Родной контакт

При сворачивании белка нативный контакт — это контакт между боковыми цепями двух аминокислот , которые не являются соседними в аминокислотной последовательности (т. е. они находятся на расстоянии более четырех остатков друг от друга в первичной последовательности с целью удаления тривиального i до i+). белка в нативном состоянии 4 контакта вдоль альфа-спиралей), но пространственно близки в третичной структуре . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} Доля собственных контактов, воспроизведенных в конкретной структуре, часто используется в качестве координаты реакции для измерения отклонения от нативного состояния структур, полученных в ходе молекулярно-динамического моделирования. ^{[ 3 ]} или в тестах методов прогнозирования структуры белка . ^{[ 4 ]}

Порядок контактов является мерой локализации нативных контактов белка; ^{[ 5 ]} то есть расстояние последовательности между аминокислотами, образующими контакты. Считается, что белки с низким порядком контактов сворачиваются быстрее. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} а некоторые могут быть кандидатами на складывание на спуске .

Ссылки

^ Такетоми, Х.; Уэда, Ю.; Го, Н. (1975). «Исследования сворачивания, разворачивания и флуктуаций белка с помощью компьютерного моделирования. I. Влияние конкретной аминокислотной последовательности, представленной специфическими межъединичными взаимодействиями» . Международный журнал исследований пептидов и белков . 7 (6): 445–459. ISSN 0367-8377 . ПМИД 1201909 .
^ Демхартер, Сэмюэл (27 марта 2014 г.). «Родные контакты | Оксфордская группа белковой информатики» . Проверено 22 января 2024 г.
^ Бест, Роберт Б.; Хаммер, Герхард; Итон, Уильям А. (29 октября 2013 г.). «Нативные контакты определяют механизмы сворачивания белков в атомистическом моделировании» . Труды Национальной академии наук . 110 (44): 17874–17879. дои : 10.1073/pnas.1311599110 . ISSN 0027-8424 . ПМК 816414 . ПМИД 24128758 .
^ Онучич, Хосе Нельсон; Соччи, Николас Д.; Люти-Шультен, Зайда; Волинс, Питер Г. (1 декабря 1996 г.). «Белковые складчатые воронки: природа ансамбля переходного состояния» . Складывание и дизайн . 1 (6): 441–450. дои : 10.1016/S1359-0278(96)00060-0 . ISSN 1359-0278 .
^ Jump up to: ^а ^б Пласко, Кевин В.; Саймонс, Ким Т; Бейкер, Дэвид (10 апреля 1998 г.). «Порядок контактов, размещение переходного состояния и скорость рефолдинга однодоменных белков 11 под редакцией П. Е. Райта» . Журнал молекулярной биологии . 277 (4): 985–994. дои : 10.1006/jmbi.1998.1645 . ISSN 0022-2836 .
^ Бонно, Ричард; Ручинский, Инго; Цай, Джерри; Бейкер, Дэвид (август 2002 г.). «Порядок контактов и предсказание структуры белка ab initio» . Белковая наука . 11 (8): 1937–1944. дои : 10.1110/ps.3790102 . ISSN 0961-8368 . ПМЦ 2373674 . ПМИД 12142448 .

Эта по биохимии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[1] Такетоми, Х.; Уэда, Ю.; Го, Н. (1975). «Исследования сворачивания, разворачивания и флуктуаций белка с помощью компьютерного моделирования. I. Влияние конкретной аминокислотной последовательности, представленной специфическими межъединичными взаимодействиями» . Международный журнал исследований пептидов и белков . 7 (6): 445–459. ISSN 0367-8377 . ПМИД 1201909 .

[2] Демхартер, Сэмюэл (27 марта 2014 г.). «Родные контакты | Оксфордская группа белковой информатики» . Проверено 22 января 2024 г.

[3] Бест, Роберт Б.; Хаммер, Герхард; Итон, Уильям А. (29 октября 2013 г.). «Нативные контакты определяют механизмы сворачивания белков в атомистическом моделировании» . Труды Национальной академии наук . 110 (44): 17874–17879. дои : 10.1073/pnas.1311599110 . ISSN 0027-8424 . ПМК 816414 . ПМИД 24128758 .

[4] Онучич, Хосе Нельсон; Соччи, Николас Д.; Люти-Шультен, Зайда; Волинс, Питер Г. (1 декабря 1996 г.). «Белковые складчатые воронки: природа ансамбля переходного состояния» . Складывание и дизайн . 1 (6): 441–450. дои : 10.1016/S1359-0278(96)00060-0 . ISSN 1359-0278 .

[kwp-5] Jump up to: ^а ^б Пласко, Кевин В.; Саймонс, Ким Т; Бейкер, Дэвид (10 апреля 1998 г.). «Порядок контактов, размещение переходного состояния и скорость рефолдинга однодоменных белков 11 под редакцией П. Е. Райта» . Журнал молекулярной биологии . 277 (4): 985–994. дои : 10.1006/jmbi.1998.1645 . ISSN 0022-2836 .

[6] Бонно, Ричард; Ручинский, Инго; Цай, Джерри; Бейкер, Дэвид (август 2002 г.). «Порядок контактов и предсказание структуры белка ab initio» . Белковая наука . 11 (8): 1937–1944. дои : 10.1110/ps.3790102 . ISSN 0961-8368 . ПМЦ 2373674 . ПМИД 12142448 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]