✖


Jump to content

Суперусилитель

Edit links

В генетике суперэнхансер млекопитающих , — это область генома содержащая несколько энхансеров , которые коллективно связаны с множеством белков- факторов транскрипции, чтобы управлять транскрипцией генов, участвующих в идентичности клеток . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] Поскольку суперэнхансеры часто идентифицируются рядом с генами, важными для контроля и определения идентичности клеток, их можно использовать для быстрой идентификации ключевых узлов, регулирующих идентичность клеток. [ 3 ] [ 4 ]

Усилители обладают несколькими измеримыми характеристиками, которые имеют диапазон значений, и эти характеристики обычно повышены у суперэнхансеров. Суперэнхансеры связаны с более высокими уровнями белков, регулирующих транскрипцию , и связаны с генами, которые экспрессируются более высоко. [ 1 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] Экспрессия генов, связанных с суперэнхансерами, особенно чувствительна к пертурбациям, которые могут облегчать переходы состояний клеток или объяснять чувствительность генов, связанных с суперэнхансерами, к небольшим молекулам, нацеленным на транскрипцию. [ 1 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 8 ] [ 9 ]

История

[ редактировать ]

Регуляция транскрипции с помощью энхансеров изучается с 1980-х годов. [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] [ 14 ] Вскоре после этого были обнаружены крупные или многокомпонентные регуляторы транскрипции с рядом механистических свойств, включая области локус-контроля , кластерные открытые регуляторные элементы и платформы инициации транскрипции. [ 15 ] [ 16 ] [ 17 ] [ 18 ] Более поздние исследования показали, что эти различные категории регуляторных элементов могут представлять собой подтипы суперэнхансеров. [ 3 ] [ 19 ]

В 2013 году две лаборатории выявили крупные энхансеры рядом с несколькими генами, особенно важными для установления идентичности клеток. В то время как Ричард А. Янг и его коллеги выявили суперэнхансеры, Фрэнсис Коллинз и его коллеги выявили усилители растяжения. [ 1 ] [ 2 ] И суперэнхансеры, и энхансеры растяжения представляют собой кластеры энхансеров, которые контролируют клеточно-специфичные гены, и могут быть во многом синонимами. [ 2 ] [ 20 ]

В нынешнем виде термин «суперэнхансер» был введен лабораторией Янга для описания областей, идентифицированных в эмбриональных стволовых клетках мыши (ЭСК). [ 1 ] Было обнаружено, что эти особенно большие, мощные энхансерные области контролируют гены, которые устанавливают идентичность эмбриональных стволовых клеток, включая Oct-4 , Sox2 , Nanog , Klf4 и Esrrb . Возмущение суперэнхансеров, связанных с этими генами, показало ряд эффектов на экспрессию их целевых генов. [ 20 ] С тех пор суперэнхансеры были идентифицированы рядом с регуляторами идентичности клеток в ряде тканей мыши и человека. [ 2 ] [ 3 ] [ 21 ] [ 22 ] [ 23 ] [ 24 ] [ 25 ] [ 26 ] [ 27 ] [ 28 ] [ 29 ] [ 30 ] [ 31 ] [ 32 ] [ 33 ] [ 34 ] [ 35 ] [ 36 ] [ 37 ]

Функция

[ редактировать ]

Энхансеры, включающие суперэнхансеры, разделяют функции энхансеров, включая связывание белков факторов транскрипции, создание петли с генами-мишенями и активацию транскрипции. [ 1 ] [ 3 ] [ 19 ] [ 20 ] Тремя примечательными чертами энхансеров, включающих суперэнхансеры, являются их кластеризация в геномной близости, исключительный сигнал белков, регулирующих транскрипцию, и высокая частота физического взаимодействия друг с другом. Возмущение ДНК энхансеров, содержащих суперэнхансеры, показало ряд эффектов на экспрессию генов клеточной идентичности, что указывает на сложные взаимоотношения между составляющими энхансерами. [ 20 ] Суперэнхансеры, разделенные десятками мегабаз, группируются в трех измерениях внутри ядра эмбриональных стволовых клеток мыши. [ 38 ] [ 39 ]

Высокие уровни многих факторов транскрипции и кофакторов наблюдаются у суперэнхансеров (например, CDK7 , BRD4 и Mediator ). [ 1 ] [ 3 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 19 ] Такая высокая концентрация белков, регулирующих транскрипцию, позволяет предположить, почему их гены-мишени имеют более высокую экспрессию, чем другие классы генов. Однако гены «домашнего хозяйства», как правило, экспрессируются более высоко, чем гены, связанные с суперэнхансерами. [ 1 ]

Суперэнхансеры, возможно, развились в ключевых генах, идентифицирующих клетки, чтобы обеспечить чувствительность транскрипции этих генов к множеству внешних сигналов. [ 20 ] Каждый из энхансеров, включающих суперэнхансер, может реагировать на разные сигналы, что позволяет регулировать транскрипцию одного гена с помощью нескольких сигнальных путей. [ 20 ] Пути регуляции генов-мишеней с помощью суперэнхансеров включают Wnt , TGFb , LIF , BDNF и NOTCH . [ 20 ] [ 40 ] [ 41 ] [ 42 ] [ 43 ] Составляющие энхансеры суперэнхансеров физически взаимодействуют друг с другом и генами-мишенями на протяжении длительного периода времени. [ 7 ] [ 22 ] [ 44 ] Также были определены суперэнхансеры, которые контролируют экспрессию основных рецепторов клеточной поверхности, играющих решающую роль в функционировании данной клеточной линии. Это особенно справедливо для B-лимфоцитов, выживание, активация и дифференцировка которых зависят от экспрессии иммуноглобулинов мембранной формы (Ig). Суперэнхансер локуса тяжелой цепи Ig представляет собой очень большую (25 т.п.н.) цис-регуляторную область, включающую множество энхансеров и контролирующую несколько основных модификаций локуса (в частности, соматическую гипермутацию , рекомбинацию с переключением класса и самоубийственную рекомбинацию локуса).

Связь с болезнью

[ редактировать ]

Мутации суперэнхансеров были отмечены при различных заболеваниях, включая рак, диабет 1 типа, болезнь Альцгеймера, волчанку, ревматоидный артрит, рассеянный склероз, системную склеродермию, первичный билиарный цирроз печени, болезнь Крона, болезнь Грейвса, витилиго и мерцательную аритмию. [ 2 ] [ 3 ] [ 6 ] [ 25 ] [ 32 ] [ 35 ] [ 45 ] [ 46 ] [ 47 ] [ 48 ] [ 49 ] Аналогичное увеличение вариаций последовательностей, связанных с заболеванием, также наблюдалось для энхансеров растяжения. [ 2 ]

Суперэнхансеры могут играть важную роль в неправильной регуляции экспрессии генов при раке. Во время развития опухоли опухолевые клетки приобретают суперэнхансеры ключевых онкогенов, которые обеспечивают более высокий уровень транскрипции этих генов, чем в здоровых клетках. [ 3 ] [ 5 ] [ 44 ] [ 45 ] [ 50 ] [ 51 ] [ 52 ] [ 53 ] [ 54 ] [ 55 ] [ 56 ] [ 57 ] [ 58 ] [ 59 ] Изменение функции суперэнхансера также индуцируется мутациями регуляторов хроматина. [ 60 ] Таким образом, приобретенные суперэнхансеры могут быть биомаркерами , которые могут быть полезны для диагностики и терапевтического вмешательства. [ 20 ]

Белки, обогащенные суперэнхансерами, включают в себя мишени небольших молекул, которые нацелены на белки, регулирующие транскрипцию, и используются против рака. [ 5 ] [ 6 ] [ 25 ] [ 61 ] Например, суперэнхансеры полагаются на исключительное количество CDK7, а при раке во многих статьях сообщается о потере экспрессии их генов-мишеней, когда клетки обрабатываются ингибитором CDK7 THZ1. [ 5 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 62 ] Аналогично, суперэнхансеры обогащены мишенью небольшой молекулы JQ1, BRD4, поэтому обработка JQ1 вызывает исключительные потери экспрессии генов, связанных с суперэнхансером. [ 6 ]

Идентификация

[ редактировать ]

Суперэнхансеры чаще всего идентифицируются путем обнаружения геномных областей, которые сильно обогащены сигналом ChIP-Seq . Были использованы эксперименты ChIP-Seq, нацеленные на основные факторы транскрипции и кофакторы, такие как Mediator или BRD4, но наиболее часто используются H3K27ac , меченные нуклеосомы . [ 1 ] [ 3 ] [ 6 ] [ 63 ] [ 64 ] [ 65 ] Программа «ROSE» (упорядочение суперэнхансеров по рангу) обычно используется для идентификации суперэнхансеров по данным ChIP-Seq. Эта программа объединяет ранее идентифицированные области энхансеров и ранжирует эти сшитые энхансеры по их сигналу ChIP-Seq. [ 1 ] Расстояние сшивания, выбранное для объединения нескольких отдельных энхансеров в более крупные домены, может варьироваться. Поскольку некоторые маркеры энхансерной активности также обогащены промоторами , областями внутри промоторов генов можно пренебречь. ROSE отличает суперэнхансеры от типичных энхансеров по их исключительному обогащению меткой активности энхансера. Гомер — еще один инструмент, позволяющий идентифицировать суперэнхансеры. [ 66 ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж Уайт В.А., Орландо Д.А., Хниш Д., Авраам Б.Дж., Лин Сай, Кейги М.Х., Рал П.Б., Ли Т.И., Янг Р.А. (апрель 2013 г.). «Главные факторы транскрипции и медиатор создают суперэнхансеры ключевых генов идентичности клеток» . Клетка . 153 (2): 307–19. дои : 10.1016/j.cell.2013.03.035 . ПМЦ   3653129 . ПМИД   23582322 .
  2. ^ Jump up to: а б с д и ж Паркер С.С., Ститцель М.Л., Тейлор Д.Л., Ороско Дж.М., Эрдос М.Р., Акияма Дж.А., ван Бюрен К.Л., Чайнс П.С., Нарису Н., Блэк Б.Л., Висел А., Пеннаккио Л.А., Коллинз Ф.С. (октябрь 2013 г.). «Состояния, усиливающие растяжение хроматина, управляют клеточно-специфической регуляцией генов и создают варианты риска заболеваний человека» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 110 (44): 17921–6. Бибкод : 2013PNAS..11017921P . дои : 10.1073/pnas.1317023110 . ПМЦ   3816444 . ПМИД   24127591 .
  3. ^ Jump up to: а б с д и ж г час я Хниш Д., Абрахам Б.Дж., Ли Т.И., Лау А., Сен-Андре В., Сигова А.А., Хок Х.А., Янг Р.А. (ноябрь 2013 г.). «Суперусилители в контроле идентичности клеток и заболеваний» . Клетка . 155 (4): 934–47. дои : 10.1016/j.cell.2013.09.053 . ПМК   3841062 . ПМИД   24119843 .
  4. ^ Сен-Андре В., Федерация А.Дж., Лин Сай, Авраам Б.Дж., Редди Дж., Ли Т.И., Брэднер Дж.Е., Янг Р.А. (март 2016 г.). «Модели основных схем регуляции транскрипции человека» . Геномные исследования . 26 (3): 385–96. дои : 10.1101/гр.197590.115 . ПМК   4772020 . ПМИД   26843070 .
  5. ^ Jump up to: а б с д и ж Квятковски Н., Чжан Т., Рал П.Б., Абрахам Б.Дж., Редди Дж., Фикарро С.Б. и др. (июль 2014 г.). «Нацеленная регуляция транскрипции при раке с помощью ковалентного ингибитора CDK7» (PDF) . Природа . 511 (7511): 616–20. Бибкод : 2014Natur.511..616K . дои : 10.1038/nature13393 . ПМК   4244910 . ПМИД   25043025 .
  6. ^ Jump up to: а б с д и ж г Ловен Дж., Хок Х.А., Лин С.И., Лау А., Орландо Д.А., Вакоч Ч.Р., Брэднер Дж.Э., Ли Т.И., Янг Р.А. (апрель 2013 г.). «Селективное ингибирование опухолевых онкогенов путем разрушения суперэнхансеров» . Клетка . 153 (2): 320–34. дои : 10.1016/j.cell.2013.03.036 . ПМК   3760967 . ПМИД   23582323 .
  7. ^ Jump up to: а б Доуэн Дж.М., Фан З.П., Хниш Д., Рен Г., Абрахам Б.Дж., Чжан Л.Н., Вайнтрауб А.С., Шуйерс Дж., Ли Т.И., Чжао К., Янг Р.А. (октябрь 2014 г.). «Контроль генов клеточной идентичности происходит в изолированных районах хромосом млекопитающих» . Клетка . 159 (2): 374–87. дои : 10.1016/j.cell.2014.09.030 . ПМК   4197132 . ПМИД   25303531 .
  8. ^ Jump up to: а б с Кристенсен К.Л., Квятковски Н., Авраам Б.Дж., Карретеро Дж., Аль-Шахрур Ф., Чжан Т. и др. (декабрь 2014 г.). «Борьба с транскрипционными зависимостями при мелкоклеточном раке легких с помощью ковалентного ингибитора CDK7» . Раковая клетка . 26 (6): 909–22. дои : 10.1016/j.ccell.2014.10.019 . ПМК   4261156 . ПМИД   25490451 .
  9. ^ Jump up to: а б с Чипумуро Э, Марко Э, Кристенсен СЛ, Квятковски Н, Чжан Т, Хэтэуэй СМ, Абрахам Б.Дж., Шарма Б, Юнг С, Альтабеф А, Перес-Атайде А, Вонг К.К., Юань Г.К., Грей Н.С., Янг Р.А., Джордж Р.Э. ( ноябрь 2014 г.). «Ингибирование CDK7 подавляет онкогенную транскрипцию, связанную с суперэнхансером, при раке, вызванном MYCN» . Клетка . 159 (5): 1126–39. дои : 10.1016/j.cell.2014.10.024 . ПМК   4243043 . ПМИД   25416950 .
  10. ^ Банерджи Дж., Рускони С., Шаффнер В. (декабрь 1981 г.). «Экспрессия гена бета-глобина усиливается за счет удаленных последовательностей ДНК SV40». Клетка . 27 (2 ч. 1): 299–308. дои : 10.1016/0092-8674(81)90413-х . ПМИД   6277502 . S2CID   54234674 .
  11. ^ Бенуа К., Шамбон П. (март 1981 г.). «Требования к последовательности области раннего промотора SV40 in vivo». Природа . 290 (5804): 304–10. Бибкод : 1981Natur.290..304B . дои : 10.1038/290304a0 . ПМИД   6259538 . S2CID   4263279 .
  12. ^ Грусс П., Дхар Р., Хури Дж. (февраль 1981 г.). «Тандемные повторяющиеся последовательности обезьяньего вируса 40 как элемент раннего промотора» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 78 (2): 943–7. Бибкод : 1981ПНАС...78..943Г . дои : 10.1073/pnas.78.2.943 . ПМК   319921 . ПМИД   6262784 .
  13. ^ Эванс Т., Фельзенфельд Г., Рейтман М. (1990). «Контроль транскрипции гена глобина» . Ежегодный обзор клеточной биологии . 6 : 95–124. дои : 10.1146/annurev.cb.06.110190.000523 . ПМИД   2275826 .
  14. ^ Селье М., Белучи А., Грос П. (июнь 1996 г.). «Устойчивость к внутриклеточным инфекциям: сравнительный геномный анализ Nramp». Тенденции в генетике . 12 (6): 201–4. дои : 10.1016/0168-9525(96)30042-5 . ПМИД   8928221 .
  15. ^ Ли Кью, Петерсон К.Р., Фанг Икс, Стаматояннопулос Г (ноябрь 2002 г.). «Регионы локус-контроля» . Кровь . 100 (9): 3077–86. дои : 10.1182/кровь-2002-04-1104 . ПМЦ   2811695 . ПМИД   12384402 .
  16. ^ Гросвельд Ф., ван Ассендельфт ГБ, Гривз Д.Р., Коллиас Г. (декабрь 1987 г.). «Независимая от положения, высокий уровень экспрессии человеческого гена бета-глобина у трансгенных мышей» . Клетка . 51 (6): 975–85. дои : 10.1016/0092-8674(87)90584-8 . hdl : 1765/2425 . ПМИД   3690667 . S2CID   1150699 .
  17. ^ Голтон К.Дж., Наммо Т., Паскуали Л., Саймон Дж.М., Гиреси П.Г., Фогарти М.П. и др. (март 2010 г.). «Карта открытого хроматина островков поджелудочной железы человека» . Природная генетика . 42 (3): 255–9. дои : 10.1038/ng.530 . ПМЦ   2828505 . ПМИД   20118932 .
  18. ^ Кох Ф., Фенуй Р., Гут М., Коши П., Альберт Т.К., Закариас-Кабеса Дж., Спикуглиа С., де ла Шапель А.Л., Хайдеманн М., Хинтермайр С., Эйк Д., Гут И., Ферье П., Андрау Х.К. (август 2011 г.). «Платформы инициации транскрипции и рекрутирование GTF на тканеспецифичных энхансерах и промоторах». Структурная и молекулярная биология природы . 18 (8): 956–63. дои : 10.1038/nsmb.2085 . ПМИД   21765417 . S2CID   12778976 .
  19. ^ Jump up to: а б с Потт С., Либ Дж.Д. (январь 2015 г.). «Что такое суперэнхансеры?». Природная генетика . 47 (1): 8–12. дои : 10.1038/ng.3167 . ПМИД   25547603 . S2CID   205349376 .
  20. ^ Jump up to: а б с д и ж г час Хниш Д., Шуйерс Дж., Лин С.АЙ., Вайнтрауб А.С., Абрахам Б.Дж., Ли Т.И., Брэднер Дж.Э., Янг Р.А. (апрель 2015 г.). «Конвергенция онтогенных сигнальных путей и путей развития транскрипционных суперэнхансеров» . Молекулярная клетка . 58 (2): 362–70. doi : 10.1016/j.molcel.2015.02.014 . ПМК   4402134 . ПМИД   25801169 .
  21. ^ Ди Микко Р., Фонтанальс-Сирера Б., Лоу В., Нциахристос П., Юэнь С.К., Ловелл К.Д. и др. (октябрь 2014 г.). «Контроль идентичности эмбриональных стволовых клеток посредством BRD4-зависимой элонгации транскрипции генов плюрипотентности, связанных с суперэнхансерами» . Отчеты по ячейкам . 9 (1): 234–47. дои : 10.1016/j.celrep.2014.08.055 . ПМЦ   4317728 . ПМИД   25263550 .
  22. ^ Jump up to: а б Джи Икс, Дадон Д.Б., Пауэлл Б.Е., Фан З.П., Борхес-Ривера Д., Шахар С., Вайнтрауб А.С., Хниш Д., Пегораро Г., Ли Т.И., Мистели Т., Джениш Р., Янг Р.А. (февраль 2016 г.). «Трехмерный ландшафт регуляции хромосом в плюрипотентных клетках человека» . Клеточная стволовая клетка . 18 (2): 262–75. дои : 10.1016/j.stem.2015.11.007 . ПМЦ   4848748 . ПМИД   26686465 .
  23. ^ Цанков А.М., Гу Х., Акопян В., Циллер М.Дж., Донахи Дж., Амит И., Гнирке А., Мейснер А. (февраль 2015 г.). «Динамика связывания транскрипционных факторов во время дифференцировки ES клеток человека» . Природа . 518 (7539): 344–9. Бибкод : 2015Natur.518..344T . дои : 10.1038/nature14233 . ПМЦ   4499331 . ПМИД   25693565 .
  24. ^ Фанг З., Хеклау К., Гросс Ф., Бахманн И., Венцке М., Карл М., Шуххардт Дж., Радбрух А., Герцель Х., Баумграсс Р. (ноябрь 2015 г.). «Области, занимаемые совместно факторами транскрипции в мышином геноме, представляют собой энхансеры, специфичные для подтипа Т-хелперных клеток» . Европейский журнал иммунологии . 45 (11): 3150–7. дои : 10.1002/eji.201545713 . ПМИД   26300430 .
  25. ^ Jump up to: а б с Вахеди Дж., Канно Ю., Фурумото Ю., Цзян К., Паркер С.С., Эрдос М.Р., Дэвис С.Р., Ройчоудхури Р., Рестифо Н.П., Гадина М., Тан З., Руан Ю., Коллинз Ф.С., Сарторелли В., О'Ши Дж.Дж. (апрель 2015 г.) . «Суперэнхансеры определяют связанные с заболеванием регуляторные узлы в Т-клетках» . Природа . 520 (7548): 558–62. Бибкод : 2015Natur.520..558V . дои : 10.1038/nature14154 . ПМК   4409450 . ПМИД   25686607 .
  26. ^ Коес О.И., Ковалевски Р.А., Чанг Л.В., Пифром СК, Шмидт Дж.А., Луо Х., Сандовал Л.Е., Хьюз Т.Б., Беднарски Дж.Дж., Кашен А.Ф., Пэйтон Дж.Е., Ольц Э.М. (январь 2015 г.). «Варианты последовательностей энхансеров и дерегуляция транскрипционных факторов действуют совместно, создавая патогенные регуляторные цепи при В-клеточной лимфоме» . Иммунитет . 42 (1): 186–98. doi : 10.1016/j.immuni.2014.12.021 . ПМК   4302272 . ПМИД   25607463 .
  27. ^ Адам Р.К., Ян Х., Роковиц С., Ларсен С.Б., Николова М., Ористян Д.С., Полак Л., Кадая М., Асаре А., Чжэн Д., Фукс Е (май 2015 г.). «Пионерские факторы управляют динамикой суперэнхансеров в пластичности стволовых клеток и выборе линии» . Природа . 521 (7552): 366–70. Бибкод : 2015Natur.521..366A . дои : 10.1038/nature14289 . ПМЦ   4482136 . ПМИД   25799994 .
  28. ^ Сирсбек Р., Бэк С., Раби А., Нильсен Р., Трейнор С., Кларк Н., Санделин А., Йенсен О.Н., Сунг М.Х., Хагер Г.Л., Мандруп С. (июнь 2014 г.). «Молекулярная архитектура горячих точек транскрипционных факторов в раннем адипогенезе» . Отчеты по ячейкам . 7 (5): 1434–42. дои : 10.1016/j.celrep.2014.04.043 . ПМК   6360525 . ПМИД   24857666 .
  29. ^ Сирсбек Р., Раби А., Нильсен Р., Сидоли С., Трейнор С., Лофт А., Ла Кур Поульсен Л., Роговска-Вжесинска А., Йенсен О.Н., Мандруп С. (июнь 2014 г.). «Кооперативность факторов транскрипции в ранних адипогенных горячих точках и суперэнхансерах» . Отчеты по ячейкам . 7 (5): 1443–55. дои : 10.1016/j.celrep.2014.04.042 . ПМИД   24857652 .
  30. ^ Хармс М.Дж., Исибаши Дж., Ван В., Лим Х.В., Гояма С., Сато Т. и др. (апрель 2014 г.). «Prdm16 необходим для поддержания идентичности и функции бурых адипоцитов у взрослых мышей» . Клеточный метаболизм . 19 (4): 593–604. дои : 10.1016/j.cmet.2014.03.007 . ПМК   4012340 . ПМИД   24703692 .
  31. ^ Лофт А, Форсс И, Сирсбек М.С., Шмидт С.Ф., Ларсен А.С., Мэдсен Дж.Г., Пизани Д.Ф., Нильсен Р., Агаард М.М., Мэтисон А., Невилл М.Дж., Уррутиа Р., Карпе Ф., Амри Э.З., Мандруп С. (январь 2015 г.). «Потемнение адипоцитов человека требует KLF11 и перепрограммирования суперэнхансеров PPARγ» . Гены и развитие . 29 (1): 7–22. дои : 10.1101/gad.250829.114 . ПМЦ   4281566 . ПМИД   25504365 .
  32. ^ Jump up to: а б Паскуали Л., Голтон К.Дж., Родригес-Сеги С.А., Муларони Л., Мигель-Эскалада И., Акерман И. и др. (февраль 2014 г.). «Кластеры энхансеров островков поджелудочной железы, обогащенные вариантами, связанными с риском диабета 2 типа» . Природная генетика . 46 (2): 136–43. дои : 10.1038/ng.2870 . ПМЦ   3935450 . ПМИД   24413736 .
  33. ^ Лю CF, Лефевр V (сентябрь 2015 г.). «Факторы транскрипции SOX9 и SOX5/SOX6 взаимодействуют по всему геному через суперэнхансеры, управляя хондрогенезом» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (17): 8183–203. дои : 10.1093/nar/gkv688 . ПМЦ   4787819 . ПМИД   26150426 .
  34. ^ Оба С., Хе Х, Ходжо Х., МакМахон А.П. (июль 2015 г.). «Различные программы транскрипции лежат в основе регуляции Sox9 хондроцитов млекопитающих» . Отчеты по ячейкам . 12 (2): 229–43. дои : 10.1016/j.celrep.2015.06.013 . ПМК   4504750 . ПМИД   26146088 .
  35. ^ Jump up to: а б Кайкконен М.Ю., Нисканен Х., Романоски С.Э., Кансанен Э., Кивеля А.М., Лайталайнен Дж., Хайнц С., Беннер С., Гласс С.К., Юля-Херттуала С. (ноябрь 2014 г.). «Контроль транскрипционных программ VEGF-A путем приостановки и компартментализации генома» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (20): 12570–84. дои : 10.1093/nar/gku1036 . ПМЦ   4227755 . ПМИД   25352550 .
  36. ^ Госселин Д., Линк В.М., Романоски С.Э., Фонсека Г.Дж., Эйхенфилд Д.З., Спанн Н.Дж., Стендер Дж.Д., Чун Х.Б., Гарнер Х., Гейссманн Ф., Гласс С.К. (декабрь 2014 г.). «Окружающая среда управляет выбором и функцией энхансеров, контролирующих идентичность тканеспецифичных макрофагов» . Клетка . 159 (6): 1327–40. дои : 10.1016/j.cell.2014.11.023 . ПМЦ   4364385 . ПМИД   25480297 .
  37. ^ Сунь Дж., Роковиц С., Се Q, Эшери-Падан Р., Чжэн Д., Цвекл А. (август 2015 г.). «Идентификация in vivo механизмов связывания ДНК Pax6 и реконструкция Pax6-зависимых генных регуляторных сетей во время развития переднего мозга и хрусталика» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (14): 6827–46. дои : 10.1093/nar/gkv589 . ПМЦ   4538810 . ПМИД   26138486 .
  38. ^ Бигри Р.А., Скиалдоне А., Шуелер М., Кремер Д.К., Чоталия М., Се С.К., Барбьери М., де Сантьяго И., Лавитас Л.М., Бранко М.Р., Фрейзер Дж., Дости Дж., Гейм Л., Диллон Н., Эдвардс П.А., Никодеми М., Помбо А (март 2017 г.). «Сложные контакты с несколькими энхансерами, зафиксированные с помощью картирования геномной архитектуры (GAM)» . Природа . 543 (7646): 519–524. дои : 10.1038/nature21411 . ПМК   5366070 . ПМИД   28273065 .
  39. ^ Кинодоз С.А., Олликайнен Н., Табак Б., Палла А., Шмидт Дж.М., Детмар Е., Лай М.М., Шишкин А.А., Бхат П., Такей Ю., Тринь В., Азнаурян Е., Рассел П., Ченг С., Йованович М., Чоу А., Кай Л. , Макдонел П., Гарбер М., Гуттман М. (июнь 2018 г.). «Межхромосомные концентраторы высшего порядка формируют трехмерную организацию генома в ядре» . Клетка . 174 (3): 744–757. дои : 10.1016/j.cell.2018.05.024 . ПМК   6548320 . ПМИД   29887377 .
  40. ^ Джу Дж.Й., Шаукович К., Фарбиак Л., Килару Дж., Ким Т.К. (январь 2016 г.). «Стимул-специфическая комбинаторная функциональность нейрональных энхансеров c-fos» . Природная неврология . 19 (1): 75–83. дои : 10.1038/nn.4170 . ПМК   4696896 . ПМИД   26595656 .
  41. ^ Херранц Д., Амбези-Импиомбато А, Паломеро Т., Шнелл С.А., Бельвер Л., Вендорф А.А., Сюй Л., Кастильо-Мартин М., Льобет-Навас Д., Кордон-Кардо С., Клаппье Е., Сулье Дж., Феррандо А.А. (октябрь 2014 г.) . «Усилитель MYC, управляемый NOTCH1, способствует развитию, трансформации Т-клеток и острому лимфобластному лейкозу» . Природная медицина . 20 (10): 1130–7. дои : 10.1038/нм.3665 . ПМК   4192073 . ПМИД   25194570 .
  42. ^ Ван Х., Занг С., Тайн Л., Арнетт К.Л., Вонг Ю.Дж., Груша В.С., Блэклоу СК, Лю XS, Астер Дж.К. (январь 2014 г.). «Комплексы NOTCH1-RBPJ управляют экспрессией целевых генов посредством динамических взаимодействий с суперэнхансерами» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (2): 705–10. Бибкод : 2014PNAS..111..705W . дои : 10.1073/pnas.1315023111 . ПМЦ   3896193 . ПМИД   24374627 .
  43. ^ Яширо-Отани Ю., Ван Х., Занг С., Арнетт К.Л., Бейлис В., Хо Ю. и др. (ноябрь 2014 г.). «Активность энхансера дальнего действия определяет чувствительность Myc к ингибиторам Notch при Т-клеточном лейкозе» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (46): E4946-53. Бибкод : 2014PNAS..111E4946Y . дои : 10.1073/pnas.1407079111 . ПМК   4246292 . ПМИД   25369933 .
  44. ^ Jump up to: а б Хнис Д., Вайнтрауб А.С., Дэй Д.С., Валтон А.Л., Бак Р.О., Ли CH, Гольдманн Дж., Ладжуа Б.Р., Фан З.П., Сигова А.А., Редди Дж., Борхес-Ривера Д., Ли Т.И., Джениш Р., Портеус М.Х., Деккер Дж., Молодой РА (март 2016 г.). «Активация протоонкогенов путем разрушения окрестностей хромосом» . Наука . 351 (6280): 1454–8. Бибкод : 2016Sci...351.1454H . дои : 10.1126/science.aad9024 . ПМЦ   4884612 . ПМИД   26940867 .
  45. ^ Jump up to: а б Мансур М.Р., Абрахам Б.Дж., Андерс Л., Березовская А., Гутьеррес А., Дурбин А.Д., Этчин Дж., Лоутон Л., Саллан С.Э., Сильверман Л.Б., Лох М.Л., Хунгер С.П., Санда Т., Янг Р.А., Look AT (декабрь 2014 г.). «Регуляция онкогена. Онкогенный суперэнхансер, образующийся в результате соматической мутации некодирующего межгенного элемента» . Наука . 346 (6215): 1373–7. дои : 10.1126/science.1259037 . ПМЦ   4720521 . ПМИД   25394790 .
  46. ^ Кавалли Г., Хаяши М., Джин Ю., Йоргов Д., Санторико С.А., Холкомб С., Растроу М., Эрлих Х., Тенгесдал И.В., Дагна Л., Нефф К.П., Палмер Б.Е., Спритц Р.А., Динарелло К.А. (февраль 2016 г.). «Суперэнхансер MHC класса II увеличивает поверхностную экспрессию HLA-DR и HLA-DQ и влияет на выработку цитокинов при аутоиммунном витилиго» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 113 (5): 1363–8. Бибкод : 2016PNAS..113.1363C . дои : 10.1073/pnas.1523482113 . ПМЦ   4747741 . ПМИД   26787888 .
  47. ^ Фарх К.К., Марсон А., Чжу Дж., Кляйневитфельд М., Хаусли У.Дж., Бейк С., Шореш Н., Уиттон Х., Райан Р.Дж., Шишкин А.А., Хатан М., Карраско-Альфонсо М.Дж., Майер Д., Лаки С.Дж., Патсопулос Н.А., Де Джагер П.Л. , Кухру В.К., Эпштейн CB, Дейли М.Дж., Хафлер Д.А., Бернштейн Б.Е. (февраль 2015 г.). «Генетическое и эпигенетическое точное картирование причинных вариантов аутоиммунных заболеваний» . Природа . 518 (7539): 337–43. Бибкод : 2015Natur.518..337F . дои : 10.1038/nature13835 . ПМК   4336207 . ПМИД   25363779 .
  48. ^ Вайнштейн Дж.С., Лезон-Гейда К., Максимова Ю., Крафт С., Чжан Ю., Су М., Шульц В.П., Крафт Дж., Галлахер П.Г. (декабрь 2014 г.). «Глобальный анализ транскриптома и ландшафт энхансеров первичных Т-фолликулярных хелперов и Т-эффекторных лимфоцитов человека» . Кровь . 124 (25): 3719–29. doi : 10.1182/blood-2014-06-582700 . ПМК   4263981 . ПМИД   25331115 .
  49. ^ Олдридж Д.А., Вуд А.С., Вейхерт-Лихи Н., Кримминс И., Сассман Р., Винтер С. и др. (декабрь 2015 г.). «Генетическая предрасположенность к нейробластоме, опосредованная полиморфизмом суперэнхансера LMO1» . Природа . 528 (7582): 418–21. Бибкод : 2015Natur.528..418O . дои : 10.1038/nature15540 . ПМЦ   4775078 . ПМИД   26560027 .
  50. ^ Аффер М., Чези М., Чен В.Д., Китс Дж.Дж., Демченко Ю.Н., Тамижмани К., Гарбитт В.М., Риггс Д.Л., Брентс Л.А., Рошке А.В., Ван Вир С., Фонсека Р., Бергсагель П.Л., Кюль В.М. (август 2014 г.). «Беспорядочные перестройки локуса MYC захватывают энхансеры, но в основном суперэнхансеры, и нарушают регуляцию экспрессии MYC при множественной миеломе» . Лейкемия . 28 (8): 1725–35. дои : 10.1038/leu.2014.70 . ПМК   4126852 . ПМИД   24518206 .
  51. ^ Драйер И., Коттон М.Дж., Уильямсон К.Е., Гиллеспи С.М., Райан Р.Дж., Клюк М.Дж. и др. (март 2016 г.). «Онкогенная петля обратной связи MYB управляет альтернативной судьбой клеток при аденоидно-кистозной карциноме» . Природная генетика . 48 (3): 265–72. дои : 10.1038/ng.3502 . ПМЦ   4767593 . ПМИД   26829750 .
  52. ^ Норткотт П.А., Ли С., Зихнер Т., Штютц А.М., Эркек С., Каваучи Д. и др. (июль 2014 г.). «Угон энхансера активирует онкогены семейства GFI1 при медуллобластоме» . Природа . 511 (7510): 428–34. Бибкод : 2014Natur.511..428N . дои : 10.1038/nature13379 . ПМК   4201514 . ПМИД   25043047 .
  53. ^ Уокер Б.А., Уорделл С.П., Бриоли А., Бойл Э., Кайзер М.Ф., Бегум Д.Б., Дахир Н.Б., Джонсон Д.С., Росс Ф.М., Дэвис Ф.Е., Морган Г.Дж. (14 марта 2014 г.). «Транслокации в 8q24 сопоставляют MYC с генами, содержащими суперэнхансеры, что приводит к сверхэкспрессии и плохому прогнозу у пациентов с миеломой» . Журнал рака крови . 4 (3): e191. дои : 10.1038/bcj.2014.13 . ПМЦ   3972699 . ПМИД   24632883 .
  54. ^ Грёшель С., Сандерс М.А., Хугенбозем Р., де Вит Е., Боуман Б.А., Эрпелинк С. и др. (апрель 2014 г.). «Одна перестройка онкогенного энхансера вызывает сопутствующую дерегуляцию EVI1 и GATA2 при лейкемии» . Клетка . 157 (2): 369–81. дои : 10.1016/j.cell.2014.02.019 . ПМИД   24703711 .
  55. ^ Ши Дж., Уайт В.А., Сепеда-Мендоса С.Дж., Милаццо Дж.П., Шен С., Роу Дж.С. и др. (декабрь 2013 г.). «Роль SWI/SNF в поддержании острого лейкоза и опосредованной усилителем регуляции Myc» . Гены и развитие . 27 (24): 2648–62. дои : 10.1101/gad.232710.113 . ПМЦ   3877755 . ПМИД   24285714 .
  56. ^ Кеннеди А.Л., Валлюрупалли М., Чен Л., Кромптон Б., Коули Г., Васкес Ф., Вейр Б.А., Черняк А., Парасураман С., Ким С., Алекс Г., Стегмайер К. (октябрь 2015 г.). «Функциональный, химический геномный скрининг и скрининг суперэнхансеров определяют чувствительность к ингибированию пути циклина D1/CDK4 при саркоме Юинга» . Онкотаргет . 6 (30): 30178–93. дои : 10.18632/oncotarget.4903 . ПМЦ   4745789 . ПМИД   26337082 .
  57. ^ Томазу Э.М., Шеффилд, Северная Каролина, Шмидл С., Шустер М., Шёнеггер А., Датлингер П., Кубичек С., Бок С., Ковар Х. (февраль 2015 г.). «Картирование эпигенома выявляет различные способы регуляции генов и широко распространенное перепрограммирование энхансеров с помощью онкогенного слитого белка EWS-FLI1» . Отчеты по ячейкам . 10 (7): 1082–95. дои : 10.1016/j.celrep.2015.01.042 . ПМЦ   4542316 . ПМИД   25704812 .
  58. ^ Набет Б., О Бройн П., Рейес Дж.М., Ши К., Лин С.И., Уилл С.М., Попович Р., Эспонда Т., Брэднер Дж.Е., Голден А.А., Лихт Дж.Д. (август 2015 г.). «Дерегуляция сигнальной оси Рас-Эрк модулирует ландшафт энхансеров» . Отчеты по ячейкам . 12 (8): 1300–13. дои : 10.1016/j.celrep.2015.06.078 . ПМЦ   4551578 . ПМИД   26279576 .
  59. ^ Чжан X, Чой П.С., Фрэнсис Дж.М., Имелински М., Ватанабэ Х., Черняк А.Д., Мейерсон М. (февраль 2016 г.). «Идентификация фокально амплифицированных суперэнхансеров, специфичных для линии, при эпителиальном раке человека» . Природная генетика . 48 (2): 176–82. дои : 10.1038/ng.3470 . ПМЦ   4857881 . ПМИД   26656844 .
  60. ^ Ходжес ХК, Стэнтон БЗ, Чермакова К., Чанг С.И., Миллер Э.Л., Киркланд Дж.Г., Ку В.Л., Веверка В., Чжао К., Крэбтри Г.Р. (январь 2018 г.). «Доминантно-негативные мутанты SMARCA4 изменяют картину доступности тканевых энхансеров» . Структурная и молекулярная биология природы . 25 (1): 61–72. дои : 10.1038/s41594-017-0007-3 . ПМК   5909405 . ПМИД   29323272 .
  61. ^ Порчер С (апрель 2015 г.). «На пути к лучшему пониманию читателей ацетиллизина» . Кровь . 125 (18): 2739–41. doi : 10.1182/blood-2015-03-630830 . ПМИД   25931578 .
  62. ^ Ван Ю, Чжан Т, Квятковски Н, Абрахам Би Джей, Ли Ти, Се С, Юзугуллу Х, Фон Т, Ли Х, Лин З, Стовер Д.Г., Лим Е, Ван ЗК, Иглхарт Джей Ди, Янг РА, Грей Н.С., Чжао Джей Джей (сентябрь 2015 г.). «CDK7-зависимая транскрипционная зависимость при тройном негативном раке молочной железы» . Клетка . 163 (1): 174–86. дои : 10.1016/j.cell.2015.08.063 . ПМЦ   4583659 . ПМИД   26406377 .
  63. ^ Вэй Ю, Чжан С, Шан С, Чжан Б, Ли С, Ван Х, Ван Ф, Су Дж, Ву Ц, Лю Х, Чжан Ю (январь 2016 г.). «МОРЕ: архив суперусилителей» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д172-9. дои : 10.1093/nar/gkv1243 . ПМЦ   4702879 . ПМИД   26578594 .
  64. ^ Хан А, Чжан X (январь 2016 г.). «dbSUPER: база данных суперэнхансеров генома мыши и человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д164-71. дои : 10.1093/нар/gkv1002 . ПМЦ   4702767 . ПМИД   26438538 .
  65. ^ Крейтон, член парламента, Ченг А.В., Уэлстед Г.Г., Куистра Т., Кэри Б.В., Стайн Э.Дж., Ханна Дж., Лодато М.А., Фрэмптон Г.М., Шарп П.А., Бойер Л.А., Янг Р.А., Джениш Р. (декабрь 2010 г.). «Гистон H3K27ac отделяет активные энхансеры от готовых и прогнозирует состояние развития» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (50): 21931–6. дои : 10.1073/pnas.1016071107 . ПМК   3003124 . ПМИД   21106759 .
  66. ^ Хайнц С., Беннер С., Спанн Н., Бертолино Э., Лин Ю.К., Ласло П., Ченг Дж.К., Мурре С., Сингх Х., Гласс С.К. (май 2010 г.). «Простые комбинации факторов транскрипции, определяющих происхождение, запускают цис-регуляторные элементы, необходимые для идентичности макрофагов и В-клеток» . Молекулярная клетка . 38 (4): 576–89. doi : 10.1016/j.molcel.2010.05.004 . ПМЦ   2898526 . ПМИД   20513432 .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Super-enhancer&oldid=1238806708"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: bde17b4ba180d0635408e35549dfad84__1722875760
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/bd/84/bde17b4ba180d0635408e35549dfad84.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Super-enhancer - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)