Джмол
 | |
 Jmol трехмерная структура стрептавидина | |
| Разработчик(и) | команда разработчиков Jmol |
|---|---|
| Первоначальный выпуск | 2001 год |
| Стабильная версия | 16.1.59  / 26 февраля 2024 г |
| Репозиторий | исходная кузня |
| Написано в | Ява |
| Операционная система | Кросс-платформенный |
| Платформа | Системы с Java и веб-браузеры без Java |
| Доступно в | 16 языков |
Список языков | |
| Тип | Молекулярное моделирование |
| Лицензия | ЛГПЛ 2.0 |
| Веб-сайт | www |
Jmol — это компьютерное программное обеспечение для молекулярного моделирования химических структур в трех измерениях . [2] Jmol возвращает трехмерное представление молекулы , которое можно использовать в качестве учебного пособия. [3] или для исследований, например, в области химии и биохимии .
Программное обеспечение
[ редактировать ]Он написан на языке программирования Java , поэтому может работать в операционных системах Windows , macOS , Linux и Unix , если установлена Java. Это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом, выпущенное под лицензией GNU Lesser General Public License (LGPL) версии 2.0. Существуют отдельное приложение и комплект разработки программного обеспечения (SDK), которые можно интегрировать в другие приложения Java, такие как Bioclipse и Taverna .
Популярной функцией является апплет, который можно интегрировать в веб-страницы для отображения молекул различными способами.Например, молекулы могут отображаться в виде шариковых моделей , моделей заполнения пространства , ленточных диаграмм и т. д. [4] Jmol поддерживает широкий спектр форматов химических файлов , включая банк данных белков (pdb), файл кристаллографической информации (cif), MDL Molfile (mol) и язык химической разметки (CML). Существует также , поддерживающая только JavaScript ( HTML5 ) версия JSmol , которую можно использовать на компьютерах без Java. [5]
Апплет Jmol, помимо других возможностей, предлагает альтернативу Chime . плагину [3] который больше не находится в активной разработке. Хотя Jmol имеет множество функций, которых нет в Chime, он не претендует на воспроизведение всех функций Chime, в первую очередь режима Sculpt . Chime требует установки подключаемого модуля и Internet Explorer 6.0 или Firefox 2.0 в Microsoft Windows или Netscape Communicator 4.8 в Mac OS 9 . Jmol требует установки Java и работает на самых разных платформах. Например, Jmol полностью функционален в Mozilla Firefox , Internet Explorer , Opera , Google Chrome и Safari .
Скриншоты
[ редактировать ]
Кристаллическая структура РНП H/ACA-бокса Pyrococcus Furiosus
Выделение двух солевых мостиков в тетрамере гемоглобина (гемогруппа в виде палочек внизу справа)
Фрагмент транскрипционного фактора TFIIIA, образующий три последовательных мотива цинковых пальцев , связанный с участком ДНК.
Эубактериальная 70S рибосома Thermus thermophilus
См. также
[ редактировать ]
- Комплект разработки химии (CDK)
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Список бесплатных пакетов программного обеспечения с открытым исходным кодом
- Список систем молекулярной графики
- Молекулярная графика
- Редактор молекул
- Протеопедия
- ПиМОЛ
- САМСОН
- УЛЫБКИ
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Переводы Jmol
- ^ Чен, Джим X. (2008), Springer (ред.), Руководство по графическим программным инструментам , стр. 471, ISBN 978-1-84800-900-4
- ^ Перейти обратно: а б Эрраес, А. (2006), «Биомолекулы в компьютере: Jmol спешит на помощь» , Biochemistry and Molecular Biology Education , 34 (4): 255–61, doi : 10.1002/bmb.2006.494034042644 , PMID 21638687 , S2CID 36319720
- ^ Эрраес, А. (2007), Лулу (ред.), Как использовать Jmol для изучения и представления молекулярных структур, Том 1 , стр. 21, ISBN 978-1-84799-259-8
- ^ «ЖСмол» . Архивировано из оригинала 01 января 2018 г. Проверено 2 ноября 2015 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]
- Официальный сайт
- Wiki со списками веб-сайтов , вики и мудлов.
- Уиллигхаген, Эгон; Ховард, Мигель (июнь 2007 г.). «Быстрая молекулярная графика с поддержкой сценариев в веб-браузерах без Java3D» . Предшественники природы . дои : 10.1038/npre.2007.50.1 .
- Расширение Jmol для MediaWiki
- Биомодель
- Молвью