SgrS РНК
| SgrS РНК | |
|---|---|
 Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности SgrS | |
| Идентификаторы | |
| Символ | СгрС |
| Рфам | RF00534 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | Джин ; антисмысловой |
| Домен(ы) | Бактерии |
| ИДТИ | GO:0032057 GO:0043488 GO:0030371 |
| ТАК | ТАК: 0000655 |
| PDB Структуры | ПДБе |
SgrS ( сахара транспортом связанная с , ryaA РНК ранее называвшаяся , ) [ 1 ] из 227 нуклеотидов представляет собой малую РНК , которая активируется SgrR в Escherichia coli во время глюкозо -фосфатного стресса. Природа глюкозо-фосфатного стресса до конца не изучена, но она коррелирует с внутриклеточным накоплением глюкозо-6-фосфата . [ 2 ] SgrS помогает клеткам восстановиться после глюкозо-фосфатного стресса путем спаривания оснований с ptsG мРНК (кодирующей транспортер глюкозы) и вызывая ее деградацию зависимым от РНКазы E способом. [ 3 ] [ 4 ] Для спаривания оснований между SgrS и ptsG мРНК также требуется Hfq , РНК-шаперон, часто необходимый для малых РНК, которые влияют на свои мишени посредством спаривания оснований. [ 5 ] Неспособность клеток, экспрессирующих sgrS , создавать новые переносчики глюкозы, приводит к меньшему поглощению глюкозы и снижению уровня глюкозо-6-фосфата . SgrS — это необычная малая РНК, поскольку она также кодирует функциональный полипептид из 43 аминокислот , SgrT, который помогает клеткам восстанавливаться после глюкозо-фосфатного стресса, предотвращая поглощение глюкозы. Активность SgrT не влияет на уровни мРНК ptsG белка PtsG. [ 2 ] Было высказано предположение, что SgrT оказывает свое действие посредством регуляции переносчика глюкозы PtsG. [ 6 ] [ 7 ]
SgrS был первоначально обнаружен в E. coli, но с тех пор гомологи были идентифицированы у других гаммапротеобактерий, таких как Salmonella enterica и представители рода Citrobacter . [ 8 ] ptsI ( Был разработан подход к предсказанию мишени, основанный на сравнительной геномике, в котором используются эти гомологи, который использовался для предсказания мишени SgrS, b2416 ), что впоследствии было подтверждено экспериментально. [ 9 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Вандерпул К.К., Готтесман С. (ноябрь 2004 г.). «Участие нового активатора транскрипции и малой РНК в посттранскрипционной регуляции системы глюкозо-фосфоенолпируват-фосфотрансферазы» . Молекулярная микробиология . 54 (4): 1076–89. дои : 10.1111/j.1365-2958.2004.04348.x . ПМИД 15522088 . S2CID 24804508 .
- ^ Jump up to: а б Уодлер CS, Вандерпул CK (декабрь 2007 г.). «Двойная функция бактериальной малой РНК: SgrS осуществляет регуляцию, зависящую от спаривания оснований, и кодирует функциональный полипептид» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (51): 20454–9. дои : 10.1073/pnas.0708102104 . ПМК 2154452 . ПМИД 18042713 .
- ^ Вандерпул К.К., Готтесман С. (март 2007 г.). «Новый фактор транскрипции SgrR координирует реакцию на глюкозо-фосфатный стресс» . Журнал бактериологии . 189 (6): 2238–48. дои : 10.1128/JB.01689-06 . ПМЦ 1899371 . ПМИД 17209026 .
- ^ Райс Дж.Б., Вандерпул С.К. (май 2011 г.). «Малая РНК SgrS контролирует накопление сахарофосфатов, регулируя множество генов PTS» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (9): 3806–19. дои : 10.1093/nar/gkq1219 . ПМК 3089445 . ПМИД 21245045 .
- ^ Кавамото Х., Койде Ю., Морита Т., Айба Х. (август 2006 г.). «Требование к спариванию оснований для подавления РНК бактериальной малой РНК и ускорения образования дуплекса с помощью Hfq» . Молекулярная микробиология . 61 (4): 1013–22. дои : 10.1111/j.1365-2958.2006.05288.x . ПМИД 16859494 . S2CID 35533720 .
- ^ Маки К., Морита Т., Отака Х., Айба Х. (май 2010 г.). «Минимальная область спаривания оснований бактериальной малой РНК SgrS, необходимая для репрессии трансляции мРНК ptsG». Молекулярная микробиология . 76 (3): 782–92. дои : 10.1111/j.1365-2958.2010.07141.x . ПМИД 20345651 . S2CID 39687800 .
- ^ Кавамото Х., Морита Т., Симидзу А., Инада Т., Айба Х. (февраль 2005 г.). «Роль мембранной локализации мРНК-мишени в действии малой РНК: механизм посттранскрипционной регуляции транспортера глюкозы в Escherichia coli» . Гены и развитие . 19 (3): 328–38. дои : 10.1101/gad.1270605 . ПМК 546511 . ПМИД 15650111 .
- ^ Хорлер Р.С., Вандерпул К.К. (сентябрь 2009 г.). «Гомологи малой РНК SgrS широко распространены в кишечных бактериях, но различаются по размеру и последовательности» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (16): 5465–76. дои : 10.1093/нар/gkp501 . ПМК 2760817 . ПМИД 19531735 .
- ^ Райт П.Р., Рихтер А.С., Папенфорт К., Манн М., Фогель Дж., Хесс В.Р., Бакофен Р., Георг Дж. (сентябрь 2013 г.). «Сравнительная геномика улучшает предсказание целей для бактериальных малых РНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 110 (37): Е3487-96. Бибкод : 2013PNAS..110E3487W . дои : 10.1073/pnas.1303248110 . ПМЦ 3773804 . ПМИД 23980183 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Вандерпул С.К. (апрель 2007 г.). «Физиологические последствия регуляции глюкозо-фосфатного стресса, опосредованной малыми РНК». Современное мнение в микробиологии . 10 (2): 146–51. дои : 10.1016/j.mib.2007.03.011 . ПМИД 17383224 .
- Айба Х (апрель 2007 г.). «Механизм молчания РНК с помощью Hfq-связывающих малых РНК». Современное мнение в микробиологии . 10 (2): 134–9. дои : 10.1016/j.mib.2007.03.010 . ПМИД 17383928 .
- Сан Ю, Вандерпул С.К. (ноябрь 2013 г.). «Физиологические последствия многоцелевой регуляции с помощью малой РНК SgrS в Escherichia coli» . Журнал бактериологии . 195 (21): 4804–15. дои : 10.1128/JB.00722-13 . ПМЦ 3807494 . ПМИД 23873911 .
- Бобровский М., Вандерпул С.К. (2014). «Малая РНК SgrS: роль в метаболизме и патогенезе кишечных бактерий» . Границы клеточной и инфекционной микробиологии . 4 : 61. дои : 10.3389/fcimb.2014.00061 . ПМК 4021124 . ПМИД 24847473 .
- Папенфорт К., Сунь Ю., Миякоши М., Вандерпул К.К., Фогель Дж. (апрель 2013 г.). «Малая РНК-опосредованная активация мРНК сахарной фосфатазы регулирует гомеостаз глюкозы» . Клетка . 153 (2): 426–37. дои : 10.1016/j.cell.2013.03.003 . ПМЦ 4151517 . ПМИД 23582330 .
Внешние ссылки
[ редактировать ] | Эта по молекулярной или клеточной биологии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |