Фондовый центр грибковой генетики
основанный в 1960 году, Фондовый центр генетики грибов, является основным открытым хранилищем генетически охарактеризованных грибов . FGSC является членом Всемирной федерации коллекций культур и ведущей коллекцией в Координационной сети исследований Сети коллекций культур США .
Холдинги
[ редактировать ]FGSC распространяет штаммы Neurospora и Aspergillus , а также ограниченное количество Fusarium , Magnaporthe и многие штаммы из текущих проектов генома грибов . [ 1 ]
В 1980-х и 1990-х годах FGSC добавил молекулярные материалы, включая клонированные гены , векторы для клонирования и библиотеки генов в коллекцию .
Поскольку было секвенировано все больше геномов грибов, FGSC пересмотрел определение генетической системы. Это побудило их расширить коллекцию за счет дополнительных материалов, включая штаммы из геномных программ. [ 2 ] и коллекции мутантов таких организмов, как Neurospora crassa , Aspergillus nidulans , Cryptococcus neoformans и Candida albicans .
Будучи генетическим хранилищем, FGSC всегда стремился представить разнообразие доступных генетических материалов. С этой целью они содержат большое количество штаммов нескольких разных видов. Точнее, штаммы 76 различных видов , представляющих 23 разных рода . Из них насчитывается более десяти штаммов только девятнадцати различных видов. Эти штаммы были депонированы 310 разными людьми, 64 из которых депонировали только один штамм. FGSC также хранит ряд неприсоединенных штаммов, включая коллекцию штаммов дикого типа доктора Дэвида Перкинса, а также штаммы Neurospora, полученные от ряда других исследователей, вышедших на пенсию. Они хранятся с пониманием, что они будут хранить их до тех пор, пока будет доступно место. Они не курируются и доступны «как есть». Другие коллекции штаммов включают штаммы Allomyces (pdf) , Aspergillus niger , Ustilago madis и Neurospora из исторической коллекции лаборатории Татум.
Распределение
[ редактировать ]В период с января 1998 г. по декабрь 2018 г. FGSC распространил более 630 000 культур, включая почти 5 000 отдельных мутантов и более 20 000 мутантов с делецией генов, расположенных в 96-луночном формате. С момента создания базы данных FGSC в 1987 году FGSC разослала более 650 000 штаммов.
История
[ редактировать ]FGSC был основан в 1960 году в Дартмутском колледже на грант Национального научного фонда США . Доктор Р. Барратт был первым директором FGSC. С тех пор FGSC трижды переезжал и размещался в Государственном университете Гумбольдта , Медицинском центре Университета Канзаса , Университете Миссури-Канзас-Сити , а с 2014 года — в Университете штата Канзас [1] . В Медицинском центре Калифорнийского университета доктор Дж. Кинси был директором и работал над генетикой метаболизма аминокислот, а позже идентифицировал транспозон «Tad» в штамме Neurospora crassa из Адиоподума, Кот-д'Ивуар. [ 3 ] Директором UMKC был доктор Михаэль Пламанн, который занимался динамикой цитоскелета. [ 4 ] С 2014 года директором является доктор Джон Лесли из кафедры патологии растений Университета штата Канзас.
С момента основания у FGSC было три куратора. Уильям (Билл) Огата был первым куратором, проработавшим до выхода на пенсию в 1981 году. Его сменил Крейг Уилсон в Гумбольдте. Господин Уилсон переехал с коллекцией в Канзас-Сити, где в 1995 году куратором стал доктор Кевин Маккласки. С 1995 года запасы FGSC выросли с 8 000 штаммов до более чем 25 000 штаммов. [ 5 ] Аналогичным образом, руководства по передовому опыту работы с коллекциями культур стали доступны и были интегрированы в практику FGSC. [ 6 ]
Поддерживать
[ редактировать ]В течение многих лет FGSC поддерживался Национальным научным фондом США в рамках программы сбора живого скота. [ 7 ] Начиная с 2015 года, FGSC поддерживается Сельскохозяйственным колледжем Университета штата Канзас и за счет взносов, выплачиваемых клиентами.
Дополнительные услуги
[ редактировать ]Одна из основных целей ФГНК — сделать исследования с нитчатыми грибами ( плесенью ) более доступными. С этой целью на веб-сайте FGSC размещены обширные протоколы. [ 8 ] для Neurospora и Aspergillus . Остальные материалы и услуги предоставляются индивидуально.
Исследовать
[ редактировать ]Большая часть исследовательской деятельности FGSC направлена на повышение ценности материалов коллекции. Конкретные проекты включали улучшение штаммов, выявление неизвестных маркеров и производство многократно меченных штаммов. Недавняя работа включает в себя характеристику анонимных температурно-чувствительных мутаций Neurospora и характеристику анонимных классических мутантов в сотрудничестве с JGI Министерства энергетики США.
FGSC был частью программы функциональной геномики Neurospora. [ 9 ] и в период с 2006 по 2014 год объединили более 13 000 мутантов с делецией генов, вместе составляющих полный набор делеций генома.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Штаммы из различных программ секвенирования генома.
- ^ «Онлайн-каталог ФГСК» .
- ^ Кинси, Дж.А.; Хелбер, Дж. (1989). «Выделение мобильного элемента из Neurospora crassa» . Труды Национальной академии наук . 86 (6): 1929–1933. Бибкод : 1989PNAS...86.1929K . дои : 10.1073/pnas.86.6.1929 . ПМК 286818 . ПМИД 2538822 .
- ^ Бруно, Канзас; Тинсли, Дж. Х.; Минке, П.Ф.; Пламанн, М. (1996). «Генетические взаимодействия между цитоплазматическим динеином, динактином и мутантами ядерного распределения Neurospora crassa» . Труды Национальной академии наук . 93 (10): 4775–4780. Бибкод : 1996PNAS...93.4775B . дои : 10.1073/pnas.93.10.4775 . ПМК 39355 . ПМИД 8643479 .
- ^ Маккласки, Кевин (2011). «От генетики к геномике: коллекции грибов в Фондовом центре генетики грибов» . Микология . 2 (3): 1–8. дои : 10.1080/21501203.2011.584575 .
- ^ Уист, Арик; Шниткер, Роберт; Пламанн, Майк; Маккласки, Кевин (2012). «Лучшие практики создания хранилищ зародышевой плазмы грибов и перспективы их внедрения» . Прикладная микробиология и биотехнология . 93 (3): 975–982. дои : 10.1007/s00253-011-3786-1 .
- ^ Коллекции живых животных (LSC)
- ^ Страница методов Фондового центра генетики грибов
- ^ Функциональный анализ модельного нитчатого гриба