ПРИМЕНЕНИЕ-НИТРИТА
| Form_nir_trans | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Символ | Form_nir_trans | ||
| Pfam | PF01226 | ||
| InterPro | IPR000292 | ||
| PROSITE | PDOC00769 | ||
| TCDB | 2.A.44 | ||
| OPM Суперсемейство | 7 | ||
| OPM белок | 3tdp | ||
| |||
Семейство транспортера-нитрита (FNT) относится к основному суперсемейству в внутреннем белке (MIP) . [ 1 ] [ 2 ] Члены семейства FNT были секвенированы от грамотрицательных и грамположительных бактерий , археи , дрожжей , растений и нижних эукариот. Прокариотические , белки семейства Fnt, вероятно, функционируют при транспортировке структурно связанных соединений формиата и нитрита . [ 3 ]
Структура
[ редактировать ]За исключением дрожжевого белка (627 амино-ацильных остатков), все характеризованные члены семейства имеют длину 256-285 и демонстрируют 6-8 предполагаемых трансмембранных α-спираль В одном случае, в белках E.coli FOCA ( TC# 1.A.16.1.1 ), была установлена топология 6 TMS. [ 4 ] Дрожжевой белок имеет аналогичную кажущуюся топологию, но имеет большое С-концевое гидрофильное расширение около 400 остатков.
Освобождение E. coli является симметричным пентамером , причем каждая субъединица, состоящая из шести TMS. [ 4 ]
Филогения
[ редактировать ]Филогенетическое дерево показывает кластеризацию в соответствии с функцией и организмом филогения. Предполагаемый формовый отточный транспортеры (FOCA; TC#S 1.A.16.1.1 и 1.A.16.1.3 ) бактерий, связанных с пируватно-форматной лиевой (PFL), составляют кластер I; Предполагаемое поглощение формиата (FDHC; TC#S 1.A.16.2.1 и 1.A.16.2.3 ) бактерий и археи, связанных с формиата -дегидрогеназой, составляют кластер II; Поглощение нитритов пермешается (NIRC, TC#S 1.A.16.2.5 , 1.A.16.3.1 и 1.A.16.3.4 ) бактерий составляют кластер III, а дрожжевой белок состоит из кластера IV. [ 5 ]
Функция
[ редактировать ]Механизмы энергетического соединения для белков семейства FNT не были широко охарактеризованы. HCO −
2 и нет −
2 поглощения могут быть связаны с H + Симпорт. HCO −
2 Отток может быть обусловлен мембранным потенциалом с помощью механизма Uniport или H + антипорт. Освобождение E.coli катализирует двунаправленный транспорт формита и может функционировать с помощью механизма типа канала. [ 6 ]
ОКВ, транспортирует короткоцепочечные кислоты. ОКВО может переключить свой режим работы с пассивного экспортного канала при высоком внешнем pH на вторичный активный импортер/H+ при низком pH. Кристаллическая структура фокуса сальмонеллы тайфимурия при pH 4.0 показывает, что этот переключатель включает в себя серьезную перестановку амино -концов отдельных протомеров в пентамерном канале. [ 7 ] Аминоконцевые спирали открывают или блокируют транспортировку в согласованном совместном действии, которое указывает на то, как ориентировано на PH в зависимости от pH. Электрофизиологические исследования показывают, что белок действует как специфический формированный канал при рН 7,0 и что он закрывается при сдвиге pH до 5,1.
Транспортная реакция
[ редактировать ]Вероятными транспортными реакциями, катализируемыми различными членами семейства FNT:
(1) RCO −
2 или нет −
2 (Out) ⇌ RCO −
2 или нет −
2 (в),
(2) HCO −
2 (в) ⇌ HCO −
2 (Out),
(3) hs − (OUT) ⇌ HS − (в).
Члены
[ редактировать ]Представительный список классифицированных в настоящее время членов, принадлежащих к семейству FNT, можно найти в базе данных классификации Transporter . Некоторые охарактеризованные участники включают:
- ОКВО и FOCB (TC#S 1.A.16.1.1 и 1.A.16.1.2 , соответственно), от Escherichia coli , транспортеры, участвующие в двухнаправленном транспортировке формиата.
- FDHC, от Methanobacterium maripaludis (TC# 1.a.16.2.3 ) и Methanothermobacter Thermoformicum (TC# 1.A.16.2.1 ), вероятный транспортер формирования.
- NIRC, из E. coli (TC# 1.A.16.3.1 ), вероятный транспортер нитрита.
- NAR1 (TC# 1.A.16.2.4 ) Chlamydomonas reinhardtii (Chlamydomonas smithii), носильщика нитрита 355 амино ацильных остатков.
- B. Гипотетический белок Subtilis YWCJ (IPA-48R) (TC# 1.A.16.3.2 ).
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Reizer J, Reiser A, Saier MH (1993-01-01). «Семейство MIP интегральных белков мембранных каналов: сравнения последовательностей, эволюционные отношения, реконструированный путь эволюции и предложенная функциональная дифференцировка двух повторных половинок белков». Критические обзоры биохимии и молекулярной биологии . 28 (3): 235–57. doi : 10.3109/10409239309086796 . PMID 8325040 .
- ^ Park JH, Saier MH (октябрь 1996 г.). «Филогенетическая характеристика семейства MIP белков трансмембранных каналов». Журнал мембранной биологии . 153 (3): 171–80. doi : 10.1007/s002329900120 . PMID 8849412 . S2CID 1559932 .
- ^ Suppmann B, Sawers G (март 1994 г.). «Выделение и характеристика гипофосфита-устойчивых мутантов Escherichia coli: идентификация белка FOCA, кодируемого опероном PFL, как предполагаемый транспортер формиата». Молекулярная микробиология . 11 (5): 965–82. doi : 10.1111/j.1365-2958.1994.tb00375.x . PMID 8022272 . S2CID 6425651 .
- ^ Подпрыгнуть до: а беременный Wang Y, Huang Y, Wang J, Cheng C, Huang W, Lu P, Xu Yn, Wang P, Yan N, Shi Y (ноябрь 2009 г.). «Структура формиационного переносчика FOCA показывает пентамерный аквапориноподобный канал». Природа . 462 (7272): 467–72. Bibcode : 2009natur.462..467W . doi : 10.1038/nature08610 . PMID 19940917 . S2CID 4370839 .
- ^ Saier, MH Jr. "1.a.16 Семейство транспортера-нитрита (Fnt) . База данных классификации Transporter . Saier Lab Bioinformatics Group / SDSC.
- ^ Falke D, Schulz K, Doberenz C, Beyer L, Lilie H, Themer B, Sawers RG (февраль 2010 г.). «Неожиданная олигомерная структура канала формирования Фоката Escherichia coli: парадигма для семейства транспортеров формата-нитрита интегральных мембранных белков» . Письма микробиологии FEMS . 303 (1): 69–75. doi : 10.1111/j.1574-6968.2009.01862.x . PMID 20041954 .
- ^ Lü W, Du J, Wacker T, Gerbig-Smentek E, Andrade SL, Einsle O (апрель 2011 г.). «PH-зависимое стробирование в канале формирования FOCA». Наука . 332 (6027): 352–4. Bibcode : 2011sci ... 332..352L . doi : 10.1126/science.1199098 . PMID 21493860 . S2CID 20059830 .
