Галомонадовые
| Галомонадовые | |
|---|---|
| |
| GFAJ-1, выращенный на фосфоре. | |
Научная классификация 
| |
| Домен: | Бактерии |
| Тип: | Псевдомонадота |
| Сорт: | Гаммапротеобактерии |
| Заказ: | Океаноспириллы |
| Семья: | Галомонадовые |
| Роды | |
|
Айдингимон | |
Halomonadaceae — семейство галофильных Pseudomonadota .
История
[ редактировать ]Семейство было первоначально описано в 1988 году и включало роды Halomonas и Deleya . [ 3 ]
В 1989 году Chromobacterium marismortui была реклассифицирована как Chromohalobacter marismortui, образуя третий род семейства Halomonadaceae. [ 4 ]
Впоследствии, в 1990 году, был открыт вид, который первоначально предлагалось назвать Volcaniella eurihalina, образующий новый род Halomonadaceae . [ 5 ] но позже (в 1995 г.) был реклассифицирован как представитель рода Halomonas . [ 6 ]
Вид Carnimonas nigrificans (единственный представитель рода) не был включен в семейство из-за отсутствия двух из 15 описательных сигнатурных последовательностей 16S рРНК. [ 7 ] но было предложено переклассифицировать его в семейство. [ 8 ]
Позднее в 1996 году семейство было реорганизовано путем объединения родов Deleya , Halomonas и Halovibrio и вида Paracoccus halodenitrificans в Halomonas и помещения Zymobacter в это семейство. [ 9 ] Однако позже было обнаружено, что штаммы Halovibrio variabilis DSM 3051 и DSM 3050 различались, и последний был создан типовым штаммом Halovibrio , который используется до сих пор. [ 10 ] [ 11 ] и теперь включает два вида (второй - Halovibrio denitrificans). [ 11 ]
В 2002 году марина Халомонас была передана в собственный род Cobetia . [ 12 ] и в 2009 г. Halomonas marisflavi , Halomonas indalinina . и Halomonas avicenniae были переведены в новый род Kushneria (5 видов).
За последнее время было создано несколько одночленных родов: в 2007 г. Halotalea щелочная , описан [ 13 ] Aidingimonas halophila в 2009 г., [ 14 ] Halospina denitrificans в 2006 г., [ 11 ] Modicisalibacter tunisiensis в 2009 г. [ 15 ] Член Салиникола в 2009 году. [ 16 ] К последнему роду были перенесены два вида Halomonas salaria как Salinicola salarius и Chromohalobacter salarius как Salinicola halophilus . [ 17 ]
Семейство также содержит недавно обнаруженную, но некультивируемую бактерию Candidatus Portiera aleyrodidarum (первичные эндосимбионты белокрылок ). [ 18 ] ).
Роды
[ редактировать ]- Halomonas , типовой род.
- Halomonas elongata — типовой вид рода. [ 19 ] однако самыми старыми известными представителями семейства являются Halomonas halodentrificans (1952), [ 20 ] Хромогалобактер марисмортуи (1940) [ 21 ] и Chromohalobacter beijerinckii (первоначально Pseudomonas beijerinckii ). [ 22 ]
- Халомонада титаническая
- Аидингимонас галофила [ 23 ]
- Кобетия
- Cobetia marina , первоначально Pseudomonas marina , [ 24 ] затем пристань Даля , затем пристань Халомонас .
- Cobetia Crustorum , выделенная из ферментированных корейских морепродуктов. [ 25 ]
- Карнимон
- хромогалобактерии
- Хромогалобактерия марисмортуи
- Хромогалобактер бейеринский
- Chromohalobacter canadensis и Chromohalobacter israelensis , ранее принадлежавшие к роду Halomonas.
- Хромогалобактерия японская
- Хромогалобактерия ниграндесенсис
- Хромогалобактер салариус
- Хромогалобактерии салексигенс
- Chromohalobacter sarecensis , фихротолерантный
- Халоталея щелочная [ 26 ]
- Кушнерия
- Kushneria aurantia , типовой вид
- Kushneria marisflavi , Kushneria indalinina и Kushneria avicenniae ранее относились к Halomonas. [ 27 ]
- Модицалибактер
- Портье
- Zymobacter , не путать с Zymomonas mobilis , альфа-протеобактерией, изучаемой для производства биотоплива, — легкая ошибка, которую даже Международный кодекс номенклатуры бактерий . допустил [ 28 ] как отмечено в [ 29 ]
Примечание. Виды Deleya и Halovibrio теперь называются Halomonas.
Этимология
[ редактировать ]Названия происходят от Halomonas, типового рода семейства, плюс суффикс -aceae, оканчивающийся для обозначения семейства. [ 30 ]
Исследовать
[ редактировать ]Геомикробиолог Фелиса Вульф-Саймон с командой, финансируемой НАСА, исследует особый штамм семейства Halomonadaceae, названный GFAJ-1 , выделенный и выращенный из отложений, собранных вдоль берега озера Моно , недалеко от национального парка Йосемити в восточной Калифорнии . [ 31 ] [ 32 ] Этот штамм GFAJ-1 Halomonadaceae может расти в присутствии высоких концентраций мышьяка . [ 33 ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Саликола» . www.uniprot.org .
- ^ «Список родов, входящих в семейства: Halomonadaceae» . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре . Проверено 25 июня 2016 г.
- ^ Францманн, доктор медицинских наук; Вемейер, У.; Стакебрандт, Э. (1988). «Halomonadaceae fam. nov., новое семейство класса Proteobacteria, включающее роды Halomonas и Deleya». Сист. Прил. Микробиол . 11 :16–19. дои : 10.1016/s0723-2020(88)80043-2 .
- ^ Вентоза, А.; Гутьеррес, MC; Гарсия, Монтана; Руис-Берракеро, Ф. (1989). «Классификация «Chromobacterium marismortui» в новый род Chromohalobacter gen. nov., как Chromohalobacter marismortui com. nov., nom. rev» . Межд. Дж. Сист. Бактериол . 39 (4): 382–386. дои : 10.1099/00207713-39-4-382 .
- ^ КЕСАДА (Э.), ВАЛЬДЕРРАМА (МЮ), БЕДЖАР (В.), ВЕНТОСА (А.), ГУТЬЕРРЕС (МК), РУИС-БЕРРАКЕРО (Ф.) и РАМОС-КОРМЕНСАНА (А.): Volcaniella euryhalina gen. ноябрь, сп. nov., умеренно галофильная неподвижная грамотрицательная палочка. Они. Дж. Сист. Бактериол. , 1990, 40, 261-267
- ^ Мелладо, Э.; Мур, Еврорадио; Ньето, Джей-Джей; Вентоза, А. (1995). «Филогенетические выводы и таксономические последствия сравнения последовательностей рибосомальной ДНК 16S. Chromohalobacter marismortui, Volcaniella eurihalina и Deleya salina и реклассификация V. eurihalina в Halomonas eurihalina comb. nov» . Int J Syst Bacteriol . 45 (4): 712–716. дои : 10.1099/00207713-45-4-712 . ПМИД 7547290 .
- ^ Гаррига, М.; Эрманн, Массачусетс; Арнау, Дж.; Хьюгас, М.; Фогель, РФ (1998). «Carnimonas nigrificans gen. nov., sp. nov., бактериальный возбудитель образования черных пятен на колбасных изделиях» . Международный журнал систематической бактериологии . 48 (3): 677–86. дои : 10.1099/00207713-48-3-677 . ПМИД 9734022 .
- ^ Д. Р. Арахал, В. Людвиг, К. Х. Шлейфер и А. Вентоза Филогения семейства Halomonadaceae на основе анализа последовательностей 23S и 16S рДНК. Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии , том 52, 241–249.
- ^ Добсон, С.Дж.; Францманн, PD (1996). «Объединение родов Deleya (Baumann et al. 1983), Halomonas (Vreeland et al. 1980) и Halovibrio (Fendrich 1988) и видов Paracoccus halodenitrificans (Robinson and Gibbons 1952) в один род Halomonas и размещение род Zymobacter в семействе Галомонадовые» . Межд. Дж. Сист. Бактериол . 46 (2): 550–558. дои : 10.1099/00207713-46-2-550 .
- ^ Сорокин, Д.Ю.; Тиндалл, Би Джей (2006). «Статус родового названия Halovibrio Fendrich 1989 и идентичность штаммов Pseudomonas halophila DSM 3050 и Halomonas variabilis DSM 3051. Запрос мнения» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (2): 487–489. дои : 10.1099/ijs.0.63965-0 . ПМИД 16449462 .
- ^ Перейти обратно: а б с Сорокин, Д.Ю.; Турова, Т.П.; Галинский, Е.А.; Беллох, К.; Тиндалл, Би Джей (2006). «Чрезвычайно галофильные денитрифицирующие бактерии из гиперсоленых внутренних озер, Halovibrio denitrificans sp. nov. и Halospina denitrificans gen. nov., sp. nov., а также доказательства того, что название рода Halovibrio Fendrich 1989 с типовым видом Halovibrio variabilis должно быть связано с DSM 3050. " . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (2): 379–88. дои : 10.1099/ijs.0.63964-0 . ПМИД 16449444 .
- ^ АРАХАЛ (ДР), КАСТИЛЬО (АМ), ЛЮДВИГ (В.), ШЛАЙФЕР (КХ) и ВЕНТОЗА (А.): Предложение Cobetia marina gen. ноябрь, гребенка. nov., в семействе Halomonadaceae, включая вид Halomonas marina. Сист. Прил. Микробиол. , 2002, 25, 207-211.
- ^ Нтугиас, С.; Зервакис, Г.И.; Фассеас, К. (2007). «Halotalea щелочная gen. Nov., sp. Nov., новая осмотолерантная и щелочеустойчивая бактерия из отходов щелочных оливковых заводов, а также исправленное описание семейства Halomonadaceae Franzmann et al. 1989, исправлено. Dobson and Franzmann 1996» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (9): 1975–1983. дои : 10.1099/ijs.0.65078-0 . ПМИД 17766858 .
- ^ Ван, Ю.; Тан, С.-К.; Лу, К.; Ли, Дж.-К.; Чон, Колорадо; Сюй, Л.-Х.; Ким, К.-Дж.; Ли, В.-Дж. (2009). «Aidingimonas halophila gen. Nov., sp. Nov., умеренно галофильная бактерия, выделенная из соленого озера» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 59 (12): 3088–3094. дои : 10.1099/ijs.0.010264-0 . ПМИД 19643876 .
- ^ Бен Али Гам, З.; Абделькафи, С.; Казалот, Л.; Толозан, Дж.Л.; Уэслати, Р.; Лабат, М. (2007). « Modicisalibacter tunisiensis gen. nov., sp. nov., аэробная, умеренно галофильная бактерия, выделенная из образца закачки воды на нефтяном месторождении, и дополненное описание семейства Halomonadaceae Franzmann et al. . . . 2007 » Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (10): 2307–13. дои : 10.1099/ ijs.0.65088-0 ПМИД 17911302 .
- ^ Анализ, ЛН; Плотникова Е.Г.; Гавриш, Э.Ю.; Демаков В.А.; Евтушенко, Л.И. (2007). «Salinicola socius gen. nov., sp. nov., умеренно галофильная бактерия из микробной ассоциации, использующей нафталин». Микробиология . 76 (3): 324–330. дои : 10.1134/s0026261707030095 . S2CID 21296220 . (перевод Микробиологии , 2007, 76, 369-376)
- ^ Де Ла Хаба, РР; Санчес-Порро, К.; Маркес, MC; Вентоза, А. (2009). «Таксономическое исследование рода Salinicola: перевод Halomonas salaria и Chromohalobacter salarius в род Salinicola как Salinicola salarius comb. Nov. и Salinicola halophilus nom. Nov. соответственно». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 60 (4): 963–971. дои : 10.1099/ijs.0.014480-0 . ПМИД 19661506 . S2CID 28728802 .
- ^ Тао, МЛ; Бауманн, П. (2004). «Эволюционные взаимоотношения первичных прокариотических эндосимбионтов белокрылок и их хозяев» . Прикладная и экологическая микробиология . 70 (6): 3401–3406. дои : 10.1128/АЕМ.70.6.3401-3406.2004 . ПМК 427722 . ПМИД 15184137 .
- ^ Вриланд, Р.Х.; Личфилд, CD; Мартин, Эл.; Эллиот, Э. (1980). «Halomonas elongata, новый род и вид чрезвычайно солеустойчивых бактерий» . Межд. Дж. Сист. Бактериол . 30 (2): 485–495. дои : 10.1099/00207713-30-2-485 .
- ^ Робинсон, Дж.; Гиббонс, штат Невада (1952). «Влияние солей на рост Micrococcus halodentrificans n. sp». Канадский журнал ботаники . 30 (2): 147–154. дои : 10.1139/b52-013 .
- ^ Элазар-Вулкани 1940 г.
- ^ Суд 1935 г.
- ^ Ван, Ю.; Тан, СК; ЛУ, К.; ЛИ, JC; Чон, Колорадо; СЮ, Л.Х.; КИМ, CJ; ЛИ, WJ (2009). «Aidingimonas halophila gen. nov., sp. nov., умеренно галофильная бактерия, выделенная из соленого озера» . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 59 (12): 3088–3094. дои : 10.1099/ijs.0.010264-0 . ПМИД 19643876 .
- ^ Кобет, AB; Вирсен, К.; Джонс, GE (1970). «Влияние никеля на морскую бактерию Arthrobacter marinus sp. nov» . Журнал общей микробиологии . 62 (2): 159–169. дои : 10.1099/00221287-62-2-159 . ПМИД 5493594 .
- ^ КИМ, МС; РО, ЮЗ; БАЕ, JW (2010). «Cobetia Crustorum sp. nov., новая слегка галофильная бактерия, выделенная из традиционных ферментированных морепродуктов в Корее» . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 60 (3): 620–626. дои : 10.1099/ijs.0.008847-0 . ПМИД 19654339 .
- ^ НТУГИАС (С.), ЗЕРВАКИС (GI) и ФАССЕАС (К.): Halotalea щелочная gen. ноябрь, сп. nov., новая осмотолерантная и щелочетолерантная бактерия из отходов щелочных оливковых заводов, а также уточненное описание семейства Halomonadaceae Franzmann et al. 1989 год
- ^ Санчес-Порро, К.; DE, LA Хаба RR; Сото-Рамирес, Н.; Маркес, MC; Монтальво-Родригес, Р.; Вентоза, А. (2009). «Описание Kushneria aurantia gen. nov., sp. nov., нового представителя семейства Halomonadaceae, и предложение по реклассификации Halomonas marisflavi в Kushneria marisflavi comb. nov., Halomonas indalinina в Kushneria indalinina comb. nov. и Halomonas avicenniae как Kushneria avicenniae гребень. . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 59 (2): 397–405. дои : 10.1099/ijs.0.001461-0 . ПМИД 19196785 .
- ^ Арахал, ДР; Вриланд, Р.Х.; Личфилд, CD; Мормил, MR; Тиндалл, Би Джей; Орен, А.; Бежар, В.; Кесада, Э.; Вентоза, А. (2007). «Рекомендуемые минимальные стандарты описания новых таксонов семейства Halomonadaceae» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (Часть 10): 2436–2446. дои : 10.1099/ijs.0.65430-0 . ПМИД 17911321 .
- ^ Арахал, ДР; Вриланд, Р.Х.; Личфилд, CD; и др. (2008). «Ошибки. Рекомендуемые минимальные стандарты для описания новых таксонов семейства Halomonadaceae (том 57, стр. 2436, 2007)» . Межд. Дж. Сист. Эвол. Микробиол . 58 (2673): 2008. doi : 10.1099/00207713-58-11-2673 .
- ^ «Классификация, систематика и систематика прокариотов (бактерий)» . Архивировано из оригинала 16 мая 2011 г.
- ^ Бортман, Генри (2 декабря 2010 г.). «Бактерии, питающиеся мышьяком, открывают новые возможности для инопланетной жизни» . Space.com . Проверено 2 декабря 2010 г.
- ^ Бортман, Генри (5 октября 2009 г.). «В поисках инопланетной жизни на Земле» . Журнал астробиологии (НАСА) . Проверено 2 декабря 2010 г.
- ^ Кацнельсон, Алла (2 декабря 2010 г.). «Микроб, питающийся мышьяком, может изменить химию жизни » Природа . дои : 10.1038/news.2010.645 . Проверено 2 декабря 2010 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]- НАСА - Журнал Astrobiology: «В поисках инопланетной жизни на Земле» - ( октябрь 2009 г.)
- NASA.gov: «Исследование, финансируемое НАСА, обнаруживает жизнь, построенную с использованием токсичных химикатов». Архивировано 28 августа 2011 г. в Wayback Machine - (декабрь 2010 г.).
- Аннотация к книге Science Express Ф. Вулфа-Саймона и др.: «Бактерия, которая может расти, используя мышьяк вместо фосфора». - (декабрь 2010 г.)