Энн Э. Карпентер
Энн Э. Карпентер | |
|---|---|
 Фотография автопортрета | |
| Рожденный | 8 августа 1976 г. Каламазу, Мичиган , США |
| Альма-матер | Университет Пердью , бакалавр наук Университет Иллинойса Урбана-Шампейн , доктор философии |
| Научная карьера | |
| Поля | Клеточная биология , микроскопия , вычислительная биология , искусственный интеллект , открытие лекарств |
| Учреждения | Броуд Институт |
| Научные консультанты | Дэвид М. Сабатини |
| Веб-сайт | широкий институт |
Энн Э. Карпентер — американский учёный в области анализа изображений для клеточной биологии и искусственного интеллекта для открытия лекарств . Она является соавтором CellProfiler , программного обеспечения с открытым исходным кодом для высокопроизводительного анализа биологических изображений, а также соавтором анализа Cell Painting, метода профилирования на основе изображений. Она является научным сотрудником института и старшим директором платформы визуализации в Институте Броуда . [1]
Образование и ранняя карьера
[ редактировать ]Бакалавриат
[ редактировать ]Карпентер получила степень бакалавра наук. Получил степень бакалавра биологических наук в 1997 году в Университете Пердью , Западный Лафайет. [2] В это время она провела лето 1996 года в качестве научного сотрудника HHMI в лаборатории Роберта Э. Мэлоуна в Университете Айовы , работая над контролем рекомбинации в дрожжах . После окончания учебы она провела лето, работая над нейронного усилителями развития дрозофилы в качестве научного сотрудника в лаборатории Криса К. Доу , затем в Университете Иллинойса Урбана-Шампейн .
Высшее образование
[ редактировать ]Карпентер провела исследование для своей докторской степени. в лаборатории Эндрю С. Бельмонта в Университете Иллинойса, Урбана-Шампейн . Там она разработала молекулярную биологию и автоматизированные системы визуализации для быстрой оценки воздействия активаторов транскрипции на крупномасштабную хроматина структуру с помощью флуоресцентной микроскопии . Эта работа заложила основу для изучения инженерных областей генома , движения генов внутри ядра при активации генов и высокопроизводительных скринингов, связанных с хроматином. В мае 2003 года она получила докторскую степень по клеточной биологии. [3] [4] [5]
Постдокторская подготовка и создание программного обеспечения CellProfiler.
[ редактировать ]Карпентер стажировалась в лаборатории Дэвида М. Сабатини в Уайтхеда Институте биомедицинских исследований , Кембридж, Массачусетс, во время своей постдокторской работы (с июля 2003 г. по декабрь 2006 г.). Благодаря со-наставничеству Полины Голланд , профессора Лаборатории компьютерных наук и искусственного интеллекта Массачусетского технологического института , Карпентер за это время превратился в исследователя вычислительных систем. Ее исследования были сосредоточены на высокопроизводительной микроскопии и микрочипах живых клеток для выявления функции генов. Это потребовало новых методов анализа изображений, поэтому Карпентер и его соавтор Туи Джонс разработали и в 2005 году выпустили первое высокопроизводительное программное обеспечение для анализа изображений клеток с открытым исходным кодом CellProfiler , которое было впервые опубликовано в 2006 году. [6] Используя этот новый инструмент, она возглавила команду из 5 исследователей, которые разработали передовые методы интеллектуального анализа данных для систематического изучения необходимости белков для различных биологических процессов.
Исследования и влияние
[ редактировать ]В январе 2007 года Карпентер основала свою лабораторию в Институте Броуда Гарварда и Массачусетского технологического института в качестве директора платформы визуализации. Ее первый грант NIH R01 был вручен в 2010 году, когда ей было 33 года. В 2017 году она стала научным сотрудником Института Броуда. [7]
Группа Карпентера разрабатывает новые стратегии и инструменты для анализа биологических изображений, в частности изображений, полученных с помощью микроскопа в результате высокопроизводительных экспериментов. Ее ученые-компьютерщики и биологи разрабатывают бесплатные методы анализа изображений и исследования данных с открытым исходным кодом, такие как CellProfiler и CellProfiler Analyst. Их работа над программным обеспечением способствовала созданию приложений и библиотек с открытым исходным кодом, включая ImageJ , TensorFlow , scikit-image и scikit-learn . Лаборатория сотрудничает с биологами, совершая открытия в различных областях исследований и заболеваний. [8] Их программное обеспечение обеспечивает высокопроизводительный скрининг в сложных модельных системах, таких как C. elegans , 3D-культуры клеток и покадровая видеосъемка растущих клеток.
внимание лаборатории Карпентера было обращено на машинное обучение К 2009 году , а затем и на глубокое обучение , чтобы идентифицировать представляющие интерес биологические структуры и выявить закономерности, возникающие в результате химических или генетических нарушений, для поиска лекарств от болезней. Она была пионером новой области профилирования на основе изображений. [9] который связан с профилированием экспрессии генов , но в качестве источника данных использует изображения микроскопа. Вместе со Стюартом Шрайбером лаборатория Карпентера изобрела анализ клеточной окраски, [10] [11] который наиболее широко используется для этой цели. Программное обеспечение CellProfiler компании Carpenter и анализ Cell Painting сформировали начальную научную платформу для Recursion Pharmaceuticals. [12] Доктор Карпентер является членом Научно-технического консультативного совета Recursion Pharmaceuticals. [13] в дополнение к продукции Bio-Rad Laboratories . [14]
Карпентер прочитал более 200 приглашенных лекций и председательствовал на нескольких конференциях и семинарах. По состоянию на 2022 год является автором более 200 научных публикаций. [15] Она известна своими усилиями по организации научного сообщества: она была одним из первых членов правления Общества биомолекулярной визуализации и информатики (SBI2), основала Общество CytoData и возглавила турнир Data Science Bowl 2018 года через Kaggle. [16] С 2007 года Карпентер руководила более чем 70 исследователями и студентами, от постдокторантов до старшеклассников, а также известна своим неформальным наставничеством. [5] [17]
В 2021 году доктор Шантану Сингх стал соруководителем лаборатории Карпентера, которая теперь называется лабораторией Карпентера-Сингха. [18]
Награды и почести
[ редактировать ]- Почетный член Королевского микроскопического общества 2021 г. [19]
- 2019 г. вошел в число 100 лучших лидеров искусственного интеллекта в области открытия лекарств и передового здравоохранения [20]
- Сотрудник Института Меркина 2019 г. [21]
- Премия выдающимся молодым выпускникам 2018 года от Университета Иллинойса в Урбане-Шампейне [22]
- Премия за максимизацию исследований следователей, 2017 г. (MIRA), NIH NIGMS [23]
- 2017 г. Избран научным сотрудником SLAS (Общество лабораторной автоматизации и скрининга). [24]
- Премия Broad Institute Next Generation, 2014 г. [25]
- 2012 г. Награжден грантом NSF CAREER. [26]
- 2011 г. Назван молодым лидером Франко-американского фонда. [27]
- 2008 г. Избран членом Массачусетской академии наук. [28]
- 2008 г. Показан в специальном выпуске PBS «Смелые взгляды: женщины в науке и технологиях». [29]
- 2007 г. Назван журналом Genome Technology «восходящим молодым исследователем». [27]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Платформа визуализации Института Броуда» . Броудский институт . 08.01.2016 . Проверено 2 февраля 2019 г.
- ^ «Энн Карпентер • iBiology» . iБиология . Проверено 8 октября 2019 г.
- ^ «Вычислительное открытие лекарств: интервью с доктором Энн Карпентер» . Радужный . 09.02.2018 . Проверено 8 октября 2019 г.
- ^ «Профиль: Энн Карпентер | Школа молекулярной и клеточной биологии | Университет Иллинойса в Урбане-Шампейн» . mcb.illinois.edu . Проверено 8 октября 2019 г.
- ^ Jump up to: а б «Плотник Reddit AMA» . Реддит . 15 февраля 2018 г. Проверено 21 февраля 2019 г.
- ^ Карпентер, Энн Э.; Джонс, Туи Р.; Лампрехт, Майкл Р.; Кларк, Колин; Канг, Ин; Фриман, Ола; Гертин, Дэвид А.; Чанг, Джу; Линдквист, Роберт А.; Моффат, Джейсон; Голландия, Полина ; Сабатини, Дэвид М. (31 октября 2006 г.). «CellProfiler: программное обеспечение для анализа изображений для идентификации и количественной оценки клеточных фенотипов» . Геномная биология . 7 (10): 100 рэндов. дои : 10.1186/gb-2006-7-10-r100 . ПМЦ 1794559 . ПМИД 17076895 .
- ^ «Ученые Института Броуда» . Броудский институт . 21 июня 2017 года . Проверено 21 февраля 2019 г.
- ^ «Майнинг сотовых изображений» . Исследование.gov . Проверено 21 февраля 2019 г.
- ^ Пенниси, Э. (20 мая 2016 г.). « «Окрашивание клеток» подчеркивает реакцию на лекарства и токсины» . Наука . 352 (6288): 877–878. Бибкод : 2016Sci...352..877P . дои : 10.1126/science.352.6288.877 . ПМИД 27199393 . Проверено 2 февраля 2019 г.
- ^ Густавсдоттир, Сигрун М.; Льоса, Вебьёрн; Сокольницки, Кэтрин Л.; Уилсон, Дж. Энтони; Уолпита, Дипика; Кемп, Мелисса М.; Петри Зейлер, Кэтлин; Каррел, Хайман А.; Голуб, Тодд Р.; Шрайбер, Стюарт Л.; Клемонс, Пол А.; Карпентер, Энн Э.; Шамджи, Алихан Ф. (2 декабря 2013 г.). «Анализ мультиплексного цитологического профилирования для измерения различных состояний клеток» . ПЛОС ОДИН . 8 (12): е80999. Бибкод : 2013PLoSO...880999G . CiteSeerX 10.1.1.433.924 . дои : 10.1371/journal.pone.0080999 . ПМЦ 3847047 . ПМИД 24312513 .
- ^ Брей, Массачусетс; Сингх, С; Хан, Х; Дэвис, Коннектикут; Боргесон, Б; Хартленд, К; Кост-Алимова, М; Густавсдоттир, С.М.; Гибсон, CC; Карпентер, А.Э. (25 августа 2016 г.). «Cell Painting, анализ с высоким содержанием изображений для морфологического профилирования с использованием мультиплексированных флуоресцентных красителей» . Нат Проток . 11 (9): 1757–74. дои : 10.1038/нпрот.2016.105 . ПМК 5223290 . ПМИД 27560178 .
- ^ Рэй, Тирнан. «Тонкое искусство действительно больших данных: Recursion Pharma картирует тело» . ЗДНет . Проверено 8 октября 2019 г.
- ^ «Энн Карпентер» . Рекурсивная фармацевтика . Проверено 8 октября 2019 г.
- ^ «Recursion Pharmaceuticals объявляет о создании научно-технического консультативного совета» . Рекурсивная фармацевтика . Проверено 8 октября 2019 г.
- ^ «Профиль Анны Карпентер в Академии Google» . Google Академик . Проверено 11 сентября 2022 г.
- ^ «Чаша по науке о данных 2018» . Каггл . Проверено 21 февраля 2019 г.
- ^ «Плотник в Твиттере» . Твиттер . Проверено 21 февраля 2019 г.
- ^ Карпентер, Энн Э (5 сентября 2022 г.). «Почему я сократил свою лабораторию вдвое» . электронная жизнь . 11 : е82831. doi : 10.7554/eLife.82831 . ПМЦ 9444239 . ПМИД 36063089 .
- ^ «Четверка ведущих ученых мира получит почетную стипендию RMS» . Королевское микроскопическое общество . Проверено 10 ноября 2020 г.
- ^ «100 лучших лидеров искусственного интеллекта в области открытия лекарств и передового здравоохранения» . Аналитика глубоких знаний . Проверено 2 февраля 2019 г.
- ^ «Энн Карпентер, доктор философии» . Новые рубежи в 3D . Проверено 8 октября 2019 г.
- ^ «Награда UIUC LAS выдающимся молодым выпускникам» . Университет Иллинойса . Проверено 21 февраля 2019 г.
- ^ «Страница проекта NIH Reporter» . НАЦИОНАЛЬНЫЕ ИНСТИТУТЫ ЗДРАВООХРАНЕНИЯ США . Проверено 21 февраля 2019 г.
- ^ «Программа стипендиатов SLAS» . СЛАС . Проверено 21 февраля 2019 г.
- ^ «Познакомьтесь с нашими новыми лауреатами премии… и посмотрите видео с нашей научной ярмарки!» . myemail.constantcontact.com . Проверено 8 октября 2019 г.
- ^ «КАРЬЕРА: Извлечение изображений из гетерогенных популяций совместно культивируемых клеток» . Национальный научный фонд . Проверено 21 февраля 2019 г.
- ^ Jump up to: а б «Энн Карпентер» . Французско-американский фонд . 15 августа 2012 г. Проверено 21 февраля 2019 г.
- ^ «Список коллег» . Массачусетская академия наук . Проверено 21 февраля 2019 г.
- ^ Смелые идеи: женщины в науке и технике . Нью-Йорк: Creative Expansions, Inc., 2007. OCLC 213362306 .
| Базы данных авторитетного контроля : академики |
|---|
Внешние ссылки
[ редактировать ]Л, Эстер; дом (02.11.2021). «Ее инструменты машинного обучения извлекают информацию из изображений клеток» . Журнал Кванта .