PDBREPORT

База данных PDBREPORT — это база данных аномалий и ошибок, обнаруженных в структурах биологических молекул в Protein Data Bank . ^[1]

База данных PDBREPORTS является полезным средством для оценки качества белковых структур в in silico белковых структур проектах биоинформатики и часто используется участниками «конкурса» по моделированию гомологии CASP . PDBREPORT создаются с использованием программного обеспечения WHAT_CHECK. WHAT_CHECK — это опция программного обеспечения WHAT IF, которая проверяет макромолекулы (особенно белки ).

Многие параметры WHAT_CHECK определяют значения нормальности; то есть количество стандартных отклонений, на которые любое данное наблюдение отклоняется от своего среднего значения. Причем в большинстве случаев такие события заносятся в список, если отклонение составляет более 4 сигм, что означает, что одна из десяти тысяч перечисленных аномалий является подлинной, а не ошибкой. В разделе «Проверка» страниц WHAT_CHECK это объясняется более подробно.

Проблемы

Записи PDBREPORT можно рассматривать как отчеты об ошибках макромолекулярных структур, хранящихся в PDB . Термин «отчет об ошибках» следует использовать с осторожностью, поскольку программное обеспечение WHAT_CHECK, создающее PDBREPORT, помечает каждую аномалию в четыре или более стандартных отклонения как ошибку. Некоторые из этих зарегистрированных аномалий могут быть настоящими отклонениями от среднего значения, а не ошибками.

Ссылки

^ Йоостен Р.П., Те Бик Т.А., Кригер Э. и др. (январь 2011 г.). «Серия баз данных, связанных с PDB, для повседневных нужд» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных): D411–9. дои : 10.1093/нар/gkq1105 . ПМК 3013697 . ПМИД 21071423 .

[pmid21071423-1] Йоостен Р.П., Те Бик Т.А., Кригер Э. и др. (январь 2011 г.). «Серия баз данных, связанных с PDB, для повседневных нужд» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных): D411–9. дои : 10.1093/нар/gkq1105 . ПМК 3013697 . ПМИД 21071423 .

[1]