Хроматиновый вариант
Вариант хроматина соответствует участку генома , который различается по хроматина состояниям клеток в зависимости от типа /состояния внутри индивидуума (внутрииндивидуальный) или между индивидуумами для данного типа/состояния клеток (межиндивидуальный). Варианты хроматина различают последовательности ДНК , которые различаются по своей функции в одном типе/состоянии клеток по сравнению с другим. Варианты хроматина встречаются по всему геному, включая повторяющиеся и неповторяющиеся последовательности ДНК. [1] Варианты хроматина различаются по размерам. Наименьшие варианты хроматина охватывают несколько сотен пар оснований ДНК, например, наблюдаются в промоторах , энхансерах или инсуляторах . [2] [3] [4] [5] [6] Самые крупные варианты хроматина захватывают несколько тысяч пар оснований ДНК, как, например, в крупных лизиновых доменах организованного хроматина (LOCK). [7] [8] [9] [10] и кластеры цис-регуляторных элементов (CORE), такие как суперэнхансер . [11] [12]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Грилло, Джакомо; Люпьен, Матье (июнь 2022 г.). «Варианты хроматина, ассоциированные с раком, открывают онкогенную роль мобильных элементов» . Текущее мнение в области генетики и развития . 74 :101911.doi : 10.1016 / j.gde.2022.101911 . ISSN 1879-0380 . ПМИД 35487182 .
- ^ Эрнст Дж., Келлис М. (август 2010 г.). «Открытие и характеристика состояний хроматина для систематической аннотации генома человека» . Природная биотехнология . 28 (8): 817–25. дои : 10.1038/nbt.1662 . ПМК 2919626 . ПМИД 20657582 .
- ^ Люпиен М., Экхаут Дж., Мейер К.А., Ван К., Чжан Ю., Ли В. и др. (март 2008 г.). «FoxA1 переводит эпигенетические сигнатуры в транскрипцию, специфичную для линии, управляемую энхансером» . Клетка . 132 (6): 958–70. дои : 10.1016/j.cell.2008.01.018 . ПМЦ 2323438 . ПМИД 18358809 .
- ^ Хайнцман Н.Д., Стюарт Р.К., Хон Г., Фу Ю., Чинг К.В., Хокинс Р.Д. и др. (март 2007 г.). «Отличные и прогнозируемые хроматиновые сигнатуры промоторов и энхансеров транскрипции в геноме человека». Природная генетика . 39 (3): 311–8. дои : 10.1038/ng1966 . ПМИД 17277777 . S2CID 1595885 .
- ^ Хайнцман Н.Д., Хон Г.К., Хокинс Р.Д., Херадпур П., Старк А., Харп Л.Ф. и др. (май 2009 г.). «Модификации гистонов в энхансерах человека отражают глобальную экспрессию генов, специфичных для конкретного типа клеток» . Природа . 459 (7243): 108–12. Бибкод : 2009Natur.459..108H . дои : 10.1038/nature07829 . ПМК 2910248 . ПМИД 19295514 .
- ^ Хоффман, Майкл М.; Буске, Орион Дж.; Ван, Цзе; Вэн, Чжипин; Билмс, Джефф А.; Ноубл, Уильям Стаффорд (май 2012 г.). «Неконтролируемое обнаружение закономерностей в структуре хроматина человека посредством сегментации генома» . Природные методы . 9 (5): 473–476. дои : 10.1038/nmeth.1937 . ISSN 1548-7105 . ПМК 3340533 . ПМИД 22426492 .
- ^ Деблуа Г., Тонекабони С.А., Грилло Г., Мартинес С., Као Й.И., Тай Ф. и др. (сентябрь 2020 г.). «Эпигенетическое переключение, индуцированное уклонение от вирусной мимикрии при раке молочной железы, резистентном к химиотерапии» . Открытие рака . 10 (9): 1312–1329. дои : 10.1158/2159-8290.CD-19-1493 . ПМИД 32546577 .
- ^ Тимп В., Фейнберг А.П. (июль 2013 г.). «Рак как дисрегулируемый эпигеном, обеспечивающий преимущество клеточного роста за счет хозяина» . Обзоры природы. Рак . 13 (7): 497–510. дои : 10.1038/nrc3486 . ПМЦ 4636434 . ПМИД 23760024 .
- ^ Макдональд О.Г., Ли Х., Сондерс Т., Триггвадоттир Р., Ментч С.Дж., Вармос М.О. и др. (март 2017 г.). «Эпигеномное перепрограммирование во время прогрессирования рака поджелудочной железы связывает анаболический метаболизм глюкозы с отдаленными метастазами» . Природная генетика . 49 (3): 367–376. дои : 10.1038/ng.3753 . ПМК 5695682 . ПМИД 28092686 .
- ^ Мадани Тонекабони С.А., Хайбе-Кайнс Б., Люпиен М. (январь 2021 г.). «Крупные организованные лизиновые домены хроматина помогают отличать примитивные популяции клеток от дифференцированных» . Природные коммуникации . 12 (1): 499. Бибкод : 2021NatCo..12..499M . дои : 10.1038/s41467-020-20830-9 . ПМЦ 7820432 . ПМИД 33479238 .
- ^ Мадани Тонекабони С.А., Мазруи П., Кофия В., Хайбе-Кайнс Б., Люпиен М. (октябрь 2019 г.). «Идентификация кластеров цис -регуляторных элементов, лежащих в основе структур TAD и регуляторных сетей, специфичных для линии» . Геномные исследования . 29 (10): 1733–1743. дои : 10.1101/гр.248658.119 . ПМК 6771399 . ПМИД 31533978 .
- ^ Хниш Д., Абрахам Б.Дж., Ли Т.И., Лау А., Сен-Андре В., Сигова А.А. и др. (ноябрь 2013 г.). «Суперусилители в контроле идентичности клеток и заболеваний» . Клетка . 155 (4): 934–47. дои : 10.1016/j.cell.2013.09.053 . ПМК 3841062 . ПМИД 24119843 .