Анализ множественных локусов VNTR

Анализ множественных локусов VNTR ( MLVA ) – это метод, используемый для генетического анализа конкретных микроорганизмов , таких как патогенные бактерии , который использует преимущества полиморфизма тандемно повторяющихся последовательностей ДНК . « VNTR » — это «тандемный повтор с переменным количеством». Этот метод хорошо известен в криминалистике, поскольку он лежит в основе дактилоскопии ДНК человека. Применительно к бактериям он способствует судебно-медицинской микробиологии, источник определенного штамма с помощью которой в конечном итоге можно отследить , что делает его полезным методом наблюдения за вспышками .

В типичном MLVA ряд хорошо отобранных и охарактеризованных (с точки зрения частоты мутаций и разнообразия) локусов амплифицируются с помощью полимеразной цепной реакции ( ПЦР ), так что размер каждого локуса можно измерить, обычно с помощью электрофореза амплификации. продукты вместе с эталонными фрагментами ДНК (так называемый маркер размера ДНК). В зависимости от требуемой точности оценки размера и условий местной лаборатории можно использовать различное оборудование для электрофореза: от базового электрофореза в агарозном геле до более сложных и высокопроизводительных устройств для капиллярного электрофореза . ^{[ 1 ]} Из этой оценки размера можно определить количество повторяющихся единиц в каждом локусе. Полученная информация представляет собой код, который можно легко сравнить со справочными базами данных после гармонизации и стандартизации анализа. ^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}

MLVA стала основным инструментом типирования первой линии для ряда патогенов, где может быть достигнута такая гармонизация, включая Mycobacterium Tuberculosis , ^{[ 4 ]} Бацилла сибирской язвы , ^{[ 5 ]} Бруцелла . ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Некоторые веб-сайты, связанные с MLVA

Программное обеспечение для анализа данных MLVA

GeneMapper Коммерческое программное обеспечение для нормализации и определения размера пиков определенной марки аппаратов для капиллярного электрофореза.
BioNumerics Коммерческое биоинформатическое решение для хранения и анализа большой панели биологических данных, включая MLVA и, в более общем плане, наборы данных о персонажах. Можно выполнить нормализацию, определение размера, коррекцию размера, назначение количества повторов и кластерный анализ данных MLVA.

Ссылки

^ Верно Дж., Пурсель С. (2009). «Анализ множественного локусного переменного количества тандемных повторов». Молекулярная эпидемиология микроорганизмов . Методы Мол. Биол. Том. 551. стр. 141–58. дои : 10.1007/978-1-60327-999-4_12 . ISBN 978-1-60327-998-7 . ПМИД 19521873 .
^ Грисса I, Бушон П., Пурсель С., Верно Дж. (2008). «Онлайн-ресурсы для исследований микроэволюции бактерий с использованием типирования MLVA или CRISPR». Биохимия . 90 (4): 660–8. дои : 10.1016/j.biochi.2007.07.014 . ПМИД 17822824 .
^ Надон К.А., Трис Э., Нг Л.К., Мёллер Нильсен Э., Реймер А., Максвелл Н., Кубота К.А., Гернер-Шмидт П., Рабочая группа по гармонизации MLVA (2013). «Разработка и применение методов MLVA как инструмента межлабораторного надзора» . Евронаблюдение . 18 (35): 20565. doi : 10.2807/1560-7917.es2013.18.35.20565 . ПМЦ 5667538 . ПМИД 24008231 .
^ Блуэн И., Хаук И., Солер С., Фабр М., Вонг Р., Деан С., Казажус Г., Массур П.Л., Кремер П., Дженкинс А., Гарнотель Е., Пурсель С., Верно Г. (2012). «Значение выявления на Африканском Роге исключительно глубоко разветвленной клады Mycobacterium Tuberculosis » . ПЛОС ОДИН . 7 (12): e52841. дои : 10.1371/journal.pone.0052841 . ПМЦ 3531362 . ПМИД 23300794 .
^ Тьерри С., Туртерель С., Ле Флеш П., Дерзель С., Декиль Н., Менди С., Коланери С., Верно Г., Мадани Н. (2014). «Генотипирование штаммов French Bacillus anthracis на основе мультилокусного анализа VNTR по 31 локусу: эпидемиология, оценка маркеров и обновление базы данных генотипов в Интернете» . ПЛОС ОДИН . 9 (6): е95131. дои : 10.1371/journal.pone.0095131 . ПМК 4046976 . ПМИД 24901417 .
^ Шольц ХК, Верно Г (2013). «Молекулярная характеристика видов бруцелл ». Преподобный учёный. Тех . 32 (1): 149–62. дои : 10.20506/rst.32.1.2189 . ПМИД 23837373 .
^ Линдстедт Б.А., Торпдал М., Вергно Г., Ле Хелло С., Вайль Ф.К., Титце Э., Малорни Б., Прендергаст Д.М., Ни Галлхойр Е., Листа Р.Ф., Шоулс Л.М., Седерлунд Р., Бёрджессон С., Окерстрём С. (2013). «Использование мультилокусного анализа тандемных повторов с переменным числом (MLVA) в восьми европейских странах, 2012 г.» . Евро наблюдение . 18 (4): 20385. doi : 10.2807/ese.18.04.20385-en . hdl : 11250/219465 . ПМИД 23369388 .

[1] Верно Дж., Пурсель С. (2009). «Анализ множественного локусного переменного количества тандемных повторов». Молекулярная эпидемиология микроорганизмов . Методы Мол. Биол. Том. 551. стр. 141–58. дои : 10.1007/978-1-60327-999-4_12 . ISBN 978-1-60327-998-7 . ПМИД 19521873 .

[2] Грисса I, Бушон П., Пурсель С., Верно Дж. (2008). «Онлайн-ресурсы для исследований микроэволюции бактерий с использованием типирования MLVA или CRISPR». Биохимия . 90 (4): 660–8. дои : 10.1016/j.biochi.2007.07.014 . ПМИД 17822824 .

[3] Надон К.А., Трис Э., Нг Л.К., Мёллер Нильсен Э., Реймер А., Максвелл Н., Кубота К.А., Гернер-Шмидт П., Рабочая группа по гармонизации MLVA (2013). «Разработка и применение методов MLVA как инструмента межлабораторного надзора» . Евронаблюдение . 18 (35): 20565. doi : 10.2807/1560-7917.es2013.18.35.20565 . ПМЦ 5667538 . ПМИД 24008231 .

[4] Блуэн И., Хаук И., Солер С., Фабр М., Вонг Р., Деан С., Казажус Г., Массур П.Л., Кремер П., Дженкинс А., Гарнотель Е., Пурсель С., Верно Г. (2012). «Значение выявления на Африканском Роге исключительно глубоко разветвленной клады Mycobacterium Tuberculosis » . ПЛОС ОДИН . 7 (12): e52841. дои : 10.1371/journal.pone.0052841 . ПМЦ 3531362 . ПМИД 23300794 .

[5] Тьерри С., Туртерель С., Ле Флеш П., Дерзель С., Декиль Н., Менди С., Коланери С., Верно Г., Мадани Н. (2014). «Генотипирование штаммов French Bacillus anthracis на основе мультилокусного анализа VNTR по 31 локусу: эпидемиология, оценка маркеров и обновление базы данных генотипов в Интернете» . ПЛОС ОДИН . 9 (6): е95131. дои : 10.1371/journal.pone.0095131 . ПМК 4046976 . ПМИД 24901417 .

[6] Шольц ХК, Верно Г (2013). «Молекулярная характеристика видов бруцелл ». Преподобный учёный. Тех . 32 (1): 149–62. дои : 10.20506/rst.32.1.2189 . ПМИД 23837373 .

[7] Линдстедт Б.А., Торпдал М., Вергно Г., Ле Хелло С., Вайль Ф.К., Титце Э., Малорни Б., Прендергаст Д.М., Ни Галлхойр Е., Листа Р.Ф., Шоулс Л.М., Седерлунд Р., Бёрджессон С., Окерстрём С. (2013). «Использование мультилокусного анализа тандемных повторов с переменным числом (MLVA) в восьми европейских странах, 2012 г.» . Евро наблюдение . 18 (4): 20385. doi : 10.2807/ese.18.04.20385-en . hdl : 11250/219465 . ПМИД 23369388 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]