Нестабильность транскриптома

Нестабильность транскриптома является общегеномной , связанной со сплайсингом пре-мРНК характеристикой некоторых видов рака . В целом, сплайсинг пре-мРНК нарушается в значительной части раковых клеток . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]} Было показано, что для некоторых типов рака, таких как колоректальный рак и рак предстательной железы , количество ошибок сплайсинга на рак сильно различается в зависимости от конкретного рака; это явление называется нестабильностью транскриптома . ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]} Нестабильность транскриптома значимо коррелирует со сниженным уровнем экспрессии генов факторов сплайсинга. Мутация DNMT3A способствует развитию гематологических злокачественных новообразований , а DNMT3A клеточные линии с мутацией демонстрируют нестабильность транскриптома по сравнению с их изогенными аналогами дикого типа. ^{[ 6 ]}

Ссылки

^ Скотхайм, Род-Айленд; Нис, М. (2007). «Альтернативный сплайсинг при раке: шум, функциональный или систематический?». Международный журнал биохимии и клеточной биологии . 39 (7–8): 1432–49. doi : 10.1016/j.biocel.2007.02.016 . ПМИД 17416541 .
^ Бауэр, Джозеф Алан; Он, Чуньцзян; Чжоу, Фан; Цзо, Чжисян; Ченг, Ханьхуа; Чжоу, Жунцзя (2009). Бауэр, Джозеф Алан (ред.). «Глобальный взгляд на варианты транскриптов, специфичных для рака, с помощью субтрактивного полнотранскриптомного анализа» . ПЛОС ОДИН . 4 (3): e4732. Бибкод : 2009PLoSO...4.4732H . дои : 10.1371/journal.pone.0004732 . ПМК 2648985 . ПМИД 19266097 .
^ Свин, А; Килпинен, С; Руусулехто, А; Лоте, РА; Скотхайм, Род-Айленд (2015). «Аберрантный сплайсинг РНК при раке; изменения экспрессии и драйверные мутации генов факторов сплайсинга» . Онкоген . 35 (19): 2413–2427. дои : 10.1038/onc.2015.318 . ПМИД 26300000 .
^ Свин, А; Огесен, TH; Несбаккен, А; Рогнум, ТО; Лоте, РА; Скотейм, Род-Айленд (2011). «Нестабильность транскриптома при колоректальном раке, выявленная с помощью экзонного микрочипового анализа: связь с уровнями экспрессии факторов сплайсинга и выживаемостью пациентов» . Геномная медицина . 15 :672. дои : 10.1186/1471-2164-15-672 . ПМК 3219073 . ПМИД 25109687 .
^ Свин, А; Йоханнессен, Б; Тейшейра, MR; Лоте, РА; Скотхайм, Род-Айленд (2014). «Нестабильность транскриптома как молекулярная характеристика панрака карцином» . БМК Геномика . 3 (5): 32. дои : 10,1186/гм248 . ПМК 4137096 . ПМИД 21619627 .
^ Банасзак, Л.Г.; Джудиче, В; Чжао, X; Ву, З; Гао, С; Хосокава, К; Кейванфар, К; Таунсли, DM; Гутьеррес-Родригес, нападающий; Ибанез, MdPF; Каджигая, С; Янг, Н.С. (2018). «Аномальный сплайсинг РНК и нестабильность генома после индукции мутаций DNMT3A путем редактирования гена CRISPR/Cas9» . Клетки крови, молекулы и болезни . 69 : 10–22. дои : 10.1016/j.bcmd.2017.12.002 . ПМК 6728079 . ПМИД 29324392 .

[Skotheim_and_Nees_2007-1] Скотхайм, Род-Айленд; Нис, М. (2007). «Альтернативный сплайсинг при раке: шум, функциональный или систематический?». Международный журнал биохимии и клеточной биологии . 39 (7–8): 1432–49. doi : 10.1016/j.biocel.2007.02.016 . ПМИД 17416541 .

[He2009-2] Бауэр, Джозеф Алан; Он, Чуньцзян; Чжоу, Фан; Цзо, Чжисян; Ченг, Ханьхуа; Чжоу, Жунцзя (2009). Бауэр, Джозеф Алан (ред.). «Глобальный взгляд на варианты транскриптов, специфичных для рака, с помощью субтрактивного полнотранскриптомного анализа» . ПЛОС ОДИН . 4 (3): e4732. Бибкод : 2009PLoSO...4.4732H . дои : 10.1371/journal.pone.0004732 . ПМК 2648985 . ПМИД 19266097 .

[Sveen_2015-3] Свин, А; Килпинен, С; Руусулехто, А; Лоте, РА; Скотхайм, Род-Айленд (2015). «Аберрантный сплайсинг РНК при раке; изменения экспрессии и драйверные мутации генов факторов сплайсинга» . Онкоген . 35 (19): 2413–2427. дои : 10.1038/onc.2015.318 . ПМИД 26300000 .

[Sveen_2011-4] Свин, А; Огесен, TH; Несбаккен, А; Рогнум, ТО; Лоте, РА; Скотейм, Род-Айленд (2011). «Нестабильность транскриптома при колоректальном раке, выявленная с помощью экзонного микрочипового анализа: связь с уровнями экспрессии факторов сплайсинга и выживаемостью пациентов» . Геномная медицина . 15 :672. дои : 10.1186/1471-2164-15-672 . ПМК 3219073 . ПМИД 25109687 .

[Sveen_2014-5] Свин, А; Йоханнессен, Б; Тейшейра, MR; Лоте, РА; Скотхайм, Род-Айленд (2014). «Нестабильность транскриптома как молекулярная характеристика панрака карцином» . БМК Геномика . 3 (5): 32. дои : 10,1186/гм248 . ПМК 4137096 . ПМИД 21619627 .

[Banaszak_2018-6] Банасзак, Л.Г.; Джудиче, В; Чжао, X; Ву, З; Гао, С; Хосокава, К; Кейванфар, К; Таунсли, DM; Гутьеррес-Родригес, нападающий; Ибанез, MdPF; Каджигая, С; Янг, Н.С. (2018). «Аномальный сплайсинг РНК и нестабильность генома после индукции мутаций DNMT3A путем редактирования гена CRISPR/Cas9» . Клетки крови, молекулы и болезни . 69 : 10–22. дои : 10.1016/j.bcmd.2017.12.002 . ПМК 6728079 . ПМИД 29324392 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]