Снижение метилирования ДНК I
Снижение метилирования ДНК I ( DDM1 ) — это растительный ген, который кодирует ремоделировщик нуклеосом, который облегчает метилирование ДНК . Ген DDM1 широко описан у Arabidopsis thaliana , а также у кукурузы . Было описано, что этот белок подобен белкам ремоделирования хроматина SWI2/SNF2. [ 1 ]
Поскольку метилирование ДНК происходит преимущественно в мобильных элементах (TE), [ 2 ] Считается, что DDM1 играет решающую роль в подавлении TE.
Arabidopsis thaliana (A. thaliana)
[ редактировать ]DDM1 необходим для метилирования ДНК в мобильных элементах с высоким содержанием гетерохроматина . [ 3 ] Таким образом, DDM1 часто подавляет мобильные элементы, но мутация Arabidopsis thaliana не является летальной для эмбриона. [ 3 ] Также было описано, что мутанты DDM1 являются эпигенетическим связующим звеном между выработкой салициловой кислоты и гетерозисом . [ 4 ] A. thaliana имеет единственную копию гена DDM1.
кукуруза
[ редактировать ]DDM1 исследуется на кукурузе. В отличие от A. thaliana , кукуруза имеет две копии гена: CHR101 и CHR106 . [ 5 ] У кукурузы двойной мутант DDM1 смертоносен для эмбрионов. Однако в других исследованиях используются гетерозиготные мутанты. Геном кукурузы на 80% состоит из транспозонов. [ 6 ] поэтому функция DDM1 очень важна.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Чо, Ын Джу; Чхве, Сын Хи; Ким, Джи Хонг; Ким, Джи Ын; Ли, Мин Хи; Чунг, Бён Ёп; Уу, Хе Рён; Ким, Джин-Хонг; Кандела, Гектор (11 января 2016 г.). «Мутация в растительно-специфичных SWI2/SNF2-подобных белках ремоделирования хроматина, DRD1 и DDM1, задерживает старение листьев Arabidopsis thaliana» . ПЛОС ОДИН . 11 (1): e0146826. Бибкод : 2016PLoSO..1146826C . дои : 10.1371/journal.pone.0146826 . ПМЦ 4709239 . ПМИД 26752684 .
- ^ Закон, Джули А.; Якобсен, Стивен Э. (март 2010 г.). «Установление, поддержание и изменение закономерностей метилирования ДНК у растений и животных» . Обзоры природы Генетика . 11 (3): 204–220. дои : 10.1038/nrg2719 . ISSN 1471-0056 . ПМК 3034103 . ПМИД 20142834 .
- ^ Jump up to: а б Земах, Ассаф; Ким, М. Ивонн; Се, Пин-Хун; Коулман-Дерр, Девин; Эшед-Уильямс, Леор; Тао, Ка; Хармер, Стейси Л.; Зильберман, Дэниел (март 2013 г.). «Ремодератор нуклеосом арабидопсиса DDM1 позволяет ДНК-метилтрансферазам получать доступ к H1-содержащему гетерохроматину» . Клетка . 153 (1): 193–205. дои : 10.1016/j.cell.2013.02.033 . ПМК 4035305 . ПМИД 23540698 .
- ^ Чжан, Цинчжу; Ли, Яньцян; Сюй, Тао; Шривастава, Ашиш Кумар; Ван, Донг; Цзэн, Лян; Ян, Лан; Он, Ли; Чжан, Хэн (декабрь 2016 г.). «Ремодератор хроматина DDM1 способствует гибридной силе, регулируя метаболизм салициловой кислоты» . Открытие клеток . 2 (1): 16027. doi : 10.1038/celldisc.2016.27 . ISSN 2056-5968 . ПМЦ 4977722 . ПМИД 27551435 .
- ^ Ли, Цин; Эйхтен, Стивен Р.; Хермансон, Питер Дж.; Заунбрехер, Вирджиния М.; Сон, Джавон; Вендт, Дженнифер; Розенбаум, Хайди; Мадзима, Тельма Ф.; Слоан, Эми Э. (декабрь 2014 г.). «Генетическое возмущение метилома кукурузы» . Растительная клетка . 26 (12): 4602–4616. дои : 10.1105/tpc.114.133140 . ISSN 1040-4651 . ПМЦ 4311211 . ПМИД 25527708 .
- ^ Шнабле, PS; Уэр, Д.; Фултон, РС; Штейн, Дж. К.; Вэй, Ф.; Пастернак С.; Лян, К.; Чжан, Дж.; Фултон, Л. (20 ноября 2009 г.). «Геном кукурузы B73: сложность, разнообразие и динамика» . Наука . 326 (5956): 1112–1115. Бибкод : 2009Sci...326.1112S . дои : 10.1126/science.1178534 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 19965430 . S2CID 21433160 .