Геном аденовируса
аденовирусов Геномы представляют собой линейные несегментированные двухцепочечные (ds) молекулы ДНК , длина которых обычно составляет 26–46 тыс. пар оснований, и содержат 23–46 , кодирующих белок генов . [ 1 ] Примером, использованным в следующем описании, является аденовирус Е человека, мастаденовирус с геномом размером 36 т.п.н., содержащим 38 генов, кодирующих белок. [ 2 ] Хотя точное количество и идентичность генов у разных аденовирусов различаются, основные принципы организации генома и функции большинства генов, описанных в этой статье, являются общими для всех аденовирусов.
Единицы транскрипции
[ редактировать ]
38 генов в геноме аденовируса E человека организованы в 17 единиц транскрипции , каждая из которых содержит 1–8 кодирующих последовательностей. [ 3 ] Альтернативный сплайсинг во время процессинга пре-мРНК, продуцируемых каждой единицей транскрипции, позволяет несколько разных мРНК из одной единицы транскрипции. получать [ нужна ссылка ]
Единицы транскрипции E1A, E1B, E2A, E2B, E3 и E4 последовательно транскрибируются на ранних стадиях репродуктивного цикла вируса . Белки, кодируемые генами в этих единицах транскрипции, в основном участвуют в регуляции вирусной транскрипции, репликации вирусной ДНК и подавлении реакции хозяина на инфекцию. [ 4 ]
Единицы транскрипции L1-L5 транскрибируются позже в репродуктивном цикле вируса и кодируют в основном белки, которые составляют компоненты вирусного капсида или участвуют в сборке капсида. Все транскрипционные единицы L1-L5 регулируются одной и той же промоторной областью и имеют один и тот же сайт начала транскрипции. В результате транскрипция всех пяти поздних единиц транскрипции начинается в одной и той же точке репродуктивного цикла вируса. [ 5 ]
Транскрипция пре-мРНК, начинающаяся с позднего промотора, случайным образом завершается в одном из пяти сайтов терминации, образуя популяцию транскриптов пяти разных длин. Затем пре-мРНК любой заданной длины альтернативно подвергаются сплайсингу для получения 1-4 различных мРНК, кодирующих соответствующее количество белков. [ нужна ссылка ]
Гены, кодирующие белки
[ редактировать ]Названия, расположение и свойства 38 генов, кодирующих белки, в геноме аденовируса E человека приведены в следующей таблице. [ 6 ] [ 7 ]
| Название белка | Идентификатор белка | Транскрипционная единица | Стартовая база | Остановить базу | Стрэнд | Длина (аминокислоты) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| контрольный белок E1A | YP_068018.1 | Е1А | 576 | 1441 | + | 257 |
| контрольный белок E1B 19K | YP_068019.1 | Е1Б | 1600 | 2115 | + | 171 |
| контрольный белок E1B 55K | YP_068020.1 | Е1Б | 1905 | 3356 | + | 483 |
| капсидный белок IX | YP_068021.1 | IX | 3441 | 3869 | + | 142 |
| белок инкапсидации IVa2 | YP_068022.1 | IVa2 | 3930 | 5554 | - | 448 |
| ДНК-полимераза | YP_068023.1 | Е2Б | 5033 | 13773 | - | 1193 |
| белок 13,6К | YP_001661328.1 | Л1 | 7814 | 9476 | + | 139 |
| терминальный белок-предшественник pTP | YP_068024.1 | Е2Б | 8404 | 13773 | - | 642 |
| инкапсидационный белок 52K | YP_068025.1 | Л1 | 10765 | 11937 | + | 390 |
| предшественник капсидного белка pIIIa | YP_068026.1 | Л1 | 11961 | 13736 | + | 591 |
| пентонное основание (капсидный белок III) | YP_068027.1 | Л2 | 13815 | 15422 | + | 535 |
| предшественник основного белка pVII | YP_068028.1 | Л2 | 15426 | 16007 | + | 193 |
| основной белок V | YP_068029.1 | Л2 | 16055 | 17080 | + | 341 |
| предшественник основного белка pX | YP_068030.1 | Л2 | 17103 | 17336 | + | 77 |
| предшественник капсидного белка pVI | YP_068031.1 | Л3 | 17413 | 18141 | + | 242 |
| гексон (капсидный белок II) | YP_068032.1 | Л3 | 18248 | 21058 | + | 936 |
| протеаза | YP_068033.1 | Л3 | 21082 | 21702 | + | 206 |
| одноцепочечный ДНК-связывающий белок | YP_068034.1 | E2A-L | 21774 | 23312 | - | 512 |
| белок сборки гексона 100K | YP_068035.1 | Л4 | 23341 | 25716 | + | 791 |
| белок 33К | YP_068036.1 | Л4 | 25439 | 26252 | + | 214 |
| инкапсидационный белок 22K | YP_068037.1 | Л4 | 25439 | 25978 | + | 179 |
| предшественник капсидного белка pVIII | YP_068038.1 | Л4 | 26321 | 27004 | + | 227 |
| контрольный белок E3 12,5К | YP_068039.1 | Е3 | 27005 | 27325 | + | 106 |
| мембранный гликопротеин E3 CR1-альфа | YP_068040.1 | Е3 | 27279 | 27911 | + | 210 |
| мембранный гликопротеин E3 gp19K | YP_068041.1 | Е3 | 27893 | 28417 | + | 174 |
| мембранный гликопротеин E3 CR1-бета | YP_068042.1 | Е3 | 28449 | 29111 | + | 220 |
| мембранный гликопротеин E3 CR1-дельта | YP_068043.1 | Е3 | 29440 | 30264 | + | 274 |
| мембранный белок E3 RID-альфа | YP_068044.1 | Е3 | 30273 | 30548 | + | 91 |
| мембранный белок E3 RID-бета | YP_068045.1 | Е3 | 30554 | 30994 | + | 146 |
| контрольный белок E3 14,7К | YP_068046.1 | Е3 | 30987 | 31388 | + | 133 |
| белок U | YP_068047.1 | В | 31481 | 31632 | - | 50 |
| клетчатка (капсидный белок IV) | YP_068048.1 | Л5 | 31649 | 32926 | + | 425 |
| контрольный белок E4orf6/7 | YP_068049.1 | Е4 | 33022 | 34169 | - | 141 |
| контрольный белок E4 34K | YP_068050.1 | Е4 | 33270 | 34169 | - | 299 |
| контрольный белок E4orf4 | YP_068051.1 | Е4 | 34072 | 34440 | - | 122 |
| контрольный белок E4orf3 | YP_068052.1 | Е4 | 34449 | 34802 | - | 117 |
| контрольный белок E4orf2 | YP_068053.1 | Е4 | 34799 | 35188 | - | 129 |
| контрольный белок E4orf1 | YP_068054.1 | Е4 | 35236 | 35610 | - | 124 |
Известны функции многих белков аденовируса: [ 5 ]
- Структурные белки включают капсидные белки II ( гексон ), III (пентонное основание), IIIa, IV (волокно), VI, VIII и IX; и коровые белки V, VII, X и терминальный белок TP.
- Белки инкапсидации IVa2, 52K и L1, а также белок сборки гексонов 100K участвуют в сборке вирусных капсидов.
- Протеаза L3 расщепляет белки-предшественники вируса pTP, pVI, pVII, pVIII и IIIa с образованием зрелых вирусных белков.
- Контрольный белок Е1А активирует транскрипцию ряда вирусных генов, а также генов клетки-хозяина.
- Контрольный белок E1B 19K подавляет апоптоз, имитируя действие клеточного белка Bcl-2.
- Контрольный белок E1B 55K связывается с регулятором транскрипции p53 и инактивирует его, блокируя таким образом транскрипцию генов, обычно активируемых p53, и способствуя подавлению апоптоза.
- Все три белка, кодируемые единицами транскрипции E2A и E2B, участвуют в репликации вирусной ДНК. Репликация ДНК аденовируса начинается на каждом конце вирусной ДНК с использованием белка TP (а не РНК) в качестве праймера, поэтому вирусная ДНК-полимераза реплицирует каждое основание генома.
- Мембранный белок E3 RID-альфа и мембранный белок E3 RID-бета выполняют множество молекулярных функций, которые способствуют ингибированию апоптоза. [ 8 ]
- Бета-мембранный гликопротеин CR1 модулирует иммунный ответ хозяина. [ 9 ]
- Мембранный гликопротеин E3 gp19K ингибирует вставку белков MHC класса I в мембрану клетки-хозяина, тем самым не позволяя Т-клеточным лимфоцитам распознать, что клетка-хозяин инфицирована вирусом. [ 10 ]
- Контрольный белок E3 14,7K защищает вирус от противовирусных реакций хозяина. [ 11 ]
- Контрольные белки транскрипционной единицы Е4 участвуют в регуляции транскрипции вирусной ДНК. [ 12 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Вирусы – полные геномы» . НКБИ . Проверено 17 января 2013 г.
- ^ «Геном аденовируса человека Е» . НКБИ . Проверено 17 января 2013 г.
- ^ «Обзор аденовируса человека E» . НКБИ . Проверено 17 января 2013 г.
- ^ «Аденовирусы» . Микробиология Байтес. Архивировано из оригинала 20 апреля 2013 г. Проверено 17 января 2013 г.
- ^ Перейти обратно: а б Брэнтон, Филип; Марселлус, Ричард К. (2011). «23». В Николасе Х. Ачесоне (ред.). Аденовирусы (2-е изд.). Джон Уайли и сыновья, Inc.
{{cite book}}:|work=игнорируется ( помогите ) - ^ «Подробности о белке аденовируса человека Е» . НКБИ . Проверено 17 января 2013 г.
- ^ Рассел, WC (январь 2009 г.). «Аденовирусы: обновленная информация о структуре и функциях» . Журнал общей вирусологии . 90 (Часть 1): 1–20. дои : 10.1099/vir.0.003087-0 . ПМИД 19088268 .
- ^ «PHA3612: белок альфа интернализации и деградации рецептора» . НКБИ . Проверено 17 января 2013 г.
- ^ «PHA3620: Бета-мембранный гликопротеин CR1» . НКБИ . Проверено 17 января 2013 г.
- ^ «PHA3615: Белок E3 gp19K» . НКБИ . Проверено 17 января 2013 г.
- ^ «PHA3613: Белок E3 14,7K» . НКБИ . Проверено 17 января 2013 г.
- ^ «PHA3605: контрольный белок E4orf4» . НКБИ . Проверено 17 января 2013 г.