апреля 2013 г .; 11 лет назад ( 09.04.2013 )
Стабильная версия
v23.10.1 / 12 января 2024 г .; 6 месяцев назад ( 12.01.2024 )
Предварительный выпуск
v24.02.0-край / 9 марта 2024 г .; 4 месяца назад ( 09.03.2024 )
Репозиторий https://github.com/nextflow-io/nextflow
Написано в Отличный , Ява
Операционная система Linux , MacOS , WSL
Тип Система научного документооборота , Программирование потоков данных , Большие данные
Лицензия Лицензия Апач 2.0
Веб-сайт следующий поток .что

Nextflow — это система научных рабочих процессов, преимущественно используемая для биоинформационного анализа данных. Он устанавливает стандарты программного создания последовательности зависимых вычислительных шагов и обеспечивает их выполнение на различных локальных и облачных ресурсах. [1] [2]

Цель

[ редактировать ]

Многие анализы научных данных требуют значительного количества последовательных этапов обработки. Пользовательских сценариев может быть достаточно при разработке новых методов или нечастом выполнении определенного анализа, но они плохо масштабируются для сложных последовательностей задач или большого количества образцов. [3] [4] [5]

Системы научных рабочих процессов , такие как Nextflow, позволяют формализовать анализ как конвейер анализа данных. Конвейеры, также известные как рабочие процессы, представляют собой инструкции, определяющие порядок и условия выполнения вычислительных шагов. Их осуществляют программы специального назначения, так называемые исполнители рабочих процессов, обеспечивающие предсказуемое и воспроизводимое поведение в различных вычислительных средах. [3] [6] [7] [8]

Системы рабочих процессов также предоставляют встроенные решения для распространенных проблем разработки рабочих процессов, таких как применение нескольких образцов, проверка входных и промежуточных результатов, условное выполнение шагов, обработка ошибок и генерация отчетов. Расширенные функции систем рабочих процессов могут также включать возможности планирования, графические пользовательские интерфейсы для мониторинга выполнения рабочих процессов и управление зависимостями путем контейнеризации всего рабочего процесса или его компонентов. [9] [10]

Как правило, системы научных рабочих процессов изначально представляют собой сложную задачу обучения, поскольку все их функции и сложности добавляются поверх фактического анализа и в дополнение к нему. Однако стандарты и абстракция, налагаемые системами рабочих процессов, в конечном итоге улучшают отслеживаемость этапов анализа, что особенно актуально при совместной разработке конвейеров, как это принято в научной среде. [11]

Характеристики

[ редактировать ]

Спецификация рабочих процессов

[ редактировать ]

В Nextflow конвейеры состоят из отдельных процессов, соответствующих вычислительным задачам. Каждый процесс настраивается входными требованиями и выходными объявлениями. Вместо выполнения в фиксированной последовательности выполнение процесса начинается, когда все его входные требования выполнены. Указывая выходные данные одного процесса как входные данные другого шага, создается логическое и последовательное соединение между процессами. [12]

Эта реактивная реализация процессов является характерным шаблоном проектирования Nextflow и также известна как функциональная модель потока данных . [13]

Процессы и целые рабочие процессы программируются на предметно-ориентированном языке (DSL), предоставляемом Nextflow и основанном на Apache Groovy . [14] Хотя DSL Nextflow используется для объявления логики рабочего процесса, разработчики могут использовать выбранный ими язык сценариев внутри процесса и смешивать несколько языков в рабочем процессе. Таким образом, возможен перенос существующих сценариев и рабочих процессов в Nextflow. сценариев включают bash, csh, ksh, Python , Ruby и R. Поддерживаемые языки Любой язык сценариев, использующий стандартное объявление Shebang Unix ( #!/bin/bash) поддерживается в Nextflow.

Ниже показан примерный рабочий процесс, состоящий только из одного процесса: 

process hello_world {
    input:
    val greeting

    output:
    path "${greeting}.txt"

    script:
    """
    echo "${greeting} World!" > ${greeting}.txt
    """
}

workflow {
    Channel.of("Hello", "Ciao", "Hola", "Bonjour") | hello_world
}

Чтобы облегчить совместную работу над рабочими процессами, Nextflow имеет встроенную поддержку систем управления исходным кодом и DevOps -платформ, включая GitHub , GitLab и других. [15]

Выполнение рабочих процессов

[ редактировать ]

Рабочие процессы, написанные на DSL Nextflow, можно развертывать и запускать в различных вычислительных средах без изменения кода конвейера.

Чтобы обеспечить переносимость, Nextflow поставляется со специальными исполнителями для различных платформ. [16] в том числе у крупных облачных провайдеров. Поскольку Nextflow отделяет отдельные этапы процесса, его можно дополнительно настроить для распределения выполнения по нескольким вычислительным платформам. Он поддерживает следующие среды для выполнения конвейера:

  • Локальный – исполнитель по умолчанию. Конвейеры Nextflow работают в Linux или Mac OS, а выполнение происходит на компьютере, на котором запущен конвейер.
  • Менеджеры рабочих нагрузок HPC — Slurm, SGE, LSF, Moab, PBS Pro, PBS/Torque, HTCondor, NQSII, OAR
  • Kubernetes — локальные или облачные реализации Kubernetes (GKE, EKS или AKS).
  • Облачные пакетные сервисы – AWS Batch, [17] Пакетная обработка Azure [18]
  • Другие среды – Apache Ignite, Google Life Sciences. [19]

Контейнеры для переносимости между вычислительными средами

[ редактировать ]

Фундаментальной концепцией Nextflow является его тесная интеграция с программными контейнерами . Целые рабочие процессы, а в более поздних версиях также отдельные процессы могут использовать контейнеры, чтобы обеспечить их выполнение в различных вычислительных средах без утомительных процедур установки и настройки. [3]

На этот выбор дизайна сильно повлияло выступление Соломона Хайка на dotScale в 2013 году: [20] что оказало значительное влияние на главного разработчика Nextflow Паоло Ди Томмазо. [21]

Контейнерные платформы, поддерживаемые Nextflow, включают Docker, Singularity, Charliecloud, Podman и Shifter. [22] Контейнеры такого типа можно использовать в рабочем процессе и автоматически извлекаются из внешних репозиториев при выполнении конвейера. На саммите Nextflow 2022 было объявлено, что будущие версии Nextflow будут поддерживать специальную службу предоставления контейнеров для улучшенной интеграции настраиваемых контейнеров в рабочие процессы. [23]

История развития

[ редактировать ]

Первоначально Nextflow был разработан в Центре геномного регулирования в Испании и выпущен как проект с открытым исходным кодом на GitHub в июле 2013 года. [24] В октябре 2018 года лицензия проекта Nextflow была изменена с GPLv3 на Apache 2.0 . [25]

В июле 2018 года Seqera Labs была запущена как дочерняя компания Центра геномного регулирования. [21] В компании работают многие основные разработчики и сопровождающие Nextflow, а также она предоставляет коммерческие услуги. [26] и консалтинг с акцентом на Nextflow.

Nextflow, В июле 2020 года было представлено значительное расширение и пересмотр предметно-ориентированного языка позволяющее использовать подрабочие процессы и дополнительные улучшения. [27] В том же году количество загрузок Nextflow в месяц составило около 55 000 в месяц. [21]

Усыновление и прием

[ редактировать ]

Сообщество nf- core

[ редактировать ]

Помимо Центра геномной регуляции , [28] другие центры секвенирования приняли Nextflow в качестве предпочтительной системы научного рабочего процесса , в том числе Центр количественной биологии в Тюбингене , Институт Фрэнсиса Крика , A*STAR институт генома Сингапурский и Шведская национальная инфраструктура геномики . [21]

Усилия по совместному использованию, гармонизации и курированию биоинформатических конвейеров, используемых этими учреждениями. [29] [30] [31] [32] в конечном итоге превратился в проект nf-core . [33] Возглавил Фил Юэлс из Шведской национальной инфраструктуры геномики. [34] [35] Целью проекта nf-core является обеспечение воспроизводимости и переносимости конвейеров на различное оборудование, операционные системы и версии программного обеспечения. В июле 2020 года Nextflow и nf-core получили грант от Инициативы Чана Цукерберга в знак признания их роли как жизненно важного программного обеспечения с открытым исходным кодом. [36]

По состоянию на 2022 год в организации nf-core будут размещены 73 конвейера Nextflow для биологических наук и более 700 технологических модулей. Объединяя более 500 разработчиков и ученых, это крупнейшая совместная работа и сообщество по разработке конвейеров биоинформатического анализа данных. [37]

По домену и теме исследования

[ редактировать ]

Nextflow предпочтителен при обработке данных секвенирования и анализе геномных данных. За последние пять лет были опубликованы многочисленные разработки для самых разных приложений и анализов в области геномики.

Примечательным примером использования в этом отношении был надзор за патогенами во время пандемии COVID-19 . [38] Мониторинг появления новых вариантов вируса и отслеживание его глобального распространения требовали быстрой и высокоавтоматизированной, но точной обработки необработанных данных, анализа вариантов и определения линий происхождения, что стало возможным благодаря конвейерам, написанным на Nextflow. [39] [40] [41] [42] [43] [44] [45]

Nextflow также играет важную роль для некоммерческого хранилища плазмид Addgene , которое использует его для подтверждения целостности всех депонированных плазмид. [46]

Помимо геномики, Nextflow набирает популярность в других областях обработки биомедицинских данных, которые также требуют применения сложных рабочих процессов с большими объемами первичных данных: скрининг лекарств , [47] Диффузионная магнитно-резонансная томография (дМРТ) в радиологии, [48] и масс-спектрометрии , обработка данных [49] [50] [51] последний с особым упором на протеомику [52] [53] [54] [55] [56] [57] [58] [59]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Строцци, Франческо; Янссен, Роэль; Вурмус, Рикардо; Крузо, Майкл Р.; Гитинджи, Джордж; Ди Томмазо, Паоло; Бельхашеми, Доминик; Мёллер, Штеффен; Смант, Герт; Де Лайт, Джоп; Принц, Питер (2019). «Масштабируемые рабочие процессы и воспроизводимый анализ данных для геномики». Эволюционная геномика . Методы молекулярной биологии. Полный. 1910. стр. 723–745. дои : 10.1007/978-1-4939-9074-0_24 . ISBN  978-1-4939-9073-3 . ПМЦ   7613310 . ПМИД   31278683 .
  2. ^ Гао, Минъи, Тан, Синь, Сяо, Сюй, Ян, Вэньсянь (2021). . Брифинги по биоинформатике 22 ( 3). : 10.1093 bbaa116 . bib /   / doi
  3. ^ Jump up to: а б с Раттен, Лаура; Вильм, Андреас; Гёке, Джонатан (октябрь 2021 г.). «Воспроизводимые, масштабируемые и совместно используемые конвейеры анализа с менеджерами рабочих процессов биоинформатики». Природные методы . 18 (10): 1161–1168. дои : 10.1038/s41592-021-01254-9 . ПМИД   34556866 . S2CID   237616424 .
  4. ^ Террон-Камеро, Лаура К.; Гордильо-Гонсалес, Фернандо; Салас-Эспехо, Эдуардо; Андрес-Леон, Эдуардо (2022). «Сравнение инструментов метагеномики и метатранскриптомики: руководство по правильному выбору» . Гены . 13 (12): 2280. doi : 10.3390/genes13122280 . ПМЦ   9777648 . ПМИД   36553546 .
  5. ^ Федерико, Энтони; Караяннис, Таня; Карри, Критика; Кишор, Дилип; Кога, Юсуке; Кэмпбелл, Джошуа Д.; Монти, Стефано (2019). «Pipeliner: платформа Nextflow для определения конвейеров обработки данных секвенирования» . Границы генетики . 10 :614. дои : 10.3389/fgene.2019.00614 . ПМК   6609566 . ПМИД   31316552 .
  6. ^ Kolpakov, Fedor; Akberdin, Ilya; Kiselev, Ilya; Kolmykov, Semyon; Kondrakhin, Yury; Kulyashov, Mikhail; Kutumova, Elena; Pintus, Sergey; Ryabova, Anna; Sharipov, Ruslan; Yevshin, Ivan; Zhatchenko, Sergey; Kel, Alexander (2022). "BioUML—towards a universal research platform" . Nucleic Acids Research . 50 (W1): W124–W131. doi : 10.1093/nar/gkac286 . PMC  9252820 . PMID  35536253 .
  7. ^ Юкселен, Онур; Туркылмаз, Осман; Озтюрк, Ахмет Расит; Гарбер, Мануэль; Кучукурал, Альпер (2020). «Dolphin Next : платформа распределенной обработки данных для высокопроизводительной геномики» . БМК Геномика . 21 (1): 310. doi : 10.1186/s12864-020-6714-x . ПМК   7168977 . ПМИД   32306927 .
  8. ^ Юэнь, Денис; Кабансей, Луиза; Дункан, Эндрю; Луу, Гэри; Хог, Грегори; Овербек, Чарльз; Перес, Натали; Шандс, Уолт; Стейнберг, Дэвид; Рид, Чаз; Олунва, Ннека; Хансен, Ричард; Шитс, Элизабет; о'Фаррелл, Эш; Каллион, Ким; о'Коннор, Брайан Д.; Патен, Бенедикт; Штейн, Линкольн (2021). «The Dockstore: улучшение общественной платформы для обмена воспроизводимыми и доступными вычислительными протоколами» . Исследования нуклеиновых кислот . 49 (П1): W624–W632. дои : 10.1093/nar/gkab346 . ПМК   8218198 . ПМИД   33978761 .
  9. ^ Ахмед, Азза Э.; Аллен, Джошуа М.; Бхат, Таджесви; Бурра, Пракрути; Флиж, Кристина Э.; Харт, Стивен Н.; Хельденбранд, Джейкоб Р.; Хадсон, Мэтью Э.; Истанто, Дэйв Деандре; Кальмбах, Майкл Т.; Капраун, Грегори Д.; Кендиг, Кэтрин И.; Кендзиор, Мэтью Чарльз; Клее, Эрик В.; Мэттсон, Нейт; Росс, Кристиан А.; Шариф, Сами М.; Венкатакришнан, Рамшанкар; Фадделмола, Фейсал М.; Майнцер, Людмила С. (2021). «Аспекты проектирования использования систем управления рабочими процессами в производственных геномных исследованиях и клинике» . Научные отчеты . 11 (1): 21680. Бибкод : 2021NatSR..1121680A . дои : 10.1038/s41598-021-99288-8 . ПМК   8569008 . ПМИД   34737383 .
  10. ^ Байчу, Шакунтала; Суильми, Ясин; Панджи, Сумир; Бота, Геррит; Мейнджес, Эйтон; Хейзелхерст, Скотт; Бендо, Хосин; Лучший, Юджин; Мпангасе, Феелани Т.; Суай, Уссема; Алгали, Мустафа; Йи, Лонг; о'Коннор, Брайан Д.; Крузо, Майкл; Армстронг, Дон; Аарон, Шон; Жубер, Фури; Ахмед, Азза Э.; Да, мама; Хойсден, Питер ван; Магоси, Лерато Э.; Зермено, Дженни; Майнцер Людмила Сергеевна; Фадделмола, Фейсал М.; Джонджинил, К. Виктор; Малдер, Никола (2018). «Разработка воспроизводимых рабочих процессов биоинформатического анализа для гетерогенных вычислительных сред для поддержки африканской геномики» . БМК Биоинформатика . 19 (1): 457. doi : 10.1186/s12859-018-2446-1 . ПМК   6264621 . ПМИД   30486782 .
  11. ^ Джексон, Майкл; Кавусанакис, Костас; Уоллес, Эдвард WJ (2021). «Использование прототипирования для выбора системы управления рабочими процессами биоинформатики» . PLOS Вычислительная биология . 17 (2): e1008622. Бибкод : 2021PLSCB..17E8622J . дои : 10.1371/journal.pcbi.1008622 . ПМК   7906312 . ПМИД   33630841 .
  12. ^ Томмазо, Паоло Ди; Флоден, Эван В.; Магис, Седрик; Палумбо, Эмилио; Нотредам, Седрик (2017). «Nextflow: эффективный инструмент для повышения численной стабильности вычислений в геномном анализе». Биология сегодня . 211 (3): 233–237. дои : 10.1051/jbio/2017029 . ПМИД   29412134 .
  13. ^ «Документация Nextflow — Каналы» . docs.nextflow.io . Проверено 6 июня 2022 г.
  14. ^ «Документация Nextflow — доменно-ориентированный язык (DSL) 2» . docs.nextflow.io . Проверено 6 июня 2022 г.
  15. ^ «Документация Nextflow — совместное использование конвейеров» . docs.nextflow.io . Проверено 6 июня 2022 г.
  16. ^ «Документация Nextflow — Исполнители» . docs.nextflow.io . Проверено 6 июня 2022 г.
  17. ^ «Документация Nextflow — Amazon Cloud» . docs.nextflow.io . Проверено 6 июня 2022 г.
  18. ^ «Документация Nextflow — Azure Cloud» . docs.nextflow.io . Проверено 6 июня 2022 г.
  19. ^ «Документация Nextflow — Google Cloud» . docs.nextflow.io . Проверено 6 июня 2022 г.
  20. ^ Хайкс, Соломон (7 июня 2013 г.). «Dot Scale 2013 — Почему мы создали Docker» . Ютуб . Проверено 6 июня 2022 г.
  21. ^ Jump up to: а б с д Ди Томассо, Паоло (14 октября 2021 г.). «История Nextflow: создание современного конвейерного оркестратора» . eLifeSciences.org . Проверено 6 июня 2022 г.
  22. ^ «Документация Nextflow — Контейнеры» . docs.nextflow.io . Проверено 7 июня 2022 г.
  23. ^ Ди Томмазо, Паоло (13 октября 2022 г.). «Nextflow и будущее контейнеров» . Ютуб . Проверено 17 ноября 2022 г.
  24. ^ «Выпуск версии 0.3.0 · nextflow-io/nextflow» . Гитхаб . Проверено 31 мая 2022 г.
  25. ^ Ди Томассо, Паоло (24 октября 2018 г.). «Прощай, ноль, здравствуй, Апач!» . Nextflow.io/блог . Проверено 7 июня 2022 г.
  26. ^ Ди Томмазо, Паоло (8 октября 2019 г.). «Представляем Nextflow Tower — удобный мониторинг рабочих процессов анализа данных из любой точки мира» . Seqera.IO . Проверено 7 июня 2022 г.
  27. ^ Ди Томмазо, Паоло (24 июля 2020 г.). «Nextflow DSL 2 уже здесь!» . Nextflow.IO/блог . Проверено 7 июня 2022 г.
  28. ^ Ди Томассо, Паоло; Чацу, Мэри; Флоден, Эван; Прието Барж, Пол; Палумбо, Эмилио; Нотр-Дам, Седрик (11 апреля 2017 г.). «Nextflow обеспечивает воспроизводимые вычислительные процессы» . Природная биотехнология . 35 (4): 316–319. дои : 10.1038/nbt.3820 . ПМИД   28398311 . S2CID   9690740 . Получено 7 июня.
  29. ^ Товарищи Йейтс, Джеймс А.; Ламнидис, Тисей К.; Борри, Максим; Андрадес Валтуэнья, Аида; Фагернес, Зандра; Клейтон, Стивен; Гарсия, Максим У.; Нойкамм, Юдит; Пельтцер, Александр (2021). «Воспроизводимая, портативная и эффективная реконструкция древнего генома с помощью nf-core/Eager» . ПерДж . 9 : е10947. дои : 10.7717/peerj.10947 . ПМЦ   7977378 . ПМИД   33777521 .
  30. ^ Кракау, Сабрина; Штрауб, Дэниел; Гурле, Адриан; Габерне, Гизела; Нансен, Свен (2022). «Nf-core/Mag: конвейер передовой практики для сборки и объединения гибридных метагеномов» . Нар Геномика и Биоинформатика . 4 : lqac007. дои : 10.1093/nargab/lqac007 . ПМЦ   8808542 . ПМИД   35118380 .
  31. ^ Гарсия, Максим; Юхос, Сильвестр; Ларссон, Малин; Оласон, Пол И.; Мартин, Марсель; Эйсфельдт, Йеспер; Дилоренцо, Себастьян; Сандгрен, Джоанна; Диас Де Стол, Тересита; Юэлс, Филип; Вирта, Валттери; Нистер, Моника; Келлер, Макс; Нистедт, Бьорн (2020). «Сарек: портативный рабочий процесс для анализа полногеномного секвенирования зародышевых и соматических вариантов» . F1000Исследования . 9:63 . дои : 10.12688/f1000research.16665.2 . ПМЦ   7111497 . ПМИД   32269765 .
  32. ^ Дигби, Барри; Финн, Стивен П.; — Броин, Пилиб (2023). «Nf-core/Circrna: портативный рабочий процесс для количественного определения, предсказания целей микроРНК и анализа дифференциальной экспрессии кольцевых РНК» . БМК Биоинформатика . 24 (1): 27. дои : 10.1186/s12859-022-05125-8 . ПМЦ   9875403 . ПМИД   36694127 .
  33. ^ Юэлс, Филип; Пельтцер, Александр; Филлингер, Свен; Альнеберг, Йоханнес; Патель, Харшил; Вильм, Андреас; Гарсия, Максим Улисс; Ди Томмазо, Паоло; Нансен, Свен (1 апреля 2019 г.). «Nf-core: курируемые сообществом конвейеры биоинформатики» . Исследовательские ворота . Проверено 30 июня 2022 г.
  34. ^ Сапата Гарин, Клэр-Аликс. «nf-core: инициатива сообщества по стандартизации конвейеров на основе Nextflow» . Lifebit.ai . Проверено 30 июня 2022 г.
  35. ^ «Сообщество nf-core предоставляет вычислительные конвейеры» . СайЛайфЛаб . 14 февраля 2020 г. . Проверено 30 июня 2022 г.
  36. ^ «Nextflow и nf-core: воспроизводимые рабочие процессы для научного сообщества» . Инициатива Чана Цукерберга . 27 июля 2020 г. Проверено 15 июня 2022 г.
  37. ^ «nf-core организация Github» . Гитхаб . Проверено 18 ноября 2022 г.
  38. ^ Флоден, Эван (5 ноября 2021 г.). «Генетическое секвенирование позволит нам выиграть глобальную битву против COVID-19» .
  39. ^ Афолаян, Айоринде О.; и др. (2021). «Преодоление узких мест в данных при надзоре за геномными патогенами» . Клинические инфекционные болезни . 73 (Приложение_4): S267–S274. дои : 10.1093/cid/ciab785 . ПМЦ   8634317 . ПМИД   34850839 .
  40. ^ Тиллой, Валентин; Кузен, Пьер; Леруа, Лаура; Герен, Эмили; Дюран, Патрик; Ален, Софи (2022). «ASPICov: автоматизированный конвейер для идентификации нуклеотидных вариантов SARS-Cov2» . ПЛОС ОДИН . 17 (1): e0262953. Бибкод : 2022PLoSO..1762953T . дои : 10.1371/journal.pone.0262953 . ПМЦ   8791494 . ПМИД   35081137 .
  41. ^ Пети, Роберт А.; Прочтите, Тимоти Д. (2020). «Бактопия: гибкий трубопровод для полного анализа бактериальных геномов» . mSystems . 5 (4). дои : 10.1128/mSystems.00190-20 . ПМК   7406220 . ПМИД   32753501 .
  42. ^ Пандольфо, Маттиа; Телатин, Андреа; Лаццари, Джоэле; Адриансенс, Эвелиен М.; Витуло, Никола (2022). « Метафаг : автоматизированный конвейер для анализа, аннотирования и классификации бактериофагов в данных метагеномного секвенирования» . mSystems . 7 (5): e0074122. дои : 10.1128/msystems.00741-22 . ПМЦ   9599279 . ПМИД   36069454 .
  43. ^ Готье, Мари-Эмили А.; Лелвала, Рувини В.; Эллиотт, Кэндис Э.; Уинделл, Крейг; Фиорито, Соня; Динсдейл, Адриан; Ваттам, Марк; Паттемор, Джули; Барреро, Роберто А. (2022). «Прямое сравнение методов пост-ввозного карантина и высокопроизводительного секвенирования для диагностики вирусов и вироидов» . Биология . 11 (2): 263. doi : 10.3390/biology11020263 . ПМЦ   8868628 . ПМИД   35205129 .
  44. ^ Брандт, Кристиан; Краутвурст, Себастьян; Спотт, Риккардо; Лоде, Мара; Юндзилл, Матеуш; Марке, Майк; Хельцер, Мартин (2021). «Pore Cov — простой в использовании, быстрый и надежный рабочий процесс для реконструкции генома SARS-CoV-2 посредством секвенирования нанопор» . Границы генетики . 12 : 711437. doi : 10.3389/fgene.2021.711437 . ПМЦ   8355734 . ПМИД   34394197 .
  45. ^ Афиахаяти; Бернард, Стивен; Гунади; Вибава, Хендра; судья Мохамад Сайфудин; Марцелл; Парикшит, Арли Адитья; Дева, Чандра Кусума; Сакакибара, Ясубуми (2022). «Сравнение биоинформатических конвейеров для обогащения систем секвенирования нового поколения Illumina для обнаружения штаммов вируса SARS-CoV-2» . Гены . 13 (8): 1330. doi : 10.3390/genes13081330 . ПМЦ   9394340 . ПМИД   35893066 .
  46. ^ Нихаус, Джейсон (14 июля 2022 г.). «Биоинформатика в Addgene» . Корпоративный блог Addgene . Проверено 25 февраля 2023 г.
  47. ^ Шмидт, Альфред; Джинго, Дэвид; Лужумба, Ибра; Ббоса, Николас; Бугембе, Дэниел Л.; Внезапно Дэвид П.; Иордания, I король; Калеб, Понтиано; Ссемванга, Деогратиус (2022). «Квазипоток : новый поток для анализа данных о лекарственной устойчивости ВИЧ-1 на основе NGS» . Достижения биоинформатики . 2 : vbac089. дои : 10.1093/bioadv/vbac089 . ПМЦ   9722223 . ПМИД   36699347 .
  48. ^ Теод, Гийом; Уд, Жан-Кристоф; Боре, Арно; Рео, Франсуа; Моренси, Феликс; Деското, Максим (2020). «Tracto Flow : надежный, эффективный и воспроизводимый конвейер диффузионной МРТ, использующий Nextflow и Singularity» . НейроИмидж . 218 :116889.дои : 10.1016 / j.neuroimage.2020.116889 . ПМИД   32447016 . S2CID   164318811 .
  49. ^ Ван Мальдегем, Фебе; Валанд, Каришма; Коул, Меган; Патель, Харшил; Ангелова, Михаэла; Рана, Сарина; Колливер, Эмма; Энфилд, Кэти; Ба, Нурдин; Келли, Гэвин; Цанг, Виктория Сиу Кван; Мугарза, Эдурне; Мур, Кристофер; Хобсон, Филип; Леви, Дина; Молина-Аркас, Мириам; Суонтон, Чарльз; Вниз, Джулиан (2021). «Характеристика ремоделирования микроокружения опухоли после ингибирования онкогена в доклинических исследованиях с визуализационной масс-цитометрией» . Природные коммуникации . 12 (1): 5906. Бибкод : 2021NatCo..12.5906V . дои : 10.1038/s41467-021-26214-x . ПМК   8501076 . ПМИД   34625563 .
  50. ^ : многомодальный конвейер обработки данных масс-спектрометрии» Ю, Жуншань (2021). « Ли, Чэньсинь; Ян , Алмаз Вэньсянь ; . : 10.1093/биоинформатика/ . PMID   33416868 btaa1093
  51. ^ Луу, Гордон Т.; Фрейтас, Майкл А.; Лизама-Чаму, Ицель; МакКоги, Кэтрин С.; Санчес, Лаура М.; Ван, Минсюнь (2022). «TIMSCONVERT: Рабочий процесс для преобразования данных о подвижности захваченных ионов в открытые форматы данных» . Биоинформатика . 38 (16): 4046–4047. doi : 10.1093/биоинформатика/btac419 . ПМЦ   9991885 . ПМИД   35758608 .
  52. ^ Перес-Ривероль, Яссет; Морено, Пабло (2020). «Масштабируемый анализ данных в протеомике и метаболомике с использованием биоконтейнеров и механизмов рабочих процессов» . Протеомика . 20 (9): e1900147. дои : 10.1002/pmic.201900147 . ПМЦ   7613303 . ПМИД   31657527 .
  53. ^ Власова, Анна; Прекрасный поляк, Тони; Чембер, Фрэнсис; Пономаренко Юлия; Гиго, Родерик (2021). «FA-nf: конвейер функциональных аннотаций для белков немодельных организмов, реализованный в Nextflow» . Гены . 12 10):1645.doi : ( 10.3390/gen12101645 . ПМЦ   8535801 . ПМИД   34681040 .
  54. ^ Миллер, Рэйчел М.; Джордан, Бен Т.; Мельфербер, Мэдисон М.; Джеффри, Эрин Д.; Хаципанциу, Кристина; Каур, Сими; Милликин, Роберт Дж.; Дай, Юньсян; Тибери, Симона; Кастальди, Питер Дж.; Шортрид, Майкл Р.; Лаки, Ченс Джон; Конеса, Ана; Смит, Ллойд М.; Деслаттес Мэйс, Энн; Шейнкман, Глория М. (2022). «Улучшенная характеристика изоформ белка с помощью подробной протеогеномики» . Геномная биология . 23 (1): 69. дои : 10.1186/s13059-022-02624-y . ПМЦ   8892804 . ПМИД   35241129 .
  55. ^ Осман, Хауседдин; Джемайма, Шерлин; Да Роша, Хорхе Эмануэль Батиста (2022). «Рабочий процесс биоинформатики SWAAT для аннотации вариантов гена ADME на основе структуры белка» . Журнал персонализированной медицины . 12 (2): 263. дои : 10.3390/jpm12020263 . ПМЦ   8875676 . ПМИД   35207751 .
  56. ^ Бичманн, Леон; Гупта, Шубхам; Розенбергер, Джордж; Кухенбекер, Леон; Заксенберг, Тимо; Юэлс, Фил; Алька, Оливер; Пфайффер, Юлиан; Кольбахер, Оливер; Рёст, Ханнес (2021). «ДИАпротеомика: многофункциональный конвейер анализа данных для независимого от данных сбора данных, протеомики и пептидомики» . Журнал исследований протеома . 20 (7): 3758–3766. doi : 10.1021/acs.jproteome.1c00123 . ПМИД   34153189 . S2CID   235597603 .
  57. ^ Уолцер, Матиас; Гарсия-Шестифингерс, Дэвид; Пракаш, Анант; Брэк, Пол; Кроутер, Питер; Грэм, Роберт Л.; Джордж, Нэнси; Мохаммед, Сухайб; Морено, Пол; Папатеодору, Ирен; Хаббард, Саймон Дж.; Вискайно, Джон Энтони (2022). «Внедрение повторного использования общедоступных наборов протеомных данных DIA: от базы данных PRIDE до Expression Atlas » Научные данные . 9 (1): 335. Бибкод : 2022NatSD...9..335W . дои : 10.1038/ s41597-022-01380-9 ПМЦ   9197839 . ПМИД   35701420 .
  58. ^ Хульстарт, Нильс; Шофшталь, Джим; Заксенберг, Тимо; Уолцер, Матиас; Барснес, Харальд; Мартенс, Леннарт; Перес-Ривероль, Яссет (2020). « Парсер ThermoRawFile : модульное, масштабируемое и кроссплатформенное преобразование файлов RAW» . Журнал исследований протеома . 19 (1): 537–542. doi : 10.1021/acs.jproteome.9b00328 . ПМК   7116465 . ПМИД   31755270 .
  59. ^ Ли, Кай; Джайн, Антрикс; Малованная, Анна; Вэнь, Бо; Чжан, Бин (2020). «Глубокий анализ : использование глубокого обучения для улучшения идентификации пептидов в иммунопептидомике» . Протеомика . 20 (21–22): e1900334. дои : 10.1002/pmic.201900334 . ПМЦ   7718998 . PMID   32864883 .
[ редактировать ]

См. также

[ редактировать ]

Галактика Змеедела

Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Nextflow&oldid=1227834079"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 3cf6dd5fdffea4bd4654ca598924f46d__1717800180
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/3c/6d/3cf6dd5fdffea4bd4654ca598924f46d.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Nextflow - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)