Пропидий моноазид
| |
| |
| Имена | |
|---|---|
| Имя IUPAC
3-амино-8-азидо-5- {3- [диэтил (метил) ammonio] пропил} -6-фенилфенантридиний
| |
| Идентификаторы | |
3D model ( JSmol )
|
|
| Chemspider | |
PubChem CID
|
|
Comptox Dashboard ( EPA )
|
|
| Характеристики | |
| C 27 H 32 N 6 2+ | |
| Молярная масса | 440.582 g/mol |
За исключением случаев, когда отмечены, данные приведены для материалов в их стандартном состоянии (при 25 ° C [77 ° F], 100 кПа).
| |
Пропидий моноазид ( PMA ) представляет собой фотореактивный ДНК-связывающий краситель, который преимущественно связывается с дцДНК . Он используется для обнаружения жизнеспособных микроорганизмов с помощью QPCR . [ 1 ] Видимый свет (галогенные лампы с высокой мощностью или конкретные светодиодные устройства [ 2 ] ) индуцирует фотореакцию химического вещества, которая приведет к ковалентной связи с PMA и дцДНК. Механизм модификации ДНК с помощью PMA можно увидеть в этом протоколе. [ 3 ] Этот процесс делает ДНК нерастворим и приводит к его потере во время последующей экстракции геномной ДНК. [ 4 ] Теоретически, мертвые микроорганизмы теряют способность поддерживать свои мембраны нетронутыми, что оставляет «обнаженную» ДНК в цитозоле, готовой реагировать с PMA. ДНК живых организмов не подвергается воздействию PMA, поскольку они имеют интактную клеточную мембрану. После лечения химическим веществом только ДНК из живых бактерий можно использовать в КПЦР, что позволяет получить только амплифицированную ДНК живых организмов. Это полезно при определении того, какие патогены активны в определенных образцах. [ 5 ] Основным использованием PMA является жизнеспособность ПЦР , но тот же принцип может быть применен в проточной цитометрии или флуоресцентной микроскопии .
Тем не менее, способность PMA в дифференциации жизнеспособных и нежизнеспособных клеток варьируется для различных бактерий. Примером является то, что проницаемость PMA к грамположительным и грамотрицательным клеточным мембранам отличается. Следовательно, применение PMA к смешанным сообществам все еще ограничено.
PMA была разработана в Biotium, Inc. [ 6 ] в качестве улучшения на моноазиде этидия (EMA). PMA обеспечивает лучшую дискриминацию между живыми и мертвыми бактериями, потому что она исключена из живых клеток более эффективно, чем EMA. [ 7 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Qiagen, Blu-V жизнеспособность. "PMA Kit" . Сайт Qiagen . Получено 24 октября 2013 года . [ Постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Geniul, Система активации фото для труб. "Phast Blue" . Geniul Веб -сайт . Получено 26 января 2014 года .
- ^ «Протокол PMA» (PDF) . Архивировано из оригинала (PDF) 2020-06-13.
- ^ Нокер, Андреас; Чунг, Чинг; Кэмпер, Энн К. (ноябрь 2006 г.). «Сравнение моноазида пропидия с моноазидом этидия для дифференцировки живых и мертвых бактерий путем селективного удаления ДНК из мертвых клеток» . Журнал микробиологических методов . 67 (2): 310–320. doi : 10.1016/j.mimet.2006.04.015 . PMID 16753236 .
- ^ Нокер, Андреас; Ching-Ine Cheung и Anne K. Camper (2006). «Сравнение моноазида пропидия с моноазидом этидия для дифференцировки живых и мертвых бактерий путем селективного удаления ДНК из мертвых клеток» . Журнал микробиологических методов . 67 (2): 310–320. doi : 10.1016/j.mimet.2006.04.015 . PMID 16753236 .
- ^ "PMA Dye | Propidium monoazide | Biotium, Inc" . Получено 8 марта 2016 года .
- ^ Нокер, Андреас; Чунг, Чинг; Camper, Anne K. (2006-11-01). «Сравнение моноазида пропидия с моноазидом этидия для дифференцировки живых и мертвых бактерий путем селективного удаления ДНК из мертвых клеток» . Журнал микробиологических методов . 67 (2): 310–320. doi : 10.1016/j.mimet.2006.04.015 . PMID 16753236 .